Biomod/2014/Sendai/Experiment

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  1. column-one{
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  1. left_header{

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  1. homebutton {
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       height: 96px;
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  1. homebutton li{
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  1. homebutton li a{
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  1. globalnav li a{

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  1. main{
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}

p{ 

       text-indent:1em;

}


/*テーブルの色づけ*/

table.table tr:nth-child(odd) { 

 /* 奇数行の背景色を設定します。 */
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} table.table tr:nth-child(even) { 

 /* 偶数行の背景色を設定します。 */
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}

.overline{ 

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      }


/*simulationページの段組みコンテナ*/

  1. container {
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div.blockleft{ 

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} div.blockright{ 

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div.blockleft2{ 

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} div.blockright2{ 

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} div.block{ 

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}

p.textbox{ 

      padding:20px;

}

div.blockright span{ 

      vertical-align: middle;

}


  1. new_footer{
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<body> 

<div id="header">

<div id="homebutton"> <li id="stamp"><a href="http://openwetware.org/wiki/Biomod/2014/Sendai">Home</a></li> </div>

<div id="globalnav" class="xp"> <ul> <li id="gn-home"><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai">Home</a></li> <li id="gn-intro"><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/Introduction">Introduction</a></li> <li id="gn-design"><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/Design">Design</a></li> <li id="gn-simu"><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/Simulation">Simulation</a></li> <li id="gn-xp"><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/Experiment">Experiment</a></li> <!--<li id="gn-protocol"><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/Protocol">Protocol</a></li>--> <li id="gn-dis"><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/Discussion">Discussion</a></li> <li id="gn-team"><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/Team">Team</a></li> <li id="gn-end"><a href="#"></a></li> </ul> </div> 

</div>

<div id="main"> <h1>Experiment</h1> The simulation proves that our system works precisely. As a next step, we would like to do some experiments to confirm it really works.<br> The preparation of experiment has been already finished.<br> <img src="http://openwetware.org/images/d/df/Underconstruction.jpg" width="980px" height="653px">

<!--

<h2>リポソームに味成分を閉じ込める実験</h2> <h3>Purpose</h3> <p>DNAによりリポソームが放出されるまでにリポソームの中に味成分を閉じ込めておく必要がある。そのためリポソーム内にグルコースが閉じ込められることを確認する。本実験では閉じ込める味成分 の一例としてグルコースを上げ、リポソームの中に甘味の味成分であるグルコースを閉じ込める実験を行う。</p>

<h3>Principle</h3> <p>人工細胞膜は疎水性であるため、イオン、アミノ酸やグルコースは透過できないようになっている。（ref.　エッセンシャル）グルコースの濃度は糖度計を利用して測定する。 本実験ではグルコース溶液のみのサンプルAとグルコースを閉じ込めたリポソームを含むサンプルBを準備し、対照実験を行う。両者のサンプル内のグルコース総量は同じである。（溶液の全量も同じ） リポソームにグルコースが閉じ込められていればグルコースは糖度計の電極には作用しない。そのため前者は時間に関係なくグルコースの濃度が一定となり、後者は温度を上げる前はグルコース濃度は 低いが、温度を上げればリポソームが割れるのでグルコースの濃度が大きくなり、最終的にサンプルAと同じ濃度になるはずである。</p>

<img src="http://openwetware.org/images/c/ca/8-25experiment.png">

<h3>Method</h3> <p>？Mのグルコース溶液（サンプルA）を作製する。リポソームを界面通過法により作成し、サンプルBを作製した。サンプルAとBを糖度計の電極の上に？µlを滴下し、グルコース濃度を測定した。その後、お湯にサンプルAとサンプルBを一緒に浸からせ温度を高くした状態の両サンプルのグルコース濃度を測定した。</p>

<h3>（期待される）Result</h3> <p>サンプルAは温度を上げる前も後も濃度は変化せずに一定になった。サンプルBは温度を上げる前はグルコース濃度が低く、温度を上げた後はグルコース濃度がサンプルAと同じになった。</p>

<h3>Discussion</h3>

<h3>Protocol</h3> Making liposome<br>

<table class="table"> <tr> <td> DOPC(10nM)</td><td>27µl</td> </tr> <tr> <td> Cholesterol(10nM) </td><td>3µl </td> </tr> </table> Table1 Materials for liposome preparation<br>

<h2>リポソームにコカコーラを閉じ込める実験</h2> <h3>Purpose</h3> 上記の実験の妥当性をさらに検討するために、コカコーラをリポソームに閉じ込める実験を行った。

<h3>Principle</h3> リポソームの中にコカコーラが閉じ込められれば、光学顕微鏡で観察した際にリポソームの中がコーラの色になるはずである。（←色素が閉じ込められているだけでは？）

<h3>Method</h3> 界面通過法によりリポソームを作製する際にインナーバッファーをコカコーラを使用してリポソームを作製し、光学顕微鏡で観察した。

<h3>（期待される）Result</h3> リポソームの中にコーラの色を確認できた。

<h3>Discussion</h3> <h3>Protocol</h3>

<h2>制限酵素の機能確認とバッファーの適性を評価する実験</h2> <h3>Purpose</h3> DNA回路の実現には制限酵素が正しく機能する必要がある。本実験では制限酵素の機能確認実験を行う。また、酵素の機能はバッファーの条件に依存する。ポリメラーゼとニッカーゼを使ったオシレーターの論文ではNBEバッファーを使用している。（ref.）我々のDNA回路はこの論文に従い、NBEバッファーを使用する。そのため、NBEバッファー中で正しく機能する制限酵素を選ぶ必要がある。本実験では制限酵素の候補として？？？？を上げ、NBEバッファー中での機能確認を行った。

<h3>Principle</h3> 本実験では以下の配列のDNAを使用した。認識配列の制限酵素の認識配列以外の配列は同じであり、左側の配列は20bp、右側の配列は10bpである。制限酵素が作用すれば左側の20bp程度の配列と右側の10bp程度の長さのDNAに切れる。DNAのみのサンプルとDNAと制限酵素を加えたサンプルを各制限酵素について準備し、アクリルアミドゲル電気泳動を行う。また、「切れる前のDNAのバンド」と「切れてできたDNAのバンド」の蛍光強度を比較することにより、酵素の活性度合を評価する。

<h3>Method</h3> NEBバッファー中のDNAを用意し、DNAのみのサンプルとDNAと制限酵素を加えたサンプルを準備し？％アクリルアミドゲルで電気泳動を行った。各バンドの蛍光強度を測定した。

<h3>（期待される）Result</h3> 制限酵素を入れた方は切れる前のDNAと切れた後の２つのDNAのバンドが確認できた。 蛍光強度から？が最も制限酵素の活性の度合いが高かった。

<h3>Discussion</h3> <h3>Protocol</h3> CCGGTGGACTTAATGCGACATCTAGAAATGGTTAGC GCTAACCATTTCTAGATGTCGCATTAAGTCCACCGG

CCGGTGGACTTAATGCGACAGGATCCAATGGTTAGC GCTAACCATTGGATCCTGTCGCATTAAGTCCACCGG

CCGGTGGACTTAATGCGACAAAGCTTAATGGTTAGC GCTAACCATTAAGCTTTGTCGCATTAAGTCCACCGG

CCGGTGGACTTAATGCGACAGAATTCAATGGTTAGC GCTAACCATTGAATTCTGTCGCATTAAGTCCACCGG

CCGGTGGACTTAATGCGACACCATGGAATGGTTAGC GCTAACCATTCCATGGTGTCGCATTAAGTCCACCGG

CCGGTGGACTTAATGCGACAGCCGGCAATGGTTAGC GCTAACCATTGCCGGCTGTCGCATTAAGTCCACCGG

CCGGTGGACTTAATGCGACAGTAGACAATGGTTAGC GCTAACCATTGTCTACTGTCGCATTAAGTCCACCGG

CCGGTGGACTTAATGCGACAGTCTACAATGGTTAGC GCTAACCATTGTAGACTGTCGCATTAAGTCCACCGG

CCGGTGGACTTAATGCGACAAGATCTAATGGTTAGC GCTAACCATTAGATCTTGTCGCATTAAGTCCACCGG

CCGGTGGACTTAATGCGACAGTTAACAATGGTTAGC GCTAACCATTGTTAACTGTCGCATTAAGTCCACCGG

CCGGTGGACTTAATGCGACACCTGAGGAATGGTTAGC GCTAACCATTCCTCAGGTGTCGCATTAAGTCCACCGG


Fitness value is -22.445723871822707

<h2>シーソーゲートの確認実験</h2> <h3>Purpose</h3> <h3>Principle</h3> <h3>Method</h3> <h3>Result</h3> <h3>Discussion</h3> <h3>Protocol</h3> ドメイン 配列 xuavy CATGCCTTACTCTTGAGAGCGAATTGTGTCGTCTT AUXT GCTCTCAAGAGTAAGGCATGATAGG txu CCTATCATGCCTTACTCTTG vyaxu GAATTGTGTCGTCTTAGAGCCATGCCTTACTCTTG AYVA GCTCTAAGACGACACAATTCGCTCT vya GAATTGTGTCGTCTTAGAGC px TGGCACCTGTCTACCCATGCCTTACTCTT VAUX CGCTCTCAAGAGTAAGGCATG

<h2>サンプル</h2> <h3>Purpose</h3> <h3>Principle</h3> <h3>Method</h3> <h3>Result</h3> <h3>Discussion</h3> <h3>Protocol</h3>

-->

</div> <div id="footer1"> 

<div class="lefttext">

(C)Copyright Biomod 2014 Team Sendai<br /> E-MAIL: <a href="mailto:teamsendai2014@gmail.com"><span style="color:white">teamsendai2014@gmail.com</span></a> 

</div>
<div class="rightimg">

<a href="http://www.molbot.mech.tohoku.ac.jp/index.html"> <img src="http://openwetware.org/images/f/f3/Muratalab-icon2_dark-01.png" 

width="200" alt="Molcular Robotics Lab"></a>
</div>

</div>

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