Combining Parts according to sequence homology

Combinable Terminators

Part number	Directionality/Efficiency	Sequence
B0015	Bi,98% (F), 30->60% (R)
B1001	Bi,90% (F), 75% (R)
B0014		10-12
pSC101 and its derivatives	pSC101[1]	5
ColE1	ColE1[2, 3]	15-20

>_ b0015 129 nt vs. >_ b0014 95 nt scoring matrix: , gap penalties: -12/-2 42.0% identity; Global alignment score: -50

              10        20        30        40        50          

548164 CCAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGT--TTTATCTG

       ::  :                ::::::  :    :  ::::::::::    ::::: : 

_ TCACACT---------------GGCTCA--CCTTCGGGTGGGCCTTTCTGCGTTTATATA

                             10          20        30        40   

      60        70        80        90       100       110        

548164 TTGTTTGTCGGTGAACGCTCTCTACTAGAGTCACACTGGCTCACCTTCGGGTGGGCCTTT

       :    :   : :::     : ::  : :: :: : :      ::        ::: :::

_ CTA---GAGAGAGAA-----TATAA-AAAGCCAGATTATTAATCC--------GGCTTTT

              50             60         70                80      

     120         

548164 CTGCGTTTATA

       :   ::  : 

_ TT--ATTATTT