Biomod/2014/Sendai/temp/0821/Simulation

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Simulation

Simulation (wiki) 酵素使用システム 1.目的 システムが時間間隔を開けて順番に出力を出すことを確認するために，シミュレーションにより出力DNAの濃度の変化をもとめる． 2. 方法 システムを形成する反応式から濃度の支配方程式（微分方程式）を立て，Scilabを用いて方程式を解く． 3.条件 シミュレーションを反応はprotocolに示す。 入力DNA濃度10nM テンプレート1: 10nM テンプレート2: 10nM リポソーム1: 10nM リポソーム2: 10nM ゲート1: 10nM ゲート2: 10nM シミュレーション時間:100[sec] 反応速度定数の値は次のものを使用した Hybridization:kh=5.0*10^6 Denaturation:kd=1.0*10^3 Branch migration:kb=1.0*10^-1 Polymerase:kp:=17 Nickase:kn=3.0 Restriction enzyme:kr=3.0 ゲートとkeyDNAの反応のみトーホールドが短いため、反応速度定数を1.0×10^6とした。 4.結果 図3.1に酵素使用ゲートのシミュレーション結果を示す。 赤：出力リポソーム1 青：出力リポソーム2 緑：テンプレート1 水：テンプレート2

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結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく

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