Apr 26-27,2008 discussion

4月26日小讨论

时间：在迟迟等不到张翼之后，23：00-次日1：00
地点：金光生命科学大楼328
参与：张翼 吕原野 田禾
记录：田禾

主要内容： 1.周舟和黄磊的plasmid应该换一下。周舟的plasmid里面
已经有GAL1 promote，黄磊和我只要设法破坏his3 就可以了。 周舟的actin promoter 可能不work，建议换一个plasmid，所以干脆就对调一下。
2.linker一般用alanine。由于DNA是螺旋结构，18个alanine已经比较长，所以linker的长度（6，12，18）是reasonable的。
3.可以认为设计4～5个GAL4 的突变型，然后分别在GAL4的上游和下游引入lexO，让AID去突变。看看不同情况下的效率。
4.要做一个正常的GAL4加lexO作为control。
5.黄磊的plasmid可以用western blotting检验是否work，不用转进大肠杆菌那么麻烦。
6.第一阶段可以不加brake-plasmid，直接把GAL4和hAID放到一起，看到蓝斑就直接挑出来sequence。
7.关于modelling: modelling会让我们的工作更完整。但酵母里面没有B cell中的cofactor，而且我们用了融合蛋白，是一个新的体系，所以很难预测突变的速率。model应该在我们有实验数据之后再做。我们应该先看到表型变化，然后sequence，分析碱基变化的情况，然后根据已有的数据来指导我们下一步的实验。
8.我们关注的phenotype而不是genotype，所以我们的目的并不是让GAL4突变回野生型，只要有相同的功能就可以。所以计算时不能简单认为就是一个回复的问题。

4月27日QQ讨论

主要内容：
1. 周舟去拿所有的pGREG系列，和那个pActin的实验记录,包括那个PCR的template和primer
2. 吕用pGREG504换pActin promoter，然后往下做
3. 黄磊组用pGREG503做recombination，把lacI(pGEX)做进去rec/his3/rec site
4. 抗性分配：周舟组Leu2，吕组Trp1，黄磊组His3

酵母品系
Y187 MATα, ura3-52, his3-200, ade2-101, trp1-901, leu2-3, 112, gal4Δ, met-, gal80Δ, URA3 : : GAL1UAS-GAL1TATA-lacZ, MEL1
AH109b MATa, trp1-901, leu2-3, 112, ura3-52, his3-200, gal4Δ, gal80Δ, LYS2 : : GAL1UAS-GAL1TATA-HIS3, GAL2UAS-GAL2TATA-ADE2,URA3 : : MEL1UAS-MEL1TATA-lacZ, MEL1

其它：

1.吕原野、周舟在物理楼作实验，黄磊在328。
2.尽快拟定实验室章程，试剂文档要群发；
3.仪器、试剂（PCR、96孔板，LB，YPD，感受态）使用要登记；
4.大家把自己的课表发一下，以后内部邮件文档建议用Google doc；
5.明天晚上讨论欧阳组会内容。