FCCT Biochemistry Lab:Courses:TrDNA: Difference between revisions
(edit 2 - still far from final) |
(ver 1.0 after wikiization) |
||
Line 1: | Line 1: | ||
This is a test wiki of the Recombinant DNA Technology course in Slovenian language. | ''This is a test wiki of the Recombinant DNA Technology course in Slovenian language.'' Basic course information in [http://bio.ijs.si/katedra/rDNA-Technology.html English]]<br> | ||
- | |||
< | =TEHNOLOGIJA REKOMBINANTNE DNA= | ||
<br> | <br> | ||
===NOVO=== | |||
<ul> | <ul> | ||
<li | <li>[26.10.] Prof. Drobničeva bo predavala o tehnologiji DNA v forenziki 5. 12. ob 14:00.</li> | ||
<li | <li>[19.10.] Naslednji redni izpitni rok (za absolvente) bo 23. novembra 2007 ob 14. uri. V zimskem izpitnem obdobju bo rok 5. februarja 2008. Absolventski rok v poletnem semestru bo okrog 5. aprila 2008. V poletnem izpitnem obdobju bo rok 2. junija, v jesenskem pa 22. septembra 2008.</li> | ||
Naslednji redni izpitni rok (za absolvente) bo 23. novembra 2007 ob 14. uri. V zimskem izpitnem obdobju bo rok 5. februarja 2008. Absolventski rok v | </ul><br> | ||
poletnem semestru bo okrog 5. aprila 2008. V poletnem izpitnem obdobju bo rok 2. junija, v jesenskem pa 22. septembra 2008</ | |||
===Odgovori na vprašanja s konzultacij=== | |||
'''APTAMERI'''<br> | '''APTAMERI'''<br> | ||
Na predavanju 9.1. ste postavili vprašanje glede sestave aptamerov, ker sem govoril o molekulah DNA, slike pa so prikazovale selekcijski postopek in primer, pri katerem je šlo za analizo molekul RNA. Dovolj dobra [http://en.wikipedia.org/wiki/Aptamer razlaga] je na strani angleške Wikipedije, kjer piše, da so zaporedja lahko RNA ali DNA in celo peptidi. V zadnji izdaji učbenika v slovarčku piše, da so aptameri sintetične molekule nukleinskih | Na predavanju 9.1.07 ste postavili vprašanje glede sestave aptamerov, ker sem govoril o molekulah DNA, slike pa so prikazovale selekcijski postopek in primer, pri katerem je šlo za analizo molekul RNA. Dovolj dobra [http://en.wikipedia.org/wiki/Aptamer razlaga] je na strani angleške Wikipedije, kjer piše, da so zaporedja lahko RNA ali DNA in celo peptidi. V zadnji izdaji učbenika v slovarčku piše, da so aptameri sintetične molekule nukleinskih | ||
kislin, ki se vežejo na proteine, ki se sicer ne vežejo na DNA (sicer jih učbenik ne obravnava).<br> | kislin, ki se vežejo na proteine, ki se sicer ne vežejo na DNA (sicer jih učbenik ne obravnava).<br> | ||
<span style="font-weight: bold;">LOKALIZACIJA YAC</span><br> | <span style="font-weight: bold;">LOKALIZACIJA YAC</span><br> | ||
Line 25: | Line 23: | ||
mitohondrijski mRNA pri sesalcih naj bi bilo tako) [http://www.scopus.com/scopus/record/display.url?view=basic&origin=resultslist&eid=2-s2.0-30344450374&sort=plf-f&cite=2-s1.0-7DPF-GSN0-TWC1-C07W-00000-00&src=s&affilName=&affilCity=&affilCntry=&imp=t&sid=1Bsgtwq9q8B8unRNyPNS4yO%3a50&sot=cite&sdt=a&sl=0&relpos=4 Crit. Rev. Plant Sci.], 2006). Če bi želeli nek zapis proizvesti v kloroplastih, torej poliadenilacijskega signala ne bi rabili.<br> | mitohondrijski mRNA pri sesalcih naj bi bilo tako) [http://www.scopus.com/scopus/record/display.url?view=basic&origin=resultslist&eid=2-s2.0-30344450374&sort=plf-f&cite=2-s1.0-7DPF-GSN0-TWC1-C07W-00000-00&src=s&affilName=&affilCity=&affilCntry=&imp=t&sid=1Bsgtwq9q8B8unRNyPNS4yO%3a50&sot=cite&sdt=a&sl=0&relpos=4 Crit. Rev. Plant Sci.], 2006). Če bi želeli nek zapis proizvesti v kloroplastih, torej poliadenilacijskega signala ne bi rabili.<br> | ||
===Podatki o predmetu=== | |||
{|border="1" | {|border="1" | ||
|- | |- | ||
|'''Izvedba predmeta''' | |'''Izvedba predmeta''' | ||
Line 98: | Line 93: | ||
Absolventi opravljajo izpit na rednih rokih za študente 4. letnika in po programu tekočega letnika. Razen tega sem letos za absolvente razpisal še dva izredna, t.im. absolventska roka. Ker morate absolventi znati tekočo snov, bom občasno objavljal, katere teme so spremenjene/dodane. <br> | Absolventi opravljajo izpit na rednih rokih za študente 4. letnika in po programu tekočega letnika. Razen tega sem letos za absolvente razpisal še dva izredna, t.im. absolventska roka. Ker morate absolventi znati tekočo snov, bom občasno objavljal, katere teme so spremenjene/dodane. <br> | ||
