FCCT Biochemistry Lab:Courses:BiomedSeminars: Difference between revisions

From OpenWetWare
Jump to navigationJump to search
No edit summary
(21 intermediate revisions by the same user not shown)
Line 1: Line 1:
== Splošno ==
== Splošno ==
Z letom 2007/8 se je prejšnji štiriletni univerzitetni podiplomski znanstveni program Biomedicina preoblikoval v triletni [http://www.uni-lj.si/files/ULJ/userfiles/ulj/studij_na_univerzi/podiplomski_studij/biomedicina/BrosuraBiomedicinaDoktorski2007.pdf doktorski študij], ki ga koordinira Medicinska fakulteta UL. Študenti, ki so se v preteklih vpisali v stari program, bodo študij po starem programu tudi dokončali, tisti, ki ste se vpisali v tem študijskem letu v 1. letnik, pa boste študirali po novem programu. Ta vključuje nove predmete in ima drugačna študijska pravila.<br>


V študijskem letu 2009/10 bodo pri doc. Dolinarju v okviru 2. modula (''Struktura in funkcija bioloških molekul'') pri predmetu ''[http://www.uni-lj.si/files/ULJ/userfiles/ulj/studij_na_univerzi/podiplomski_studij/biomedicina/Urniki0809/BMB_%200809.pdf Izbrani procesi iz biokemije in molekularne biologije]'' na sporedu tri teme: Ekspresijski sistemi (18. februarja 2009), Renaturacija rekombinantnih proteinov (23. februarja) in Izolacija in karakterizacija rekombinantnih proteinov (25. februarja). Predavanja in seminarji se bodo začeli vsakič ob 14:15 in bodo potekala na Kemijskem inštitutu na Hajdrihovi 19.  
V študijskem letu 2012/13 bodo pri prof. Dolinarju v okviru 2. modula (''Struktura in funkcija bioloških molekul'') pri predmetu ''[http://www.uni-lj.si/files/ULJ/userfiles/ulj/studij_na_univerzi/podiplomski_studij/biomedicina/Urniki0809/BMB_%200809.pdf Izbrani procesi iz biokemije in molekularne biologije]'' na sporedu tri teme: Ekspresijski sistemi (26. februarja 2013), Renaturacija rekombinantnih proteinov (28. februarja) in Izolacija in karakterizacija rekombinantnih proteinov (5. marca). Predavanja in seminarji se bodo začeli vsakič ob 14:15 in bodo potekala na Kemijskem inštitutu na Hajdrihovi 19.  
Uvodnemu predavanju bodo sledili seminarji. Glede na število vpisanih študentov v 2. modul bomo letos izvedli šest seminarjev. Članki, ki so osnova za pripravo, so navedeni spodaj.
Uvodnemu predavanju bodo sledili seminarji. Glede na število vpisanih študentov v 2. modul bomo letos izvedli štiri seminarje. Članki, ki so osnova za pripravo, so navedeni spodaj.


