FCCT Biochemistry Lab:Courses:BiomedSeminars: Difference between revisions

From OpenWetWare
Jump to navigationJump to search
No edit summary
No edit summary
(42 intermediate revisions by the same user not shown)
Line 1: Line 1:
== Splošno ==
== Splošno ==
Z letom 2007/8 se je prejšnji štiriletni univerzitetni podiplomski znanstveni program Biomedicina preoblikoval v triletni [http://www.uni-lj.si/files/ULJ/userfiles/ulj/studij_na_univerzi/podiplomski_studij/biomedicina/BrosuraBiomedicinaDoktorski2007.pdf doktorski študij], ki ga koordinira Medicinska fakulteta UL. Študenti, ki so se v preteklih vpisali v stari program, bodo študij po starem programu tudi dokončali, tisti, ki ste se vpisali v tem študijskem letu v 1. letnik, pa boste študirali po novem programu. Ta vključuje nove predmete in ima drugačna študijska pravila.<br>
 
V študijskem letu 2007/8 bodo pri doc. Dolinarju v okviru 2. modula (''Struktura in funkcija bioloških molekul'') pri predmetu ''I[http://www.uni-lj.si/files/ULJ/userfiles/ulj/studij_na_univerzi/podiplomski_studij/biomedicina/Urniki0708/BMB-0708.pdf zbrani procesi iz biokemije in molekularne biologije]'' na sporedu tri teme: Ekspresijski sistemi (14. februarja 2008), Renaturacija rekombinantnih proteinov (19. februarja) in Izolacija in karakterizacija rekombinantnih proteinov (21. februarja). Predavanja in seminarji se bodo začeli vsakič ob 14:15 v veliki predavalnici Kemijskega inštituta na Hajdrihovi 19.  
V študijskem letu 2014/15 bodo pri prof. Dolinarju v okviru 2. modula (''Struktura in funkcija bioloških molekul'') pri predmetu ''[http://www.uni-lj.si/mma/Urnik%20BMB%2020142015%204.11./2014110513233417/ Izbrani procesi iz biokemije in molekularne biologije]'' na sporedu tri teme: Ekspresijski sistemi (12. februarja 2015), Renaturacija rekombinantnih proteinov (17. februarja) in Izolacija in karakterizacija rekombinantnih proteinov (19. februarja). Predavanja in seminarji se bodo začeli vsakič ob 14:15 in bodo potekala na Kemijskem inštitutu na Hajdrihovi 19 v Fegeševi sobi.  
Uvodnemu predavanju bodo sledili seminarji po naslednjem razporedu:
Uvodnemu predavanju bodo sledili seminarji. Glede na število vpisanih študentov v 2. modul bomo letos izvedli dva seminarja. Članka, ki sta osnova za pripravo, sta navedena spodaj.


== Seznam seminarjev ==
== Seznam seminarjev ==
vsi članki so oddani / izbrali si boste članke, ki jih bosta ponudila prof. Jerala in doc. Podobnikova


