FCCT Biochemistry Lab:Courses:BiomedSeminars: Difference between revisions

From OpenWetWare
Jump to navigationJump to search
 
(38 intermediate revisions by the same user not shown)
Line 1: Line 1:
== Splošno ==
== Splošno ==


V študijskem letu 2011/12 bodo pri doc. Dolinarju v okviru 2. modula (''Struktura in funkcija bioloških molekul'') pri predmetu ''[http://www.uni-lj.si/files/ULJ/userfiles/ulj/studij_na_univerzi/podiplomski_studij/biomedicina/Urniki0809/BMB_%200809.pdf Izbrani procesi iz biokemije in molekularne biologije]'' na sporedu tri teme: Ekspresijski sistemi (14. februarja 2012), Renaturacija rekombinantnih proteinov (16. februarja) in Izolacija in karakterizacija rekombinantnih proteinov (21. februarja). Predavanja in seminarji se bodo začeli vsakič ob 14:15 in bodo potekala na Kemijskem inštitutu na Hajdrihovi 19.  
V študijskem letu 2016/17 bodo pri prof. Dolinarju v okviru 2. modula (''Struktura in funkcija bioloških molekul'') pri predmetu ''[https://www.uni-lj.si/mma/Ibrani%20procesi/2016091510513645/ Izbrani procesi iz biokemije in molekularne biologije]'' na sporedu tri teme: Ekspresijski sistemi (14. februarja 2017), Renaturacija rekombinantnih proteinov (16. februarja) in Izolacija in karakterizacija rekombinantnih proteinov (21. februarja). Predavanja in seminarji se bodo začeli vsakič ob 14:15 in bodo potekali na Kemijskem inštitutu na Hajdrihovi 19.  
Uvodnemu predavanju bodo sledili seminarji. Glede na število vpisanih študentov v 2. modul bomo letos izvedli šest seminarjev. Članki, ki so osnova za pripravo, so navedeni spodaj.
Predavanja se bodo prepletala s seminarji. Glede na število vpisanih študentov bo letos vsak študent v okviru 2. modula pripravil tri seminarje, pri vsakem od učiteljev po enega. Članki, ki so osnova za pripravo seminarjev v delu modula, ki ga pokriva prof. Dolinar, so navedeni spodaj.


== Seznam seminarjev ==
== Seznam seminarjev ==
Line 12: Line 12:
!referent
!referent
|-
|-
|14. 02. 2012/
|14. 02. 2017/
|Pleckaityte et al.: [http://www.microbialcellfactories.com/content/10/1/109/abstract Production in yeast of pseudotype virus-like particles harboring functionally active antibody fragments neutralizing the cytolytic activity of vaginolysin]. Microbial cell Fact. 10:109 (2011)...
|de Araujo et al.: [http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1046592816301929 Strategies for over-expression and purification of recombinant full length STAT5B in Escherichia coli]. Protein Expression and Purification (januar 2017)...
|Špela Miklavič
| Jure
|-
|-
|16. 02. 2012/
|14. 02. 2017/
|Peternelj & Komel: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3233469/pdf/ijms-12-08275.pdf Active Protein Aggregates Produced in ''Escherichia coli'']. Int. J. Mol. Sci. 12(11) (2011)...
|Ramkumar et al.: [http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1687157X16300762 Chemical complexity of protein determines optimal E. coli expression host; A comparative study using Erythropoietin, Streptokinase and Tumor Necrosis Factor Receptor]. Journal of Genetic Engineering and Biotechnology (2017).
|študent 2
| Anastasija
|-
|-
|16. 02. 2012/
|16. 02. 2017/
|Yang et al.: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3146519/pdf/pone.0022981.pdf Highly efficient production of soluble proteins from insoluble inclusion bodies by a two-step-denaturing and refolding method]. PLoS One 6(7):e22981 (2011)...
|Mohseni et al.: [http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1995764516304606 Recombinant expression and purification of functional vascular endothelial growth factor-121 in the baculovirus expression system ]. Asian Pacific Journal of Tropical Medicine (december 2016)...
|Gašper Klančar
| Tjaša
|-
|-
|21. 02. 2012/
|16. 02. 2017/
|Smith et al.: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3169395/pdf/f-67-01015.pdf The Protein Maker: an automated system for high-throughput parallel purification]. Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun. 67(9)(2011)...
|Dagar et al.: [http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1046592816303187 High-level expression and efficient refolding of therapeutically important recombinant human Interleukin-3 (hIL-3) in E. coli]. Protein Expression and Purification (marec 2017)...
|Vid Kočar
| Katja
|-
|-
|21. 02. 2012/
|21. 02. 2017/
|Tait & Straus: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3155487/pdf/1475-2859-10-51.pdf Overexpression and purification of U24 from human herpesvirus type-6 in ''E. coli'': unconventional use of oxidizing environments with a maltose binding protein-hexahistine dual tag to enhance membrane protein yield]. Microb Cell Fact. 10:51 (2011)...
|Mallu et al.: [http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0717345816300392 Production, purification and characterization of recombinant human antithrombin III by Saccharomyces cerevisiae]. Electronic Journal of Biotechnology (julij 2016)...
|študent 5
| Miha
|-
|21. 02. 2017/
|Venereo-Sanchez et al.: [http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0264410X1630264X Hemagglutinin and neuraminidase containing virus-like particles produced in HEK-293 suspension culture: An effective influenza vaccine candidate] Vaccine (junij 2016) ...   
| Alja
|-
|21. 02. 2017/
|Yin et al.: [http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1359511316308753 Identification, characterization, and stabilization of the deamidation degradation of recombinant human tumor necrosis factor-α]. Process Biochemistry (2017)...
| Krištof
|--
|}
|}


