FCCT Biochemistry Lab:Courses:BiomedSeminars: Difference between revisions

From OpenWetWare
Jump to navigationJump to search
No edit summary
No edit summary
(44 intermediate revisions by the same user not shown)
Line 1: Line 1:
V študijskem letu 2007/8 bodo pri doc. Dolinarju v okviru 2. modula (''Struktura in funkcija bioloških molekul'') pri predmetu ''Izbrana poglavja iz biokemije in molekularne biologije'' na sporedu tri teme: Ekspresijski sistemi (14. februarja 2008), Renaturacija rekombinantnih proteinov (19. februarja) in Izolacija in karakterizacija rekombinantnih proteinov (21. februarja). Predavanja in seminarji se bodo začeli vsakič ob 14:15 v veliki predavalnici Kemijskega inštituta na Hajdrihovi 19.  
== Splošno ==
Uvodnemu predavanju bodo sledili seminarji po naslednjem razporedu:
 
V študijskem letu 2012/13 bodo pri prof. Dolinarju v okviru 2. modula (''Struktura in funkcija bioloških molekul'') pri predmetu ''[http://www.uni-lj.si/files/ULJ/userfiles/ulj/studij_na_univerzi/podiplomski_studij/biomedicina/Urniki0809/BMB_%200809.pdf Izbrani procesi iz biokemije in molekularne biologije]'' na sporedu tri teme: Ekspresijski sistemi (26. februarja 2013), Renaturacija rekombinantnih proteinov (28. februarja) in Izolacija in karakterizacija rekombinantnih proteinov (5. marca). Predavanja in seminarji se bodo začeli vsakič ob 14:15 in bodo potekala na Kemijskem inštitutu na Hajdrihovi 19.  
Uvodnemu predavanju bodo sledili seminarji. Glede na število vpisanih študentov v 2. modul bomo letos izvedli štiri seminarje. Članki, ki so osnova za pripravo, so navedeni spodaj.
 
== Seznam seminarjev ==


{|
{|
Line 6: Line 10:
!datum
!datum
!članek za seminar
!članek za seminar
!še na voljo
!referent
!referent
|-
|-
|14. 02. 2008
|26. 02. 2013/
|Thomas A. Kost et al. (2005) Baculovirus as versatile vectors for protein expression in insect and mammalian cells. Nature Biotechnol. 23, 567-575
|Moazen et al.: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3544109/ Optimization of Taq DNA polymerase enzyme expression in ''Escherichia coli'']. Adv. Biomed. Res. (2012)...
|ne
|Sandra Ropret
|Blaž Nemec
|-
|-
|19. 02. 2008
|28. 02. 2013/
|Ursula Rinas et al. (2007) Inclusion body anatomy and functioning of chaperone-mediated in vivo inclusion body disassembly during high-level recombinant protein production in ''Escherichia coli''. J. Biotechnol. 127, 244–257
|Jaehme & Michel: [http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/febs.12105/pdf Evaluation of cell-free protein synthesis for the crystallization of membrane proteins – a case study on a member of the glutamate transporter family from ''Staphylothermus marinus'']. FEBS J. (2013)...
|da
|Matic Kisovec
|
|-
|-
|19. 02. 2008
|28.02. 2013/
|Elena Garcia-Fruitos et al. (2007) Divergent genetic control of protein solubility and conformational quality in ''Escherichia coli''. J. Mol. Biol. 374, 195–205
|  
|ne
|  
|Barbara Muščet
|-
|-
|21. 02. 2008
|05. 03. 2013/
|Yanhua Fan et al. (2007) Expression of a ''Beauveria bassiana'' chitinase (Bbchit1) in ''Escherichia coli'' and ''Pichia pastoris''. Protein Expr. Purif. 56, 93-99
|Han et al.: [http://www.pnas.org/content/109/31/12467.full.pdf Monitoring cotranslational protein folding in mammalian cells at codon resolution]. PNAS (2012)...
|ne
|Neža Juvan
|Maja Anko
|-
|-
|21. 02. 2008
|05. 03. 2013/
|Jean-Philippe Gaudry et al. (2008) Purification of the extracellular domain of the membrane protein GlialCAM expressed in HEK and CHO cells and comparison of the glycosylation. Protein Expr. Purif. in press
|Huang et al.: [http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0042207 Expression, Purification, and Mass Spectrometric Analysis of 15N, 13C-Labeled RGD-Hirudin, Expressed in ''Pichia pastoris'', for NMR Studies]. PLOS One (2012)...
|ne
|Mirijam Kozorog
|Nina Kočevar
|-
|/
|--
|}
|}
Prijave bom sprejemal po e-pošti do zasedbe vseh seminarskih tem.
== Navodila za pripravo ==
Seminarji predstavljajo pomemben del modula in jih bomo tako tudi ocenjevali. Samo 50 % ocene modula bodo predstavljali odgovori na izpitna vprašanja, 50 % ocene pa je ocena seminarja. Ta polovica ocene se oblikuje iz 60 % za predstavitev in povzetek ter 40 % za sodelovanje pri razpravah o seminarjih.
'''Vsak doktorski študent, ki je vpisal 2. modul, mora:'''<br>
- prebrati vsakega od člankov, ki jih bomo obravnavali na seminarjih, do datuma predstavitve<br>
- pripraviti vprašanja za razpravo<br>
- sodelovati v razpravi<br>
'''Vsak od referentov mora pripraviti naslednje:'''<br>
- povzetek seminarja s 1200-1600 besedami - lahko vključuje tudi slike, ni pa nujno (sklicujete se lahko na številke slik v originalnem članku); povzetek oddate na dan predstavitve v elektronski obliki in ga pošljite tudi vsem vpisanim študentom kot pomoč pri pripravi na izpit <br>
- predstavitev v programu PowerPoint v obsegu in na način, ki bo omogočil natančen vpogled v snov, predstavljeno v članku in bo služil kot osnova za razpravo <br>
'''Predstavitve naj bi bile dolge okrog 30 minut. V tem času boste morali razložiti:'''<br>
- ozadje/problem, ki ga članek obravnava, pri čemer poskušajte izluščiti ne samo namen dela, pač pa tudi delovno hipotezo <br>
- predhodno opravljeno delo (ali stanje stvari na tem področju) <br>
- konkreten delovni načrt za izvedbo raziskave <br>
- rezultate in metode (metodo smiselno vključite v rezultate) <br>
- kritično mnenje o članku (kaj je bilo dobro zastavljeno, izvedeno, predstavljeno, razloženo... in kaj ne) <br>
- uvod v razpravo <br>
'''Razprava o vsakem članku naj bi trajala vsaj 30 minut in mora biti poglobljena in argumentirana.''' Zato je res nujno, da članke berete sproti in temeljito!