{|
{|
Line 12: Line 14:
!referent
!referent
|-
|-
|14. 02. 2008
|12. 02. 2015/
|Thomas A. Kost et al. (2005) Baculovirus as versatile vectors for protein expression in insect and mammalian cells. [http://www.nature.com/nbt/journal/v23/n5/abs/nbt1095.html Nature Biotechnol. 23, 567-575]
|Kaempf et at.: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4308876/ In vivo production of a novel glycoconjugate vaccine against Shigella flexneri 2a in recombinant Escherichia coli: identification of stimulating factors for in vivo glycosylation]. Microb. Cell Fact. (2015)...
|Blaž Nemec
| Saša Rezelj
|-
|-
|19. 02. 2008
|17. 02. 2015/
|Ursula Rinas et al. (2007) Inclusion body anatomy and functioning of chaperone-mediated in vivo inclusion body disassembly during high-level recombinant protein production in ''Escherichia coli''. [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6T3C-4KDV0HY-1&_user=634383&_rdoc=1&_fmt=&_orig=search&_sort=d&view=c&_acct=C000033638&_version=1&_urlVersion=0&_userid=634383&md5=80ede503454915bc583f59a721447198 J. Biotechnol. 127, 244–257]
|Vink et al.: [http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1046202313002673# A simple, robust and highly efficient transient expression system for producing antibodies]. Methods (2014)...
|Katarina Trdina
| Nika Kruljec
|-
|-
|19. 02. 2008
|17. 02. 2015/
|Elena Garcia-Fruitos et al. (2007) Divergent genetic control of protein solubility and conformational quality in ''Escherichia coli''. [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6WK7-4PMJK6P-5&_user=634383&_rdoc=1&_fmt=&_orig=search&_sort=d&view=c&_acct=C000033638&_version=1&_urlVersion=0&_userid=634383&md5=215fa12ca177ba305d4faa157c79994f J. Mol. Biol. 374, 195–205]
|Song et al.: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4284786/ Refolded scFv antibody fragment against myoglobin shows rapid reaction kinetics]. Int. J. Mol. Sci. (2014)...
|Barbara Muščet
| Nana Škrjanc
|-
|-
|21. 02. 2008
|19.02. 2015/
|Yanhua Fan et al. (2007) Expression of a ''Beauveria bassiana'' chitinase (Bbchit1) in ''Escherichia coli'' and ''Pichia pastoris''. [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6WPJ-4P5NX48-3&_user=634383&_rdoc=1&_fmt=&_orig=search&_sort=d&view=c&_acct=C000033638&_version=1&_urlVersion=0&_userid=634383&md5=812a467c68b4b1bcce35a2ecd0688320 Protein Expr. Purif. 56, 93-99]
|Beiroti et al.: [http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1046592814001508 Effect of post-solubilization conditions on the yield and efficiency of recombinant streptokinase purification at large-scale]. Protein Expression and Purification (2014)...
|Maja Anko
| Tamara Knific
|-
|-
|21. 02. 2008
|19.02. 2015/
|Jean-Philippe Gaudry et al. (2008) Purification of the extracellular domain of the membrane protein GlialCAM expressed in HEK and CHO cells and comparison of the glycosylation. [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6WPJ-4R3358G-1&_user=634383&_rdoc=1&_fmt=&_orig=search&_sort=d&view=c&_acct=C000033638&_version=1&_urlVersion=0&_userid=634383&md5=08452be8631f95398d9232dc2b141c10 Protein Expr. Purif. 58, 94-102]
|Članek za skupno razpravo (brez posebne predstavitve): [http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1319562X13000454 seminar 5]
|Nina Kočevar
|/
|--
|}
|}
Prijave sem sprejemal po e-pošti do zasedbe seminarskih tem.


== Navodila za pripravo ==
== Navodila za pripravo ==
Line 42: Line 47:
- sodelovati v razpravi<br>
- sodelovati v razpravi<br>


'''Vsak od petih referentov mora pripraviti naslednje:'''<br>
'''Vsak od referentov mora pripraviti naslednje:'''<br>
- povzetek seminarja s 1200-1600 besedami - lahko vključuje tudi slike, ni pa nujno (sklicujete se lahko na slike v originalnem članku); povzetek oddate na dan predstavitve v elektronski obliki in ga bodo dobili vsi vpisani študenti kot pomoč pri pripravi na izpit <br>
- povzetek seminarja s 1200-1600 besedami - lahko vključuje tudi slike, ni pa nujno (sklicujete se lahko na številke slik v originalnem članku); povzetek oddate na dan predstavitve v elektronski obliki in ga pošljite tudi vsem vpisanim študentom kot pomoč pri pripravi na izpit ''(izjemoma letos ne, ker imate pri tem modulu dvojno število seminarjev)'' <br>
- predstavitev v programu PowerPoint v obsegu in na način, ki bo omogočil natančen vpogled v snov, predstavljeno v članku in bo služil kot osnova za razpravo <br>
- predstavitev v programu PowerPoint v obsegu in na način, ki bo omogočil natančen vpogled v snov, predstavljeno v članku in bo služil kot osnova za razpravo <br>


'''Predstavitve naj bi bile dolge okrog 45 minut. V tem času boste morali razložiti:'''<br>
'''Predstavitve naj bi bile dolge okrog 30 minut. V tem času boste morali razložiti:'''<br>
- ozadje/problem, ki ga članek obravnava, pri čemer poskušajte izluščiti ne samo namen dela, pač pa tudi delovno hipotezo <br>
- ozadje/problem, ki ga članek obravnava, pri čemer poskušajte izluščiti ne samo namen dela, pač pa tudi delovno hipotezo <br>
- predhodno opravljeno delo (ali stanje stvari na tem področju) <br>
- predhodno opravljeno delo (ali stanje stvari na tem področju) <br>

Revision as of 09:42, 11 February 2015

Splošno

V študijskem letu 2014/15 bodo pri prof. Dolinarju v okviru 2. modula (Struktura in funkcija bioloških molekul) pri predmetu Izbrani procesi iz biokemije in molekularne biologije na sporedu tri teme: Ekspresijski sistemi (12. februarja 2015), Renaturacija rekombinantnih proteinov (17. februarja) in Izolacija in karakterizacija rekombinantnih proteinov (19. februarja). Predavanja in seminarji se bodo začeli vsakič ob 14:15 in bodo potekala na Kemijskem inštitutu na Hajdrihovi 19 v Fegeševi sobi. Uvodnemu predavanju bodo sledili seminarji. Glede na število vpisanih študentov v 2. modul bomo letos izvedli dva seminarja. Članka, ki sta osnova za pripravo, sta navedena spodaj.

Seznam seminarjev

vsi članki so oddani / izbrali si boste članke, ki jih bosta ponudila prof. Jerala in doc. Podobnikova
datum članek za seminar referent
12. 02. 2015/ Kaempf et at.: In vivo production of a novel glycoconjugate vaccine against Shigella flexneri 2a in recombinant Escherichia coli: identification of stimulating factors for in vivo glycosylation. Microb. Cell Fact. (2015)... Saša Rezelj
17. 02. 2015/ Vink et al.: A simple, robust and highly efficient transient expression system for producing antibodies. Methods (2014)... Nika Kruljec
17. 02. 2015/ Song et al.: Refolded scFv antibody fragment against myoglobin shows rapid reaction kinetics. Int. J. Mol. Sci. (2014)... Nana Škrjanc
19.02. 2015/ Beiroti et al.: Effect of post-solubilization conditions on the yield and efficiency of recombinant streptokinase purification at large-scale. Protein Expression and Purification (2014)... Tamara Knific
19.02. 2015/ Članek za skupno razpravo (brez posebne predstavitve): seminar 5 /

Prijave sem sprejemal po e-pošti do zasedbe seminarskih tem.

Navodila za pripravo

Seminarji predstavljajo pomemben del modula in jih bomo tako tudi ocenjevali. Samo 50 % ocene modula bodo predstavljali odgovori na izpitna vprašanja, 50 % ocene pa je ocena seminarja. Ta polovica ocene se oblikuje iz 60 % za predstavitev in povzetek ter 40 % za sodelovanje pri razpravah o seminarjih.

Vsak doktorski študent, ki je vpisal 2. modul, mora:
- prebrati vsakega od člankov, ki jih bomo obravnavali na seminarjih, do datuma predstavitve
- pripraviti vprašanja za razpravo
- sodelovati v razpravi

Vsak od referentov mora pripraviti naslednje:
- povzetek seminarja s 1200-1600 besedami - lahko vključuje tudi slike, ni pa nujno (sklicujete se lahko na številke slik v originalnem članku); povzetek oddate na dan predstavitve v elektronski obliki in ga pošljite tudi vsem vpisanim študentom kot pomoč pri pripravi na izpit (izjemoma letos ne, ker imate pri tem modulu dvojno število seminarjev)
- predstavitev v programu PowerPoint v obsegu in na način, ki bo omogočil natančen vpogled v snov, predstavljeno v članku in bo služil kot osnova za razpravo

Predstavitve naj bi bile dolge okrog 30 minut. V tem času boste morali razložiti:
- ozadje/problem, ki ga članek obravnava, pri čemer poskušajte izluščiti ne samo namen dela, pač pa tudi delovno hipotezo
- predhodno opravljeno delo (ali stanje stvari na tem področju)
- konkreten delovni načrt za izvedbo raziskave
- rezultate in metode (metodo smiselno vključite v rezultate)
- kritično mnenje o članku (kaj je bilo dobro zastavljeno, izvedeno, predstavljeno, razloženo... in kaj ne)
- uvod v razpravo

Razprava o vsakem članku naj bi trajala vsaj 30 minut in mora biti poglobljena in argumentirana. Zato je res nujno, da članke berete sproti in temeljito!