Biomod/2012/TeamSendaiA/Results & Discussion

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<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml"> <head> <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;charset=utf-8" /> <title>Team Sendai Top</title> <style type="text/css">

a {color: #017acd}

/* コンテナ */ div#Container {width: 800px; margin-left: auto; margin-right: auto}

/* ヘッダー */ div#Header {background-color: #ffffff; padding: 28px 20px 28px}

div#Header h1 {color: #006600; 

                font-size: 2.00em;
                text-align: center;
                margin: 0}

div#Header p {color: #006600; font-size: 1.25em; 

       text-align: center;

margin: 0}

/* トップメニュー */ ul#Topmenu {font-size: 1.00em; margin-top: 0; margin-bottom: 30px; margin-left: 0; padding-left: 0; height: 30px; background-color: #006600}

ul#Topmenu li {list-style-type: none; float: left; display:block;}

ul#Topmenu li a {display: block; width: 112px; line-height: 30px; text-decoration: none; text-align: center; color: #ffffff; background-color: #006600; border-right: solid 1px #ffffff}

ul#Topmenu li a:hover {background-color: #009900}

/* フッターメニュー */ ul#Menu2 {font-size: 1.00em; margin-top: 30px; margin-bottom: 2px; margin-left: 0; padding-left: 0; height: 30px; background-color: #006600}

ul#Menu2 li {list-style-type: none; float: left; display:block;}

ul#Menu2 li a {display: block; width: 112px; line-height: 30px; text-decoration: none; text-align: center; color: #ffffff; background-color: #006600; border-right: solid 1px #ffffff}

ul#Menu2 li a:hover {background-color: #009900}

/*目次*/ div#mokuji {width: 800px; margin-left: auto; margin-right: auto; background-color: #f5f5dc}

div#mokuji h2 { background-color: # f5f5dc; font-size: 1.50em; color: #000000; line-height: 45px; padding-left: 12px; margin-bottom: 0}

/* コンテンツ */ div#Content {width: 800px; margin-left: auto; margin-right: auto}

div#Content h2 { background-color: # f5f5dc; font-size: 1.50em; color: #000000; line-height: 10px; padding-left: 12px; margin-top: 20px; margin-bottom: 0; clear: both}

div#Content h3 {background-color: #66ff00; font-size: 1.50em; line-height: 22px; padding-left: 12px; margin-top: 30px; margin-bottom: 0; clear: both}

div#Content p {font-size: 1.50em; line-height: 1.6; margin-top: 10px; margin-left: 12px; margin-right: 12px}

div#Content img {float: right; margin-left: 15px; margin-bottom: 15px}

div#Content p#summary {margin-top: 10px; margin-bottom: 30px; width: 420px}

table {font-size: 1em; margin-bottom: 20px; width: 280px; float: right}

th, td {padding: 5px}

th {width: 10px; text-align: center; vertical-align: middle; background-color: #c0c0c0}

td {text-align: center; background-color #ffffcc}

div#Content p#message {margin-top: 0}


/* フッター */ div#Footer {color: #ffffff; background-color: #006600; margin-top: 0.00px; padding-top: 8px; padding-bottom: 8px}

address {font-size: 0.75em; font-style: normal; text-align: center}

</style> </head> <body>

<!—トップメニュー -->


Contents

  1. <a href="#Plan">Experiment Plan</a>
  2. <a href="#Selector">Selector</a>
    1. <a href="#SelectorDesign">Single stranded DNA sequenses</a>
    2. <a href="#SelectorElectrophoresis">Electrophoresis</a>
  3. <a href="#Gate">Gate</a>
    1. <a href="#GateDesign">caDNAno</a>
    2. <a href="#GateElectrophoresis">Electrophoresis</a>
    3. <a href="#GateAFMimage">AFM image</a>
  4. <a href="#Membrane">Membrane</a>

タイトルをもっとわかりやすいように装飾したい

<a name="Plan"></a>

Experiment Plan

  We divide our project into three; Selector, Gate, and Membrane. Experiments about the three are carried out individually.（ここはなくてもいいかも（Projectページと被る））











<a name="SelectorElectrophoresis"></a>

Electrophoresis

Condition
constant voltage: 50V
temperature: 4℃(in refrigerater)
time: 2 hours
SYBR Gold as a stain for 10 minutes
1X TAE added to Mg2+ as a buffer
1 Target
2 Selector1
3 Selector2
4 Selector3
5 Target + Selector1
6 (Target + Selector1)+Selector2
7 (Target + Selector1)
+
Selector2 + Selector3
8 Target + Selector2
9 Target + Selector3
10 Marker

<img src="http://openwetware.org/images/a/a9/Format_9-4_erectrophoresis_new.jpg" alt="selecotor electorophoresis" width="483" height="427"/>

セレクタに希望通りの機能を持たせることができているのか電気泳動で調べた。レーン１から４は比較のためにターゲットとセレクタ１から3を流した。また、レーン８と９はターゲットとセレクター２，３の混合溶液をそれぞれ混ぜたものである。このレーンのバンと同じ高さに現れたバンドはそれぞれのセレクタとターゲットの混合物であるということができる。
レーン5はターゲットとセレクタ１を混ぜたものである（放置時間１h?）。薄いが、セレクタ１の上にバンドが見える。これをターゲットとセレクタ１がハイブリしたものと判断した。
レーン６はターゲットとセレクター１を混ぜ、放置したあと、セレクター２を混ぜたものである。セレクター１とターゲットの重合体のバンドは消え去り、代わりに、セレクター２のバンドよりも高い位置に新たなバンドができたことがわかる。このバンドがレーン８のターゲットとセレクタ２の重合体と同じ高さにあることから、セレクター１からセレクター２へのターゲットの移動は成功していると考えられる。
レーン７はターゲットとセレクター１を混ぜ、放置したあと、セレクター２と３を混ぜたものである。ターゲットとセレクター２、ターゲットとセレクター３の重合体が出来ていることがわかる。このことから、セレクター１からセレクター２、さらにセレクター３への移動は成功していると考えられる。
以上のことから、我々の考えたセレクターの動作原理、ターゲット分子の送り出しは機能するものと判断した。


<a name="Gate"></a>

Gate

<a name="GateDesign"></a>

caDNAno

caDNAnoの画像と配列、アニーリング時間など。

<a name="GateElectrophoresis"></a>

Electrophoresis

電気泳動の画像をください。

<a name="GateAFMimage"></a>

AFM image

AFMの画像をください。












<a name="Membrane"></a>

Membrane

何を載せるか悩みどころ。 どういう実験を行ったか ①liposomeにDNA構造体が刺さるかを検証した 方法：脂質の組成_DOPC:...... liposome内部はLucifer yellow(3-dihydro-1,3-dioxo-1H-benz(de)isoquinoline-5,8- disulfonate dilithium 6-amino-2-((hydrazinocarbonyl)amino)-2) DNAをヘキスト染色 穴が開いていればLYが外に漏れだすはず ポジコンの実験プロトコルも書く ネガコンの写真 ポジコンの写真 筒で穴開いた写真










<!—フッターメニュー -->

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