|- | |- | ||
|Ostalo | |'''Ostalo''' | ||
|Koristne povezave<br> Komentarji, vprašanja in odgovori<br> | |Koristne povezave<br> Komentarji, vprašanja in odgovori<br> | ||
|} | |} | ||
<br> | |||
===Teme po datumih v štud. letu 2007/08=== | |||
<i>(teme so opisane pod tabelo v predmetniku)</i></p> | <i>(teme so opisane pod tabelo v predmetniku)</i></p> | ||
<table border="1" cellpadding="2" width="60%"> | <table border="1" cellpadding="2" width="60%"> | ||
<tr> | |||
<td valign="top">datum</td> | <td valign="top">datum</td> | ||
<td valign="top">tema</td> | <td valign="top">tema</td> | ||
Line 218: | Line 212: | ||
<td>N1, N2</td> | <td>N1, N2</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
<p>* 6. in 7. novembra odpadejo predavanja, nadomestili pa jih | <p>* 6. in 7. novembra odpadejo predavanja, nadomestili pa jih bomo s podaljšanjem rednih predavanj za po 15 min. v novembru in decembru.</p> | ||
bomo s | ===Predmetnik=== | ||
podaljšanjem rednih predavanj za po 15 min. v novembru in | oznake: MB...Glick & Pasternak: [http://www.amazon.com/Molecular-Biotechnology-Principles-Applications-Recombinant/dp/1555812694/ref=ed_oe_p/104-6946145-5875937?ie=UTF8 Molecular Biotechnology] (strani se nanašajo na starejšo 2. izdajo, ki je tudi v CTK), PGM...Primrose, Twyman & Old (pomožni učbenik; številke so strani, ki obsegajo določeno temo): [http://www.amazon.com/gp/product/0632059540/sr=1-4/qid=1154531443/ref=sr_1_4/104-1519085-8307111?ie=UTF8&s=books Principles of gene manipulation], 'Maniatis'...Sambrook&Russel: Molecular cloning. A laboratory manual. | ||
decembru.</p> | |||
strani, ki obsegajo določeno temo] | |||
<br> | <br> | ||
Razdelitev po 2-urnih sklopih in osnovna literatura:<br> | Razdelitev po 2-urnih sklopih in osnovna literatura:<br> | ||
<br> | <br> | ||
<b>[http://openwetware.org/wiki/FCCT_Biochemistry_Lab:Courses:TrDNA:A1 A1]</b> | <b>[http://openwetware.org/wiki/FCCT_Biochemistry_Lab:Courses:TrDNA:A1 A1]</b> Namen predmeta, potek predavanj; osnove tehnologije rekombinantne DNA, zgodovina [MB 3-12] (več kot malo tudi na [http://www.accessexcellence.org/AB/BC/ WWW]), zakonodaja (SI: [http://www2.gov.si/zak/Zak_vel.nsf/067cd1764ec38042c12565da002f2781/c12563a400338836c1256bf4002324e9?OpenDocument Zakon o ravnanju z GSO]; [http://www.biosafety.be/Menu/BiosEur.html predpisi EU]; [http://www2.gov.si/zak/Zak_vel.nsf/067cd1764ec38042c12565da002f2781/c12563a400338836c125668d0026ce05?OpenDocument konvencija] o člov. pravicah v zvezi z biomedicino in protokol o prepovedi kloniranja človeških bitij); <br> | ||
predavanj; osnove | <b>A2</b> Laboratorijski organizmi [MB 13-18]; varnost [http://www.bch.bf.uni-lj.si/ Posredovalnica informacij] o biološki varnosti (SLO); ameriški standardi: [http://www4.od.nih.gov/oba/rac/guidelines/guidelines.html navodila NIH]</p> | ||
tehnologije rekombinantne DNA, zgodovina [MB 3-12] (več kot malo | <p><b>B1</b> DNA: podvojevanje,prepisovanje; biosinteza proteinov. [MB 19-44; ta del bo obdelan na kratko, saj predvidevam, da to temo že obvladate /biokemija, molek. genetika/] Elektroforezne metode (nekatere [http://arbl.cvmbs.colostate.edu/hbooks/genetics/biotech/gels/principles.html osnove] | ||
tudi na | |||
), zakonodaja (SI: | |||
o ravnanju z GSO | |||
; | |||
o člov. pravicah v zvezi z biomedicino in protokol o prepovedi | |||
kloniranja človeških bitij); <br> | |||
<b>A2 | |||
13-18]; | |||
varnost | |||
informacij | |||
biološki varnosti (SLO); ameriški standardi: | |||
NIH | |||
<p><b>B1</b> | |||
prepisovanje; biosinteza | |||
proteinov. [MB 19-44; ta del bo obdelan na kratko, saj | |||
predvidevam, da to temo že obvladate /biokemija, molek. | |||
genetika/] Elektroforezne metode (nekatere | |||
na straneh Colorado State University).<br> | na straneh Colorado State University).<br> | ||
<b>B2 </b> | <b>B2 </b> Encimi v tehnologiji rekombinantne DNA [MB 45-51 + 'Maniatis', PGM 26-42]<br><br> | ||
