Chem 10. 이정아(Jung Ah Lee): Difference between revisions

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== 발표준비2==
[http://openwetware.org/wiki/Biomod2015pknu] home
==5.22(FRI)==


[[Image:1.png]]






flexible nanowires  긴  Au segment (3 μm) 과 짧은 Ni one (0.5 μm)’forward’로 움직임 <BAR>


즉 니켈 세그먼트의 회전 진폭이 훨씬 크다.<BAR>


짧은 꼬리와 큰 원추각 때문에 헤드방향으로 운동한다. <BAR>
= gold와 DNA가 감싸진 CNT를 연결 =


반면에  a ‘backward’ movement는  니켈 꼬리쪽에서 끌어당기는 운동이다 <BAR>
== 7.22 (WED) ==
짧은 Au segment (2 μm)  과 더 길어진 a longer Ni one (1 μm).<BAR>


* DNA–CNT hybrids on gold


[[Image:2.png]]
:-http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022072807001945


[[Image:3.png]]
= 홈페이지 =
== 7.21 (TUE) ==


[[Image:4.png]]
* 배경이미지, 각각 그림만 제작하면 교수님이 도와주시기로함
* 참고블로그  http://blog.naver.com/hyoyeol/
= spin coating =


== 7.20 (MON) ==


연료없이 자기적인 추진력으로 유연한 금/은/니켈 나노와이어는  금으로된 ‘헤드’부분과 니켈로된 ‘꼬리’부분으로 나눠지고 부분적으로 용해된 약한 은 bridge로 이루어져있다. <BAR>
*'''스핀코팅'''
이 유연한 브릿지는 외부 회전 자기장 하에서 주기적인 운동을 할 수 있는데  <BAR>
코팅할 물질의 용액이나 액체 물질을 기질 위에 떨어뜨리고 고속으로 회전시켜 얇게 퍼지게 하는 코팅 방법. 전자 제품 소자의 제조에 많이 사용한다.


이런 자기장하에 니켈 부분은 금부분이 회전하는 것과 다른 진폭으로 회전을 시작한다<BAR>
스핀 코팅은 UV 경화수지를 광 디스크 표면 등에 코팅하는 방법이다.  
따라서 대칭성이 파괴되고 이동을 유도한다. <BAR>


앞으로(push)와 뒤로(pulling)자기적으로 운동하고 정확한 온/오프 모션이 조절되고 <BAR>
스핀코팅(회전도포)은 감광제(광경화성 수지)를 웨이퍼(반도체 기판)에 바를 때 가장 널리 사용되는 기법이다.  
이것은  니켈과 금부분의 각각의  길이를 조정해서 조절한다.<BAR>
소변 샘플과 높은 염 배지에서 효율적인 운동을한다. <BAR>
새로운 자기 나노와이어 스위머는 대량제조가능하다.  간단한 템플릿 전착 프로토콜  <BAR>
여기서 (전착: 용액 중 전극판을 배치하여 직류전압을 가해 물질을 전극면에 부착 시키고 )<BAR>
다양한 실용적인 응용을 위해 가능성을 제시한다. <BAR>


== 4.3 (Fri) ==
스핀 코팅이란 유체를 기 판위에 미리배치 시킨 후, 기판을 매우 빠른 속도로 회전시키면서 원심력에 의해 유체를 펼치게 된다.
[[Image:스크린샷 2015-04-07 22.46.49.png]]
[[Image:스크린샷 2015-04-07 22.46.55.png]]
<BR>
운동단백질을 이용해서 혈액의 흐름유무를 조절<BR>
농도가 높은 혈액이 나오면 반대방향으로 운동이 진행되는 원리 이용<BR>


== 발표준비 1 ==
* '''스핀코터'''  : 스핀코터는 평평한 웨이퍼나 평판에 얇게 막을 형성하는 것으로 박막 공정의 기본 장비이다. 평판 위에 코팅하고자 하는 물질(PR 또는 액상의 물질)을 놓고 회전을 시키면 얇은 막이 형성된다.
== 3.24 (Tue) ==
nano Umbrella<BR>
<BR>
DDS(Drug Delivery System)”<BR>
약물이 체내에 전달되는 시스템을 개선하는 방식으로 알약 형태의 의약품을 패치제로 변환하거나 <BR>
약물이 체내에 방출되는 속도를 늦춰 하루에 세 번 복용해야 하는 약을 일주일에 한 번 복용으로 바꿔 환자의 편의성과 약물 순응도를 높일 수 있다<BR>
<BR>
[[Image:구조2.jpg]] [[Image:펼친거.jpg]]
<BR>
1.우산손잡이 : Folate Receptor & Folate
2. 우산끈 : Folate 부착시 풀리게 됨
3. 우산꼭지 : Cy3를 이용한 형광의 유무 확인
<BR>
우산 잠금 장치(우산끈)


[[Image:스크린샷 2015-04-07 22.43.17.png]]
*RPM에 따라서 표면 특성 및 코팅 두께가 변화한다


Case1.    의료, 미용 목적으로 흔히 사용중인
*공정
                녹는 실 소재인 PDO를 이용하여 
[[Image:스핀코팅.png]]
              나노  크기로 제작하여 부착한 뒤 복용 
              후  Cancer cell에 도착할 만큼의     
              충분한  시간이 흐른 뒤 끈이 녹아           
              내용물(약물)이 방출되게 된다.


Case2.    Case1의 단점을 보완하기 위해
<Br>
              구조체가 Cancer cell에     
[[Image:스핀코팅2.png]]
              부착되어야만 열리는 Key&Rock
              System에 대한 연구가 더 필요하다.


