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| <html>
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| <title></title>
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| </head>
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| <body>
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| <div id="header">
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| <div id="homebutton">
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| <li id="stamp"><a href="http://openwetware.org/wiki/Biomod/2014/Sendai">Home</a></li>
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| </div>
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| <div id="globalnav" class="xp">
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| <ul>
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| <li id="gn-home"><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai">Home</a></li>
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| <li id="gn-intro"><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/Introduction">Introduction</a></li>
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| <li id="gn-design"><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/Design">Design</a></li>
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| <li id="gn-simu"><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/Simulation">Simulation</a></li>
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| <li id="gn-xp"><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/Experiment">Experiment</a></li>
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| <!--<li id="gn-protocol"><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/Protocol">Protocol</a></li>-->
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| <li id="gn-dis"><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/Discussion">Discussion</a></li>
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| <li id="gn-team"><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/Team">Team</a></li>
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| <li id="gn-end"><a href="#"></a></li>
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| </ul>
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| </div>
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| </div>
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| <div id="main">
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| <h1>Experiment</h1>
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| <img src="http://openwetware.org/images/d/df/Underconstruction.jpg" width="980px" height="653px">
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| <!--
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| <h2>リポソームに味成分を閉じ込める実験</h2>
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| <h3>Purpose</h3>
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| <p>DNAによりリポソームが放出されるまでにリポソームの中に味成分を閉じ込めておく必要がある。そのためリポソーム内にグルコースが閉じ込められることを確認する。本実験では閉じ込める味成分
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| の一例としてグルコースを上げ、リポソームの中に甘味の味成分であるグルコースを閉じ込める実験を行う。</p>
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| <h3>Principle</h3>
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| <p>人工細胞膜は疎水性であるため、イオン、アミノ酸やグルコースは透過できないようになっている。（ref. エッセンシャル）グルコースの濃度は糖度計を利用して測定する。
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| 本実験ではグルコース溶液のみのサンプルAとグルコースを閉じ込めたリポソームを含むサンプルBを準備し、対照実験を行う。両者のサンプル内のグルコース総量は同じである。（溶液の全量も同じ）
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| リポソームにグルコースが閉じ込められていればグルコースは糖度計の電極には作用しない。そのため前者は時間に関係なくグルコースの濃度が一定となり、後者は温度を上げる前はグルコース濃度は
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| 低いが、温度を上げればリポソームが割れるのでグルコースの濃度が大きくなり、最終的にサンプルAと同じ濃度になるはずである。</p>
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| <img src="http://openwetware.org/images/c/ca/8-25experiment.png">
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| <h3>Method</h3>
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| <p>？Mのグルコース溶液（サンプルA）を作製する。リポソームを界面通過法により作成し、サンプルBを作製した。サンプルAとBを糖度計の電極の上に？µlを滴下し、グルコース濃度を測定した。その後、お湯にサンプルAとサンプルBを一緒に浸からせ温度を高くした状態の両サンプルのグルコース濃度を測定した。</p>
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| <h3>（期待される）Result</h3>
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| <p>サンプルAは温度を上げる前も後も濃度は変化せずに一定になった。サンプルBは温度を上げる前はグルコース濃度が低く、温度を上げた後はグルコース濃度がサンプルAと同じになった。</p>
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| <h3>Discussion</h3>
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| <h3>Protocol</h3>
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| Making liposome<br>
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| <table class="table">
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| <tr>
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| <td> DOPC(10nM)</td><td>27µl</td>
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| </tr>
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| <tr>
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| <td> Cholesterol(10nM) </td><td>3µl
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| </td>
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| </tr>
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| </table>
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| Table1 Materials for liposome preparation<br>
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| <h2>リポソームにコカコーラを閉じ込める実験</h2>
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| <h3>Purpose</h3>
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| 上記の実験の妥当性をさらに検討するために、コカコーラをリポソームに閉じ込める実験を行った。
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| <h3>Principle</h3>
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| リポソームの中にコカコーラが閉じ込められれば、光学顕微鏡で観察した際にリポソームの中がコーラの色になるはずである。（←色素が閉じ込められているだけでは？）
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| <h3>Method</h3>
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| 界面通過法によりリポソームを作製する際にインナーバッファーをコカコーラを使用してリポソームを作製し、光学顕微鏡で観察した。
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| <h3>（期待される）Result</h3>
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| リポソームの中にコーラの色を確認できた。
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| <h3>Discussion</h3>
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| <h3>Protocol</h3>
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| <h2>制限酵素の機能確認とバッファーの適性を評価する実験</h2>
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| <h3>Purpose</h3>
