FCCT Biochemistry Lab:Courses:BiomedSeminars

From OpenWetWare

(Difference between revisions)
Jump to: navigation, search
(Seznam seminarjev)
Line 1: Line 1:
== Splošno ==
== Splošno ==
-
V študijskem letu 2010/11 bodo pri doc. Dolinarju v okviru 2. modula (''Struktura in funkcija bioloških molekul'') pri predmetu ''[http://www.uni-lj.si/files/ULJ/userfiles/ulj/studij_na_univerzi/podiplomski_studij/biomedicina/Urniki0809/BMB_%200809.pdf Izbrani procesi iz biokemije in molekularne biologije]'' na sporedu tri teme: Ekspresijski sistemi (15. februarja 2009), Renaturacija rekombinantnih proteinov (17. februarja) in Izolacija in karakterizacija rekombinantnih proteinov (22. februarja). Predavanja in seminarji se bodo začeli vsakič ob 14:15 in bodo potekala na Kemijskem inštitutu na Hajdrihovi 19.  
+
V študijskem letu 2011/12 bodo pri doc. Dolinarju v okviru 2. modula (''Struktura in funkcija bioloških molekul'') pri predmetu ''[http://www.uni-lj.si/files/ULJ/userfiles/ulj/studij_na_univerzi/podiplomski_studij/biomedicina/Urniki0809/BMB_%200809.pdf Izbrani procesi iz biokemije in molekularne biologije]'' na sporedu tri teme: Ekspresijski sistemi (14. februarja 2012), Renaturacija rekombinantnih proteinov (16. februarja) in Izolacija in karakterizacija rekombinantnih proteinov (21. februarja). Predavanja in seminarji se bodo začeli vsakič ob 14:15 in bodo potekala na Kemijskem inštitutu na Hajdrihovi 19.  
Uvodnemu predavanju bodo sledili seminarji. Glede na število vpisanih študentov v 2. modul bomo letos izvedli šest seminarjev. Članki, ki so osnova za pripravo, so navedeni spodaj.
Uvodnemu predavanju bodo sledili seminarji. Glede na število vpisanih študentov v 2. modul bomo letos izvedli šest seminarjev. Članki, ki so osnova za pripravo, so navedeni spodaj.
Line 12: Line 12:
!referent
!referent
|-
|-
-
|15. 02. 2011 /
+
|14. 02. 2012/
-
|Ansorena et al.: [http://dx.doi.org/10.1016/j.ijpharm.2009.10.015 Production of highly pure human glycosylated GDNF in a mammalian cell line]. Int. J. Pharmaceut. 385(1-2) 6-11 (2010)...
+
|Pleckaityte et al.: [http://www.microbialcellfactories.com/content/10/1/109/abstract Production in yeast of pseudotype virus-like particles harboring functionally active antibody fragments neutralizing the cytolytic activity of vaginolysin]. Microbial cell Fact. 10:109 (2011)...
-
|Anja Lukan
+
|študent 1
|-
|-
-
|15. 02. 2011 /
+
|14. 02. 2012/
-
|Finnis et al.: [http://www.microbialcellfactories.com/content/9/1/87 High-level production of animal-free recombinant transferrin from ''Saccharomyces cerevisiae'']. Microbial cell Fact. 9:87 (2010)...
+
|Cohan et al.: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3131188/pdf/ijn-6-1217.pdf Design, modeling, expression, and chemoselective PEGylation of a new nanosize cysteine analog of erythropoietin]. Int. J. Nanomedicine 6 (2011)...
-
|Matej Skočaj
+
|študent 2
|-
|-
-
|17. 02. 2011 /
+
|16. 02. 2012/
-
|Nguyen et al.: [http://www.microbialcellfactories.com/content/10/1/1 Pre-expression of a sulfhydryl oxidase significantly increases the yields of eukaryotic disulfide bond containing proteins expressed in the cytoplasm of ''E. coli'']. Microbial Cell Fact. 10:1 (2011)...
+
|Peternelj & Komel: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3233469/pdf/ijms-12-08275.pdf Active Protein Aggregates Produced in ''Escherichia coli'']. Int. J. Mol. Sci. 12(11) (2011)...
-
|Marija Kokalj
+
|študent 3
|-
|-
-
|17. 02. 2011 /
+
|16. 02. 2012/
-
|Plesniak et al.: [http://dx.doi.org/10.1016/j.bbamem.2010.09.017 Expression, refolding, and initial structural characterization of the ''Y. pestis'' Ail outer membrane protein in lipids]. Biochim. Biophys. Acta - Biomembranes 1080(1), 482-489 (2011)...
+
|Yang et al.: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3146519/pdf/pone.0022981.pdf Highly efficient production of soluble proteins from insoluble inclusion bodies by a two-step-denaturing and refolding method]. PLoS One 6(7):e22981 (2011)...
-
|Urška Zelenko
+
|študent 4
|-
|-
-
|22. 02. 2011 /
+
|21. 02. 2012/
-
|Hartwig et al.: [http://www.microbialcellfactories.com/content/9/1/98 High yield expression of leptospirosis vaccine candidates LigA and LipL32 in the methylotrophic yeast ''Pichia pastoris'']. Microbial Cell Fact. 9:98 (2010)...
+
|Smith et al.: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3169395/pdf/f-67-01015.pdf The Protein Maker: an automated system for high-throughput parallel purification]. Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun. 67(9)(2011)...
-
|Tadeja Žohar
+
|študent 5
|-
|-
-
|22. 02. 2011 /
+
|21. 02. 2012/
-
|Wiese & Schmitz: [http://dx.doi.org/10.1016/j.jim.2010.11.004 Expression of recombinant human interleukin-8 and its purification using a single buffer system]. J. Immunol. Meth. 364, 77-82 (2011)...
+
|Tait & Straus: [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3155487/pdf/1475-2859-10-51.pdf Overexpression and purification of U24 from human herpesvirus type-6 in ''E. coli'': unconventional use of oxidizing environments with a maltose binding protein-hexahistine dual tag to enhance membrane protein yield]. Microb Cell Fact. 10:51 (2011)...
-
|Gregor Lorbek
+
|študent 6
|}
|}
-
Prijave sem sprejemal po e-pošti do zasedbe vseh seminarskih tem.
+
Prijave bom sprejemal po e-pošti do zasedbe vseh seminarskih tem.
== Navodila za pripravo ==
== Navodila za pripravo ==