== Seznam seminarjev ==
== Seznam seminarjev ==
Line 13: Line 12:
!referent
!referent
|-
|-
|18. 02. 2010 /
|26. 02. 2013/
|Khabir et al.: [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=MImg&_imagekey=B6WPJ-4Y3TX8Y-1-1&_cdi=6992&_user=634383&_orig=search&_coverDate=01%2F07%2F2010&_sk=999999999&view=c&wchp=dGLzVtz-zSkzk&md5=4cf50dd5efd609221589afacb8698171&ie=/sdarticle.pdf Purification and functional characterization of a Camelid-like single-domain antimycotic antibody by engineering in affinity tag]. Protein Expr. Purif., v tisku (2010)...
|Moazen et al.: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3544109/ Optimization of Taq DNA polymerase enzyme expression in ''Escherichia coli'']. Adv. Biomed. Res. (2012)...
|(študent 1)
|Sandra Ropret
|-
|-
|18. 02. 2010 /
|28. 02. 2013/
|Bhatla et al.: [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=MImg&_imagekey=B6T4X-4Y4R306-1-1&_cdi=4986&_user=634383&_orig=search&_coverDate=01%2F11%2F2010&_sk=999999999&view=c&wchp=dGLzVtb-zSkWz&md5=1b4f92902698448945b54f6e2f502443&ie=/sdarticle.pdf Use of oil bodies and oleosins in recombinant protein production and other biotechnological applications]. Biotechnol. Adv., v tisku (2010)...
|Jaehme & Michel: [http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/febs.12105/pdf Evaluation of cell-free protein synthesis for the crystallization of membrane proteins – a case study on a member of the glutamate transporter family from ''Staphylothermus marinus'']. FEBS J. (2013)...
|Katja Ota
|Matic Kisovec
|-
|-
|23. 02. 2010 /
|28.02. 2013/
|Dee et al.: [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=MImg&_imagekey=B73DJ-4X378FF-2-9&_cdi=11472&_user=634383&_orig=search&_coverDate=12%2F31%2F2009&_sk=982059987&view=c&wchp=dGLbVzz-zSkWb&md5=f7a8c5362f07bc161e59499267b7bea5&ie=/sdarticle.pdf Recombinant prosegment acts as a folding catalyst and inhibitor of native pepsin]. Biochim. Biophys. Acta 1794, 1795-1801 (2009)...
|  
|Nataša Beranič
|  
|-
|-
|23. 02. 2010 /
|05. 03. 2013/
|Sahu et al.: [http://www.springerlink.com/content/y702650477562178/fulltext.pdf GroES and GroEL are essential chaperones for refolding of recombinant human phospholipid scramblase 1 in E. coli]. Biotechnol. Lett. 31, 1745-1752 (2009)...
|Han et al.: [http://www.pnas.org/content/109/31/12467.full.pdf Monitoring cotranslational protein folding in mammalian cells at codon resolution]. PNAS (2012)...
|Eva Sodja
|Neža Juvan
|-
|-
|25. 02. 2008 /
|05. 03. 2013/
|Rao et al.: [http://www.jmb.or.kr/submission/Journal/019/JMB019-12-20_FDOC_2.pdf Design and expression of recombinant antihypertensive peptide multimer gene in Escherichia coli BL21]. J. Microbiol. Biotechnol. 19,1620-1627 (2009)...
|Huang et al.: [http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0042207 Expression, Purification, and Mass Spectrometric Analysis of 15N, 13C-Labeled RGD-Hirudin, Expressed in ''Pichia pastoris'', for NMR Studies]. PLOS One (2012)...
|Jernej Kovač
|Mirijam Kozorog
|-
|-
|25. 02. 2010 /
|/
|Shen et al.: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2780291/pdf/pone.0008119.pdf Simplified, enhanced protein purification using an inducible, autoprocessing enzyme tag]. PLoS One 4, e8119 (2009)...
|--
|Jernej Rojko
|}
|}


Prijave bom sprejemal do zasedbe mest.
Prijave bom sprejemal po e-pošti do zasedbe vseh seminarskih tem.


== Navodila za pripravo ==
== Navodila za pripravo ==
Line 49: Line 47:
- sodelovati v razpravi<br>
- sodelovati v razpravi<br>


'''Vsak od treh referentov mora pripraviti naslednje:'''<br>
'''Vsak od referentov mora pripraviti naslednje:'''<br>
- povzetek seminarja s 1200-1600 besedami - lahko vključuje tudi slike, ni pa nujno (sklicujete se lahko na številke slik v originalnem članku); povzetek oddate na dan predstavitve v elektronski obliki in ga pošljite tudi vsem vpisanim študentom kot pomoč pri pripravi na izpit <br>
- povzetek seminarja s 1200-1600 besedami - lahko vključuje tudi slike, ni pa nujno (sklicujete se lahko na številke slik v originalnem članku); povzetek oddate na dan predstavitve v elektronski obliki in ga pošljite tudi vsem vpisanim študentom kot pomoč pri pripravi na izpit <br>
- predstavitev v programu PowerPoint v obsegu in na način, ki bo omogočil natančen vpogled v snov, predstavljeno v članku in bo služil kot osnova za razpravo <br>
- predstavitev v programu PowerPoint v obsegu in na način, ki bo omogočil natančen vpogled v snov, predstavljeno v članku in bo služil kot osnova za razpravo <br>

