Biomod/2012/TeamSendaiA/Results & Discussion: Difference between revisions
Naito Ushio (talk | contribs) No edit summary |
Naito Ushio (talk | contribs) No edit summary |
||
| Line 336: | Line 336: | ||
電気泳動の画像をください。 | 電気泳動の画像をください。 | ||
<p> | <p> | ||
<img src="http://openwetware.org/ | <img src="http://openwetware.org/wiki/Image:Comparesimuvsshawn1012.png" alt="selecotor sequence" width="800" height="324"/> | ||
</p> | </p> | ||
</p> | </p> | ||
Revision as of 22:26, 13 October 2012
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml"> <head> <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;charset=utf-8" /> <title>Team Sendai Top</title> <style type="text/css">
a {color: #017acd}
/* コンテナ */ div#Container {width: 800px; margin-left: auto; margin-right: auto}
/* ヘッダー */ div#Header {background-color: #ffffff; padding: 28px 20px 28px}
div#Header h1 {color: #006600;
font-size: 2.00em;
text-align: center;
margin: 0}
div#Header p {color: #006600; font-size: 1.25em;
text-align: center;
margin: 0}
/* トップメニュー */ ul#Topmenu {font-size: 1.00em; margin-top: 0; margin-bottom: 30px; margin-left: 0; padding-left: 0; height: 30px; background-color: #fff}
ul#Topmenu li {list-style-type: none; float: left; display:block;}
ul#Topmenu li a {display: block; width: 132.3px; line-height: 30px; text-decoration: none; text-align: center; color: #ffffff; background-color: #006600; border-right: solid 1px #ffffff}
ul#Topmenu li a:hover {background-color: #009900}
/* フッターメニュー */ ul#Menu2 {font-size: 1.00em; margin-top: 30px; margin-bottom: 2px; margin-left: 0; padding-left: 0; height: 30px; background-color: #fff}
ul#Menu2 li {list-style-type: none; float: left; display:block;}
ul#Menu2 li a {display: block; width: 132.3px; line-height: 30px; text-decoration: none; text-align: center; color: #ffffff; background-color: #006600; border-right: solid 1px #ffffff}
ul#Menu2 li a:hover {background-color: #009900}
/*目次*/ div#mokuji {width: 800px; margin-left: auto; margin-right: auto; background-color: #f5f5dc}
div#mokuji h2 { background-color: # f5f5dc; font-size: 1.50em; color: #000000; line-height: 45px; padding-left: 12px; margin-bottom: 0}
/* コンテンツ */ div#Content {width: 800px; margin-left: auto; margin-right: auto}
div#Content h2 { background-color: # f5f5dc; font-size: 1.50em; color: #000000; line-height: 10px; padding-left: 12px; margin-top: 20px; margin-bottom: 0; clear: both}
div#Content h3 {background-color: #66ff00; font-size: 1.50em; line-height: 22px; padding-left: 12px; margin-top: 30px; margin-bottom: 0; clear: both}
div#Content p {font-size: 1.50em; line-height: 1.6; margin-top: 10px; margin-left: 12px; margin-right: 12px}
div#Content img {float: right; margin-left: 15px; margin-bottom: 15px}
div#Content p#summary {margin-top: 10px; margin-bottom: 30px; width: 420px}
table {font-size: 1em; margin-bottom: 20px; width: 280px; float: right}
th, td {padding: 5px}
th {width: 10px; text-align: center; vertical-align: middle; background-color: #c0c0c0}
td {text-align: center; background-color #ffffcc}
div#Content p#message {margin-top: 0}
/* フッター */
div#Footer {color: #ffffff;
background-color: #006600;
margin-top: 0.00px;
padding-top: 8px;
padding-bottom: 8px}
address {font-size: 0.75em; font-style: normal; text-align: center}
</style> </head> <body>
<!-- コンテナ --> <div id="Container">
<!-- ヘッダー --> <div id="Header"> <h1>Team Sendai</h1> <p>Tohoku University</p> </div>
<!—トップメニュー --> <ul id="Topmenu"> <li><a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/Tohoku/Team_Sendai">Top</a></li> <li><a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendaiA/Project">Project</a></li> <li><a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendaiA/Simulation">Simulation</a></li> <li><a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendaiA/Results_%26_Discussion">Experiment</a></li> <li><a href=" http://openwetware.org/wiki/BIOMOD/2012/Team_Sendai/Movie">Diary</a></li> <li><a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendaiA/Member ">Team</a></li> </ul> </ul>