Prijave bom sprejemal po e-pošti do zasedbe vseh seminarskih tem.
Vsak naj si izbere enega od seminarjev in mi izbiro sporoči po e-pošti na naslov marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si. Prednost ima, kdor se prej javi.


== Navodila za pripravo ==
== Navodila za pripravo ==
Line 45: Line 54:


'''Vsak od referentov mora pripraviti naslednje:'''<br>
'''Vsak od referentov mora pripraviti naslednje:'''<br>
- povzetek seminarja s 1200-1600 besedami - lahko vključuje tudi slike, ni pa nujno (sklicujete se lahko na številke slik v originalnem članku); povzetek oddate na dan predstavitve v elektronski obliki in ga pošljite tudi vsem vpisanim študentom kot pomoč pri pripravi na izpit <br>
- povzetek seminarja s 1200-1600 besedami - lahko vključuje tudi slike, ni pa nujno (sklicujete se lahko na številke slik v originalnem članku); povzetek oddajte najkasneje na dan predstavitve v elektronski obliki in ga pošljite tudi vsem vpisanim študentom kot pomoč pri pripravi na izpit<br>
- predstavitev v programu PowerPoint v obsegu in na način, ki bo omogočil natančen vpogled v snov, predstavljeno v članku in bo služil kot osnova za razpravo <br>
- predstavitev v programu PowerPoint v obsegu in na način, ki bo omogočil natančen vpogled v snov, predstavljeno v članku in bo služil kot osnova za razpravo <br>


Line 56: Line 65:
- uvod v razpravo <br>
- uvod v razpravo <br>


'''Razprava o vsakem članku naj bi trajala vsaj 30 minut in mora biti poglobljena in argumentirana.''' Zato je res nujno, da članke berete sproti in temeljito!
'''Razprava o vsakem članku naj bi trajala vsaj 20 minut in mora biti poglobljena in argumentirana.''' Zato je res nujno, da članke berete sproti in temeljito!

Latest revision as of 03:26, 16 February 2017

Splošno

V študijskem letu 2016/17 bodo pri prof. Dolinarju v okviru 2. modula (Struktura in funkcija bioloških molekul) pri predmetu Izbrani procesi iz biokemije in molekularne biologije na sporedu tri teme: Ekspresijski sistemi (14. februarja 2017), Renaturacija rekombinantnih proteinov (16. februarja) in Izolacija in karakterizacija rekombinantnih proteinov (21. februarja). Predavanja in seminarji se bodo začeli vsakič ob 14:15 in bodo potekali na Kemijskem inštitutu na Hajdrihovi 19. Predavanja se bodo prepletala s seminarji. Glede na število vpisanih študentov bo letos vsak študent v okviru 2. modula pripravil tri seminarje, pri vsakem od učiteljev po enega. Članki, ki so osnova za pripravo seminarjev v delu modula, ki ga pokriva prof. Dolinar, so navedeni spodaj.

