Biomod/2012/TeamSendai/Idea: Difference between revisions

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<a href="http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/Tohoku/Team_Sendai/header">Header</a>


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Revision as of 22:41, 22 October 2012

<html> <head> 

   <title>Team Sendai Top</title>
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       $(function() {
         if ($.browser.msie && $.browser.version.substr(0,1)<7)
         {

$('li').has('ul').mouseover(function(){ $(this).children('ul').show(); }).mouseout(function(){ $(this).children('ul').hide(); }) 

         }
       });        
   </script>

<style>

  1. Container

{ width: 960px; margin: 40px auto; }

/* Main menu */

  1. menu

{ width: 100%; margin: 0; padding: 10px 0 0 0; list-style: none; background: #111; background: -moz-linear-gradient(#444, #111); 

   background: -webkit-gradient(linear,left bottom,left top,color-stop(0, #111),color-stop(1, #444));

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  1. menu li

{ float: left; padding: 0 0 10px 0; position: relative; line-height: 0; }

  1. menu a

{ float: left; height: 25px; padding: 0 25px; color: #999; text-transform: uppercase; font: bold 12px/25px Arial, Helvetica; text-decoration: none; text-shadow: 0 1px 0 #000; }

  1. menu li:hover > a

{ color: #fafafa; }

  • html #menu li a:hover /* IE6 */

{ color: #fafafa; }

  1. menu li:hover > ul

{ display: block; }

/* Sub-menu */

  1. menu ul

{ 

   list-style: none;
   margin: 0;
   padding: 0;    
   display: none;
   position: absolute;
   top: 35px;
   left: 0;
   z-index: 99999;    
   background: #444;
   background: -moz-linear-gradient(#444, #111);
   background: -webkit-gradient(linear,left bottom,left top,color-stop(0, #111),color-stop(1, #444));
   background: -webkit-linear-gradient(#444, #111);    
   background: -o-linear-gradient(#444, #111);	
   background: -ms-linear-gradient(#444, #111);	
   background: linear-gradient(#444, #111);
   -moz-box-shadow: 0 0 2px rgba(255,255,255,.5);
   -webkit-box-shadow: 0 0 2px rgba(255,255,255,.5);
   box-shadow: 0 0 2px rgba(255,255,255,.5);	
   -moz-border-radius: 5px;
   border-radius: 5px;

}

  1. menu ul ul

{ 

 top: 0;
 left: 150px;

}

  1. menu ul li

{ 

   float: none;
   margin: 0;
   padding: 0;
   display: block;  
   -moz-box-shadow: 0 1px 0 #111111, 0 2px 0 #777777;
   -webkit-box-shadow: 0 1px 0 #111111, 0 2px 0 #777777;
   box-shadow: 0 1px 0 #111111, 0 2px 0 #777777;

}

  1. menu ul li:last-child

{ 

   -moz-box-shadow: none;
   -webkit-box-shadow: none;
   box-shadow: none;

}

  1. menu ul a

{ 

   padding: 10px;

height: 10px; width: 130px; height: auto; 

   line-height: 1;
   display: block;
   white-space: nowrap;
   float: none;

text-transform: none; }

  • html #menu ul a /* IE6 */

{ height: 10px; }

  • first-child+html #menu ul a /* IE7 */

{ height: 10px; }

  1. menu ul a:hover

{ 

   background: #0186ba;

background: -moz-linear-gradient(#04acec, #0186ba); background: -webkit-gradient(linear, left top, left bottom, from(#04acec), to(#0186ba)); background: -webkit-linear-gradient(#04acec, #0186ba); background: -o-linear-gradient(#04acec, #0186ba); background: -ms-linear-gradient(#04acec, #0186ba); background: linear-gradient(#04acec, #0186ba); }

  1. menu ul li:first-child > a

{ 

   -moz-border-radius: 5px 5px 0 0;
   border-radius: 5px 5px 0 0;

}

  1. menu ul li:first-child > a:after

{ 

   content: '';
   position: absolute;
   left: 30px;
   top: -8px;
   width: 0;
   height: 0;
   border-left: 5px solid transparent;
   border-right: 5px solid transparent;
   border-bottom: 8px solid #444;

}

  1. menu ul ul li:first-child a:after

{ 

   left: -8px;
   top: 12px;
   width: 0;
   height: 0;
   border-left: 0;	
   border-bottom: 5px solid transparent;
   border-top: 5px solid transparent;
   border-right: 8px solid #444;

}

  1. menu ul li:first-child a:hover:after

{ 

   border-bottom-color: #04acec;

}

  1. menu ul ul li:first-child a:hover:after

{ 

   border-right-color: #04acec; 
   border-bottom-color: transparent;

}


  1. menu ul li:last-child > a

{ 

   -moz-border-radius: 0 0 5px 5px;
   border-radius: 0 0 5px 5px;

}

/* Clear floated elements */

  1. menu:after

{ visibility: hidden; display: block; font-size: 0; content: " "; clear: both; height: 0; }