*장점
:-장치가 간단하다. 막 두께가 균일
:-용액의 점도, 회전 속도조절가능 -> 막 두께 조절가능
:-기공크기, 표면적과 같은 미세구조 제어 용이
:-우수한 안정도


[[Image:합친거.jpg]]
*단점
<BR>
:-분자 배향성이 떨어짐
장점
:-기판의 크기제약이 있음
<BR>
:-얇은 박막 제조 시 전하 이동도에 한계
DDS를 이용하여 정상세포에도 영향을 미치는 항암치료제를 조금 더 효율적으로 암세포에 집중적으로 전달할 수 있다.<BR>
항암제가 전달 된 후 다른 정상세포로 퍼지지 않게 막아주는  형태의 구조체이다<BR>
암세포 표면의 Folate receptor 를 이용함으로 다른 부작용 없이 특이적으로 전달할 수 있다. <BR>


=논문공부=
== 2.17 (Tue)==


Folding and cutting DNA into reconfigurable topological nanostructures<BR>


#DNA origami 를 이용해서 뫼비우스띠를 만들수 있고 토폴로지 리본형구조를 조립할 수 있다.
+ 홈페이지
* 서면 sbs아카데미컴퓨터학원  -두달 44만원 단기불가능
* 경대 (하나)  - 일러스트랑 홈페이지 23만원 속성으로 2주가능


#게다가 DNA 뫼비우스 띠로 슈퍼코일링을 만들고 연쇄체 (두분자의 환상2중가닥이 뒤엉킨 구조)도 만들어 질수 있다.
= 티셔츠 초안 =
== 7.16 (THU) ==


#뫼비우스 DNA 조각의 디자인을 하고 뫼비우스 DNA의 시각화는 AFM과 TEM 영상을 나타낼 수 있다.
http://tbay.co.kr/shop/item.php?it_id=F413&NaPm=ct%3Dic5lmzhk%7Cci%3De070cc038b2dd214494b8a726038699d9438e660%7Ctr%3Dslsl%7Csn%3D233267%7Chk%3D12c89e2baae106032e9a861c4e548308f45bcfff


#DNA의 kirigami는 뫼비우스 스트립에서 재구성 토폴로지를 달성 할 수 있다.
<Br>우주배경 티셔츠 + 행성추가


#두 연동된 링의 catenane을 만들 수 있다는 것을 보여 준다.
= DNA-gold 연결된 논문검색 =
== 7.15 (TUE) ==


[[Image:스크린샷_2015-02-17_21.10.27.png‎ ]]
nanorod 에 대한 검색 후


<BR>
DNA오리가미로 검색 방향을 바꾼뒤 검색
+<BR>
M13mp18 (환형 DNA)  스캐폴드로 자주 사용됨


= 이론공부 =
HRP붙이는 방법은 이전에 검색 해놓은 논문에서 DNA서열을 가져오고
== 2.12 (Thu)==


liquid chromatography  <BR>
motor에 붙이는 방법을 검색


고체 또는 지지체로 채워놓은 액체를 고정상(silica gel, alumina 등의 분배제나 흡착제, 이온교환 수지, 분자체 겔 등)으로 하고,<BR>
액체를 이동상으로 하여 다른 두 가지 상과 물질의 상호작용의 차를 이용하여, 혼합물을 각 성분으로 분리하는 방법 및 이것을 이용한 분석법<BR>
<BR>
HPLC (High Performance Liquid Chromatography)


FPCL(fast protein liquid chromatography)


▶HPLC와 FPLC의 비교◀<BR>
== 7.13 (SUN) ==
HPLC system은 생명 공학의 원리에 널리 이용<BR>
이것은 굉장히 효율적이고 매우 선택적으로 응용<BR>
그리고 필요로 하는 시료의 양이 적어서 시료의 비 파괴 되는 경우가 많다.<BR>
정량 분석에도 쉽게 이용된다. <BR>
<BR>
  FPLC (fast protein liquid chromatographt) <BR>
- HPLC system보다 낮은 압력에서 사용<BR>
- 낮은 압력에서 agarose같은 중합체를 기본으로 하는 matrix bead를 사용 <BR>
FPLC의 chromatographic column은 유리 or 플라스틱 물질로 구성<BR>
  반면에 HPLC는 스테인리스 스틸로 구성<BR>
FPLC는 HPLC보다 경제적으로 우수하고-FPLC system은 특히 조사와 발전<BR>


thiolated DNA -Au 연결


[[Image:HPLC.jpg‎]]
야누스 나노 입자를 사용하여 비대칭 나노 클러스터의 조립


=논문공부=
DNA 기능화 된 구형의 금 나노 입자 (AuNSs)는 선택적 DNA 혼성화를 통한 DNA 기능화 야누스 나노 입자 (JNP)의 두 개의 서로 다른 반구 상에 부착 될 수있다.
==2.10 (Tue)==


채준<BR>
*thiolated DNA 만드는 방법
암세포 <BR>
:-http://www.atdbio.com/content/50/Thiol-modified-oligonucleotides
세포자살 <BR>
:-구입할 수 있다.


