Berk2006-Sequences
Return to main page
Sequence files in ApE format
download ApE
File:PAC997.str
File:PSB1A2.str
File:PSB1A3.str
File:PSB1AK3.str
#F54D70 #5DFC0A #48D1CC #FF5333 #CC00FF #EEC900
<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:st1="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head> <meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=windows-1252"> <meta name=ProgId content=Word.Document> <meta name=Generator content="Microsoft Word 10"> <meta name=Originator content="Microsoft Word 10"> <link rel=File-List href="trashyhtml_files/filelist.xml"> <title> </title> <o:SmartTagType namespaceuri="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags"
name="time"/>
<style> </style> </head>
<body lang=EN-US link=blue vlink=purple style='tab-interval:.5in'>
To Do<o:p></o:p>
Ogel MC600u x M1/P1 (2 clones), pBACr-90* x MG984, pMF19, MG1655 x MC600u/P1 (2 clones plus dust?)<o:p></o:p>
<o:p> </o:p>
Comp MGu x UG874<o:p></o:p>
<o:p> </o:p>
sub pSB3C6-Bca1020 (for r0040)<o:p></o:p>
Sub pMP908<o:p></o:p>
<o:p> </o:p>
Sub new locks<o:p></o:p>
Sub new promoter J23119<o:p></o:p>
<o:p> </o:p>
Grow to assay J23066, x locks (<st1:time Minute="30" Hour="17">5:30</st1:time>)<o:p></o:p>
Stock, seq 62, M1, UG874<o:p></o:p>
Outgrow UG874 x MC600u<o:p></o:p>
<o:p> </o:p>
Riboregulators<o:p></o:p>
To do: keys that anneal further upstream, repairing the rbs in lock, cytometry on the above.<o:p></o:p>
Make pSB3C6-I13521<o:p></o:p>
<o:p> </o:p>
Conjugation<o:p></o:p>
Screen the trbC mutants by PCR/phenotype, clear pKD46<o:p></o:p>
oriTf mutant x 1064, test phenotype<o:p></o:p>
Rlam traG mutant, screen colonies<o:p></o:p>
trbC/traG complementation plasmids (Pcon-rbs is good, maybe need to reprep)<o:p></o:p>
<o:p> </o:p>
<o:p> </o:p>
<o:p> </o:p>
<o:p> </o:p>
<o:p> </o:p>
LB + 5 mM CaCl2 and 0.2% glucose<o:p></o:p>
LB + 100 mM MgSO4 + 5 mM CaCl2<o:p></o:p>
200 µL 1 M Na-Citrate (pH 5.5)<o:p></o:p>
chloroform<o:p></o:p>
<o:p> </o:p>
Berk prop/email adam<o:p></o:p>
Meet w/ Wendell,Shaffer,other bioE<o:p></o:p>
<o:p> </o:p>
Solid phase on plate<o:p></o:p>
Sequence pCP20, clone it into new pMP plasmid<o:p></o:p>
UCSF Safety<o:p></o:p>
K99<o:p></o:p>
Mouse serum/Balb/c<o:p></o:p>
Venter<o:p></o:p>
<o:p> </o:p>
########### ##########c###############<o:p></o:p>
########### #########################<o:p></o:p>
<o:p> </o:p>
<o:p> </o:p>
Inject BO828/pBACr-CyoWbb / pAC-TetInv / pBR-GFP into tumors, tetR library, fdhF-tetR inverter<o:p></o:p>
<o:p> </o:p>
Email Jamie for protocols<o:p></o:p>
Email Jack about tailvein injections<o:p></o:p>
</body>
</html>
