http://www.openwetware.org/index.php?title=Engineering_BioBrick_vectors_from_BioBrick_parts/Colony_PCR_protocol&action=history Revision history for this page on the wiki en MediaWiki 1.13.2 Tue, 18 Jun 2013 05:39:03 GMT http://www.openwetware.org/index.php?title=Engineering_BioBrick_vectors_from_BioBrick_parts/Colony_PCR_protocol&diff=368823&oldid=prev <p></p> <table style="background-color: white; color:black;"> <col class='diff-marker' /> <col class='diff-content' /> <col class='diff-marker' /> <col class='diff-content' /> <tr valign='top'> <td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">←Older revision</td> <td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 06:29, 20 November 2009</td> </tr> <tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 1:</td> <td colspan="2" class="diff-lineno">Line 1:</td></tr> <tr><td class='diff-marker'>-</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>&lt;html&gt;&lt;h2&gt;Solutions/reagents:&lt;/h2&gt;&lt;ul type=&quot;circle&quot;&gt;&lt;li&gt;PCR SuperMix High Fidelity&lt;/li&gt;&lt;li&gt; &lt;a name=&quot;VF2 primer&quot;&gt;VF2 primer &lt;i&gt;&lt;br&gt;&lt;tab&gt;&lt;div style=&quot;margin-right: 600px;&quot;&gt;(5'-TGCCACCTGACGTCTAAGAA-3')&lt;/div&gt;&lt;/i&gt;&lt;/a&gt;&lt;/li&gt;&lt;li&gt; &lt;a name=&quot;VR primer&quot;&gt;VR primer &lt;i&gt;&lt;br&gt;&lt;tab&gt;&lt;div style=&quot;margin-right: 600px;&quot;&gt;(5'-ATTACCGCCTTTGAGTGAGC-3')&lt;/div&gt;&lt;/i&gt;&lt;/a&gt;&lt;/li&gt;&lt;li&gt; &lt;a name=&quot;colony suspension&quot;&gt;colony suspension &lt;i&gt;&lt;br&gt;&lt;tab&gt;&lt;div style=&quot;margin-right: 600px;&quot;&gt;(1 colony diluted in 100 <del class="diffchange diffchange-inline">µl </del>water)&lt;/div&gt;&lt;/i&gt;&lt;/a&gt;&lt;/li&gt;&lt;li&gt;de-ionized water&lt;/li&gt;&lt;/ul&gt;&lt;h2&gt;Parameters:&lt;/h2&gt;&lt;ul type=&quot;circle&quot;&gt;&lt;li&gt;X - concentration of primers (µmole/µl)&lt;/li&gt;&lt;/ul&gt;&lt;h2&gt;Equipment:&lt;/h2&gt;&lt;ul type=&quot;circle&quot;&gt;&lt;li&gt;Thermocycler&lt;/li&gt;&lt;li&gt;Sterile 0.6-ml tubes&lt;/li&gt;&lt;/ul&gt;&lt;h2&gt;Steps:&lt;/h2&gt;&lt;ol&gt;&lt;p&gt;&lt;li&gt;&lt;b&gt;&lt;font size=3&gt;PCR mix&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;br&gt;Use the following table as a checklist for preparing the reaction:&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;table border cellpadding=5 rules=all frame=void bordercolor=#357EC7&gt;&lt;thead&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&amp;nbsp;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;PCR SuperMix High Fidelity&lt;/font&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;VF2 primer&lt;/font&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;VR primer&lt;/font&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;colony suspension&lt;/font&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;de-ionized water&lt;/font&gt;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;/thead&gt;&lt;tbody&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;Colony PCR&lt;/font&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;b&gt;&lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;9 µl&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;b&gt;&lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;0.125/X&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;b&gt;&lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;0.125/X&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;b&gt;&lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;1 µl&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;Make up the volume to &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;20 µl&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;/body&gt;&lt;/table&gt;&lt;/li&gt;&lt;/p&gt;&lt;p&gt;&lt;li&gt;&lt;b&gt;&lt;font size=3&gt;PCR conditions&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;br&gt;Program a standard thermocycler to run the reaction using the following parameters:&lt;br&gt;Initial denaturation&lt;br&gt;&lt;ul&gt;&lt;li&gt;Denature: &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;95°C&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;, &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;15 