항암제가 극복해야할 한계 <BR>
=thiolated dna on gold =
정상세포와 암세포 모두에 영향 항암제에 약제내성을 가진다. <BR>
== 7.8 (WED) ==
doxoruvicin dox


결과 <BR>
*원하는 모양
dna사면체에 삽입  이용하면 항암제를 암세포에 투여할 수 있다. <BR>
[[Image:회전 .png]]
cpz 반응이 크다 <BR>
생체온도 37도에 가까울 수록 <BR>
<BR>
약전달 효율 <BR>
내성이 없는 암세포는 사면체의 유무에 따라 약전달 효율이 다르지 않은데 <BR>
내성이 있는 암세포는 사면체에 삽입하였을때 약전달 효율이 높아졌다. <BR>




*0.6M NaCl
*10nM phosphate buffer
*MilliQ water : 정제수와 증류수는 약간 다른 개념이고 Milli-Q는 정수방식으로 이온물질의 양이나 무기질의 양을 최소화해 증류수를 대체할 수 있는 수준으로 순수한 물을 제조.
* --> 증류수로 대체
*Thiol-modified DNA


박수현<BR>
<BR>
자가조립기반 을 기반으로 DNA micelle을 만들었다. <BR>
크기에 따라 dna서열의 길이를 변경함으로써 조정 <BR>
<BR>
결론 난용성 의약품을  옮길 수 있는 능력이 있다. <BR>
<BR>
pyrene형광분자 미셸형성이 잘되었는지 보려고<BR>
형광스펠트럼  <BR>
아가로스겔의  크기에 따라서 결과가 달라짐 <BR>
<BR>
크기분석 AFM 균일한 구형관찰  lipo에 따른 직경<BR>
<BR>
CEM세포와 DNA micelle사이의 상호작용<BR>
공초점현미경 <BR>


<BR>
**Au에 Thiolated DNA가 부착
장하나 <BR>


DNA Origami sox3 pax6 단백질이 DNA를 구부리는데에 꼭 필요하다 <BR>
[[Image:DNA-SH.png]] 


이 두단백질이 따로 사용했을때와 같이 사용했을때 <BR>


DC5단백질 삽입부분에<BR>


pax6는 혼자서 붙을 수 없고 sox3는 혼자 붙을수 있으며 같이 붙였을 때 더 효과적<BR>
* Thiol-modified oligos can be synthesised by incorporating the thiol modification
during solid-phase phosphoramidite oligonucleotide synthesis,
at either the 5′- end or the 3′-end of the oligo


단백질이더 많이 붙을 수록 더 많으 부피가 튀어나오게 된다. <BR>
*---> 원하는 금 위치에 DNA를 붙이는 방법이 더 필요하다.  


<BR>
* DNA서열은 상보가닥의 양 끝에 는 외가닥으로 나올 수 있게 (그림에서 빨간서열) 하여서 -SH기를 달아서 실험
*노란색가닥에 상보적인 부분에 짧은 상보가닥을 넣어서 HRP를 붙인다.


김유진 <BR>


DNA나노구조의 자가조립에 필요한 최소 가닥수<BR>


ssDNA로 자가조립을 하면서 여러가닥의 <BR>
*학교책
나노와이어를 제작할 수 있다. <BR>
*Synthesis of thiol-modified peptide nucleic acids designed for post-assembly conjugation reactions
나노물질 제작의 스캐폴드, 나노모터의 트랙으로 이용할 수 있다. <BR>
<BR>
DNA nano 튜브  <BR>


<BR>
Martijn C. de Koning, Lene Petersen, Jimmy J. Weterings, Mark Overhand, Gijsbert A. van der Marel, Dmitri V. Filippov,
cross over마다 <BR>
nick 이 있기 때문에 tube로 접혀질 수 있다. <BR>
(DNA 중합시 3’OH와 5’인산기사이의 틈 )<BR>
금속나노와이어도 제작가능 <BR>
1nm단면을 가진 극미세섬유<BR>


= 아이디어3 =
== 7.7 (TUE) ==


[[Image:아이디어3.jpg]]


탄소튜브에 DNA를 이용하여 금속을 부착시켜서 원운동


이민수
*DNA interaction with single-walled carbon nanotubes
<BR>->CNT를 DNA가 둘러 싸면서 이어가는 방법


DNA nanotube 부작용이 심한 약물을 표적부위로 전달하기 위해서
*DNA−CNT Nanowire Networks for DNA Detection
<Br>-> CNT-DNA-CNT 이어가는 방법


개념 Folate(엽산) targeting
*Polyamine-DNA Interactions. Condensation of Chromatin and Naked DNA
<Br> ->amine기에 DNA부착방법이 있으니 튜브에 이어서 부착할 수 있지 않을까


엽산이 folte receptor proteind에 높은 친화돌르 이용
*Functionalized Carbon Nanotubes in Drug Design and Discovery
<Br>-> 하나가 찾은 논문을 통해서 CNT에 약을 부착하듯이 금속을 부착하도록 발전 , 더 공부하기


Cy3 를 암세포 내부로 넣기위해서 DNA-NTs를 이용
붉은색이라서 시각적인 관찰이 쉬운


== 7.6 (MON) ==
https://www.nnfc.re.kr/nanotech/news_v.jsp?me_seq=73&bo_seq=1863&cPage=12&gubn=&words=


NTs를 화학적으로 변형 folate이용
= 비행기표, 티셔츠, 홈페이지  =


FRs는 암세포 표면에서 발현이 되기때문
== 7.3 (FRI) ==
암세포에 대해 biomarkers로 사용딤


*아메리칸항공
인천출발 미국 댈러스 경유 보스톤
약 88만원


세척 후 세포안으로 들어간 Cy3
*유나이티드항공
인천출발 미국 샌프란시스코경유 보스톤
약 95만원


DNA나노튜브의 세포흡수 정량분석
*케세이퍼시픽항공
부산출발 홍콩경유 보스톤
약124만원


self assembled DNA nanostructure의 중요성


가열후 냉각으로 ss DNA로 파괴함
*미국경유 제외하면 홍콩이나 일본경유
Cy3  Folate는 같은 complexes내 에 있지 않음  — 5’테 하나씩 결합