rekombinantne DNA [MB | <b>C1 </b> Vektorji [MB 51-59; 68-74; PGM 43-84]. Reporterski geni [http://www.the-scientist.com/article/display/12529/ pregled] reporterskih sistemov v reviji The Scientist 7/2001).<br> | ||
45-51 + | <b>C2 </b> Sinteza cDNA, priprava knjižnic [MB 59-68; PGM 83-119]. Transformiranje celic [MB 74-75]. <br><br> | ||
' | <b>D1 </b> Sinteza DNA <i>in vitro</i>. PCR in izvedene tehnike. [MB 79-108; PGM 19-25] <br> | ||
', PGM 26-42]<br> | <b>D2 </b> Določanje nukleotidnega zaporedja [MB120-132]. Hibridizacija, sonde – načini označevanja [MB 59-66 + označevanje sond]. DNA-mikromreže [http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_microarray sestavek] v Wikipediji (žal ni prav sistematičen), na [http://www.gene-chips.com/ gene-chips.com] in [http://www.the-scientist.com/article/display/15684/ pregled] (2005) v reviji The Scientist; [http://science-education.nih.gov/newsnapshots/TOC_Chips/toc_chips.html gradivo] za ameriške srednje šole).<br><br> | ||
<b> | <b>E1 </b> Ekspresijski sistemi - splošno ([http://www.embl-heidelberg.de/ExternalInfo/geerlof/draft_frames/frame_flowchart_ext.htm opisi | ||
C1</b> | nekaterih metod] na straneh EMBL - <i>deluje v programu Internet Explorer</i>).<br> | ||
. Reporterski | <b>E2 </b> Izražanje v prokariontih: vektorji, fuzije, optimizacija proizvodnje; usmerjena lokalizacija, topnost, stabilnost in renaturacija ([MB 109-143 + renaturacije: [http://www.embl-heidelberg.de/ExternalInfo/geerlof/draft_frames/flowchart/extraction_clarification/denaturation_refolding.html kratek pregled]; PGM 139-155).<br><br> | ||
geni | <b>F1 </b> Izražanje v kvasovkah in nitastih glivah [MB 145-154; PGM 156-173].<br> | ||
reporterskih sistemov v reviji The Scientist 7/2001). | <b>F2 </b> Izražanje v gojenih živalskih in človeških celicah [MB 154-169; PGM 174-220].<br><br> | ||
<br> | <b>G1 </b> Mutageneza – pristopi; proteinsko inženirstvo. [MB171-195; PGM 132-138] <br> | ||
<b>C2</b> | <b>G2 </b> Predstavitev na fagih ([MB122-124 + [http://www.imbf.ku.dk/Bill_Willats/PMB%20phage%20display1%20nw.pdf pregledni članek] W.G.T. Willats, Plant Mol. Biol., 2002). Dvohibridni sistem kvasovk [http://www.plbio.kvl.dk/%7Edacoj3/resource/yeast_2H.htm samo osnove] in nekaj [http://proteome.wayne.edu/YTHnetworks.html podrobnosti]; princip dvohibridnega sistema [http://bio.ijs.si/TrDNA/Y2H_Jenks.ppt PPT] in uporaba | ||
knjižnic [MB 59-68; PGM | pri iskanju proteinov, ki interagirajo [http://bio.ijs.si/TrDNA/Y2H_fishing_Jenks.ppt PPT] - avtor [http://www.celanphy.sci.kun.nl/jenks.htm Bruce | ||
83-119]. | Jenks], Univ. Nijmegen, Nizozemska.<br><br> | ||
<b>H1 </b> Forenzična genetika / prstni odtis DNA (glej tudi [http://en.wikipedia.org/wiki/Genetic_fingerprinting poglavje] v Wikipediji, za začetek morda tudi [http://www.kemija.org/index.php?option=com_content&task=view&id=71&Itemid=1 sestavek] na kemija.org). Predavala bo [http://www.mladina.si/tednik/200030/clanek/i-drobnic/ doc. dr. Katja Drobnič] s Centra za kriminalistično-tehnične preiskave MNZ.<br> | |||
D1</b> | <b>H2 </b> DNA-diagnostika [MB206-224]. Uporaba TrDNA v sistematiki in ekologiji (teorija in preprost [http://www.cdc.gov/ncidod/eid/vol3no3/pienz.htm primer]). Proizvodnja rekombinantnih reagentov [MB227-276].<br><br> | ||
PCR in izvedene tehnike. [MB 79-108; PGM | <b>I1 </b> Molekularna biotehnologija: uporaba rekombinantnih organizmov [MB 277-309], uporaba biomase [MB 311-345]. <br> | ||
19-25] <br> | <b>I2 </b> Rekomb. bakterije v agronomiji [MB 347-397]. Rekombinantna DNA v rastlinskih sistemih [MB227-276, PGM 221-246]. <br><br> | ||
<b>D2</b> | <b>J1 </b> Uporaba rastlin v molekularni biotehnologiji [MB 445-477; kratek poljudni uvod tudi na [http://www.colostate.edu/programs/lifesciences/TransgenicCrops/how.html WWW]. Gensko spremenjena hrana (dileme: glej [http://www.connectotel.com/gmfood/ novice] nasprotnikov GSH na WWW).<br> | ||
zaporedja [MB120-132]. | <b>J2 </b> Transgenske živali [MB 479-505, PGM 247-273]; tehnologija izbijanja genov ([http://www.the-scientist.com/article/display/11976/ splošen | ||