Seznam seminarjev

datum članek za seminar referent
14. 02. 2017/ de Araujo et al.: Strategies for over-expression and purification of recombinant full length STAT5B in Escherichia coli. Protein Expression and Purification (januar 2017)... Jure
14. 02. 2017/ Ramkumar et al.: Chemical complexity of protein determines optimal E. coli expression host; A comparative study using Erythropoietin, Streptokinase and Tumor Necrosis Factor Receptor. Journal of Genetic Engineering and Biotechnology (2017). Anastasija
16. 02. 2017/ Mohseni et al.: Recombinant expression and purification of functional vascular endothelial growth factor-121 in the baculovirus expression system . Asian Pacific Journal of Tropical Medicine (december 2016)... Tjaša
16. 02. 2017/ Dagar et al.: High-level expression and efficient refolding of therapeutically important recombinant human Interleukin-3 (hIL-3) in E. coli. Protein Expression and Purification (marec 2017)... Katja
21. 02. 2017/ Mallu et al.: Production, purification and characterization of recombinant human antithrombin III by Saccharomyces cerevisiae. Electronic Journal of Biotechnology (julij 2016)... Miha
21. 02. 2017/ Venereo-Sanchez et al.: Hemagglutinin and neuraminidase containing virus-like particles produced in HEK-293 suspension culture: An effective influenza vaccine candidate Vaccine (junij 2016) ... Alja
21. 02. 2017/ Yin et al.: Identification, characterization, and stabilization of the deamidation degradation of recombinant human tumor necrosis factor-α. Process Biochemistry (2017)... Krištof

Vsak naj si izbere enega od seminarjev in mi izbiro sporoči po e-pošti na naslov marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si. Prednost ima, kdor se prej javi.

Navodila za pripravo

Seminarji predstavljajo pomemben del modula in jih bomo tako tudi ocenjevali. Samo 50 % ocene modula bodo predstavljali odgovori na izpitna vprašanja, 50 % ocene pa je ocena seminarja. Ta polovica ocene se oblikuje iz 60 % za predstavitev in povzetek ter 40 % za sodelovanje pri razpravah o seminarjih.

Vsak doktorski študent, ki je vpisal 2. modul, mora:
- prebrati vsakega od člankov, ki jih bomo obravnavali na seminarjih, do datuma predstavitve
- pripraviti vprašanja za razpravo
- sodelovati v razpravi

Vsak od referentov mora pripraviti naslednje:
- povzetek seminarja s 1200-1600 besedami - lahko vključuje tudi slike, ni pa nujno (sklicujete se lahko na številke slik v originalnem članku); povzetek oddajte najkasneje na dan predstavitve v elektronski obliki in ga pošljite tudi vsem vpisanim študentom kot pomoč pri pripravi na izpit
- predstavitev v programu PowerPoint v obsegu in na način, ki bo omogočil natančen vpogled v snov, predstavljeno v članku in bo služil kot osnova za razpravo

Predstavitve naj bi bile dolge okrog 30 minut. V tem času boste morali razložiti:
- ozadje/problem, ki ga članek obravnava, pri čemer poskušajte izluščiti ne samo namen dela, pač pa tudi delovno hipotezo
- predhodno opravljeno delo (ali stanje stvari na tem področju)
- konkreten delovni načrt za izvedbo raziskave
- rezultate in metode (metodo smiselno vključite v rezultate)
- kritično mnenje o članku (kaj je bilo dobro zastavljeno, izvedeno, predstavljeno, razloženo... in kaj ne)
- uvod v razpravo

Razprava o vsakem članku naj bi trajala vsaj 20 minut in mora biti poglobljena in argumentirana. Zato je res nujno, da članke berete sproti in temeljito!