* 아이디어 정해지면 티셔츠 디자인하고 PKnanonauts  크게 글자 뽑아서 사진찍기


* 실험 + 홈페이지 + 동영상    돌아가면서 계획짜기


= 논문공부 =
Surface Imaging by Self-Propelled Nanoscale Probes <Br>
*Fluorescently labeled microtubules are moved by the motor protein kinesin homogeneously adsorbed to a polyurethane (PU) surface coated with casein.
*2001년논문 운동단백질을 이용한 튜브의 이동
<Br>
Self-Propelling Nanomotors in the Presence of Strong Brownian Forces <Br>
[http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2014/LC/C4LC00439F#!divAbstract]<Br>
*Janus nanoparticles (JNPs) <Br>
[[Image:JNPs.png]]
<Br>
병진운동과 회전운동을 동시에 관찰 할 수 있다
<Br> 방향성과 속도조절을 추가하면 좋을 것, 30nm의 작은 사이즈 <Br>
NP 크기와 입자 간 간격은 각각 PT-염의 상대적인 양 및 중합체의 소수성 블록의 사슬 길이를 조절하며 제어 할 수있다.<Br>
Pt-Au JNPs 의 성장은 약 1시간정도 소요 <Br>
50 % 물, 글리세롤의 혼합물을 사용하여 JNPs 속도가 느려지게 조절 <Br>
* DLS
Light scattering
Light Scattering의 원리를 응용한 연구 분야는 모두 3분야로서 Dynamic Light Scattering (DLS), <Br>Static
Light Scattering (SLS), Electrophortic Light Scattering (ELS)이 있다. DLS는 주로 입자분석에 응용되며,
SLS는 고분자의 분자량의 절대분자량측정, <Br>ELS는 ZETA-Potential 의 측정이 응용된다. <Br>3가지 Light
Scattering의 차이점은 DLS는 시료 내 입자에 의한 빛의 산란 강도를 측정하는 것이며, <Br>
SLS는 광산란에서산란의 방향성 즉 직각방향에서 레이저를 조사하였을 때 ELS는 인위적으로 입자에 전기를 걸어주어 영동의
속도를 레이저로 측정 하는 것이다. <Br>
- DLS
0.5nm에서 6um의 입자의 분석이 가능하다. 동적광산란법(DLS)은 유체내의 입자의 유동을 광학적으로 관찰하는 방법.<Br>
-> the apparent diffusion constant, as measured by DLS, increases with H2O2 concentration. <Br><Br>
*브라운 운동(Brownian motion)<Br>
Brown운동이란 액체 중에 부유하는 미립자가 열운동을 하고 있는 액체분자에 끊임없이 충돌하는 불규칙적인 운동 <Br>
브라운 운동에서 큰 입자는 상대적으로 느리고 높은 온도에서는 빠르게 움직이며  <Br>
확산 계수로 정의된다. 브라운 운동을 계산하기 위하여 특정 온도에서의 정확한 점도 값이 요구된다.
[[Image:병진회전.png]]<Br>
*Translational and rotational relaxation plot of the 30 nm Pt−Au JNPs in 1 mM sodium citrate solution as measured by dynamic light scattering.
*relaxation time에 따라서 rotation 과 translation을 나타냄.
*size of ∼30 nm, the characteristic length of the Pt−Au Janus nanoparticles approaches the size of larger enzymes<Br>
이러한 브라운 운동을 substrate-enhanced diffusion of enzyme 처럼 [http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja3091615] 화학연료로 사용 할 수 있다.
<Br>
브라운운동하는 야누스나노입자를 수용액 속 입자의 움직임이니 DNA를 붙여서 방향이나 속도를 더 조절할 수 있을지 추후 더 생각해보기
= 아이디어 더 찾아보기 =
== 7.2(THU)  ==
논문공부와 내일오전 논문 더 찾아보기, pdf파일 저장하기, 업로드하기<Br>
self propelled nanomotors<Br>
[http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/nl500068n]<Br>
ACS<Br>
Surface Imaging by Self-Propelled Nanoscale Probes<Br>
JACS <Br>
[http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja511012v]
<Br>
self propelled micromotors<Br>
ACS<Br>
Self-Propelled Micromotors for Cleaning Polluted Water
<Br>
[http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2014/LC/C4LC00439F#!divAbstract]<Br>
==7.2 (THU) ==
연료 후 사진 수정한것 !!
<Br>
[[Image:C연료후수정.jpg]]
= 아이디어 모식도 =
== 7.1 (WED) ==


[[Image:처음동그라미.jpg]] <Br>


--처음에 중합반응하는거 설명추가<Br>


[[Image:그림2-1.jpg ]]
<Br>
monomer : norbornene <Br>
촉매 : Grubbs<Br>
motor : silicon dioxide 와 금
<Br>
<Br>
[[Image:그림1.png ]]
monomer 속에서의 움직임 <Br>


[[Image:모터이동그래프.png]]<Br>
이동이 불규칙한 것을 보고 방향과 속도를 조절할 새로운방법 생각 <Br>


1. 효소를 이용해 펼쳐서 속도를 늦추고 다른방향에서는 계속 이동하여 방향전환 <Br>


박재형<BR>
[[Image:효소펼치기전.jpg]]
siRNA 생체 내로 전달
mRNA의 발현을 막는 역할


siRNA로 전달한다.
<Br>
나노입자의 크기 모양에 따라서 효능이 많이 달라질 수 있기 때문에 <BR>
특정모양으로 만들어야 활성이 잘 된다.
단분산 - 특정크기입자의 DNA  <BR>


ONPs처리한 siRNA처리시 암세포에 잘 붙는다. <BR>
[[Image:효소펼침.png]]
 
