FCCT Biochemistry Lab:Courses:BiomedSeminars: Difference between revisions

From OpenWetWare
Jump to navigationJump to search
No edit summary
(8 intermediate revisions by the same user not shown)
Line 1: Line 1:
== Splošno ==
== Splošno ==


V študijskem letu 2011/12 bodo pri doc. Dolinarju v okviru 2. modula (''Struktura in funkcija bioloških molekul'') pri predmetu ''[http://www.uni-lj.si/files/ULJ/userfiles/ulj/studij_na_univerzi/podiplomski_studij/biomedicina/Urniki0809/BMB_%200809.pdf Izbrani procesi iz biokemije in molekularne biologije]'' na sporedu tri teme: Ekspresijski sistemi (14. februarja 2012), Renaturacija rekombinantnih proteinov (16. februarja) in Izolacija in karakterizacija rekombinantnih proteinov (21. februarja). Predavanja in seminarji se bodo začeli vsakič ob 14:15 in bodo potekala na Kemijskem inštitutu na Hajdrihovi 19.  
V študijskem letu 2012/13 bodo pri prof. Dolinarju v okviru 2. modula (''Struktura in funkcija bioloških molekul'') pri predmetu ''[http://www.uni-lj.si/files/ULJ/userfiles/ulj/studij_na_univerzi/podiplomski_studij/biomedicina/Urniki0809/BMB_%200809.pdf Izbrani procesi iz biokemije in molekularne biologije]'' na sporedu tri teme: Ekspresijski sistemi (26. februarja 2013), Renaturacija rekombinantnih proteinov (28. februarja) in Izolacija in karakterizacija rekombinantnih proteinov (5. marca). Predavanja in seminarji se bodo začeli vsakič ob 14:15 in bodo potekala na Kemijskem inštitutu na Hajdrihovi 19.  
Uvodnemu predavanju bodo sledili seminarji. Glede na število vpisanih študentov v 2. modul bomo letos izvedli šest seminarjev. Članki, ki so osnova za pripravo, so navedeni spodaj.
Uvodnemu predavanju bodo sledili seminarji. Glede na število vpisanih študentov v 2. modul bomo letos izvedli štiri seminarje. Članki, ki so osnova za pripravo, so navedeni spodaj.


== Seznam seminarjev ==
== Seznam seminarjev ==
Line 12: Line 12:
!referent
!referent
|-
|-
|14. 02. 2012/
|26. 02. 2013/
|Pleckaityte et al.: [http://www.microbialcellfactories.com/content/10/1/109/abstract Production in yeast of pseudotype virus-like particles harboring functionally active antibody fragments neutralizing the cytolytic activity of vaginolysin]. Microbial cell Fact. 10:109 (2011)...
|Moazen et al.: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3544109/ Optimization of Taq DNA polymerase enzyme expression in ''Escherichia coli'']. Adv. Biomed. Res. (2012)...
|študent 1
|Sandra Ropret
|-
|-
|14. 02. 2012/
|28. 02. 2013/
|Cohan et al.: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3131188/pdf/ijn-6-1217.pdf Design, modeling, expression, and chemoselective PEGylation of a new nanosize cysteine analog of erythropoietin]. Int. J. Nanomedicine 6 (2011)...
|Jaehme & Michel: [http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/febs.12105/pdf Evaluation of cell-free protein synthesis for the crystallization of membrane proteins – a case study on a member of the glutamate transporter family from ''Staphylothermus marinus'']. FEBS J. (2013)...
|študent 2
|Matic Kisovec
|-
|-
|16. 02. 2012/
|28.02. 2013/
|Peternelj & Komel: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3233469/pdf/ijms-12-08275.pdf Active Protein Aggregates Produced in ''Escherichia coli'']. Int. J. Mol. Sci. 12(11) (2011)...
|  
|študent 3
|  
|-
|-
|16. 02. 2012/
|05. 03. 2013/
|Yang et al.: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3146519/pdf/pone.0022981.pdf Highly efficient production of soluble proteins from insoluble inclusion bodies by a two-step-denaturing and refolding method]. PLoS One 6(7):e22981 (2011)...
|Han et al.: [http://www.pnas.org/content/109/31/12467.full.pdf Monitoring cotranslational protein folding in mammalian cells at codon resolution]. PNAS (2012)...
|Gašper Klančar
|Neža Juvan
|-
|-
|21. 02. 2012/
|05. 03. 2013/
|Smith et al.: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3169395/pdf/f-67-01015.pdf The Protein Maker: an automated system for high-throughput parallel purification]. Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun. 67(9)(2011)...
|Huang et al.: [http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0042207 Expression, Purification, and Mass Spectrometric Analysis of 15N, 13C-Labeled RGD-Hirudin, Expressed in ''Pichia pastoris'', for NMR Studies]. PLOS One (2012)...
|študent 5
|Mirijam Kozorog
|-
|-
|21. 02. 2012/
|/
|Tait & Straus: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3155487/pdf/1475-2859-10-51.pdf Overexpression and purification of U24 from human herpesvirus type-6 in ''E. coli'': unconventional use of oxidizing environments with a maltose binding protein-hexahistine dual tag to enhance membrane protein yield]. Microb Cell Fact. 10:51 (2011)...
|--
|študent 6
|}
|}