mins&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/li&gt;&lt;/ul&gt;Thermocycling&lt;br&gt;&lt;ul&gt;&lt;li&gt;No. of cycles: &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;39&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/li&gt;&lt;li&gt;Denature: &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;94°C&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;, &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;30 secs&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/li&gt; &lt;li&gt; Anneal: &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;62°C&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;, &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;30 secs&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/li&gt; &lt;li&gt;Elongate: &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;68°C&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;, &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;3.5 mins&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/li&gt;&lt;/ul&gt;Termination&lt;ul&gt;&lt;li&gt;Elongate: &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;68°C&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;, &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;20 mins&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/li&gt;&lt;li&gt;Hold: &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;4°C&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;, until removed from machine &lt;/li&gt;&lt;/ul&gt;&lt;/li&gt;&lt;/p&gt;&lt;/ol&gt;&lt;/html&gt;</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>&lt;html&gt;&lt;h2&gt;Solutions/reagents:&lt;/h2&gt;&lt;ul type=&quot;circle&quot;&gt;&lt;li&gt;PCR SuperMix High Fidelity&lt;/li&gt;&lt;li&gt; &lt;a name=&quot;VF2 primer&quot;&gt;VF2 primer &lt;i&gt;&lt;br&gt;&lt;tab&gt;&lt;div style=&quot;margin-right: 600px;&quot;&gt;(5'-TGCCACCTGACGTCTAAGAA-3')&lt;/div&gt;&lt;/i&gt;&lt;/a&gt;&lt;/li&gt;&lt;li&gt; &lt;a name=&quot;VR primer&quot;&gt;VR primer &lt;i&gt;&lt;br&gt;&lt;tab&gt;&lt;div style=&quot;margin-right: 600px;&quot;&gt;(5'-ATTACCGCCTTTGAGTGAGC-3')&lt;/div&gt;&lt;/i&gt;&lt;/a&gt;&lt;/li&gt;&lt;li&gt; &lt;a name=&quot;colony suspension&quot;&gt;colony suspension &lt;i&gt;&lt;br&gt;&lt;tab&gt;&lt;div style=&quot;margin-right: 600px;&quot;&gt;(1 colony diluted in 100 <ins class="diffchange diffchange-inline">?l </ins>water)&lt;/div&gt;&lt;/i&gt;&lt;/a&gt;&lt;/li&gt;&lt;li&gt;de-ionized water&lt;/li&gt;&lt;/ul&gt;&lt;h2&gt;Parameters:&lt;/h2&gt;&lt;ul type=&quot;circle&quot;&gt;&lt;li&gt;X - concentration of primers (µmole/µl)&lt;/li&gt;&lt;/ul&gt;&lt;h2&gt;Equipment:&lt;/h2&gt;&lt;ul type=&quot;circle&quot;&gt;&lt;li&gt;Thermocycler&lt;/li&gt;&lt;li&gt;Sterile 0.6-ml tubes&lt;/li&gt;&lt;/ul&gt;&lt;h2&gt;Steps:&lt;/h2&gt;&lt;ol&gt;&lt;p&gt;&lt;li&gt;&lt;b&gt;&lt;font size=3&gt;PCR mix&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;br&gt;Use the following table as a checklist for preparing the reaction <ins class="diffchange diffchange-inline">in sterile 0.6-ml microcentrifuge tube (1)</ins>:&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;table border cellpadding=5 rules=all frame=void bordercolor=#357EC7&gt;&lt;thead&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&amp;nbsp;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;PCR SuperMix High Fidelity&lt;/font&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;VF2 primer&lt;/font&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;VR primer&lt;/font&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;colony suspension&lt;/font&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;de-ionized water&lt;/font&gt;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;/thead&gt;&lt;tbody&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;Colony PCR&lt;/font&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;b&gt;&lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;9 