Biomod/2012/TeamSendai/Simulation

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Revision as of 07:20, 24 October 2012 by Kazuki Hirahara (talk | contribs)
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<html> <head> 

   <title>Team Sendai Top</title>
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       $(function() {
         if ($.browser.msie && $.browser.version.substr(0,1)<7)
         {

$('li').has('ul').mouseover(function(){ $(this).children('ul').show(); }).mouseout(function(){ $(this).children('ul').hide(); }) 

         }
       });        
   </script>

<style>

body{ background-image:url(http://openwetware.org/images/7/78/Office.png); /*壁色と壁紙設定*/ background-repeat:repeat;/*繰り返さない場合はno-repeatに変更*/ font:"メイリオ", "ＭＳ Ｐゴシック", Osaka, "ヒラギノ角ゴ Pro W3"; color: #333333; margin:0px; padding:0px; }

  1. Container

{ Background-image: url(http://openwetware.org/images/6/62/Wall4.png); width: 960px; margin: auto; }

/* Main menu */

  1. menu

{ width: 100%; margin: 0; padding: 10px 0 0 0; list-style: none; background: #111; background: -moz-linear-gradient(#444, #111); 

   background: -webkit-gradient(linear,left bottom,left top,color-stop(0, #111),color-stop(1, #444));

background: -webkit-linear-gradient(#444, #111); background: -o-linear-gradient(#444, #111); background: -ms-linear-gradient(#444, #111); background: linear-gradient(#444, #111); -moz-border-radius: 50px; border-radius: 50px; -moz-box-shadow: 0 2px 1px #9c9c9c; -webkit-box-shadow: 0 2px 1px #9c9c9c; box-shadow: 0 2px 1px #9c9c9c; }

  1. menu li

{ float: left; padding: 0 0 10px 0; position: relative; line-height: 0; }

  1. menu a

{ float: left; height: 25px; padding: 0 25px; color: #999; text-transform: uppercase; font: bold 12px/25px Arial, Helvetica; text-decoration: none; text-shadow: 0 1px 0 #000; }

  1. menu li:hover > a

{ color: #fafafa; }

  • html #menu li a:hover /* IE6 */

{ color: #fafafa; }

  1. menu li:hover > ul

{ display: block; }

/* Sub-menu */

  1. menu ul

{ 

   list-style: none;
   margin: 0;
   padding: 0;    
   display: none;
   position: absolute;
   top: 35px;
   left: 0;
   z-index: 99999;    
   background: #444;
   background: -moz-linear-gradient(#444, #111);
   background: -webkit-gradient(linear,left bottom,left top,color-stop(0, #111),color-stop(1, #444));
   background: -webkit-linear-gradient(#444, #111);    
   background: -o-linear-gradient(#444, #111);	
   background: -ms-linear-gradient(#444, #111);	
   background: linear-gradient(#444, #111);
   -moz-box-shadow: 0 0 2px rgba(255,255,255,.5);
   -webkit-box-shadow: 0 0 2px rgba(255,255,255,.5);
   box-shadow: 0 0 2px rgba(255,255,255,.5);	
   -moz-border-radius: 5px;
   border-radius: 5px;

}

  1. menu ul ul

{ 

 top: 0;
 left: 150px;

}

  1. menu ul li

{ 

   float: none;
   margin: 0;
   padding: 0;
   display: block;  
   -moz-box-shadow: 0 1px 0 #111111, 0 2px 0 #777777;
   -webkit-box-shadow: 0 1px 0 #111111, 0 2px 0 #777777;
   box-shadow: 0 1px 0 #111111, 0 2px 0 #777777;

}

  1. menu ul li:last-child

{ 

   -moz-box-shadow: none;
   -webkit-box-shadow: none;
   box-shadow: none;

}

  1. menu ul a

{ 

   padding: 10px;

height: 10px; width: 130px; height: auto; 

   line-height: 1;
   display: block;
   white-space: nowrap;
   float: none;

text-transform: none; }

  • html #menu ul a /* IE6 */

{ height: 10px; }

  • first-child+html #menu ul a /* IE7 */

{ height: 10px; }

  1. menu ul a:hover

{ 

   background: #0186ba;

background: -moz-linear-gradient(#04acec, #0186ba); background: -webkit-gradient(linear, left top, left bottom, from(#04acec), to(#0186ba)); background: -webkit-linear-gradient(#04acec, #0186ba); background: -o-linear-gradient(#04acec, #0186ba); background: -ms-linear-gradient(#04acec, #0186ba); background: linear-gradient(#04acec, #0186ba); }

