Biomod/2012/TeamSendai/Idea: Difference between revisions

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<h1>Project</h1>
<h1>Project</h1>
<p>
<p>
どんな売りを持つチャネルを作りたいのか、そのために何を（DNAを）使って作るのか、その理由は何か。</br>
私たちは人口チャネルを作りたい。
人工チャネルを作ろうとした場合、それは運びたいものを選択的かつ能動的に運べるものであることが望ましい。また、人間の手で形状や機能を自由に変えられるものが望ましい。これら二点を考慮した時に私たちはDNAを用いてチャネルを作るのはどうかと思い立った。DNAオリガミを用いてチャネルを作ればチャネルの形状は私たちの設計によって自在に変えられる。またチャネル内で目的物を輸送する構造もDNAの相補的な配列を持つものと結合するという特性を利用すれば可能なのではないかと考え、その結果私たちはDNAでチャネルを作ることを決めた。実際に人口チャネルを作るにあたって、私たちはリポソームを細胞膜のモデルとして用いることでチャネルの動作確認を行おうと考えた。つまり今回の実験で私たちが目指すゴールは以下のようなものになる。（ここでＤ－Ｈｅａｒｔの画像）。実験はチャネル本体、チャネルの輸送機構、リポソームの3つに分けて進めていく。（3つ統合の画像）
</br>
</br>
</br>
</p>
</p>


<h1>Why do we use DNA?</h1>
<p>
・自然界にあるチャネルは（タンパク質でできていて？）人間の手で作り変えたりして自在に扱うということは難しい。だから、デザインが可能でsiRNAなどの生体分子と相互作用を持つDNAを使って、チャネルを作ることができれば、チャネル設計（？）の幅が広がるというようなことをまとめていただけると…。（タンパク質とDNAの対比表とか対比図があるとわかりやすいかも）
</p>
<h1>How do we penetrate the Gate to membrane?</h1>
<img src=" http://openwetware.org/images/e/e6/Format_gate_no_tukikata_project.jpg " alt="coreste&tutu " align="left" width="450px" height="290px" >
<p>
Lipidと親和性のあるコレステロールを使えばいいということを面白おかしく論理的に説明.
どのように貫通するかなど。</br>
（画像はプレゼン用のを拝借したので修正必要。特にHexagonalとかsmall tube とか。絵自体もまだまだ分かりやすくできそうな気が。数式みたいな絵じゃなく、もっと動きのあるものに（アニメーションにしろというわけではない））
<br clear="left">
</p>
<h1>穴開けただけでチャネル（細胞膜間輸送？）って呼べるの？</h1>
<p>
クーロン力があるから物質だだ漏れにはならない。Gateの内部にDNAの一本鎖並べて、DNAの特異性を利用することで、狙いの分子だけを、一本鎖DNAとの結合エネルギーポテンシャルの坂道に乗せることができる。その一本鎖DNAの列をPoaterと呼ぶことにする。PorterがCellGateのエンジン。みたいなことをうまくまとめる。ここでPorterの説明を終えるつもりで。画像に関してはとりあえず津沢のポテンシャルエネルギーのグラフは必須。
</p>
<h1>クーロン力があるならGateに近づけないんじゃない？</h1>
<p>
Porterの一番目を伸ばせばいいみたいなことをキャッチ―な図とともに。筒井さんのシミュレーション映像を貼る。
</p>


<h1>私たちが実験で目指したもの</h1>
<img src=" http://openwetware.org/images/c/c8/Format_cell_gate.jpg " alt="hybrid graph" align="left" width="465px" height="315px" >
<p>
ここで初めてMembrane登場？　細胞のモデルとして使っただけ？本物の細胞どうして使わなかったのかという疑問が生まれそう。何かいい理由はないものか。画像はプレゼン用のやつそのままなので改善の余地あり
</br>
（仮の文章↓）
</br>
When we wanted to make cell-gate actually, we had thought this following model which is cell-gate on liposome. （ここでＤ－ＨＥＡＲＴの画像ドーン！）
This model enables us to prove the effect of cell-gate. And to make this model, we divided our project into three parts, Gate itself, Porter (which transports the target in the gate), and Liposome (which is the model of cell membrane).
We have been doing experiment them separately or together. And finally, we want to mix them and prove the effect of cell-gate.
</p>