<Br>
 
2. 돛을 생각하여 이동을 방해하여서 속도줄이기 <Br>
 
[[Image:연료전.png]] <Br>
 
[[Image:C연료후.png]]<Br>
 
= 아이디어 회의 (발표 3) =
== 7.1 (WED) ==
 
RNA 나 DNA로 구조를 디자인해주고 분석해주는 사이트발견 <Br>
[http://www.nupack.org/] ---nupack
<Br>
아직 사용 미숙으로 error뜸 <Br>
 
트랙을 제외한 움직이는 모터를 만들기로 하고 <Br>
작동원리,방향,속도,제어등을 토의 <Br>
 
 
 
 
Bistate Molecular Switches to Self-Directed Track-Walking Nanomotors
<Br>
[[Image:스위치.png]]
<Br>
풍차모양에 이용<Br>
 
visible과 UV light 를 이용하여 뒤쪽이 unzipping  앞쪽이 shearing  한방향으로 이동<Br>
 
논문의  Azohairpin  구조를 워커로 바꿔서 다른 조절로 앞뒤 좌우 방향조절 가능성 토론<Br>
 
== 6.30(TUE) ==
 
Recent progress on DNA based walkers
 
Current Opinion in Biotechnology 2015, 34:56–64
[http://www.sciencedirect.com link title]
 
 
[[Image:빛워커.png]]
 
 
 
회전하며 워커역할을 하는 구조를 만들때
 
pyrene과 빛을 이용하여서 walker가 잘리고 다시 붙을 수 있다
 
pyrene의 존재가 이황화결합을 광분해 하는데 도움을 준다.
 
지나간 부분의 워커를
 
빛을 가하며 한방향으로 회전시키는데에 이용할 수 있다.
 
= 티셔츠 제작 =
 
== 6.29(MON) ==
 
 
 
업체에 맡기면 단가가 올라가서 <Br>
 
디자인 한것을 잉크젯프린터로 뽑아서  <Br>
 
전사지로 옯겨, 다리미로 작업예정  <Br>
 
http://www.decal4u.co.kr/  <Br>


= 논문공부 =
= 논문공부 =
== 1.29 (Thu) ==
== 6.28 (SUN) ==
 
A Synthetic DNA Walker for Molecular Transport
 
Jong-Shik Shin† and Niles A. Pierce*,†,‡
 
10834 9 J. AM. CHEM. SOC. 2004
 
 
DNAsequences <Br>
 
W : walker strands  - 20bp  <Br>
T : track strands - 15bp<Br>
A : attachment strands <Br>
D : 분리연료가닥<Br>
[[Image:DNAsequences.png]]
<Br>
 
[[Image:Walker locomotion.png]]
<Br>
 
키네신의 두발보행을 모방하여 합성분자워커를 만들었다.
<Br>
 
ATP가수분해로 구동
 
== 6.25 (TUE) ==
G-quadruplex
 
[[Image:G-quadruplex.png]]
 
linker 로 이용해볼지 생각했다.
 
[[Image:1.jpg]]
 
linker를 G 서열로 바꿔 뭉쳐서 구조를 형성하기 쉽고
 
C - fuel을 넣어서 펼쳐졌을 유연한 구조를 이용하여
 
이동을 시켜본다.
 
[[Image:3.jpg]]


Rapid Chiral Assembly of Rigid DNA Building Blocks for Molecular Nanofabrication <BR>
== 6.24 (WED) ==
DNA duplex–quadruplex exchange as the basis for a nanomolecular machine <Br>


입체 분자 나노에 대한 실제적인 구성 요소가 있어야 하고 간단한 stereopure, 강성(단단하고  및 적응) 생성한다.<BR>
Patrizia Alberti and Jean-Louis Mergny* <Br>
우리는 DNA 사면체, 적어도 10 nm 측면, 자가조립  대략적인 정량수득률  부분입체 이성질체의 programmable DNA linkers 에 연결 할 수 있다. <BR>
삼각 구조는 구조의 안정성을 부여한다. :  DNA 사면체를 압축하여  atomic force microscope 로 관찰할 수 있다.  <BR>
DNA의 축 압축성을 측정하고 높은 부하에서의 이중나선 의 좌굴(기둥의 길이가 그 횡단면의 치수에 비해 클 때, 기둥의 양단에 압축하중이 가해졌을 경우 하중이 어느 크기에 이르면 기둥이 갑자기 휘는 현상) 을 관찰 할 수 있다. <BR>
[[Image:Fig1.jpg]]  <BR>
DNA의 사면체 <BR>
(A) DNA의 설계사면체에 의해 형성 4 oligonucleotides  <BR>
(B) spacefilling 두가지 측면 <BR>
(C) AFM 이미지 : 운모의 사면체 <BR>


<BR>
[[Image:nanomotor.png]]
[[Image:Fig2.png]] <BR>
20 bp의 정사면체의 Topological 구조 분석<BR>
(A and B)ligated and unligated nicks의 모든 가능한 조합의 열 변성 겔<BR>


=cadnano=
[[Image:fuel.png]]
==1.21 (Wed) ==


[[Image:스크린샷_2015-01-22_00.35.26.png‎ ]]<BR>
[[Image:나비.png‎]]<BR>
<BR>
[[Image:Jung Ah Lee 1.png ]]
[[Image:Jung Ah Lee 2.png ]]


=논문공부=
DNA로 nanomolecular machine을 만들어 F21T folded구조와 C-fuel을 넣어 extended구조로 변하고 overhang이 나타나며 <Br>
== 1. 20 (Tue) ==
다시 G-fuel을 넣어주면 F21T구조를 형성하고 GC duplex는 버린다.
*채준 <BR>
캡시드 분해 다시결합<BR>
금속나노입자를 삽입 접촉하지 않게 금속이들어가서 더 밝아짐 <BR>
유기염료와 가까워질수록 형광염료가 밝아짐 <BR>
관찰하기힘들어서 형광물질을 사용한다. <BR>