<!--目次 -->
<div id="mokuji">
<h2>Contents</h2>
<ol>
<li><a href="#Plan">Experiment Plan</a></li>
<li><a href="#Selector">Selector</a></li>
<ol>
<li><a href="#SelectorDesign">Single stranded DNA sequenses</a></li>
<li><a href="#SelectorElectrophoresis">Electrophoresis</a></li>
</ol>
<li><a href="#Gate">Gate</a></li>
<ol>
<li><a href="#GateDesign">caDNAno</a></li>
<li><a href="#GateElectrophoresis">Electrophoresis</a></li>
<li><a href="#GateAFMimage">AFM image</a></li>
</ol>
<li><a href="#Membrane">Membrane</a></li>
</ol>
</div>
<!-- コンテンツ --> <div id="Content">
<p> タイトルをもっとわかりやすいように装飾したい </p>
<a name="Plan"></a><h2>Experiment Plan</h2> <p> We divide our project into three; Selector, Gate, and Membrane. Experiments about the three are carried out individually.（ここはなくてもいいかも（Projectページと被る）） </br> </br> </br> </br> </br> </br> </br> </br> </br> </br> </br> </p>
<!-- <a name="Selector"></a><h2>Selector</h2> <p> セレクターは奥に進むほどターゲット分子と配列の一致が多くなるように設計する。このことにより、筒形の構造体の内部にセレクターを生やすことで、ターゲット分子を徐々に奥に送り出すということが可能となる。</br> セレクターにどのように番号を振り、どのように働いてくれたら嬉しいのかの図（できれば動画かな）をください。 </p>
<a name="SelectorDesign"></a> <h2> Single stranded DNA sequences</h2> <p> <img src="http://openwetware.org/images/9/97/Format_Selector_sequence.jpg" alt="selecotor sequence" width="800" height="324"/> </p>
<table style="clear:right;float:left;width:650px;border-style:solid;border-width:2px;"> <tr> <th style="width:100px;">Name</th><th style="width:450px;">Sequence</th><th style="width:100px;">Tm(°C)</th> </tr> <tr> <td style="border-style:solid;border-width:1px;">target</td><td style="border-style:solid;border-width:1px;"><font color="red">TGCAGCAGTCGTACCA</font></td><td style="border-style:solid;border-width:1px;"></td> </tr> <tr> <td style="border-style:solid;border-width:1px;">Selector1</td><td style="border-style:solid;border-width:1px;">AAAAAAAAAAAAAAAAA<font color="red">TGGTAC</font>AAAAAAAA<font color="red">GACTG</font>AAAAAAAA<font color="red">CTGCA</font></td><td style="border-style:solid;border-width:1px;">29.5</td> </tr> <tr> <td style="border-style:solid;border-width:1px;">Selector2</td><td style="border-style:solid;border-width:1px;">AAAAAAAAAAA<font color="red">TGGTAC</font>AAAA<font color="red">GCTGCA</font></td><td style="border-style:solid;border-width:1px;">35.1</td> </tr> <tr> <td style="border-style:solid;border-width:1px;">Selector3</td><td style="border-style:solid;border-width:1px;"><font color="red">TGGTACGACTGCTGCA</font></td><td style="border-style:solid;border-width:1px;">62.3</td> </tr> </table>
<p style="clear:both;"> このような配列でセレクターを作りました。</br> この構造にしたのはこういう理由です。</br> それぞれがターゲットとどのような構造を作って結合するのか絵が欲しい。配列の表、もっと小さくていい。 </p>
-->
<a name="SelectorElectrophoresis"></a><h2>Electrophoresis</h2> <table border="1" summary="SelectorElectrophoresis"> </p> <p> <tr> <th colspan="2">Condition</th> </tr> <tr> <td colspan="2">constant voltage: 50V</br>temperature: 4℃(in refrigerater)</br>time: 2 hours</br>SYBR Gold as a stain for 10 minutes</br>1X TAE added to Mg2+ as a buffer</td> </tr> <tr> <th>1</th> <td >Target</td> </tr> <tr> <th>2</th> <td >Selector1</td> </tr> <tr> <th>3</th> <td >Selector2</td> </tr> <tr> <th>4</th> <td >Selector3</td> </tr> <tr> <th>5</th> <td >Target + Selector1</td> </tr> <tr> <th>6</th> <td > (Target + Selector1)+Selector2</td> </tr> <tr> <th>7</th> <td > (Target + Selector1) </br>+ </br>Selector2 + Selector3</td> </tr> <tr> <th>8</th> <td > Target + Selector2</td> </tr> <tr> <th>9</th> <td > Target + Selector3</td> </tr> <tr> <th>10</th> <td >Marker</td> </tr> </table> </p>
<p> <img src="http://openwetware.org/images/a/a9/Format_9-4_erectrophoresis_new.jpg" alt="selecotor electorophoresis" width="483" height="427"/> </p>
