html{

      background-color: #5b2d01;
      height: 100%;

} body{

      background-color: #f5e4b4;
      font-size: 1.4em;
      font-size: 125%;
      font-family:Arial,'Lucida Grande';
      height: 100%;

}

figure{

      margin-bottom: 10px;

} figcaption{

      font-size: 14px;

}

/* hiding wikiUI*/ .firstHeading {

display:none;

}

content{

background-color: #f5e4b4;
background-image: linear-gradient(#f5e4b4,#eace7f);
border-style:none;
margin:0;
padding-top:0px;
padding-bottom:15px;
padding-right:0px;
padding-left:0px;
min-height:600px;

}

globalWrapper{

font-size:100%;

}

contentSub{

display:none;

}

column-one{

display:none;

}

footer{

display:none;

} /*----------*/

header{

       height: 96px;
       width:1000px;
       margin:0 auto;
       margin-top: 10px;
       margin-bottom: 10px;

}

left_header{

height: 96px; width: 96px;

       float:left;

}

homebutton {

       width: 96px;
       height: 96px;
       float: left;

}

homebutton li{

       display: inline;

}

homebutton li a{

       float: left;
       height: 0px;
       width: 96px;
       padding-top: 96px;
       overflow-x: hidden;
       overflow-y: hidden;
       background-image: url(http://openwetware.org/images/0/02/Homebutton.png);
       background-repeat: no-repeat;

}

homebutton #stamp a{ background-position: 0 -96px; }
homebutton #stamp a:hover{ background-position: 0 0; }
homebutton.home #stamp a{ background-position: 0 0; }

globalnav {

height: 96px; width: 808px;

       float:left;

}

globalnav li{

display: inline; }

globalnav li a{

float: left; height: 0pt; padding-top: 96px; overflow-x: hidden; overflow-y: hidden; background-image: url(http://openwetware.org/images/e/e8/Uiparts_navigation-01.jpg); background-repeat: no-repeat; }

globalnav #gn-home a{ width: 55px; }
globalnav #gn-intro a{ width: 122px; }
globalnav #gn-design a{ width: 84px; }
globalnav #gn-simu a{ width: 118px; }
globalnav #gn-xp a{ width: 114px; }
globalnav #gn-protocol a{ width: 92px; }
globalnav #gn-dis a{ width: 112px; }
globalnav #gn-team a{ width: 78px; }
globalnav #gn-end a{ width: 71px; }

globalnav #gn-home a { background-position: 0 0; }
globalnav #gn-intro a { background-position: -55px 0; }
globalnav #gn-design a { background-position: -177px 0; }
globalnav #gn-simu a { background-position: -261px 0; }
globalnav #gn-xp a { background-position: -379px 0; }
globalnav #gn-protocol a { background-position: -493px 0; }
globalnav #gn-dis a { background-position: -585px 0; }
globalnav #gn-team a { background-position: -697px 0; }
globalnav #gn-end a { background-position: -775px 0; }

globalnav #gn-home a:hover { background-position: 0 -96px; }
globalnav #gn-intro a:hover { background-position: -55px -96px; }
globalnav #gn-design a:hover { background-position: -177px -96px; }
globalnav #gn-simu a:hover { background-position: -261px -96px; }
globalnav #gn-xp a:hover { background-position: -379px -96px; }
globalnav #gn-protocol a:hover { background-position: -493px -96px; }
globalnav #gn-dis a:hover { background-position: -585px -96px; }
globalnav #gn-team a:hover { background-position: -697px -96px; }

globalnav #gn-home a:active { background-position: 0 -192px; }
globalnav #gn-intro a:active { background-position: -55px -192px; }
globalnav #gn-design a:active { background-position: -177px -192px; }
globalnav #gn-simu a:active { background-position: -261px -192px; }
globalnav #gn-xp a:active { background-position: -379px -192px; }
globalnav #gn-protocol a:active { background-position: -493px -192px; }
globalnav #gn-dis a:active { background-position: -585px -192px; }
globalnav #gn-team a:active { background-position: -697px -192px; }

globalnav.home #gn-home a { background-position: 0 -288px; }
globalnav.intro #gn-intro a { background-position: -55px -288px; }
globalnav.design #gn-design a { background-position: -177px -288px; }
globalnav.simu #gn-simu a { background-position: -261px -288px; }
globalnav.xp #gn-xp a { background-position: -379px -288px; }
globalnav.protocol #gn-protocol a { background-position: -493px -288px; }
globalnav.dis #gn-dis a { background-position: -585px -288px; }
globalnav.team #gn-team a { background-position: -697px -288px; }

wikiwrapper{

       width: 980px;
       background-color: #fffcf5;

