FCCT Biochemistry Lab:Courses:BiomedSeminars: Difference between revisions

From OpenWetWare
Jump to navigationJump to search
No edit summary
No edit summary
(46 intermediate revisions by the same user not shown)
Line 1: Line 1:
V študijskem letu 2007/8 bodo pri doc. Dolinarju v okviru 2. modula (''Struktura in funkcija bioloških molekul'') pri predmetu ''Izbrana poglavja iz biokemije in molekularne biologije'' na sporedu tri teme: Ekspresijski sistemi (14. februarja 2008), Renaturacija rekombinantnih proteinov (19. februarja) in Izolacija in karakterizacija rekombinantnih proteinov (21. februarja). Predavanja in seminarji se bodo začeli vsakič ob 14:15 v veliki predavalnici Kemijskega inštituta na Hajdrihovi 19.  
== Splošno ==
Uvodnemu predavanju bodo sledili seminarji po naslednjem razporedu:
 
V študijskem letu 2014/15 bodo pri prof. Dolinarju v okviru 2. modula (''Struktura in funkcija bioloških molekul'') pri predmetu ''[http://www.uni-lj.si/mma/Urnik%20BMB%2020142015%204.11./2014110513233417/  Izbrani procesi iz biokemije in molekularne biologije]'' na sporedu tri teme: Ekspresijski sistemi (12. februarja 2015), Renaturacija rekombinantnih proteinov (17. februarja) in Izolacija in karakterizacija rekombinantnih proteinov (19. februarja). Predavanja in seminarji se bodo začeli vsakič ob 14:15 in bodo potekala na Kemijskem inštitutu na Hajdrihovi 19 v Fegeševi sobi.  
Uvodnemu predavanju bodo sledili seminarji. Glede na število vpisanih študentov v 2. modul bomo letos izvedli dva seminarja. Članka, ki sta osnova za pripravo, sta navedena spodaj.
 
== Seznam seminarjev ==
 
vsi članki so oddani / izbrali si boste članke, ki jih bosta ponudila prof. Jerala in doc. Podobnikova


{|
{|
Line 8: Line 14:
!referent
!referent
|-
|-
|14. 02. 2008
|12. 02. 2015/
|Thomas A. Kost et al. (2005) Baculovirus as versatile vectors for protein expression in insect and mammalian cells. Nature Biotechnol. 23, 567-575
|Kaempf et at.: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4308876/ In vivo production of a novel glycoconjugate vaccine against Shigella flexneri 2a in recombinant Escherichia coli: identification of stimulating factors for in vivo glycosylation]. Microb. Cell Fact. (2015)...
|Blaž Nemec
| Saša Rezelj
|-
|-
|19. 02. 2008
|17. 02. 2015/
|Ursula Rinas et al. (2007) Inclusion body anatomy and functioning of chaperone-mediated in vivo inclusion body disassembly during high-level recombinant protein production in ''Escherichia coli''. J. Biotechnol. 127, 244–257
|Vink et al.: [http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1046202313002673# A simple, robust and highly efficient transient expression system for producing antibodies]. Methods (2014)...
|Katarina Trdina
| Nika Kruljec
|-
|-
|19. 02. 2008
|17. 02. 2015/
|Elena Garcia-Fruitos et al. (2007) Divergent genetic control of protein solubility and conformational quality in ''Escherichia coli''. J. Mol. Biol. 374, 195–205
|Song et al.: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4284786/ Refolded scFv antibody fragment against myoglobin shows rapid reaction kinetics]. Int. J. Mol. Sci. (2014)...
|Barbara Muščet
| Nana Škrjanc
|-
|-
|21. 02. 2008
|19.02. 2015/
|Yanhua Fan et al. (2007) Expression of a ''Beauveria bassiana'' chitinase (Bbchit1) in ''Escherichia coli'' and ''Pichia pastoris''. Protein Expr. Purif. 56, 93-99
|Beiroti et al.: [http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1046592814001508 Effect of post-solubilization conditions on the yield and efficiency of recombinant streptokinase purification at large-scale]. Protein Expression and Purification (2014)...
|Maja Anko
| Tamara Knific
|-
|-
|21. 02. 2008
|19.02. 2015/
|Jean-Philippe Gaudry et al. (2008) Purification of the extracellular domain of the membrane protein GlialCAM expressed in HEK and CHO cells and comparison of the glycosylation. Protein Expr. Purif. in press
|Članek za skupno razpravo (brez posebne predstavitve): [http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1319562X13000454 seminar 5]
|Nina Kočevar
|/
|--
|}
|}


Navodila za pripravo seminarjev bom pripravil do 7. februarja.
Prijave sem sprejemal po e-pošti do zasedbe seminarskih tem.
 
== Navodila za pripravo ==
 
Seminarji predstavljajo pomemben del modula in jih bomo tako tudi ocenjevali. Samo 50 % ocene modula bodo predstavljali odgovori na izpitna vprašanja, 50 % ocene pa je ocena seminarja. Ta polovica ocene se oblikuje iz 60 % za predstavitev in povzetek ter 40 % za sodelovanje pri razpravah o seminarjih.
 