  1. menu ul li:first-child > a

{ 

   -moz-border-radius: 5px 5px 0 0;
   border-radius: 5px 5px 0 0;

}

  1. menu ul li:first-child > a:after

{ 

   content: '';
   position: absolute;
   left: 30px;
   top: -8px;
   width: 0;
   height: 0;
   border-left: 5px solid transparent;
   border-right: 5px solid transparent;
   border-bottom: 8px solid #444;

}

  1. menu ul ul li:first-child a:after

{ 

   left: -8px;
   top: 12px;
   width: 0;
   height: 0;
   border-left: 0;	
   border-bottom: 5px solid transparent;
   border-top: 5px solid transparent;
   border-right: 8px solid #444;

}

  1. menu ul li:first-child a:hover:after

{ 

   border-bottom-color: #04acec;

}

  1. menu ul ul li:first-child a:hover:after

{ 

   border-right-color: #04acec; 
   border-bottom-color: transparent;

}


  1. menu ul li:last-child > a

{ 

   -moz-border-radius: 0 0 5px 5px;
   border-radius: 0 0 5px 5px;

}

/* Clear floated elements */

  1. menu:after

{ visibility: hidden; display: block; font-size: 0; content: " "; clear: both; height: 0; }

  • html #menu { zoom: 1; } /* IE6 */
    first-child+html #menu { zoom: 1; } /* IE7 */

/* 目次 */ div#mokuji {width: 960px; margin-left: auto; margin-right: auto; background-color: #f5f5dc}

div#mokuji h2 { background-color: # f5f5dc; font-size: 1.50em; color: #000000; line-height: 45px; padding-left: 12px; margin-bottom: 0}

div#mokuji h3 {border-bottom:solid 3px #66aa66; font-size: 1.50em; line-height: 22px; padding-left: 12px; margin-top: 30px; margin-bottom: 0; clear: both}


ol#mokuji {font-size: 1.00em; margin-left: 0; padding-left: 0}


/*文字の設定*/ h1{ font-family: 'Times New Roman', 'Times', serif; font-size: 2.00em; letter-spacing: 2px; padding-left:10px; margin: 0px; }


h2{ font-family: 'Times New Roman', 'Times', serif; 

     	font-size:1.8em;

border-left: 10px solid #000066; 

         	border-bottom:solid 1px #000099;/*文字の下に線を入れる設定*/
         	width:900px;

padding-left: 5px; color:#333333; margin-top: 15px; margin-bottom: 5px; }

h3{ font-family: 'Times New Roman', 'Times', serif; 

     font-size:1.60em;
       color:# 333333;

}

p{ 

   	font-family: 'Times New Roman', 'Times', serif  	font-size:1.40em;/*全体の文字サイズ*/

line-height:150%;/*全体で使う、文字と文字の行間*/ 

         	margin-left:5px;

}

p img{ 

    	float:left;
        	margin-top:5px;  /*写真の左にスペースを空ける*/

margin-left:5px; /*写真の左にスペースを空ける*/ margin-right:10px; /:写真と文字の間隔*/ }


h5{ 

     font-size:1.60em;

border: solid 1px #111111; 

       color:#ffffff;

background-color:#FFA500; line-height: 30px; padding-left:10px; margin-top: 10px; margin-bottom: 1px; }

h6{ 

     font-size:120%;

border: solid 1px #111111; 

       color:#ffffff;

background-color:#006400; line-height: 30px; padding-left:10px; margin-top: 10px; margin-bottom: 1px; }

  1. red{
     font-size:120%;

border: solid 1px #111111; 

       color:#ffffff;

background-color:#DC143C; line-height: 40px; padding-left:10px; margin-top: 10px; margin-bottom: 1px; }

  1. blue{
     font-size:120%;

border: solid 1px #111111; 

       color:#ffffff;

background-color:#191970; line-height: 40px; padding-left:10px; margin-top: 10px; margin-bottom: 1px; }

  1. pop {

width: 50%; margin: 0px; float: left; }

  1. pop h2 {

width: 90%; margin: 0px; float: left; }

  1. pop p {

width: 90%; margin: 0px; float: left; }


/*topに戻る*/

  1. ttop {position:fixed;bottom:140px;left:auto;margin:0 0 0 960px; /* マージン：上 右 下 左 */width:41px;height:390px;background:url(http://openwetware.org/images/e/ed/Cellgate.gif) no-repeat left bottom;}/* IE6以下用 */* html #ttop {margin:0 0 -390px 0;position:relative;bottom:490px; /* 上で設定した ttopの高さ390px＋下100px */left:960px;}#ttop:hover {background:url(http://openwetware.org/images/a/a7/029.png) no-repeat left bottom;/* 画像の高さによって適当に調整 */}a.page_top {display:block;width:41px;height:390px;}