Hibridizacija, sonde – načini označevanja [MB 59-66 + | uvod] na straneh revije The Scientist). Utišanje genov z RNAi (osnove v [http://www.nature.com/nrg/journal/v2/n2/animation/nrg0201_110a_swf_MEDIA1.html animaciji] revije Nature Reviews Genetics - <i>zahteva pripomoček FlashPlayer</i>; Nobelova nagrada za fiziologijo 2006 - [http://nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/2006/adv.html razlaga].<br><br> | ||
označevanje sond]. DNA-mikromreže | <b>K1 </b> Izvorne celice ([http://stemcells.nih.gov/info/scireport/2006report.htm uvod] in osnovni pojmi na strani NIH; [http://www.newscientist.com/hottopics/cloning/ izvorne celice] na Kimball's Biology Pages; poljudni članek Nejca Jelena o izvornih celicah in njihovi uporabi - na kemija.org: [http://www.kemija.org/index.php?option=com_content&task=view&id=90&Itemid=37" 1. del], [http://www.kemija.org/index.php?option=com_content&task=view&id=89&Itemid=37" 2. del]). Kloniranje sesalcev [http://news.bmn.com/hmsbeagle/103/notes/feature3 splošno], [http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_animals_that_have_been_cloned seznam] doslej kloniranih sesalcev in [http://en.wikipedia.org/wiki/Cloning#Animals poglavje] o kloniranju živali na Wikipediji; [http://www.nature.com/news/2007/070219/full/445800a.html povzetek] v reviji Nature: 10 let po objavi članka o ovci Dolly). <br> | ||
<b>K2 </b>Projekt Človekov genom [http://www.sciencemag.org/content/vol291/issue5507 posebna ševilka revije Science] ob objavi zaporedja človekovega genoma, [http://www.nature.com/nature/journal/v409/n6822/full/409814a0.html novica] v reviji Nature in povezave). Določanje zaporedij drugih genomov [http://en.wikipedia.org/wiki/Genome_project genomski projekti] na Wikipediji).<br><br> | |||
v Wikipediji, na | <b>L1 </b> Genomika – proteomika ([http://www.nature.com/genomics/post-genomics/action.html o ~ómikah] v reviji Nature; [http://en.wikipedia.org/wiki/Proteomics proteomika] na Wikipediji). Farmakogenomika [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/primer/pharm.html sestavek] | ||
(2005) v reviji The Scientist; | |||
za ameriške srednje šole).<br> | |||
<b> | |||
E1</b> | |||
nekaterih metod | |||
<br> | |||
<b>E2</b> | |||
vektorji, fuzije, | |||
optimizacija proizvodnje; usmerjena lokalizacija, topnost, | |||
stabilnost in renaturacija [MB 109-143 + renaturacije: | |||
pregled | |||
<b> | |||
F1</b> | |||
glivah [MB | |||
145-154; PGM 156-173].<br> | |||
<b>F2</b> | |||
živalskih in človeških | |||
celicah [MB 154-169; PGM 174-220].<br> | |||
<br> | |||
<b>G1 | |||
proteinsko inženirstvo. | |||
[MB171-195; PGM 132-138] <br> | |||
<b>G2</b> | |||
[MB122-124 + | |||
članek | |||
Willats, Plant | |||
Mol. Biol., 2002 | |||
osnove | |||
princip dvohibridnega sistema | |||
pri iskanju proteinov, ki interagirajo | |||
avtor | |||
Jenks | |||
<b> | |||
DNA (glej tudi | |||
v Wikipediji, za začetek morda tudi | |||
na kemija.org). | |||
dr. Katja Drobnič | |||
kriminalistično-tehnične preiskave MNZ. | |||
<b>H2</b> | |||
Uporaba TrDNA v | |||
sistematiki in ekologiji | |||
Proizvodnja rekombinantnih reagentov [MB227-276].<br> | |||
<b> | |||
I1</b> | |||
rekombinantnih | |||
organizmov [MB 277-309], uporaba biomase [MB 311-345]. <br> | |||
<b>I2</b> | |||
agronomiji [MB 347-397]. | |||
Rekombinantna | |||
v rastlinskih sistemih [MB227-276, PGM 221-246]. <br> | |||
<b> | |||
J1</b> | |||
[MB | |||
445-477; kratek poljudni uvod tudi na | |||
nasprotnikov | |||
GSH na WWW).<br> | |||
<b>J2</b> | |||
479-505, PGM 247-273]; | |||
tehnologija izbijanja genov ( | |||
uvod | |||
genov z | |||
RNAi (osnove v | |||
revije Nature Reviews Genetics - <i>zahteva pripomoček | |||
FlashPlayer</i>; Nobelova nagrada za fiziologijo 2006 - | |||
<b> | |||
K1</b> | |||
in osnovni pojmi na strani NIH; | |||
celice | |||
Jelena o | |||
izvornih celicah in njihovi uporabi - na kemija.org: | |||
del | |||
del | |||
Kloniranje sesalcev | |||
doslej kloniranih sesalcev in | |||
o kloniranju živali na Wikipediji; | |||
v reviji Nature: 10 let po objavi članka o ovci Dolly). <br> | |||
<b>K2</b> | |||
ševilka revije Science | |||
genoma, | |||
v reviji Nature in povezave). Določanje zaporedij drugih genomov | |||