'''Vsak doktorski študent, ki je vpisal 2. modul, mora:'''<br>
- prebrati vsakega od člankov, ki jih bomo obravnavali na seminarjih, do datuma predstavitve<br>
- pripraviti vprašanja za razpravo<br>
- sodelovati v razpravi<br>
 
'''Vsak od referentov mora pripraviti naslednje:'''<br>
- povzetek seminarja s 1200-1600 besedami - lahko vključuje tudi slike, ni pa nujno (sklicujete se lahko na številke slik v originalnem članku); povzetek oddate na dan predstavitve v elektronski obliki in ga pošljite tudi vsem vpisanim študentom kot pomoč pri pripravi na izpit ''(izjemoma letos ne, ker imate pri tem modulu dvojno število seminarjev)'' <br>
- predstavitev v programu PowerPoint v obsegu in na način, ki bo omogočil natančen vpogled v snov, predstavljeno v članku in bo služil kot osnova za razpravo <br>
 
'''Predstavitve naj bi bile dolge okrog 30 minut. V tem času boste morali razložiti:'''<br>
- ozadje/problem, ki ga članek obravnava, pri čemer poskušajte izluščiti ne samo namen dela, pač pa tudi delovno hipotezo <br>
- predhodno opravljeno delo (ali stanje stvari na tem področju) <br>
- konkreten delovni načrt za izvedbo raziskave <br>
- rezultate in metode (metodo smiselno vključite v rezultate) <br>
- kritično mnenje o članku (kaj je bilo dobro zastavljeno, izvedeno, predstavljeno, razloženo... in kaj ne) <br>
- uvod v razpravo <br>
 
'''Razprava o vsakem članku naj bi trajala vsaj 30 minut in mora biti poglobljena in argumentirana.''' Zato je res nujno, da članke berete sproti in temeljito!

Revision as of 09:42, 11 February 2015

Splošno

V študijskem letu 2014/15 bodo pri prof. Dolinarju v okviru 2. modula (Struktura in funkcija bioloških molekul) pri predmetu Izbrani procesi iz biokemije in molekularne biologije na sporedu tri teme: Ekspresijski sistemi (12. februarja 2015), Renaturacija rekombinantnih proteinov (17. februarja) in Izolacija in karakterizacija rekombinantnih proteinov (19. februarja). Predavanja in seminarji se bodo začeli vsakič ob 14:15 in bodo potekala na Kemijskem inštitutu na Hajdrihovi 19 v Fegeševi sobi. Uvodnemu predavanju bodo sledili seminarji. Glede na število vpisanih študentov v 2. modul bomo letos izvedli dva seminarja. Članka, ki sta osnova za pripravo, sta navedena spodaj.

Seznam seminarjev

vsi članki so oddani / izbrali si boste članke, ki jih bosta ponudila prof. Jerala in doc. Podobnikova
datum članek za seminar referent
12. 02. 2015/ Kaempf et at.: In vivo production of a novel glycoconjugate vaccine against Shigella flexneri 2a in recombinant Escherichia coli: identification of stimulating factors for in vivo glycosylation. Microb. Cell Fact. (2015)... Saša Rezelj
17. 02. 2015/ Vink et al.: A simple, robust and highly efficient transient expression system for producing antibodies. Methods (2014)... Nika Kruljec
17. 02. 2015/ Song et al.: Refolded scFv antibody fragment against myoglobin shows rapid reaction kinetics. Int. J. Mol. Sci. (2014)... Nana Škrjanc
19.02. 2015/ Beiroti et al.: Effect of post-solubilization conditions on the yield and efficiency of recombinant streptokinase purification at large-scale. Protein Expression and Purification (2014)... Tamara Knific
19.02. 2015/ Članek za skupno razpravo (brez posebne predstavitve): seminar 5 /

Prijave sem sprejemal po e-pošti do zasedbe seminarskih tem.

Navodila za pripravo

Seminarji predstavljajo pomemben del modula in jih bomo tako tudi ocenjevali. Samo 50 % ocene modula bodo predstavljali odgovori na izpitna vprašanja, 50 % ocene pa je ocena seminarja. Ta polovica ocene se oblikuje iz 60 % za predstavitev in povzetek ter 40 % za sodelovanje pri razpravah o seminarjih.

Vsak doktorski študent, ki je vpisal 2. modul, mora:
- prebrati vsakega od člankov, ki jih bomo obravnavali na seminarjih, do datuma predstavitve
- pripraviti vprašanja za razpravo
- sodelovati v razpravi

Vsak od referentov mora pripraviti naslednje:
- povzetek seminarja s 1200-1600 besedami - lahko vključuje tudi slike, ni pa nujno (sklicujete se lahko na številke slik v originalnem članku); povzetek oddate na dan predstavitve v elektronski obliki in ga pošljite tudi vsem vpisanim študentom kot pomoč pri pripravi na izpit (izjemoma letos ne, ker imate pri tem modulu dvojno število seminarjev)
- predstavitev v programu PowerPoint v obsegu in na način, ki bo omogočil natančen vpogled v snov, predstavljeno v članku in bo služil kot osnova za razpravo

Predstavitve naj bi bile dolge okrog 30 minut. V tem času boste morali razložiti:
- ozadje/problem, ki ga članek obravnava, pri čemer poskušajte izluščiti ne samo namen dela, pač pa tudi delovno hipotezo
- predhodno opravljeno delo (ali stanje stvari na tem področju)
- konkreten delovni načrt za izvedbo raziskave
- rezultate in metode (metodo smiselno vključite v rezultate)
- kritično mnenje o članku (kaj je bilo dobro zastavljeno, izvedeno, predstavljeno, razloženo... in kaj ne)
- uvod v razpravo

Razprava o vsakem članku naj bi trajala vsaj 30 minut in mora biti poglobljena in argumentirana. Zato je res nujno, da članke berete sproti in temeljito!