<p> セレクタに希望通りの機能を持たせることができているのか電気泳動で調べた。レーン１から４は比較のためにターゲットとセレクタ１から3を流した。また、レーン８と９はターゲットとセレクター２，３の混合溶液をそれぞれ混ぜたものである。このレーンのバンと同じ高さに現れたバンドはそれぞれのセレクタとターゲットの混合物であるということができる。</br> レーン5はターゲットとセレクタ１を混ぜたものである（放置時間１h?）。薄いが、セレクタ１の上にバンドが見える。これをターゲットとセレクタ１がハイブリしたものと判断した。</br> レーン６はターゲットとセレクター１を混ぜ、放置したあと、セレクター２を混ぜたものである。セレクター１とターゲットの重合体のバンドは消え去り、代わりに、セレクター２のバンドよりも高い位置に新たなバンドができたことがわかる。このバンドがレーン８のターゲットとセレクタ２の重合体と同じ高さにあることから、セレクター１からセレクター２へのターゲットの移動は成功していると考えられる。</br> レーン７はターゲットとセレクター１を混ぜ、放置したあと、セレクター２と３を混ぜたものである。ターゲットとセレクター２、ターゲットとセレクター３の重合体が出来ていることがわかる。このことから、セレクター１からセレクター２、さらにセレクター３への移動は成功していると考えられる。</br> 以上のことから、我々の考えたセレクターの動作原理、ターゲット分子の送り出しは機能するものと判断した。 </p>
<a name="Gate"></a><h2>Gate</h2> <a name="GateDesign"></a><h2>caDNAno</h2> <p> caDNAnoの画像と配列、アニーリング時間など。 </p> <a name="GateElectrophoresis"></a><h2>Electrophoresis</h2> <p> 電気泳動の画像をください。 <p> <img src="http://openwetware.org/wiki/Image:Comparesimuvsshawn1012.png" alt="selecotor sequence" width="800" height="324"/> </p> </p> <a name="GateAFMimage"></a><h2>AFM image</h2> <p> AFMの画像をください。 <p> <img src="http://openwetware.org/images/9/9e/Moyashi.png" alt="ＡＦＭ" width="483" height="427"/> </p> </br> </br> </br> </br> </br> </br> </br> </br> </br> </br> </br> </p>
<a name="Membrane"></a><h2>Membrane</h2> <p> We use fluorescein to confirm that the tube insert into the liposome. For</br> example, We put Lucifer Yellow fluorescein into big liposome and made a hole</br> using the α- Hemorijin into liposomes. Then, we observed that fluorescein was</br> flowing out from it. Alpha-hemolysin is toxin which makes a hole in the cell and is</br> often used in experiments liposome system. The way of the experience of the protein</br> a-hemolysin was dissolved in 150mM KCL, 10 mM HPES and kept at 4℃ for up to</br> 6 months. And 0.6-μL of 1 mg/mL a-hemolysin solution was added directly to a 6-</br> μL sample on the microscope slide. The figure shows that fluorescein flowing out</br> from a liposome. So, we are sure that observing fluorescein would be a confirmatory</br> experiment which our tube stuck to the liposome or not.</br> （リポソームに筒が刺さっているかどうかを確かめるために、蛍光分子を使用する。実験と</br> して、ルシファーイエロー（染色液）を大きなリポソームに入れて、リポソームにαヘモ</br> リジンを使用して穴を開け、リポソームから蛍光分子が流れ出てくるところを観察した。</br> αヘモリジンは、細胞に穴を開ける毒素の一つで、リポソーム系の実験でよく使われてい</br> る。実験結果としては、写真の通り観察できたので、筒がリポソームに刺さったかどうか</br> を確かめる方法として使用できることが分かった。ネガコンの写真 ポジコンの写真）</br>
We also can confirm that by adding hoechst to the sample, the tube is on the</br> membrane of liposome or not, and confirm that fluorescein does not leak from the</br> hole in nature.</br> （また，サンプルにhoechstを添加することにより，ＤＮＡ構造体がliposome膜上にあるか</br> 否かが判断でき，自然に開いた穴で漏れ出していないことを確認することができる．）</br>
We examined the appropriate composition of the liposome. And we decided the</br> composition; DOPC: DSPE-PEG2000: Fructose =100:1:1000.</br> （リポソームの適切な組成を調べ、DOPC：DSPE－PEG2000：Fructose = 100:1:1000 とい</br> う組成に決めた。）</br>
Lipids 0.4mM</br> Inside of Liposome is constitutedLucifer yellow(3-dihydro-1,3-dioxo-1H-benz(de)</br> isoquinoline-5,8- disulfonate dilithium 6-amino-2-((hydrazinocarbonyl)amino)-2)</br>
（DNAをヘキスト染色</br> 穴が開いていればLYが外に漏れだすはず ポジコンの実験プロトコルも書</br>
筒で穴開いた写真）</br>
</br> </br> </p>
</div>
<!—フッターメニュー --> <ul id="Menu2"> <li><a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/Tohoku/Team_Sendai">Top</a></li> <li><a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendaiA/Project">Project</a></li> <li><a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendaiA/Simulation">Simulation</a></li> <li><a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendaiA/Results_%26_Discussion">Experiment</a></li> <li><a href=" http://openwetware.org/wiki/BIOMOD/2012/Team_Sendai/Movie">Diary</a></li> <li><a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendaiA/Member ">Team</a></li> </ul> </ul>
<!-- フッター --> <div id="Footer"> <address>Copyright (C) Team Sendai, All rights reserved.</address> </div>
</div>
</body> </html>