projekti | |||
~ómikah | |||
na Wikipediji). Farmakogenomika | |||
na NCBI).<br> | na NCBI).<br> | ||
<b>L2</b> | <b>L2 </b> Tehnologija rekombinante DNA v medicini. Gensko zdravljenje [MB555-590]<br><br> | ||
v medicini. Gensko | <b>M1 </b> Patentiranje, dileme, možnosti. (MB 591-620; [http://www.uil-sipo.si/uploads/media/uil_seznam-predpisov_03-2007.pdf slovenska] zakonodaja (v formatu PDF), [http://www.european-patent-office.org/legal/epc/index.html evropska] patentna konvencija).<br> | ||
zdravljenje [MB555-590]<br> | <b>M2 </b> Etika ter družbena sprejemljivost. [http://www.ornl.gov/hgmis/elsi/patents.html Patentiranje v genetiki] in [http://www.ornl.gov/hgmis/elsi/elsi.html Etični, sociološki in zakonodajni] vidiki na straneh programa Človekov genom; [http://www.accessexcellence.org/AB/IE/ Etična vprašanja] v biotehnologiji; UNESCO: [http://portal.unesco.org/en/ev.php-URL_ID=13177&URL_DO=DO_TOPIC&URL_SECTION=201.html Svetovna deklaracija] o človekovem genomu in človekovih pravicah).<br><br> | ||
<b> | <b>N1-2 </b> Novi pristopi v tehnologiji rekombinantne DNA (nove tehnike, reagenti in pristopi pri kloniranju in čiščenju rekomb. proteinov; pregled novih sistemov na trgu)<br><br> | ||
M1 | <b>O1 </b> ponovitve, poglabljanje, odprta vprašanja<br> | ||
<b>O2 </b> zaključni pisni izpit in zagovor<br> | |||
zakonodaja (v formatu PDF), | |||
patentna konvencija | |||
<b>M2</b> | |||
sprejemljivost. | |||
v | |||
genetiki | |||
sociološki in zakonodajni | |||
Človekov genom; | |||
vprašanja | |||
v biotehnologiji; UNESCO: | |||
deklaracija | |||
<b> | |||
N1-2</b> | |||
(nove | |||
tehnike, reagenti in pristopi pri kloniranju in čiščenju | |||
rekomb. proteinov; pregled novih sistemov na trgu)<br> | |||
<b> | |||
O1 | |||
vprašanja<br> | |||
<b>O2</b> | |||
zagovor<br> | |||
__</p> | __</p> | ||
<p>*(<i>za prebiranje WWW strani se morate prijaviti v | <p>*(<i>za prebiranje WWW strani se morate prijaviti v BioMedNet, je pa zastonj in vam omogoča dostop do še več drugih virov in informacij s področja molekularne biologije in biomedicine</i>).</p> | ||
BioMedNet, | |||
je pa zastonj in vam omogoča dostop do še več drugih virov in | <p><u>'Maniatis':</u> <i>tako na kratko imenujemo laboratorijski priročnik, ki je bil pred leti številka 1 v laboratorijih, saj vsebuje osnovne razlage in veliko postopkov za delo. Pravi vir je: Sambrook, J., Fritsch, E.F., Maniatis, T., Molecular Cloning. A laboratory manual. 2nd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press 1989. Obstaja tudi 3. izdaja. Ne poskušajte si te knjige izposoditi v knjižnicah, ker jo povsod rabijo v laboratorijih. Tudi kupovati je nima smisla, razen če nameravate odpreti lasten laboratorij. Enako uporabna in (ne)dostopna je '</i><i><u>rdeča knjiga</u></i><i> ', uradno F.M. Ausubel et al.: Current Protocols in Molecular Biology, J. Wiley & Sons - trenutno 5 debelih map protokolov in razlag. </i><font size="2"><b><i>Ker | ||
informacij s področja molekularne biologije in biomedicine</i>).</p> | boste res rabili samo nekaj strani, se pri študiju tehničnih postopkov lahko oprete na kopije slik s predavanj, ki vam jih bom dal.</i></b></font><br> | ||
<p><u>'Maniatis':</u> <i>tako na kratko | |||
imenujemo laboratorijski | |||
priročnik, ki je bil pred leti številka 1 v laboratorijih, saj | |||
vsebuje osnovne razlage in veliko postopkov za delo. Pravi vir | |||
je: Sambrook, J., Fritsch, E.F., Maniatis, T., Molecular Cloning. | |||
A laboratory manual. 2nd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press | |||
1989. Obstaja tudi 3. izdaja. Ne poskušajte si te knjige | |||
izposoditi v knjižnicah, ker jo povsod rabijo v laboratorijih. | |||
Tudi kupovati je nima smisla, razen če nameravate odpreti lasten | |||
laboratorij. Enako uporabna in (ne)dostopna je '</i><i><u>rdeča | |||
knjiga</u></i><i> ', uradno F.M. Ausubel et al.: | |||
Current | |||
Protocols in Molecular Biology, J. Wiley & Sons - trenutno 5 | |||
debelih map protokolov in razlag. </i><font size="2"><b><i>Ker | |||
boste res rabili samo nekaj strani, se pri študiju tehničnih postopkov | |||
lahko oprete | |||