µl&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;b&gt;&lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;0.125/X&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;b&gt;&lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;0.125/X&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;b&gt;&lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;1 µl&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;Make up the volume to &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;20 µl&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;/body&gt;&lt;/table&gt;&lt;/li&gt;&lt;/p&gt;&lt;p&gt;&lt;li&gt;&lt;b&gt;&lt;font size=3&gt;PCR conditions&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;br&gt;Program a standard thermocycler to run the reaction using the following parameters:&lt;br&gt;Initial denaturation&lt;br&gt;&lt;ul&gt;&lt;li&gt;Denature: &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;95°C&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;, &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;15 mins&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/li&gt;&lt;/ul&gt;Thermocycling&lt;br&gt;&lt;ul&gt;&lt;li&gt;No. of cycles: &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;39&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/li&gt;&lt;li&gt;Denature: &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;94°C&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;, &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;30 secs&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/li&gt; &lt;li&gt; Anneal: &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;62°C&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;, &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;30 secs&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/li&gt; &lt;li&gt;Elongate: &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;68°C&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;, &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;3.5 mins&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/li&gt;&lt;/ul&gt;Termination&lt;ul&gt;&lt;li&gt;Elongate: &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;68°C&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;, &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;20 mins&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/li&gt;&lt;li&gt;Hold: &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;4°C&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;, until removed from machine &lt;/li&gt;&lt;/ul&gt;&lt;/li&gt;&lt;/p&gt;&lt;/ol<ins class="diffchange diffchange-inline">&gt;&lt;p&gt;&lt;b&gt;TOTAL TIME REQUIRED FOR THE COMPLETION OF THE PROTOCOL :&lt;font color=#357EC7&gt;~ 3 hrs, 35 mins&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/p</ins>&gt;&lt;/html&gt;</div></td></tr> <!-- diff generator: internal 2013-06-18 05:39:03 --> </table> Fri, 20 Nov 2009 06:29:32 GMT Vaishnavi Ananth http://www.openwetware.org/wiki/Talk:Engineering_BioBrick_vectors_from_BioBrick_parts/Colony_PCR_protocol http://www.openwetware.org/index.php?title=Engineering_BioBrick_vectors_from_BioBrick_parts/Colony_PCR_protocol&diff=355523&oldid=prev <p>New page: &lt;html&gt;&lt;h2&gt;Solutions/reagents:&lt;/h2&gt;&lt;ul type=&quot;circle&quot;&gt;&lt;li&gt;PCR SuperMix High Fidelity&lt;/li&gt;&lt;li&gt; &lt;a name=&quot;VF2 primer&quot;&gt;VF2 primer &lt;i&gt;&lt;br&gt;&lt;tab&gt;&lt;div style=&quot;margin-right: 600px;&quot;&gt;(5'-TGCCACCTGACGTC...</p> <p><b>New page</b></p><div>&lt;html&gt;&lt;h2&gt;Solutions/reagents:&lt;/h2&gt;&lt;ul type=&quot;circle&quot;&gt;&lt;li&gt;PCR SuperMix High Fidelity&lt;/li&gt;&lt;li&gt; &lt;a name=&quot;VF2 primer&quot;&gt;VF2 primer &lt;i&gt;&lt;br&gt;&lt;tab&gt;&lt;div style=&quot;margin-right: 600px;&quot;&gt;(5'-TGCCACCTGACGTCTAAGAA-3')&lt;/div&gt;&lt;/i&gt;&lt;/a&gt;&lt;/li&gt;&lt;li&gt; &lt;a name=&quot;VR primer&quot;&gt;VR primer &lt;i&gt;&lt;br&gt;&lt;tab&gt;&lt;div style=&quot;margin-right: 600px;&quot;&gt;(5'-ATTACCGCCTTTGAGTGAGC-3')&lt;/div&gt;&lt;/i&gt;&lt;/a&gt;&lt;/li&gt;&lt;li&gt; &lt;a name=&quot;colony suspension&quot;&gt;colony suspension &lt;i&gt;&lt;br&gt;&lt;tab&gt;&lt;div style=&quot;margin-right: 600px;&quot;&gt;(1 colony diluted in 100 µl