<br clear="left">
<br clear="left">
Line 280: Line 248:
<h1>Application in future</h1>
<h1>Application in future</h1>
<p>
<p>
あんなことやこんなことに使えるというのを図入りで。
最終的には実際に細胞膜に刺して物質の輸送を行うことを目的としている。これが出来れば、医療への応用は勿論の事、細胞内に存在する今までとってくることが難しかったような物質までとってくることが出来るようになるかもしれない。また今回はあくまでモデルとしてリポソームを用いたが、リポソームに刺さったチャネルを一つのロボットとしてみなせば、体内でのお掃除ロボットもしくは薬の散布ロボットのような使い道も考えられる。（将来像の画像あってもいいかも）
 
</p>
</p>
</div>
</div>

Revision as of 23:21, 24 October 2012

<html> <head> 

   <title>Team Sendai Top</title>
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         }
       });        
   </script>

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  1. Container

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/* Main menu */

  1. menu

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  1. menu li

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  1. menu a

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  1. menu li:hover > a

{ color: #fafafa; }

  • html #menu li a:hover /* IE6 */

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  1. menu li:hover > ul

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/* Sub-menu */

  1. menu ul

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  1. menu ul ul

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 top: 0;
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  1. menu ul li

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  1. menu ul li:last-child

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  1. menu ul a

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  • html #menu ul a /* IE6 */

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  1. menu ul a:hover

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  1. menu ul li:first-child > a

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  1. menu ul li:first-child > a:after

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  1. menu ul ul li:first-child a:after

{ 

   left: -8px;
   top: 12px;
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  1. menu ul li:first-child a:hover:after

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  1. menu ul ul li:first-child a:hover:after

{ 

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   border-bottom-color: transparent;

}


  1. menu ul li:last-child > a

{ 

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   border-radius: 0 0 5px 5px;

}

/* Clear floated elements */

  1. menu:after

{ visibility: hidden; display: block; font-size: 0; content: " "; clear: both; height: 0; }

  • html #menu { zoom: 1; } /* IE6 */
    first-child+html #menu { zoom: 1; } /* IE7 */

/* 目次 */ div#mokuji {width: 960px; margin-left: auto; margin-right: auto; background-color: #f5f5dc}

div#mokuji h2 { background-color: # f5f5dc; font-size: 1.50em; color: #000000; line-height: 45px; padding-left: 12px; margin-bottom: 0}

div#mokuji h3 {border-bottom:solid 3px #66aa66; font-size: 1.50em; line-height: 22px; padding-left: 12px; margin-top: 30px; margin-bottom: 0; clear: both}


ol#mokuji {font-size: 1.00em; margin-left: 0; padding-left: 0}


/*文字の設定*/ h1{ font-family: 'Times New Roman', 'Times', serif; font-size: 2.00em; letter-spacing: 2px; padding-left:10px; margin: 0px; }


h2{ font-family: 'Times New Roman', 'Times', serif; 

     	font-size:1.8em;

border-left: 10px solid #000066; 

         	border-bottom:solid 1px #000099;/*文字の下に線を入れる設定*/
         	width:900px;

padding-left: 5px; color:#333333; margin-top: 15px; margin-bottom: 5px; }

h3{ font-family: 'Times New Roman', 'Times', serif; 

     font-size:1.60em;
       color:# 333333;

}

p{ 

   	font-family: 'Times New Roman', 'Times', serif  	font-size:1.40em;/*全体の文字サイズ*/

line-height:150%;/*全体で使う、文字と文字の行間*/ 

         	margin-left:5px;