na kopije slik s predavanj, ki vam jih bom dal.</i></b></font><br> | |||
<br> | <br> | ||
</p> | </p> | ||
===Stara izpitna vprašanja=== | |||
(2002/03, 2. rok)<br> | |||
vprašanja | <i>1. (3) Kaj pomenita pojma homologen in heterologen ekspresijski sistem?<br> | ||
(2002/03, 2. rok) | 2. (3) Katere so prednosti in slabosti izražanja genov v insektnih celicah v primerjavi z drugimi gostiteljskimi organizmi?<br> | ||
<i>1. (3) Kaj pomenita pojma homologen in heterologen | |||
ekspresijski sistem?<br> | |||
2. (3) Katere so prednosti in slabosti izražanja genov v | |||
insektnih celicah v primerjavi z drugimi gostiteljskimi | |||
organizmi?<br> | |||
3. (2) Kakšno je skupno število baznih parov v genomu riža?<br> | 3. (2) Kakšno je skupno število baznih parov v genomu riža?<br> | ||
4. (9) Opiši vektor (čemu služijo posamezni zapisi in regije | 4. (9) Opiši vektor (čemu služijo posamezni zapisi in regije na vektorju)! Za katere gostiteljske organizme ga lahko uporabimo? Kako lahko induciramo izražanje rekombinantne sintetaze? (slike ni on-line, ker je iz nekega članka – šlo je za ekspresijski vektor za E. coli)<br> | ||
na vektorju)! Za katere gostiteljske organizme ga lahko | |||
uporabimo? Kako lahko induciramo izražanje rekombinantne | |||
sintetaze? | |||
je za ekspresijski vektor za E. coli)<br> | |||
5. (4) Naštej 4 primere uporabe mestno-specifične mutageneze?<br> | 5. (4) Naštej 4 primere uporabe mestno-specifične mutageneze?<br> | ||
6. (3) Zakaj pride do zaustavitve podaljševanja verige pri | 6. (3) Zakaj pride do zaustavitve podaljševanja verige pri dodatku terminatorjev v sekvenčni reakciji?<br> | ||
dodatku terminatorjev v sekvenčni reakciji?<br> | 7. (6) V blatu ob jezeru Turkana so našli mumificirani trupli dveh osebkov, enega odraslega in enega otroka. Kako bi na osnovi njune DNA ugotovili, ali gre za starša z otrokom ali ne?<br> | ||
7. (6) V blatu ob jezeru Turkana so našli mumificirani trupli | 8. (4) Opiši postopek hibridizacije fragmentov genomske DNA E. coli! Sonda je že pripravljena in detekcija bo potekla po navodilih proizvajalca – pripraviti je treba samo genomsko DNA za analizo.<br> | ||
dveh osebkov, enega odraslega in | 9. (6) Opiši princip delovanja dvohibridnega sistema na osnovi proteina Gal4!<br> | ||
enega otroka. Kako bi na osnovi njune DNA ugotovili, ali gre za | 10. (5) Kaj vse lahko usmerjeno spreminjamo pri sončnicah za večji hektarski donos in kvaliteto semen?<br> | ||
starša z otrokom ali ne?<br> | 11. (4) Kaj pomeni oznaka His-tag, kje se pojavlja in katere so lastnosti rekombinantnih proteinov, ki vključujejo to oznako?<br> | ||
8. (4) Opiši postopek hibridizacije fragmentov genomske DNA E. | 12. (5) Kako bi lahko detektirali točkovno mutacijo v genu za laktalbumin s pomočjo 3 začetnih oligonukleotidov in fluorescenčnim označevanjem produktov?<br> | ||
coli! Sonda je že pripravljena in detekcija bo potekla po | 13. (3) Naštej 3 lastnosti episomskih vektorjev za kvasovke!<br> | ||
navodilih proizvajalca – pripraviti je treba samo genomsko DNA | 14. (3) Po katerem principu poteka ločevanje nastalih produktov pri avtomatskih sekvenatorjih DNA?<br> | ||
za analizo.<br> | |||
9. (6) Opiši princip delovanja dvohibridnega sistema na | |||
osnovi proteina Gal4!<br> | |||
10. (5) Kaj vse lahko usmerjeno spreminjamo pri sončnicah za | |||
večji hektarski donos in kvaliteto semen?<br> | |||
11. (4) Kaj pomeni oznaka His-tag, kje se pojavlja in katere so | |||
lastnosti rekombinantnih proteinov, ki vključujejo to oznako?<br> | |||
12. (5) Kako bi lahko detektirali točkovno mutacijo v genu za | |||
laktalbumin s pomočjo 3 začetnih oligonukleotidov in | |||
fluorescenčnim označevanjem produktov?<br> | |||
13. (3) Naštej 3 lastnosti | |||
14. (3) Po katerem principu poteka ločevanje nastalih produktov | |||
pri avtomatskih sekvenatorjih DNA?<br> | |||
<br> | <br> | ||
</i></p> | </i></p> | ||
===Rezultati pisnega dela izpita === | |||
pisnega | (tabela pripravljena za vnos podatkov)<br> | ||
dela izpita (tabela | |||
pripravljena za vnos podatkov) | |||