Revision as of 01:07, 30 January 2013

Splošno

V študijskem letu 2012/13 bodo pri prof. Dolinarju v okviru 2. modula (Struktura in funkcija bioloških molekul) pri predmetu Izbrani procesi iz biokemije in molekularne biologije na sporedu tri teme: Ekspresijski sistemi (26. februarja 2013), Renaturacija rekombinantnih proteinov (28. februarja) in Izolacija in karakterizacija rekombinantnih proteinov (5. marca). Predavanja in seminarji se bodo začeli vsakič ob 14:15 in bodo potekala na Kemijskem inštitutu na Hajdrihovi 19. Uvodnemu predavanju bodo sledili seminarji. Glede na število vpisanih študentov v 2. modul bomo letos izvedli štiri seminarje. Članki, ki so osnova za pripravo, so navedeni spodaj.

Seznam seminarjev

datum članek za seminar referent
26. 02. 2013/ Moazen et al.: Optimization of Taq DNA polymerase enzyme expression in Escherichia coli. Adv. Biomed. Res. (2012)... Sandra Ropret
28. 02. 2013/ Jaehme & Michel: Evaluation of cell-free protein synthesis for the crystallization of membrane proteins – a case study on a member of the glutamate transporter family from Staphylothermus marinus. FEBS J. (2013)... Matic Kisovec
28.02. 2013/
05. 03. 2013/ Han et al.: Monitoring cotranslational protein folding in mammalian cells at codon resolution. PNAS (2012)... Neža Juvan
05. 03. 2013/ Huang et al.: Expression, Purification, and Mass Spectrometric Analysis of 15N, 13C-Labeled RGD-Hirudin, Expressed in Pichia pastoris, for NMR Studies. PLOS One (2012)... Mirijam Kozorog
/

Prijave bom sprejemal po e-pošti do zasedbe vseh seminarskih tem.

Navodila za pripravo

Seminarji predstavljajo pomemben del modula in jih bomo tako tudi ocenjevali. Samo 50 % ocene modula bodo predstavljali odgovori na izpitna vprašanja, 50 % ocene pa je ocena seminarja. Ta polovica ocene se oblikuje iz 60 % za predstavitev in povzetek ter 40 % za sodelovanje pri razpravah o seminarjih.

Vsak doktorski študent, ki je vpisal 2. modul, mora:
- prebrati vsakega od člankov, ki jih bomo obravnavali na seminarjih, do datuma predstavitve
- pripraviti vprašanja za razpravo
- sodelovati v razpravi

Vsak od referentov mora pripraviti naslednje:
- povzetek seminarja s 1200-1600 besedami - lahko vključuje tudi slike, ni pa nujno (sklicujete se lahko na številke slik v originalnem članku); povzetek oddate na dan predstavitve v elektronski obliki in ga pošljite tudi vsem vpisanim študentom kot pomoč pri pripravi na izpit
- predstavitev v programu PowerPoint v obsegu in na način, ki bo omogočil natančen vpogled v snov, predstavljeno v članku in bo služil kot osnova za razpravo

Predstavitve naj bi bile dolge okrog 30 minut. V tem času boste morali razložiti:
- ozadje/problem, ki ga članek obravnava, pri čemer poskušajte izluščiti ne samo namen dela, pač pa tudi delovno hipotezo
- predhodno opravljeno delo (ali stanje stvari na tem področju)
- konkreten delovni načrt za izvedbo raziskave
- rezultate in metode (metodo smiselno vključite v rezultate)
- kritično mnenje o članku (kaj je bilo dobro zastavljeno, izvedeno, predstavljeno, razloženo... in kaj ne)
- uvod v razpravo

Razprava o vsakem članku naj bi trajala vsaj 30 minut in mora biti poglobljena in argumentirana. Zato je res nujno, da članke berete sproti in temeljito!