}

p img{ 

    	float:left;
        	margin-top:5px;  /*写真の左にスペースを空ける*/

margin-left:5px; /*写真の左にスペースを空ける*/ margin-right:10px; /:写真と文字の間隔*/ }


h5{ 

     font-size:1.60em;

border: solid 1px #111111; 

       color:#ffffff;

background-color:#FFA500; line-height: 30px; padding-left:10px; margin-top: 10px; margin-bottom: 1px; }

h6{ 

     font-size:120%;

border: solid 1px #111111; 

       color:#ffffff;

background-color:#006400; line-height: 30px; padding-left:10px; margin-top: 10px; margin-bottom: 1px; }

  1. red{
     font-size:120%;

border: solid 1px #111111; 

       color:#ffffff;

background-color:#DC143C; line-height: 40px; padding-left:10px; margin-top: 10px; margin-bottom: 1px; }

  1. blue{
     font-size:120%;

border: solid 1px #111111; 

       color:#ffffff;

background-color:#191970; line-height: 40px; padding-left:10px; margin-top: 10px; margin-bottom: 1px; }

  1. pop {

width: 50%; margin: 0px; float: left; }

  1. pop h2 {

width: 90%; margin: 0px; float: left; }

  1. pop p {

width: 90%; margin: 0px; float: left; }


/*topに戻る*/

  1. ttop {position:fixed;bottom:140px;left:auto;margin:0 0 0 960px; /* マージン：上 右 下 左 */width:41px;height:390px;background:url(http://openwetware.org/images/e/ed/Cellgate.gif) no-repeat left bottom;}/* IE6以下用 */* html #ttop {margin:0 0 -390px 0;position:relative;bottom:490px; /* 上で設定した ttopの高さ390px＋下100px */left:960px;}#ttop:hover {background:url(http://openwetware.org/images/a/a7/029.png) no-repeat left bottom;/* 画像の高さによって適当に調整 */}a.page_top {display:block;width:41px;height:390px;}


</style> </head>


<body> <div id="Container"> <!-- Menu --> <ul id="menu"> <li><a href="http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/Tohoku/Team_Sendai ">Home</a></li> <li><a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendai/Idea ">Project</a></li> <li><a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendai/Design">Design</a> </li> <li><a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendai/Simulation">Simulation</a> </li> <li> <a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendai/Experiment ">Experiment</a> </li> <li> <a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendai/Future Application">Future Application</a> </li> <li> <a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendai/Diary">Diary</a> </li> <li> <a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendai/Team ">Team</a> </li> <li> <a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/Tohoku/Team Sendai/header"></a> </li>

</ul>

<div id="ttop"> <a href="#top" class="page_top" onfocus="this.blur();" onclick="scrollTo(0,0); return false;" title="Top"></a></div>

</body> </div> </html>

<html> <head> 

   <title>Team Sendai Top</title>
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   <script type="text/javascript">
       $(function() {
         if ($.browser.msie && $.browser.version.substr(0,1)<7)
         {

$('li').has('ul').mouseover(function(){ $(this).children('ul').show(); }).mouseout(function(){ $(this).children('ul').hide(); }) 

         }
       });        
   </script>

<style>

  1. Container

{ width: 960px; margin: 40px auto; }

/* Main menu */

  1. menu

{ width: 100%; margin: 0; padding: 10px 0 0 0; list-style: none; background: #111; background: -moz-linear-gradient(#444, #111); 

   background: -webkit-gradient(linear,left bottom,left top,color-stop(0, #111),color-stop(1, #444));

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  1. menu li

{ float: left; padding: 0 0 10px 0; position: relative; line-height: 0; }

  1. menu a

{ float: left; height: 25px; padding: 0 25px; color: #999; text-transform: uppercase; font: bold 12px/25px Arial, Helvetica; text-decoration: none; text-shadow: 0 1px 0 #000; }

  1. menu li:hover > a

{ color: #fafafa; }

  • html #menu li a:hover /* IE6 */

{ color: #fafafa; }

  1. menu li:hover > ul

{ display: block; }

/* Sub-menu */

  1. menu ul

{ 

   list-style: none;
   margin: 0;
   padding: 0;    
   display: none;
   position: absolute;
   top: 35px;
   left: 0;
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   border-radius: 5px;

}

  1. menu ul ul

{ 

 top: 0;
 left: 150px;