<table style="text-align: left; width: 677px; height: 302px;" | <table style="text-align: left; width: 677px; height: 302px;" | ||
border="1" cellpadding="2"> | border="1" cellpadding="2"> | ||
Line 637: | Line 410: | ||
</tbody> | </tbody> | ||
</table> | </table> | ||
<em>Kriterij za ocene iz | <em>Kriterij za ocene iz pisnega dela je: 56%-65% za 6, 66%-74% za 7, 75%-82% za 8, 83%-90% za 9, >90% za 10. <br> | ||
pisnega dela je: 56%-65% za 6, | V sistem e-študent vpisujem tudi negativne ocene po kriteriju: 0%-11% za 1, 12%-23% za 2, 24%-34% za 3, 35%-45% za 4, 46%-55% za 5.</em><br> | ||
66%-74% za 7, 75%-82% za 8, 83%-90% za 9, >90% za 10. <br> | ==================<br> | ||
V sistem | ===Koristne povezave=== | ||
e-študent vpisujem tudi negativne ocene po kriteriju: 0%-11% za 1, | |||
12%-23% za 2, 24%-34% za 3, 35%-45% za 4, 46%-55% za 5.</em> | |||
<br> | |||
<ul> | <ul> | ||
<li>Kako čemu rečemo po slovensko? | <li>Kako čemu rečemo po slovensko? [http://bio.ijs.si/sbd/terminologija.html Terminološka komisija] pri [http://bio.ijs.si/sbd.html Slovenskem | ||
biokemijskem društvu]</li> | |||
komisija | <li>[http://bio.ijs.si/Katedra/katedra.html Katedra za biokemijo] Fakultete za kemijo in kem. tehnologijo Univerze v Ljubljani</li> | ||
pri | <li>Razlage nekaterih osnovnih pojmov, novice, strani za študente in predavatelje s področja molekularne biologije, biotehnologije, | ||
biokemijskem | tehnologije rekombinantne DNA: [http://www.accessexcellence.org/ Access Excellence] - tudi [http://www.accessexcellence.org/AB/GG/ slikovno | ||
društvu | gradivo].</li> | ||
<li> | <li>Slovar [http://biotechterms.org/sourcebook/index.phtml biotehnoloških] izrazov (vsi slovarji so v angleščini).</li> | ||
za | <li>Slovar [http://www.weihenstephan.de/%7Eschlind/genglos.html?list=1 genetskih izrazov</li> | ||
biokemijo | <li>Slovar [http://www.mblab.gla.ac.uk/dictionary/graphic.html celične biologije];</li> | ||
Ljubljani</li> | <li>Slovar [http://www.fao.org/biotech/index_glossary.asp biotehnologije in genetskega inženirstva] (FAO)</li> | ||
<li>Razlage nekaterih osnovnih pojmov, novice, strani za | |||
študente in | |||
predavatelje s področja molekularne biologije, biotehnologije, | |||
tehnologije rekombinantne DNA: | |||
Access Excellence | |||
gradivo | |||
<li>Slovar | |||
izrazov (vsi slovarji so v angleščini).</li> | |||
<li>Slovar | |||
izrazov</li> | |||
<li>Slovar | |||
biologije | |||
<li>Slovar | |||
in genetskega inženirstva | |||
</ul> | </ul> | ||
<p | <p><b>Komentarji, vprašanja in odgovori:</b><br> | ||
vprašanja in | |||
odgovori:</b><br> | |||
<br> | <br> | ||
Na <u>strokovna vprašanja</u> bom poskušal odgovoriti na | Na <u>strokovna vprašanja</u> bom poskušal odgovoriti na predavanjih, če pa niste moji študenti, pa na kratko tudi po e-pošti.<br> | ||
predavanjih, če pa niste moji študenti, pa na kratko tudi po | Pišite mi tudi, če katera od povezav na tej strani ne deluje več ali če veste za kakšno drugo dobro povezavo, ki bi jo veljalo vključiti (mislim pa, da se ta stran ne sme spremeniti v katalog povezav, zato bom sam presodil, ali bom vaše predloge upošteval ali ne).</p> | ||
e-pošti.<br> | |||
Pišite mi tudi, če katera od povezav na tej strani ne deluje | |||
več ali če veste za kakšno drugo dobro povezavo, ki bi jo | |||
veljalo vključiti (mislim pa, da se ta stran ne sme spremeniti v | |||
katalog povezav, zato bom sam presodil, ali bom vaše predloge | |||
upošteval ali ne).</p> | |||
<hr align="left" size="1"> | <hr align="left" size="1"> | ||
Zadnja sprememba: 15.11.2007 (prenos strani na ta wiki). | |||
Revision as of 03:36, 15 November 2007
This is a test wiki of the Recombinant DNA Technology course in Slovenian language. Basic course information in English]
TEHNOLOGIJA REKOMBINANTNE DNA
NOVO
- [26.10.] Prof. Drobničeva bo predavala o tehnologiji DNA v forenziki 5. 12. ob 14:00.
- [19.10.] Naslednji redni izpitni rok (za absolvente) bo 23. novembra 2007 ob 14. uri. V zimskem izpitnem obdobju bo rok 5. februarja 2008. Absolventski rok v poletnem semestru bo okrog 5. aprila 2008. V poletnem izpitnem obdobju bo rok 2. junija, v jesenskem pa 22. septembra 2008.