=논문공부=
== 1.10 (Sat)==
*이민수, 박수현 <BR>
*Unidirectional molecular motor on a gold surface <BR>
# Molecular motor가 한방향으로 회전한다.
# 아래쪽의 두개의 methoxy치환기가 C8 spacer 공간을 띄워주고 Au표면의 직접적인 상호작용
# step 2 4 가 비가역적이니까 한방향성으로 돌수 있다.
# M(-,왼쪽),P(+,오른쪽)  : helicity of molecule 
# CD spectrocscopy 를 통해 한 방향으로 회전하는 것을 알 수 있다.
# UV/vis spectroscopy  M->P로 이성질체가 형성된다. 따라서 흡광도가 같다.
<BR>


*김유진 <BR>
*A Logic-Gated Nanorobot for Targeted Transport of Molecular Payloads
*목적 :  자율적인 DNA나노로봇이 세포로 분자Payload의 이동이 가능하면서 세포를 감지한다
# 특정세포표면을 찾아내서 질병을 치료하는 면역반응 
# DNA origami 로 구조체를 만들어서 만든 모양이 key lock 작용한다. ( DNA를 구성하는  수소결합으로 긴 스캐폴드의 올리고들이 붙어서 2D  3D의 구조를형성할 수 있는 기술 )<BR>
# 앱타머 : chemical antibody  표적분자의 높은 특이성 친화성<BR>
#  nanorobot 장점 :항체보다 분자크기가 작고 이동,변형이 용이하고 안정성, 추출시 경제적 생체내 거부반응도 적다
<BR>
<BR>
*박효진 <BR>
# SST 로 자가조립해서  Domain 하나당10.5  4개의 base 42개  Brick wall diagram  brick
# 양쪽끝을 이어서 3D로 구조를 만들 수 있다.
# 전기영동 (아가로즈겔) - 잘만들어졌는지 확인 <BR>
  AFM  2D 구조확인<BR>
  TEM  3D 구조확인<BR>
<BR>
<BR>


*유혜진
* DNA (deoxyribonucleic acid)
# 유전정보를 지니지만  만들어낸 구조는 유전정보까지는 지니지않는다.
# 하나의 helix 2.25nm<BR>
1bp  0.34nm <BR>
3.4nm  =  10.5bp <BR>
42bp  21  —-turn 때문<BR>
#열과 PH를 적당히 조절  — 다 끊길수있다.
# DNA nanotechnology :DNA의 수소결합을 이용해서 nano structure
* 구조를 예측할수있다.
* 생산하기쉽다
* 크기를제어가능
* 염기서열을 프로그래밍가능
# DNA crossover molecules  : 엮어서 많은 구조체를 만들수있다.
ex ) hairpin구조
2  DNA origami : bottom-Up방식,  짧은 올리고(staple) 를 넣어서 형성


<BR>
<Br>
*강민경
* caDNAno
* 파란색이 안정 붉은색이 불안정
* 사용방법
#시프트  축소
# shift +  alt  or 화살표 끌어당긴
# 맨앞에 화살표  화살표클릭  숫자를 증가시키면 길이확장  21단위 (2턴) (한칸이 1bp)
# F force path  표시없이더 연결가능 원하는 부분에 연겱능  —숫자나타난게 안정하다


=논문공부=
[http://www.pnas.org
==1.4(Sun)==
===Highly Connected Two-Dimensional Crystals of DNA Six-Point-Stars===
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja0665141 <BR>
*SST(single strand tile)을 이용하여  DNA six-point-star motif 만들기
#A blunt-ended six-point-star motif consists of six blue strands, six red strands, and one black strand.
#1번을 sticky-ended 연결하여 six-point- star motifs를 만든다
#PAGE(polyacrylamide gel electrophoretic )분석하였을때 (black:blue:red=1:6:6)일때 six-point-star motif로 선명한 band가 나온다.
#AFM(atomic force microscopy)으로 구조를 관찰하였을때 2D구조에서 정삼각형과 육각형의 구멍이 포함되어있다.
# 4의 AFM분석보다 FM(fluorescence microscopy)는 더 빠르고 편리하게 분석할 수 있지만 나노크기의 구조정보를 제공하지 못한다.
* 12 sticky end가 서로 인접한 tile과 연결되어 2D  DNA six-point-star motif 를 만들 수 있고 더 나아가 3D구조도 만들 수 있다.

Latest revision as of 05:46, 22 July 2015

[1] home




gold와 DNA가 감싸진 CNT를 연결

7.22 (WED)

  • DNA–CNT hybrids on gold
-http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022072807001945

홈페이지

7.21 (TUE)

spin coating

7.20 (MON)

  • 스핀코팅

코팅할 물질의 용액이나 액체 물질을 기질 위에 떨어뜨리고 고속으로 회전시켜 얇게 퍼지게 하는 코팅 방법. 전자 제품 소자의 제조에 많이 사용한다.

스핀 코팅은 UV 경화수지를 광 디스크 표면 등에 코팅하는 방법이다.

스핀코팅(회전도포)은 감광제(광경화성 수지)를 웨이퍼(반도체 기판)에 바를 때 가장 널리 사용되는 기법이다.

스핀 코팅이란 유체를 기 판위에 미리배치 시킨 후, 기판을 매우 빠른 속도로 회전시키면서 원심력에 의해 유체를 펼치게 된다.