Revision as of 01:07, 30 January 2013

Splošno

V študijskem letu 2012/13 bodo pri prof. Dolinarju v okviru 2. modula (Struktura in funkcija bioloških molekul) pri predmetu Izbrani procesi iz biokemije in molekularne biologije na sporedu tri teme: Ekspresijski sistemi (26. februarja 2013), Renaturacija rekombinantnih proteinov (28. februarja) in Izolacija in karakterizacija rekombinantnih proteinov (5. marca). Predavanja in seminarji se bodo začeli vsakič ob 14:15 in bodo potekala na Kemijskem inštitutu na Hajdrihovi 19. Uvodnemu predavanju bodo sledili seminarji. Glede na število vpisanih študentov v 2. modul bomo letos izvedli štiri seminarje. Članki, ki so osnova za pripravo, so navedeni spodaj.

Seznam seminarjev

datum članek za seminar referent
26. 02. 2013/ Moazen et al.: Optimization of Taq DNA polymerase enzyme expression in Escherichia coli. Adv. Biomed. Res. (2012)... Sandra Ropret
28. 02. 2013/ Jaehme & Michel: Evaluation of cell-free protein synthesis for the crystallization of membrane proteins – a case study on a member of the glutamate transporter family from Staphylothermus marinus. FEBS J. (2013)... Matic Kisovec
28.02. 2013/
05. 03. 2013/ Han et al.: Monitoring cotranslational protein folding in mammalian cells at codon resolution. PNAS (2012)... Neža Juvan
05. 03. 2013/ Huang et al.: Expression, Purification, and Mass Spectrometric Analysis of 15N, 13C-Labeled RGD-Hirudin, Expressed in Pichia pastoris, for NMR Studies. PLOS One (2012)... Mirijam Kozorog
/

Prijave bom sprejemal po e-pošti do zasedbe vseh seminarskih tem.

Navodila za pripravo

Seminarji predstavljajo pomemben del modula in jih bomo tako tudi ocenjevali. Samo 50 % ocene modula bodo predstavljali odgovori na izpitna vprašanja, 50 % ocene pa je ocena seminarja. Ta polovica ocene se oblikuje iz 60 % za predstavitev in povzetek ter 40 % za sodelovanje pri razpravah o seminarjih.

Vsak doktorski študent, ki je vpisal 2. modul, mora:
- prebrati vsakega od člankov, ki jih bomo obravnavali na seminarjih, do datuma predstavitve
- pripraviti vprašanja za razpravo
- sodelovati v razpravi

Vsak od referentov mora pripraviti naslednje:
- povzetek seminarja s 1200-1600 besedami - lahko vključuje tudi slike, ni pa nujno (sklicujete se lahko na številke slik v originalnem članku); povzetek oddate na dan predstavitve v elektronski obliki in ga pošljite tudi vsem vpisanim študentom kot pomoč pri pripravi na izpit
- predstavitev v programu PowerPoint v obsegu in na način, ki bo omogočil natančen vpogled v snov, predstavljeno v članku in bo služil kot osnova za razpravo

Predstavitve naj bi bile dolge okrog 30 minut. V tem času boste morali razložiti:
- ozadje/problem, ki ga članek obravnava, pri čemer poskušajte izluščiti ne samo namen dela, pač pa tudi delovno hipotezo
- predhodno opravljeno delo (ali stanje stvari na tem področju)
- konkreten delovni načrt za izvedbo raziskave
- rezultate in metode (metodo smiselno vključite v rezultate)
- kritično mnenje o članku (kaj je bilo dobro zastavljeno, izvedeno, predstavljeno, razloženo... in kaj ne)
- uvod v razpravo

Razprava o vsakem članku naj bi trajala vsaj 30 minut in mora biti poglobljena in argumentirana. Zato je res nujno, da članke berete sproti in temeljito!