water)&lt;/div&gt;&lt;/i&gt;&lt;/a&gt;&lt;/li&gt;&lt;li&gt;de-ionized water&lt;/li&gt;&lt;/ul&gt;&lt;h2&gt;Parameters:&lt;/h2&gt;&lt;ul type=&quot;circle&quot;&gt;&lt;li&gt;X - concentration of primers (µmole/µl)&lt;/li&gt;&lt;/ul&gt;&lt;h2&gt;Equipment:&lt;/h2&gt;&lt;ul type=&quot;circle&quot;&gt;&lt;li&gt;Thermocycler&lt;/li&gt;&lt;li&gt;Sterile 0.6-ml tubes&lt;/li&gt;&lt;/ul&gt;&lt;h2&gt;Steps:&lt;/h2&gt;&lt;ol&gt;&lt;p&gt;&lt;li&gt;&lt;b&gt;&lt;font size=3&gt;PCR mix&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;br&gt;Use the following table as a checklist for preparing the reaction:&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;table border cellpadding=5 rules=all frame=void bordercolor=#357EC7&gt;&lt;thead&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&amp;nbsp;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;PCR SuperMix High Fidelity&lt;/font&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;VF2 primer&lt;/font&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;VR primer&lt;/font&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;colony suspension&lt;/font&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;de-ionized water&lt;/font&gt;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;/thead&gt;&lt;tbody&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;Colony PCR&lt;/font&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;b&gt;&lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;9 µl&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;b&gt;&lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;0.125/X&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;b&gt;&lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;0.125/X&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;b&gt;&lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;1 µl&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;Make up the volume to &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;20 µl&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;/body&gt;&lt;/table&gt;&lt;/li&gt;&lt;/p&gt;&lt;p&gt;&lt;li&gt;&lt;b&gt;&lt;font size=3&gt;PCR conditions&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;br&gt;Program a standard thermocycler to run the reaction using the following parameters:&lt;br&gt;Initial denaturation&lt;br&gt;&lt;ul&gt;&lt;li&gt;Denature: &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;95°C&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;, &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;15 mins&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/li&gt;&lt;/ul&gt;Thermocycling&lt;br&gt;&lt;ul&gt;&lt;li&gt;No. of cycles: &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;39&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/li&gt;&lt;li&gt;Denature: &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;94°C&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;, &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;30 secs&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/li&gt; &lt;li&gt; Anneal: &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;62°C&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;, &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;30 secs&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/li&gt; &lt;li&gt;Elongate: &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;68°C&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;, &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;3.5 mins&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/li&gt;&lt;/ul&gt;Termination&lt;ul&gt;&lt;li&gt;Elongate: &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;68°C&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;, &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;20 mins&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;&lt;/li&gt;&lt;li&gt;Hold: &lt;b&gt;&lt;font color=#357EC7&gt;4°C&lt;/font&gt;&lt;/b&gt;, until removed from machine &lt;/li&gt;&lt;/ul&gt;&lt;/li&gt;&lt;/p&gt;&lt;/ol&gt;&lt;/html&gt;</div> Thu, 01 Oct 2009 06:32:15 GMT Vaishnavi Ananth http://www.openwetware.org/wiki/Talk:Engineering_BioBrick_vectors_from_BioBrick_parts/Colony_PCR_protocol