}

  1. menu ul li

{ 

   float: none;
   margin: 0;
   padding: 0;
   display: block;  
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   -webkit-box-shadow: 0 1px 0 #111111, 0 2px 0 #777777;
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  1. menu ul li:last-child

{ 

   -moz-box-shadow: none;
   -webkit-box-shadow: none;
   box-shadow: none;

}

  1. menu ul a

{ 

   padding: 10px;

height: 10px; width: 130px; height: auto; 

   line-height: 1;
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   white-space: nowrap;
   float: none;

text-transform: none; }

  • html #menu ul a /* IE6 */

{ height: 10px; }

  • first-child+html #menu ul a /* IE7 */

{ height: 10px; }

  1. menu ul a:hover

{ 

   background: #0186ba;

background: -moz-linear-gradient(#04acec, #0186ba); background: -webkit-gradient(linear, left top, left bottom, from(#04acec), to(#0186ba)); background: -webkit-linear-gradient(#04acec, #0186ba); background: -o-linear-gradient(#04acec, #0186ba); background: -ms-linear-gradient(#04acec, #0186ba); background: linear-gradient(#04acec, #0186ba); }

  1. menu ul li:first-child > a

{ 

   -moz-border-radius: 5px 5px 0 0;
   border-radius: 5px 5px 0 0;

}

  1. menu ul li:first-child > a:after

{ 

   content: '';
   position: absolute;
   left: 30px;
   top: -8px;
   width: 0;
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  1. menu ul ul li:first-child a:after

{ 

   left: -8px;
   top: 12px;
   width: 0;
   height: 0;
   border-left: 0;	
   border-bottom: 5px solid transparent;
   border-top: 5px solid transparent;
   border-right: 8px solid #444;

}

  1. menu ul li:first-child a:hover:after

{ 

   border-bottom-color: #04acec;

}

  1. menu ul ul li:first-child a:hover:after

{ 

   border-right-color: #04acec; 
   border-bottom-color: transparent;

}


  1. menu ul li:last-child > a

{ 

   -moz-border-radius: 0 0 5px 5px;
   border-radius: 0 0 5px 5px;

}

/* Clear floated elements */

  1. menu:after

{ visibility: hidden; display: block; font-size: 0; content: " "; clear: both; height: 0; }

  • html #menu { zoom: 1; } /* IE6 */
    first-child+html #menu { zoom: 1; } /* IE7 */

</style> </head>

<body> <div id="Container">

<h1>Project</h1> <p> 私たちは人口チャネルを作りたい。 人工チャネルを作ろうとした場合、それは運びたいものを選択的かつ能動的に運べるものであることが望ましい。また、人間の手で形状や機能を自由に変えられるものが望ましい。これら二点を考慮した時に私たちはDNAを用いてチャネルを作るのはどうかと思い立った。DNAオリガミを用いてチャネルを作ればチャネルの形状は私たちの設計によって自在に変えられる。またチャネル内で目的物を輸送する構造もDNAの相補的な配列を持つものと結合するという特性を利用すれば可能なのではないかと考え、その結果私たちはDNAでチャネルを作ることを決めた。実際に人口チャネルを作るにあたって、私たちはリポソームを細胞膜のモデルとして用いることでチャネルの動作確認を行おうと考えた。つまり今回の実験で私たちが目指すゴールは以下のようなものになる。（ここでＤ－Ｈｅａｒｔの画像）。実験はチャネル本体、チャネルの輸送機構、リポソームの3つに分けて進めていく。（3つ統合の画像） </br> </br> </p>


<br clear="left"> </p>

<h1>Application in future</h1> <p> 最終的には実際に細胞膜に刺して物質の輸送を行うことを目的としている。これが出来れば、医療への応用は勿論の事、細胞内に存在する今までとってくることが難しかったような物質までとってくることが出来るようになるかもしれない。また今回はあくまでモデルとしてリポソームを用いたが、リポソームに刺さったチャネルを一つのロボットとしてみなせば、体内でのお掃除ロボットもしくは薬の散布ロボットのような使い道も考えられる。（将来像の画像あってもいいかも）

</p> </div>

</body> </html>

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