  • 스핀코터  : 스핀코터는 평평한 웨이퍼나 평판에 얇게 막을 형성하는 것으로 박막 공정의 기본 장비이다. 평판 위에 코팅하고자 하는 물질(PR 또는 액상의 물질)을 놓고 회전을 시키면 얇은 막이 형성된다.
  • RPM에 따라서 표면 특성 및 코팅 두께가 변화한다
  • 공정


  • 장점
-장치가 간단하다. 막 두께가 균일
-용액의 점도, 회전 속도조절가능 -> 막 두께 조절가능
-기공크기, 표면적과 같은 미세구조 제어 용이
-우수한 안정도
  • 단점
-분자 배향성이 떨어짐
-기판의 크기제약이 있음
-얇은 박막 제조 시 전하 이동도에 한계


+ 홈페이지

  • 서면 sbs아카데미컴퓨터학원 -두달 44만원 단기불가능
  • 경대 (하나) - 일러스트랑 홈페이지 23만원 속성으로 2주가능

티셔츠 초안

7.16 (THU)

http://tbay.co.kr/shop/item.php?it_id=F413&NaPm=ct%3Dic5lmzhk%7Cci%3De070cc038b2dd214494b8a726038699d9438e660%7Ctr%3Dslsl%7Csn%3D233267%7Chk%3D12c89e2baae106032e9a861c4e548308f45bcfff


우주배경 티셔츠 + 행성추가

DNA-gold 연결된 논문검색

7.15 (TUE)

nanorod 에 대한 검색 후

DNA오리가미로 검색 방향을 바꾼뒤 검색

HRP붙이는 방법은 이전에 검색 해놓은 논문에서 DNA서열을 가져오고

motor에 붙이는 방법을 검색


7.13 (SUN)

thiolated DNA -Au 연결 

야누스 나노 입자를 사용하여 비대칭 나노 클러스터의 조립

DNA 기능화 된 구형의 금 나노 입자 (AuNSs)는 선택적 DNA 혼성화를 통한 DNA 기능화 야누스 나노 입자 (JNP)의 두 개의 서로 다른 반구 상에 부착 될 수있다.

  • thiolated DNA 만드는 방법
-http://www.atdbio.com/content/50/Thiol-modified-oligonucleotides
-구입할 수 있다.

thiolated dna on gold

7.8 (WED)

  • 원하는 모양


  • 0.6M NaCl
  • 10nM phosphate buffer
  • MilliQ water : 정제수와 증류수는 약간 다른 개념이고 Milli-Q는 정수방식으로 이온물질의 양이나 무기질의 양을 최소화해 증류수를 대체할 수 있는 수준으로 순수한 물을 제조.
  • --> 증류수로 대체
  • Thiol-modified DNA


    • Au에 Thiolated DNA가 부착


  • Thiol-modified oligos can be synthesised by incorporating the thiol modification

during solid-phase phosphoramidite oligonucleotide synthesis, at either the 5′- end or the 3′-end of the oligo

  • ---> 원하는 금 위치에 DNA를 붙이는 방법이 더 필요하다.
  • DNA서열은 상보가닥의 양 끝에 는 외가닥으로 나올 수 있게 (그림에서 빨간서열) 하여서 -SH기를 달아서 실험
  • 노란색가닥에 상보적인 부분에 짧은 상보가닥을 넣어서 HRP를 붙인다.


  • 학교책
  • Synthesis of thiol-modified peptide nucleic acids designed for post-assembly conjugation reactions

Martijn C. de Koning, Lene Petersen, Jimmy J. Weterings, Mark Overhand, Gijsbert A. van der Marel, Dmitri V. Filippov,

아이디어3

7.7 (TUE)

탄소튜브에 DNA를 이용하여 금속을 부착시켜서 원운동

  • DNA interaction with single-walled carbon nanotubes


->CNT를 DNA가 둘러 싸면서 이어가는 방법

  • DNA−CNT Nanowire Networks for DNA Detection


-> CNT-DNA-CNT 이어가는 방법

  • Polyamine-DNA Interactions. Condensation of Chromatin and Naked DNA


->amine기에 DNA부착방법이 있으니 튜브에 이어서 부착할 수 있지 않을까

  • Functionalized Carbon Nanotubes in Drug Design and Discovery


-> 하나가 찾은 논문을 통해서 CNT에 약을 부착하듯이 금속을 부착하도록 발전 , 더 공부하기


7.6 (MON)

https://www.nnfc.re.kr/nanotech/news_v.jsp?me_seq=73&bo_seq=1863&cPage=12&gubn=&words=

비행기표, 티셔츠, 홈페이지

7.3 (FRI)

  • 아메리칸항공

인천출발 미국 댈러스 경유 보스톤 약 88만원

  • 유나이티드항공

인천출발 미국 샌프란시스코경유 보스톤 약 95만원

  • 케세이퍼시픽항공

부산출발 홍콩경유 보스톤 약124만원


  • 미국경유 제외하면 홍콩이나 일본경유


  • 아이디어 정해지면 티셔츠 디자인하고 PKnanonauts 크게 글자 뽑아서 사진찍기
  • 실험 + 홈페이지 + 동영상 돌아가면서 계획짜기

논문공부

Surface Imaging by Self-Propelled Nanoscale Probes

  • Fluorescently labeled microtubules are moved by the motor protein kinesin homogeneously adsorbed to a polyurethane (PU) surface coated with casein.
  • 2001년논문 운동단백질을 이용한 튜브의 이동


Self-Propelling Nanomotors in the Presence of Strong Brownian Forces
[2]

  • Janus nanoparticles (JNPs)


병진운동과 회전운동을 동시에 관찰 할 수 있다
방향성과 속도조절을 추가하면 좋을 것, 30nm의 작은 사이즈
NP 크기와 입자 간 간격은 각각 PT-염의 상대적인 양 및 중합체의 소수성 블록의 사슬 길이를 조절하며 제어 할 수있다.
Pt-Au JNPs 의 성장은 약 1시간정도 소요
50 % 물, 글리세롤의 혼합물을 사용하여 JNPs 속도가 느려지게 조절