Revision as of 01:07, 30 January 2013

Splošno

V študijskem letu 2012/13 bodo pri prof. Dolinarju v okviru 2. modula (Struktura in funkcija bioloških molekul) pri predmetu Izbrani procesi iz biokemije in molekularne biologije na sporedu tri teme: Ekspresijski sistemi (26. februarja 2013), Renaturacija rekombinantnih proteinov (28. februarja) in Izolacija in karakterizacija rekombinantnih proteinov (5. marca). Predavanja in seminarji se bodo začeli vsakič ob 14:15 in bodo potekala na Kemijskem inštitutu na Hajdrihovi 19. Uvodnemu predavanju bodo sledili seminarji. Glede na število vpisanih študentov v 2. modul bomo letos izvedli štiri seminarje. Članki, ki so osnova za pripravo, so navedeni spodaj.

Seznam seminarjev

datum članek za seminar referent
26. 02. 2013/ Moazen et al.: Optimization of Taq DNA polymerase enzyme expression in Escherichia coli. Adv. Biomed. Res. (2012)... Sandra Ropret
28. 02. 2013/ Jaehme & Michel: Evaluation of cell-free protein synthesis for the crystallization of membrane proteins – a case study on a member of the glutamate transporter family from Staphylothermus marinus. FEBS J. (2013)... Matic Kisovec
28.02. 2013/
05. 03. 2013/ Han et al.: Monitoring cotranslational protein folding in mammalian cells at codon resolution. PNAS (2012)... Neža Juvan
05. 03. 2013/ Huang et al.: Expression, Purification, and Mass Spectrometric Analysis of 15N, 13C-Labeled RGD-Hirudin, Expressed in Pichia pastoris, for NMR Studies. PLOS One (2012)... Mirijam Kozorog
/

Prijave bom sprejemal po e-pošti do zasedbe vseh seminarskih tem.

Navodila za pripravo

Seminarji predstavljajo pomemben del modula in jih bomo tako tudi ocenjevali. Samo 50 % ocene modula bodo predstavljali odgovori na izpitna vprašanja, 50 % ocene pa je ocena seminarja. Ta polovica ocene se oblikuje iz 60 % za predstavitev in povzetek ter 40 % za sodelovanje pri razpravah o seminarjih.

Vsak doktorski študent, ki je vpisal 2. modul, mora:
- prebrati vsakega od člankov, ki jih bomo obravnavali na seminarjih, do datuma predstavitve
- pripraviti vprašanja za razpravo
- sodelovati v razpravi

Vsak od referentov mora pripraviti naslednje:
- povzetek seminarja s 1200-1600 besedami - lahko vključuje tudi slike, ni pa nujno (sklicujete se lahko na številke slik v originalnem članku); povzetek oddate na dan predstavitve v elektronski obliki in ga pošljite tudi vsem vpisanim študentom kot pomoč pri pripravi na izpit
- predstavitev v programu PowerPoint v obsegu in na način, ki bo omogočil natančen vpogled v snov, predstavljeno v članku in bo služil kot osnova za razpravo

Predstavitve naj bi bile dolge okrog 30 minut. V tem času boste morali razložiti:
- ozadje/problem, ki ga članek obravnava, pri čemer poskušajte izluščiti ne samo namen dela, pač pa tudi delovno hipotezo
- predhodno opravljeno delo (ali stanje stvari na tem področju)
- konkreten delovni načrt za izvedbo raziskave
- rezultate in metode (metodo smiselno vključite v rezultate)
- kritično mnenje o članku (kaj je bilo dobro zastavljeno, izvedeno, predstavljeno, razloženo... in kaj ne)
- uvod v razpravo

Razprava o vsakem članku naj bi trajala vsaj 30 minut in mora biti poglobljena in argumentirana. Zato je res nujno, da članke berete sproti in temeljito!