}

mainvisual{

       width: 980px;
       margin-left: auto;
       margin-right: auto;
       text-align: center;

}

main{

       width: 980px;
       min-height: 600px;
       background-color: #fffcf5;
       padding-right: 15px;
       padding-left: 15px;
       padding-bottom: 150px;
       margin-right: auto;

margin-left: auto;

       text-align: justify;
       font-size: 110%;

}

p{

       text-indent:1em;

}

/*テーブルの色づけ*/

table.table tr:nth-child(odd) {

 /* 奇数行の背景色を設定します。 */
 background-color: #ecf6fb;

} table.table tr:nth-child(even) {

 /* 偶数行の背景色を設定します。 */
 background-color: #ffffff;

}

.overline{

       text-decolation: overline;
      }

/*simulationページの段組みコンテナ*/

container {

      width: 100%;
      height: auto;    
      height: 100%;
      min-height: 100%;

}

div.blockleft{

      float: left;
      width: 625px;
      height: 475px;

} div.blockright{

      float:right;
      width: 355px;
      height: 490px;

div.blockleft2{

      float: left;
      width: 450px;
      height: 475px;

} div.blockright2{

      float:right;
      width: 450px;
      height: 475px;

} div.block{

      width:980px;
      height: 475px;
      margin-bottom: 20px;

}

p.textbox{

      padding:20px;

}

div.blockright span{

      vertical-align: middle;

}

new_footer{

       margin-top:30px;

padding-top:15px; width:100%; height:100px; background-color:#5b2d01; color:#fff;

       font-size: 125%;
       position: absolute;
       bottom: 0;
       display: inline;

}

.lefttext{

       height:auto;
       width:30%;
       padding-left:20%;
       float:left;

}

.rightimg{

       height:auto;
       width:30%;
       padding-left:20%;

}

</style> </head> </html> <html> <head> <title></title> </head>

<body>

<a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/temp/0821">Home</a>
<a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/temp/0821/Introduction">Introduction</a>
<a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/temp/0821/Design">Design</a>
<a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/temp/0821/Simulation">Simulation</a>
<a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/temp/0821/Experiment">Experiment</a>
<a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/temp/0821/Protocol">Protocol</a>
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<a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/temp/0821/Team">Team</a>

Simulation

Simulation (wiki) ※酵素使用システム

1.purpose

Our system (with enzymes) outputs ssDNA with time interval and in turns. To examine whether the behavior is properly, we checked the change of concentration of two output DNA by numerical simulation.

2. Method

Our system is described by differential equations obtained from chemical reaction formulas. We solved them by using numerical software (Scilab).

3.condition

Condition of simulating is as follows.

Input DNA concentration:	10nM
Template1 concentration:	10nM
Template2 concentration:	10nM
Liposome1 concentration:	10nM
Liposome2 concentration:	10nM
Gate concentration:	10nM
Gate concentration:	10nM
Simulation time:	100[sec]

Value of chemical parameters are as follows.
Hybridization:kh=5.0*10^6
Denaturation:kd=1.0*10^3
Branch migration:kb=1.0*10^-1
Polymerase:kp:=17
Nickase:kn=3.0
Restriction enzyme:kr=3.0

Only Parameter of Reaction of gate and keyDNA is 1.0×10^6 because the toehold is short.

Results

Results of simulation are shown in fig.3-1 赤：出力リポソーム1 青：出力リポソーム2 緑：テンプレート1 水：テンプレート2

結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく

詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード

</body> </html>

Biomod/2014/Sendai/temp/0821/Simulation

Simulation

1.purpose

2. Method

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