</style> </head>


<body> <div id="Container"> <!-- Menu --> <ul id="menu"> <li><a href="http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/Tohoku/Team_Sendai ">Home</a></li> <li><a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendai/Idea ">Project</a></li> <li><a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendai/Design">Design</a> </li> <li><a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendai/Simulation">Simulation</a> </li> <li> <a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendai/Experiment ">Experiment</a> </li> <li> <a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendai/Future Application">Future Application</a> </li> <li> <a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendai/Diary">Diary</a> </li> <li> <a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendai/Team ">Team</a> </li> <li> <a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/Tohoku/Team Sendai/header"></a> </li>

</ul>

<div id="ttop"> <a href="#top" class="page_top" onfocus="this.blur();" onclick="scrollTo(0,0); return false;" title="Top"></a></div>

</body> </div> </html>

<html> <head> 

   <title>Team Sendai Top</title>
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   <script type="text/javascript">
       $(function() {
         if ($.browser.msie && $.browser.version.substr(0,1)<7)
         {

$('li').has('ul').mouseover(function(){ $(this).children('ul').show(); }).mouseout(function(){ $(this).children('ul').hide(); }) 

         }
       });        
   </script>

<style>

  1. Container

{ width: 960px; margin: 40px auto; }

/* Main menu */

  1. menu

{ width: 100%; margin: 0; padding: 10px 0 0 0; list-style: none; background: #111; background: -moz-linear-gradient(#444, #111); 

   background: -webkit-gradient(linear,left bottom,left top,color-stop(0, #111),color-stop(1, #444));

background: -webkit-linear-gradient(#444, #111); background: -o-linear-gradient(#444, #111); background: -ms-linear-gradient(#444, #111); background: linear-gradient(#444, #111); -moz-border-radius: 50px; border-radius: 50px; -moz-box-shadow: 0 2px 1px #9c9c9c; -webkit-box-shadow: 0 2px 1px #9c9c9c; box-shadow: 0 2px 1px #9c9c9c; }

  1. menu li

{ float: left; padding: 0 0 10px 0; position: relative; line-height: 0; }

  1. menu a

{ float: left; height: 25px; padding: 0 25px; color: #999; text-transform: uppercase; font: bold 12px/25px Arial, Helvetica; text-decoration: none; text-shadow: 0 1px 0 #000; }

  1. menu li:hover > a

{ color: #fafafa; }

  • html #menu li a:hover /* IE6 */

{ color: #fafafa; }

  1. menu li:hover > ul

{ display: block; }

/* Sub-menu */

  1. menu ul

{ 

   list-style: none;
   margin: 0;
   padding: 0;    
   display: none;
   position: absolute;
   top: 35px;
   left: 0;
   z-index: 99999;    
   background: #444;
   background: -moz-linear-gradient(#444, #111);
   background: -webkit-gradient(linear,left bottom,left top,color-stop(0, #111),color-stop(1, #444));
   background: -webkit-linear-gradient(#444, #111);    
   background: -o-linear-gradient(#444, #111);	
   background: -ms-linear-gradient(#444, #111);	
   background: linear-gradient(#444, #111);
   -moz-box-shadow: 0 0 2px rgba(255,255,255,.5);
   -webkit-box-shadow: 0 0 2px rgba(255,255,255,.5);
   box-shadow: 0 0 2px rgba(255,255,255,.5);	
   -moz-border-radius: 5px;
   border-radius: 5px;

}

  1. menu ul ul

{ 

 top: 0;
 left: 150px;

}

  1. menu ul li

{ 

   float: none;
   margin: 0;
   padding: 0;
   display: block;  
   -moz-box-shadow: 0 1px 0 #111111, 0 2px 0 #777777;
   -webkit-box-shadow: 0 1px 0 #111111, 0 2px 0 #777777;
   box-shadow: 0 1px 0 #111111, 0 2px 0 #777777;

}

  1. menu ul li:last-child

{ 

   -moz-box-shadow: none;
   -webkit-box-shadow: none;
   box-shadow: none;

}

  1. menu ul a

{ 

   padding: 10px;

height: 10px; width: 130px; height: auto; 

   line-height: 1;
   display: block;
   white-space: nowrap;
   float: none;

text-transform: none; }

  • html #menu ul a /* IE6 */

{ height: 10px; }

  • first-child+html #menu ul a /* IE7 */

{ height: 10px; }

  1. menu ul a:hover

{ 

   background: #0186ba;

background: -moz-linear-gradient(#04acec, #0186ba); background: -webkit-gradient(linear, left top, left bottom, from(#04acec), to(#0186ba)); background: -webkit-linear-gradient(#04acec, #0186ba); background: -o-linear-gradient(#04acec, #0186ba); background: -ms-linear-gradient(#04acec, #0186ba); background: linear-gradient(#04acec, #0186ba); }