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| DNA回路の実現には制限酵素が正しく機能する必要がある。本実験では制限酵素の機能確認実験を行う。また、酵素の機能はバッファーの条件に依存する。ポリメラーゼとニッカーゼを使ったオシレーターの論文ではNBEバッファーを使用している。（ref.）我々のDNA回路はこの論文に従い、NBEバッファーを使用する。そのため、NBEバッファー中で正しく機能する制限酵素を選ぶ必要がある。本実験では制限酵素の候補として？？？？を上げ、NBEバッファー中での機能確認を行った。
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| <h3>Principle</h3>
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| 本実験では以下の配列のDNAを使用した。認識配列の制限酵素の認識配列以外の配列は同じであり、左側の配列は20bp、右側の配列は10bpである。制限酵素が作用すれば左側の20bp程度の配列と右側の10bp程度の長さのDNAに切れる。DNAのみのサンプルとDNAと制限酵素を加えたサンプルを各制限酵素について準備し、アクリルアミドゲル電気泳動を行う。また、「切れる前のDNAのバンド」と「切れてできたDNAのバンド」の蛍光強度を比較することにより、酵素の活性度合を評価する。
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| <h3>Method</h3>
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| NEBバッファー中のDNAを用意し、DNAのみのサンプルとDNAと制限酵素を加えたサンプルを準備し？％アクリルアミドゲルで電気泳動を行った。各バンドの蛍光強度を測定した。
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| <h3>（期待される）Result</h3>
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| 制限酵素を入れた方は切れる前のDNAと切れた後の２つのDNAのバンドが確認できた。
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| 蛍光強度から？が最も制限酵素の活性の度合いが高かった。
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| <h3>Discussion</h3>
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| <h3>Protocol</h3>
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| CCGGTGGACTTAATGCGACATCTAGAAATGGTTAGC
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| GCTAACCATTTCTAGATGTCGCATTAAGTCCACCGG
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| CCGGTGGACTTAATGCGACAGGATCCAATGGTTAGC
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| GCTAACCATTGGATCCTGTCGCATTAAGTCCACCGG
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| CCGGTGGACTTAATGCGACAAAGCTTAATGGTTAGC
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| GCTAACCATTAAGCTTTGTCGCATTAAGTCCACCGG
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| CCGGTGGACTTAATGCGACAGAATTCAATGGTTAGC
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| GCTAACCATTGAATTCTGTCGCATTAAGTCCACCGG
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| CCGGTGGACTTAATGCGACACCATGGAATGGTTAGC
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| GCTAACCATTCCATGGTGTCGCATTAAGTCCACCGG
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| CCGGTGGACTTAATGCGACAGCCGGCAATGGTTAGC
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| GCTAACCATTGCCGGCTGTCGCATTAAGTCCACCGG
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| CCGGTGGACTTAATGCGACAGTAGACAATGGTTAGC
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| GCTAACCATTGTCTACTGTCGCATTAAGTCCACCGG
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| CCGGTGGACTTAATGCGACAGTCTACAATGGTTAGC
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| GCTAACCATTGTAGACTGTCGCATTAAGTCCACCGG
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| CCGGTGGACTTAATGCGACAAGATCTAATGGTTAGC
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| GCTAACCATTAGATCTTGTCGCATTAAGTCCACCGG
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| CCGGTGGACTTAATGCGACAGTTAACAATGGTTAGC
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| GCTAACCATTGTTAACTGTCGCATTAAGTCCACCGG
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| CCGGTGGACTTAATGCGACACCTGAGGAATGGTTAGC
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| GCTAACCATTCCTCAGGTGTCGCATTAAGTCCACCGG
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| Fitness value is -22.445723871822707
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| <h2>シーソーゲートの確認実験</h2>
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| <h3>Purpose</h3>
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| <h3>Principle</h3>
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| <h3>Method</h3>
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| <h3>Result</h3>
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| <h3>Discussion</h3>
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| <h3>Protocol</h3>
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| ドメイン 配列
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| xuavy CATGCCTTACTCTTGAGAGCGAATTGTGTCGTCTT
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| AUXT GCTCTCAAGAGTAAGGCATGATAGG
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| txu CCTATCATGCCTTACTCTTG
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| vyaxu GAATTGTGTCGTCTTAGAGCCATGCCTTACTCTTG
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| AYVA GCTCTAAGACGACACAATTCGCTCT
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| vya GAATTGTGTCGTCTTAGAGC
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| px TGGCACCTGTCTACCCATGCCTTACTCTT
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| VAUX CGCTCTCAAGAGTAAGGCATG
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| <h2>サンプル</h2>
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| <h3>Purpose</h3>
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| <h3>Principle</h3>
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| <h3>Method</h3>
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| <h3>Result</h3>
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| <h3>Discussion</h3>
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| <h3>Protocol</h3>
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| -->
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| </div>
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| <div id="footer1">
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| <div class="lefttext">
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| (C)Copyright Biomod 2014 Team Sendai<br />
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| E-MAIL:
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| <a href="mailto:teamsendai2014@gmail.com"><span style="color:white">teamsendai2014@gmail.com</span></a>
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| </div>
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| <div class="rightimg">
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| <a href="http://www.molbot.mech.tohoku.ac.jp/index.html">
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| <img src="http://openwetware.org/images/f/f3/Muratalab-icon2_dark-01.png"
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| width="200" alt="Molcular Robotics Lab"></a>
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| </div>
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| </div>
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| </body>
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| </html>
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