Revision as of 10:46, 3 January 2012

Splošno

V študijskem letu 2011/12 bodo pri doc. Dolinarju v okviru 2. modula (Struktura in funkcija bioloških molekul) pri predmetu Izbrani procesi iz biokemije in molekularne biologije na sporedu tri teme: Ekspresijski sistemi (14. februarja 2012), Renaturacija rekombinantnih proteinov (16. februarja) in Izolacija in karakterizacija rekombinantnih proteinov (21. februarja). Predavanja in seminarji se bodo začeli vsakič ob 14:15 in bodo potekala na Kemijskem inštitutu na Hajdrihovi 19. Uvodnemu predavanju bodo sledili seminarji. Glede na število vpisanih študentov v 2. modul bomo letos izvedli šest seminarjev. Članki, ki so osnova za pripravo, so navedeni spodaj.

Seznam seminarjev

datum članek za seminar referent
14. 02. 2012/ Pleckaityte et al.: Production in yeast of pseudotype virus-like particles harboring functionally active antibody fragments neutralizing the cytolytic activity of vaginolysin. Microbial cell Fact. 10:109 (2011)... študent 1
14. 02. 2012/ Cohan et al.: Design, modeling, expression, and chemoselective PEGylation of a new nanosize cysteine analog of erythropoietin. Int. J. Nanomedicine 6 (2011)... študent 2
16. 02. 2012/ Peternelj & Komel: Active Protein Aggregates Produced in Escherichia coli. Int. J. Mol. Sci. 12(11) (2011)... študent 3
16. 02. 2012/ Yang et al.: Highly efficient production of soluble proteins from insoluble inclusion bodies by a two-step-denaturing and refolding method. PLoS One 6(7):e22981 (2011)... študent 4
21. 02. 2012/ Smith et al.: The Protein Maker: an automated system for high-throughput parallel purification. Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun. 67(9)(2011)... študent 5
21. 02. 2012/ Tait & Straus: Overexpression and purification of U24 from human herpesvirus type-6 in E. coli: unconventional use of oxidizing environments with a maltose binding protein-hexahistine dual tag to enhance membrane protein yield. Microb Cell Fact. 10:51 (2011)... študent 6

Prijave bom sprejemal po e-pošti do zasedbe vseh seminarskih tem.

Navodila za pripravo

Seminarji predstavljajo pomemben del modula in jih bomo tako tudi ocenjevali. Samo 50 % ocene modula bodo predstavljali odgovori na izpitna vprašanja, 50 % ocene pa je ocena seminarja. Ta polovica ocene se oblikuje iz 60 % za predstavitev in povzetek ter 40 % za sodelovanje pri razpravah o seminarjih.

Vsak doktorski študent, ki je vpisal 2. modul, mora:
- prebrati vsakega od člankov, ki jih bomo obravnavali na seminarjih, do datuma predstavitve
- pripraviti vprašanja za razpravo
- sodelovati v razpravi

Vsak od referentov mora pripraviti naslednje:
- povzetek seminarja s 1200-1600 besedami - lahko vključuje tudi slike, ni pa nujno (sklicujete se lahko na številke slik v originalnem članku); povzetek oddate na dan predstavitve v elektronski obliki in ga pošljite tudi vsem vpisanim študentom kot pomoč pri pripravi na izpit
- predstavitev v programu PowerPoint v obsegu in na način, ki bo omogočil natančen vpogled v snov, predstavljeno v članku in bo služil kot osnova za razpravo

Predstavitve naj bi bile dolge okrog 30 minut. V tem času boste morali razložiti:
- ozadje/problem, ki ga članek obravnava, pri čemer poskušajte izluščiti ne samo namen dela, pač pa tudi delovno hipotezo
- predhodno opravljeno delo (ali stanje stvari na tem področju)
- konkreten delovni načrt za izvedbo raziskave
- rezultate in metode (metodo smiselno vključite v rezultate)
- kritično mnenje o članku (kaj je bilo dobro zastavljeno, izvedeno, predstavljeno, razloženo... in kaj ne)
- uvod v razpravo

Razprava o vsakem članku naj bi trajala vsaj 30 minut in mora biti poglobljena in argumentirana. Zato je res nujno, da članke berete sproti in temeljito!

Personal tools