Biomod/2014/Sendai/temp/0821/Design
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<font color="#ff000">赤文字は訂正</font> <h1>Project Goal</h1> Our goal is to build the system which derives plural outputs from a single input with a time difference.<br> To achieve the goal, we have developed two systems as follows. <ul> <li>１：the system which gets DNA which modifies the liposome and OUTPUT which starts the next reaction. (releasing system)</li> <li>２：the system which releases outputs with a time difference. (margin time system) </li> </ul> We accomplished the goal to use these two systems repeatedly.
<h2>1:releasing system</h2> We have developed this system to release the output which starts the next reaction to release the DNA. We used polymerases and nickases and made the KEY DNA. By using KEY DNA, we got the DNA which modifies the liposome and the output(A) which starts the next reaction. We give a full detail below.
<ol> <li>1-1: To start with, add the input to the solution which contains the template having a complementary sequence to the 3’end of the input.(A)<br> To amplify the DNA(A1) having a complementary sequence to the 5’end of the template by using polymerases and nickases, tear the product-A off. (Fig.1) </li> <img src="http://openwetware.org/images/9/91/Shasin2.png" width="800" height="482"> <li>次に工程１で増殖させた<font color="#0000ff">テンプレート</font><font color="#ff0000">(→テンプレートの相補DNA(A<sub>1</sub>))</font>の５’末端をリポソームをはやしたDNA分子と結合させポリメラーゼを用いてディナチュレーションさせリポソーム付きDNAをアウトプットとして得る。（Fig2）</li> <img src="http://openwetware.org/images/3/31/Shasin3.png" width="800" height="345"> </ol> <h2>２、（margin time system）</h2> このシステムの目的は時間差で第一段階で得たアウトプットとは別のアウトプットを得ることである。<br> このシステムを達成するために第一段階で得た鍵DNAと制限酵素を使うことによって最初に加えたインプットの構造を変化させた。この構造物を再びreleasing systemのインプットとして用いることで新たなアウトプットを時間差で得ることができる。詳細は以下のとおりである <ol> <li>第一段階で生成したA1をDNA分子Mに結合させ、DNA分子Bを生成する</li> <li>Bにポリメラーゼを加えインプットの３’末端に結合するDNA（C）をアウトプットとして得る.(Fig3)</li> <img src="http://openwetware.org/images/d/d3/Shasin4.png" width="800 height="493""> <li>CをAと結合させ生成された構造物に制限酵素を加えインプットの３’末端を排除した構造物（D）をアウトプットとして得る。</li> <li>４Dを他のテンプレートと結合させることによってreleasing systemとmagin time system が再び繰り返される。（Fig4）</li> <img src="http://openwetware.org/images/5/5a/写真_2014-08-21_20_53_28.jpg"> </ol>
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