  • DLS

Light scattering Light Scattering의 원리를 응용한 연구 분야는 모두 3분야로서 Dynamic Light Scattering (DLS),
Static Light Scattering (SLS), Electrophortic Light Scattering (ELS)이 있다. DLS는 주로 입자분석에 응용되며, SLS는 고분자의 분자량의 절대분자량측정,
ELS는 ZETA-Potential 의 측정이 응용된다.
3가지 Light Scattering의 차이점은 DLS는 시료 내 입자에 의한 빛의 산란 강도를 측정하는 것이며,
SLS는 광산란에서산란의 방향성 즉 직각방향에서 레이저를 조사하였을 때 ELS는 인위적으로 입자에 전기를 걸어주어 영동의 속도를 레이저로 측정 하는 것이다.
- DLS 0.5nm에서 6um의 입자의 분석이 가능하다. 동적광산란법(DLS)은 유체내의 입자의 유동을 광학적으로 관찰하는 방법.

-> the apparent diffusion constant, as measured by DLS, increases with H2O2 concentration.


  • 브라운 운동(Brownian motion)

Brown운동이란 액체 중에 부유하는 미립자가 열운동을 하고 있는 액체분자에 끊임없이 충돌하는 불규칙적인 운동
브라운 운동에서 큰 입자는 상대적으로 느리고 높은 온도에서는 빠르게 움직이며
확산 계수로 정의된다. 브라운 운동을 계산하기 위하여 특정 온도에서의 정확한 점도 값이 요구된다.



  • Translational and rotational relaxation plot of the 30 nm Pt−Au JNPs in 1 mM sodium citrate solution as measured by dynamic light scattering.
  • relaxation time에 따라서 rotation 과 translation을 나타냄.


  • size of ∼30 nm, the characteristic length of the Pt−Au Janus nanoparticles approaches the size of larger enzymes

이러한 브라운 운동을 substrate-enhanced diffusion of enzyme 처럼 [3] 화학연료로 사용 할 수 있다.


브라운운동하는 야누스나노입자를 수용액 속 입자의 움직임이니 DNA를 붙여서 방향이나 속도를 더 조절할 수 있을지 추후 더 생각해보기

아이디어 더 찾아보기

7.2(THU)

논문공부와 내일오전 논문 더 찾아보기, pdf파일 저장하기, 업로드하기

self propelled nanomotors

[4]


ACS

Surface Imaging by Self-Propelled Nanoscale Probes


JACS

[5]


self propelled micromotors


ACS
Self-Propelled Micromotors for Cleaning Polluted Water

[6]

7.2 (THU)

연료 후 사진 수정한것 !!

아이디어 모식도

7.1 (WED)


--처음에 중합반응하는거 설명추가


monomer : norbornene
촉매 : Grubbs
motor : silicon dioxide 와 금

monomer 속에서의 움직임


이동이 불규칙한 것을 보고 방향과 속도를 조절할 새로운방법 생각

1. 효소를 이용해 펼쳐서 속도를 늦추고 다른방향에서는 계속 이동하여 방향전환



2. 돛을 생각하여 이동을 방해하여서 속도줄이기



아이디어 회의 (발표 3)

7.1 (WED)

RNA 나 DNA로 구조를 디자인해주고 분석해주는 사이트발견
[7] ---nupack
아직 사용 미숙으로 error뜸

트랙을 제외한 움직이는 모터를 만들기로 하고
작동원리,방향,속도,제어등을 토의



Bistate Molecular Switches to Self-Directed Track-Walking Nanomotors

풍차모양에 이용

visible과 UV light 를 이용하여 뒤쪽이 unzipping 앞쪽이 shearing 한방향으로 이동

논문의 Azohairpin 구조를 워커로 바꿔서 다른 조절로 앞뒤 좌우 방향조절 가능성 토론

6.30(TUE)

Recent progress on DNA based walkers

Current Opinion in Biotechnology 2015, 34:56–64 link title



회전하며 워커역할을 하는 구조를 만들때

pyrene과 빛을 이용하여서 walker가 잘리고 다시 붙을 수 있다

pyrene의 존재가 이황화결합을 광분해 하는데 도움을 준다.

지나간 부분의 워커를

빛을 가하며 한방향으로 회전시키는데에 이용할 수 있다.

티셔츠 제작

6.29(MON)

업체에 맡기면 단가가 올라가서

디자인 한것을 잉크젯프린터로 뽑아서

전사지로 옯겨, 다리미로 작업예정

http://www.decal4u.co.kr/

논문공부

6.28 (SUN)

A Synthetic DNA Walker for Molecular Transport

Jong-Shik Shin† and Niles A. Pierce*,†,‡

10834 9 J. AM. CHEM. SOC. 2004


DNAsequences

W : walker strands - 20bp
T : track strands - 15bp
A : attachment strands
D : 분리연료가닥


키네신의 두발보행을 모방하여 합성분자워커를 만들었다.

ATP가수분해로 구동

6.25 (TUE)

G-quadruplex 

linker 로 이용해볼지 생각했다.

linker를 G 서열로 바꿔 뭉쳐서 구조를 형성하기 쉽고

C - fuel을 넣어서 펼쳐졌을 유연한 구조를 이용하여

이동을 시켜본다.

6.24 (WED)

DNA duplex–quadruplex exchange as the basis for a nanomolecular machine

Patrizia Alberti and Jean-Louis Mergny*


DNA로 nanomolecular machine을 만들어 F21T folded구조와 C-fuel을 넣어 extended구조로 변하고 overhang이 나타나며
다시 G-fuel을 넣어주면 F21T구조를 형성하고 GC duplex는 버린다.




[http://www.pnas.org

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