  • html #menu { zoom: 1; } /* IE6 */
    first-child+html #menu { zoom: 1; } /* IE7 */

</style> </head>

<a href="http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/Tohoku/Team_Sendai/header">Header</a>

<body> <div id="Container">

<!-- Menu --> <ul id="menu"> <li><a href="http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/Tohoku/Team_Sendai ">Top</a></li> <li><a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendai/Idea ">Project</a></li> <li><a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendai/Simulation">Simulation</a> </li> <li><a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendai/Design">Design</a> </li> <li> <a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendai/Experiment ">Experiment</a> <ul> <li><a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendai/Method">Method</a> <ul> <li> <a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendai/Result#Porter">Porter</a> <li> <a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendai/Result#Cylinder">Cylinder</a> </li> <li> <a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendai/Result# Vesicle">Vesicle</a> </li> </ul> </li> <li> <a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendai/Result">Result</a> <ul> <li> <a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendai/Result#Porter">Porter</a> <li> <a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendai/Result#Cylinder">Cylinder</a> </li> <li> <a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendai/Result# Vesicle">Vesicle</a> </li> </ul> </li> </ul> </li> <li> <a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendai/Achievement">Achievement</a> </li> <li> <a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendai/Diary">Diary</a> </li> <li> <a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendai/Team ">Team</a> </li> <li> <a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendai/FAQ">FAQ</a> </li> </ul>

<h1>Goal</h1> <p style="text-align:center;"> <em><strong>"We create a channel made of DNA!" </em></strong> </p> <img src="http://openwetware.org/images/9/9c/Hybri_graph_format_small.jpg" alt="hybrid graph" align="right" width="240px" height="194px" > <p> 私たちはDNAを使ってチャネルを作りたい。</br> 標的分子との結合を考えて、いくつかの一本鎖DNAを進めたい方向に行くほど結合が強くなるように設計することで、物質の移動を行える。この標的分子とのハイブリダイゼーションを使った物質の移動をチャネルの動力に利用できれば、濃度勾配などに依存しない物質の輸送が行える。濃度勾配に頼ると、物質を移動させるのに長い時間がかかっていたり、そもそも移動ができなかったものも、ハイブリダイゼーションを利用した方法ならば、移動を促進したり、濃度勾配だけでは不可能だった移動も可能になる。 </p> <img src="http://openwetware.org/images/9/97/Graph_all.jpg" alt="graph" width="980px" height="231px">


<h1>Problem & Solution</h1> <h2>Problem</h2> <p> 私たちはチャネルの動力だけでなく、物質の通り道となる部分もDNAで作ったTubeにしたい。DNAでチャネルを作るとき、問題が二つある。</br> 一つはDNAが電荷を持つということ。</br> もう一つはどのようにしてDNAの構造体を細胞膜に貫通させるかということである。 </p> <h2>Solution of charges of DNA</h2> <img src="http://openwetware.org/images/f/f0/Format_porter_idea.jpg" alt="porter idea" align="right" width="600px" height="241px"> <p> DNAは負の電荷を持つ。したがって、DNAを使ってチャネルを作ると、ブラウン運動では越えられないクーロン力の壁ができてしまう。この壁を越えるために、私たちはチャネルの入口から一本鎖DNAを長く伸ばすことにした。さらに、こうすることにより、標的分子の濃度が少ない状況での、捕集率の向上が望まれる。 <br clear="right"> </p>

<h2>How to penetrate the tube</h2> <img src="http://openwetware.org/images/0/0b/スクリーンショット_2012-10-15_1.11.35.png" alt="modified tube" align="left"　width="350px" height="217px"> <img src=" http://openwetware.org/images/5/5e/スクリーンショット_2012-10-15_1.22.38.png " alt="modified tube" align="left"　width="350px" height="217px"> <p> Tubeを脂質二重膜に貫通させるために、私たちはコレステロールを修飾したDNAを用いた。このDNAをTubeの側面に取り付けることで、Tubeは脂質膜上に取りつくことができるようになるだろうと考えられる。また、コレステロール修飾したDNAを生やすだけでは、貫通するのか、それとも脂質膜上に浮いた状態になるのかは制御できない。そのため、Tubeの片側にわざとM13を余らせて、脂質膜に近づいたらモーメントを得て、取りつく角度が修正されるように設計してある。</br> </br> </br> 私たちはcylinderとvesicleを混ぜただけではvesicle(脂質)の非特異吸着性によってcylinderがvesicle表面にべたべたと貼りついてしまって刺さらないと考えた。そこで、cylinderにコレステロールを修飾した(図で示す)。これは、コレステロールのカルボキシル基がリン脂質と結合するため、cylinderがvesicle刺さりやすくなると考えたからである。</br> (↑筒チームのアイデア？) <br clear="left"> </p>

<h1>Application in future</h1> <p> あんなことやこんなことに使える。 </p> </div>

</body> </html>

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