Odgovori na vprašanja s konzultacij
APTAMERI
Na predavanju 9.1.07 ste postavili vprašanje glede sestave aptamerov, ker sem govoril o molekulah DNA, slike pa so prikazovale selekcijski postopek in primer, pri katerem je šlo za analizo molekul RNA. Dovolj dobra razlaga je na strani angleške Wikipedije, kjer piše, da so zaporedja lahko RNA ali DNA in celo peptidi. V zadnji izdaji učbenika v slovarčku piše, da so aptameri sintetične molekule nukleinskih
kislin, ki se vežejo na proteine, ki se sicer ne vežejo na DNA (sicer jih učbenik ne obravnava).
LOKALIZACIJA YAC
O tem nisem našel nobenega pravega podatka, a mislim, da mora biti tako, kot sem vam razložil: YAC verjetno vstopi v citoplazmo (lahko preko protoplastiranja kvasovk, ali pa tudi s pomočjo lipidnih reagentov ali elektroporacije - frekvenca transformacije je ~100 / ug vektorja) in se v jedro vključi po prvi delitvi celice.
DOSTOP N2 V KORENINSKE NODULE
Noduli imajo sloj celic, ki ne prepušča kisika (npr. slika 3 A-C članka Diouf et al., 2003, očitno pa mora dušik na nek način priti do celic v osrednjem delu nodulov, ki so sposobne fiksacije. Članek,
ki bi verjetno v celoti odgovoril na vprašanje, ni prosto dostopen, je pa iz leta 1992.
KONSTRUKTI ZA IZRAŽANJE V KLOROPLASTIH: poliA+
Pri kloroplastih je podobno kot pri nekaterih prokariontih vloga poliA-repa obratna kot pri mRNA, ki izhajajo iz jedrne DNA (pa tudi pri
mitohondrijski mRNA pri sesalcih naj bi bilo tako) Crit. Rev. Plant Sci., 2006). Če bi želeli nek zapis proizvesti v kloroplastih, torej poliadenilacijskega signala ne bi rabili.
Podatki o predmetu
Izvedba predmeta | Predavanja: 60 ur, zimski semester 4. letnika univerzitetnega študija biokemije; skupni predmet (za vse sklope) Vaje: 60 ur, druga polovica poletnega semestra 4. letnika univerzitetnega študija biokemije; predmet samo za študente sklopa A. |
Predavatelj | doc. dr. Marko Dolinar |
Urnik 2007/08 | zimski semester: torek 10:15 do 11:55 in sreda 13:50 do 15:30 v predavalnici J125 na dekanatu Dvourna predavanja imajo ~10 minutni odmor. |
Govorilne ure | Vsako sredo od 16h do 17h in/ali po predhodnem dogovoru po telefonu (01) 477-3765 (pisarna) ali
(01)241-9486 (laboratorij); oglasite se na Institutu "Jožef Stefan", stavba B, najvišje nadstropje, soba B408. |
Izpitni roki 2007/08 | zimsko izpitno obdobje: http://bio.ijs.si/pict/novo1.GIF 5. februarja 2008 poletno izpitno obdobje: 2. junija 2008 ob 10. uri |
Diplomska dela | Teme in pogoji za opravljanje diplomskih nalog s področja tehnologije rekombinantne DNA na Katedri za biokemijo v koledarskem letu 2008: priprava in preverjanje uporabnosti novega ekspresijskega vektorja, izražanje in analiza rekombinantnih proteinov, renaturacija, značilnosti inkluzijskih telesc, ipd. Na Institutu "Jožef Stefan" obstaja možnost priprave več diplomskih nalog na treh odsekih s področja biokemije in molekularne biologije B1, B2, B3. |
Študijska literatura | Bernard R. Glick, Jack J. Pasternak: Molecular Biotechnology, Principles and applications of recombinant DNA, 3rd edition, ASM Press, Washington, 2003 [ISBN 1-55581-269-4] Par izvodov 2. izdaje je bilo naročenih za knjižnico (FKKT/CTK). Cena pri založbi je bila 57 USD. V knjigi je biotehnološki del razložen bolj obširno, kot je potrebno za ta predmet. Študirate še lahko po 2. izdaji; tudi strani zgoraj, v opisu tem, se nanašajo na 2. izdajo, ki je na voljo v CTK (2 izvoda) in na Veterinarski fakulteti (piše v Cobissu). |
Cilji | Pričakujem, da boste po opravljenem izpitu znali po stopnjah razložiti, kako ustvarimo rekombinanti organizem, da boste razumeli biokemijsko naravo postopkov in reakcij, ki so za to potrebni, da boste (z nekaj občutka za živi svet) zagovarjali svoje mnenje o etičnih in strokovnih vidikih genske tehnologije. Po opravljenem izpitu bi morali biti sposobni razumeti metodološki del dobro napisanega strokovnega članka s področja molekularne biologije, ki vključuje gensko-tehnološke pristope. Prav tako mislim, da bi študenti morali znati sami sestaviti zaporedje
reakcij, ki so potrebne za določen poskus. Za študente, ki bodo opravljali tudi vaje, pa pričakujem, da bi nekatere osnovne tehnike bili sposobni tudi ponoviti po članku/patentu in da bi znali sami načrtati nekaj osnovnih poskusov (vključno z mikrolitri posameznih reagentov v reakciji). |
Potek predavanj | Teme po datumih so v spodnji tabeli. Vsebine tematskih sklopov so na dnu strani. