FCCT Biochemistry Lab:Courses:BiomedSeminars: Difference between revisions

From OpenWetWare
Jump to navigationJump to search
No edit summary
(10 intermediate revisions by the same user not shown)
Line 1: Line 1:
== Splošno ==
== Splošno ==


V študijskem letu 2011/12 bodo pri doc. Dolinarju v okviru 2. modula (''Struktura in funkcija bioloških molekul'') pri predmetu ''[http://www.uni-lj.si/files/ULJ/userfiles/ulj/studij_na_univerzi/podiplomski_studij/biomedicina/Urniki0809/BMB_%200809.pdf Izbrani procesi iz biokemije in molekularne biologije]'' na sporedu tri teme: Ekspresijski sistemi (14. februarja 2012), Renaturacija rekombinantnih proteinov (16. februarja) in Izolacija in karakterizacija rekombinantnih proteinov (21. februarja). Predavanja in seminarji se bodo začeli vsakič ob 14:15 in bodo potekala na Kemijskem inštitutu na Hajdrihovi 19.  
V študijskem letu 2014/15 bodo pri prof. Dolinarju v okviru 2. modula (''Struktura in funkcija bioloških molekul'') pri predmetu ''[http://www.uni-lj.si/mma/Urnik%20BMB%2020142015%204.11./2014110513233417/ Izbrani procesi iz biokemije in molekularne biologije]'' na sporedu tri teme: Ekspresijski sistemi (12. februarja 2015), Renaturacija rekombinantnih proteinov (17. februarja) in Izolacija in karakterizacija rekombinantnih proteinov (19. februarja). Predavanja in seminarji se bodo začeli vsakič ob 14:15 in bodo potekala na Kemijskem inštitutu na Hajdrihovi 19 v Fegeševi sobi.  
Uvodnemu predavanju bodo sledili seminarji. Glede na število vpisanih študentov v 2. modul bomo letos izvedli šest seminarjev. Članki, ki so osnova za pripravo, so navedeni spodaj.
Uvodnemu predavanju bodo sledili seminarji. Glede na število vpisanih študentov v 2. modul bomo letos izvedli dva seminarja. Članka, ki sta osnova za pripravo, sta navedena spodaj.


== Seznam seminarjev ==
== Seznam seminarjev ==
vsi članki so oddani / izbrali si boste članke, ki jih bosta ponudila prof. Jerala in doc. Podobnikova


{|
{|
Line 12: Line 14:
!referent
!referent
|-
|-
|14. 02. 2012/
|12. 02. 2015/
|Pleckaityte et al.: [http://www.microbialcellfactories.com/content/10/1/109/abstract Production in yeast of pseudotype virus-like particles harboring functionally active antibody fragments neutralizing the cytolytic activity of vaginolysin]. Microbial cell Fact. 10:109 (2011)...
|Kaempf et at.: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4308876/ In vivo production of a novel glycoconjugate vaccine against Shigella flexneri 2a in recombinant Escherichia coli: identification of stimulating factors for in vivo glycosylation]. Microb. Cell Fact. (2015)...
|študent 1
| Saša Rezelj
|-
|/
|
|
|-
|-
|16. 02. 2012/
|17. 02. 2015/
|Peternelj & Komel: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3233469/pdf/ijms-12-08275.pdf Active Protein Aggregates Produced in ''Escherichia coli'']. Int. J. Mol. Sci. 12(11) (2011)...
|Vink et al.: [http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1046202313002673# A simple, robust and highly efficient transient expression system for producing antibodies]. Methods (2014)...
|študent 2
| Nika Kruljec
|-
|-
|16. 02. 2012/
|17. 02. 2015/
|Yang et al.: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3146519/pdf/pone.0022981.pdf Highly efficient production of soluble proteins from insoluble inclusion bodies by a two-step-denaturing and refolding method]. PLoS One 6(7):e22981 (2011)...
|Song et al.: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4284786/ Refolded scFv antibody fragment against myoglobin shows rapid reaction kinetics]. Int. J. Mol. Sci. (2014)...
|Gašper Klančar
| Nana Škrjanc
|-
|-
|21. 02. 2012/
|19.02. 2015/
|Smith et al.: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3169395/pdf/f-67-01015.pdf The Protein Maker: an automated system for high-throughput parallel purification]. Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun. 67(9)(2011)...
|Beiroti et al.: [http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1046592814001508 Effect of post-solubilization conditions on the yield and efficiency of recombinant streptokinase purification at large-scale]. Protein Expression and Purification (2014)...
|Vid Kočar
| Tamara Knific
|-
|-
|21. 02. 2012/
|19.02. 2015/
|Tait & Straus: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3155487/pdf/1475-2859-10-51.pdf Overexpression and purification of U24 from human herpesvirus type-6 in ''E. coli'': unconventional use of oxidizing environments with a maltose binding protein-hexahistine dual tag to enhance membrane protein yield]. Microb Cell Fact. 10:51 (2011)...
|Članek za skupno razpravo (brez posebne predstavitve): [http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1319562X13000454 seminar 5]
|študent 5
|/
|--
|}
|}


Prijave bom sprejemal po e-pošti do zasedbe vseh seminarskih tem.
Prijave sem sprejemal po e-pošti do zasedbe seminarskih tem.


== Navodila za pripravo ==
== Navodila za pripravo ==
Line 49: Line 48:


'''Vsak od referentov mora pripraviti naslednje:'''<br>
'''Vsak od referentov mora pripraviti naslednje:'''<br>
- povzetek seminarja s 1200-1600 besedami - lahko vključuje tudi slike, ni pa nujno (sklicujete se lahko na številke slik v originalnem članku); povzetek oddate na dan predstavitve v elektronski obliki in ga pošljite tudi vsem vpisanim študentom kot pomoč pri pripravi na izpit <br>
- povzetek seminarja s 1200-1600 besedami - lahko vključuje tudi slike, ni pa nujno (sklicujete se lahko na številke slik v originalnem članku); povzetek oddate na dan predstavitve v elektronski obliki in ga pošljite tudi vsem vpisanim študentom kot pomoč pri pripravi na izpit ''(izjemoma letos ne, ker imate pri tem modulu dvojno število seminarjev)'' <br>
- predstavitev v programu PowerPoint v obsegu in na način, ki bo omogočil natančen vpogled v snov, predstavljeno v članku in bo služil kot osnova za razpravo <br>
- predstavitev v programu PowerPoint v obsegu in na način, ki bo omogočil natančen vpogled v snov, predstavljeno v članku in bo služil kot osnova za razpravo <br>



Revision as of 09:42, 11 February 2015

Splošno

V študijskem letu 2014/15 bodo pri prof. Dolinarju v okviru 2. modula (Struktura in funkcija bioloških molekul) pri predmetu Izbrani procesi iz biokemije in molekularne biologije na sporedu tri teme: Ekspresijski sistemi (12. februarja 2015), Renaturacija rekombinantnih proteinov (17. februarja) in Izolacija in karakterizacija rekombinantnih proteinov (19. februarja). Predavanja in seminarji se bodo začeli vsakič ob 14:15 in bodo potekala na Kemijskem inštitutu na Hajdrihovi 19 v Fegeševi sobi. Uvodnemu predavanju bodo sledili seminarji. Glede na število vpisanih študentov v 2. modul bomo letos izvedli dva seminarja. Članka, ki sta osnova za pripravo, sta navedena spodaj.

Seznam seminarjev

vsi članki so oddani / izbrali si boste članke, ki jih bosta ponudila prof. Jerala in doc. Podobnikova
datum članek za seminar referent
12. 02. 2015/ Kaempf et at.: In vivo production of a novel glycoconjugate vaccine against Shigella flexneri 2a in recombinant Escherichia coli: identification of stimulating factors for in vivo glycosylation. Microb. Cell Fact. (2015)... Saša Rezelj
17. 02. 2015/ Vink et al.: A simple, robust and highly efficient transient expression system for producing antibodies. Methods (2014)... Nika Kruljec
17. 02. 2015/ Song et al.: Refolded scFv antibody fragment against myoglobin shows rapid reaction kinetics. Int. J. Mol. Sci. (2014)... Nana Škrjanc
19.02. 2015/ Beiroti et al.: Effect of post-solubilization conditions on the yield and efficiency of recombinant streptokinase purification at large-scale. Protein Expression and Purification (2014)... Tamara Knific
19.02. 2015/ Članek za skupno razpravo (brez posebne predstavitve): seminar 5 /

Prijave sem sprejemal po e-pošti do zasedbe seminarskih tem.

Navodila za pripravo

Seminarji predstavljajo pomemben del modula in jih bomo tako tudi ocenjevali. Samo 50 % ocene modula bodo predstavljali odgovori na izpitna vprašanja, 50 % ocene pa je ocena seminarja. Ta polovica ocene se oblikuje iz 60 % za predstavitev in povzetek ter 40 % za sodelovanje pri razpravah o seminarjih.

Vsak doktorski študent, ki je vpisal 2. modul, mora:
- prebrati vsakega od člankov, ki jih bomo obravnavali na seminarjih, do datuma predstavitve
- pripraviti vprašanja za razpravo
- sodelovati v razpravi

Vsak od referentov mora pripraviti naslednje:
- povzetek seminarja s 1200-1600 besedami - lahko vključuje tudi slike, ni pa nujno (sklicujete se lahko na številke slik v originalnem članku); povzetek oddate na dan predstavitve v elektronski obliki in ga pošljite tudi vsem vpisanim študentom kot pomoč pri pripravi na izpit (izjemoma letos ne, ker imate pri tem modulu dvojno število seminarjev)
- predstavitev v programu PowerPoint v obsegu in na način, ki bo omogočil natančen vpogled v snov, predstavljeno v članku in bo služil kot osnova za razpravo

Predstavitve naj bi bile dolge okrog 30 minut. V tem času boste morali razložiti:
- ozadje/problem, ki ga članek obravnava, pri čemer poskušajte izluščiti ne samo namen dela, pač pa tudi delovno hipotezo
- predhodno opravljeno delo (ali stanje stvari na tem področju)
- konkreten delovni načrt za izvedbo raziskave
- rezultate in metode (metodo smiselno vključite v rezultate)
- kritično mnenje o članku (kaj je bilo dobro zastavljeno, izvedeno, predstavljeno, razloženo... in kaj ne)
- uvod v razpravo

Razprava o vsakem članku naj bi trajala vsaj 30 minut in mora biti poglobljena in argumentirana. Zato je res nujno, da članke berete sproti in temeljito!