  1. menu ul li:first-child > a

{ 

   -moz-border-radius: 5px 5px 0 0;
   border-radius: 5px 5px 0 0;

}

  1. menu ul li:first-child > a:after

{ 

   content: '';
   position: absolute;
   left: 30px;
   top: -8px;
   width: 0;
   height: 0;
   border-left: 5px solid transparent;
   border-right: 5px solid transparent;
   border-bottom: 8px solid #444;

}

  1. menu ul ul li:first-child a:after

{ 

   left: -8px;
   top: 12px;
   width: 0;
   height: 0;
   border-left: 0;	
   border-bottom: 5px solid transparent;
   border-top: 5px solid transparent;
   border-right: 8px solid #444;

}

  1. menu ul li:first-child a:hover:after

{ 

   border-bottom-color: #04acec;

}

  1. menu ul ul li:first-child a:hover:after

{ 

   border-right-color: #04acec; 
   border-bottom-color: transparent;

}


  1. menu ul li:last-child > a

{ 

   -moz-border-radius: 0 0 5px 5px;
   border-radius: 0 0 5px 5px;

}

/* Clear floated elements */

  1. menu:after

{ visibility: hidden; display: block; font-size: 0; content: " "; clear: both; height: 0; }

  • html #menu { zoom: 1; } /* IE6 */
    first-child+html #menu { zoom: 1; } /* IE7 */

</style> </head>

<body> <div id="Container">

<h1>Project</h1> <p> Our project is to create a new designable channel with a high selectivity and activity. We named the channel; Cell Gate. (Cell Gateが出てくるのが唐突だと思う) We make the Cell Gate of DNA. </p>

<h1>Why do we use DNA?</h1> <p> ・自然界にあるチャネルは（タンパク質でできていて？）人間の手で作り変えたりして自在に扱うということは難しい。だから、デザインが可能でsiRNAなどの生体分子と相互作用を持つDNAを使って、チャネルを作ることができれば、チャネル設計（？）の幅が広がるというようなことをまとめていただけると…。（タンパク質とDNAの対比表とか対比図があるとわかりやすい） </p>

<h1>How do we penetrate the Gate to membrane?</h1> <img src=" http://openwetware.org/images/e/e6/Format_gate_no_tukikata_project.jpg " alt="coreste&tutu " align="left" width="450px" height="290px" > <p> Lipidと親和性のあるコレステロールを使えばいいということを面白おかしく論理的に説明. どのように貫通するかなど。</br> （画像はプレゼン用のを拝借したので修正必要。特にHexagonalとかsmall tube とか。絵自体もまだまだ分かりやすくできそうな気が。数式みたいな絵じゃなく、もっと動きのあるものに（アニメーションにしろというわけではない）） <br clear="left"> </p>

<h1>穴開けただけでチャネル（細胞膜間輸送？）って呼べるの？</h1> <p> クーロン力があるから物質だだ漏れにはならない。Gateの内部にDNAの一本鎖並べて、DNAの特異性を利用することで、狙いの分子だけを、一本鎖DNAとの結合エネルギーポテンシャルの坂道に乗せることができる。その一本鎖DNAの列をPoaterと呼ぶことにする。PorterがCellGateのエンジン。みたいなことをうまくまとめる。ここでPorterの説明を終えるつもりで。画像に関してはとりあえず津沢のポテンシャルエネルギーのグラフは必須。 </p>

<h1>クーロン力があるならGateに近づけないんじゃない？</h1> <p> Porterの一番目を伸ばせばいいみたいなことをキャッチ―な図とともに。筒井さんのシミュレーション映像を貼る。 </p>

<h1>私たちが実験で目指したもの</h1> <img src=" http://openwetware.org/images/c/c8/Format_cell_gate.jpg " alt="hybrid graph" align="left" width="465px" height="315px" > <p> ここで初めてMembrane登場？　細胞のモデルとして使っただけ？本物の細胞どうして使わなかったのかという疑問が生まれそう。何かいい理由はないものか。画像はプレゼン用のやつそのままなので改善の余地あり </p>

<br clear="left"> </p>

<h1>Application in future</h1> <p> あんなことやこんなことに使えるというのを図入りで。 </p> </div>

</body> </html>

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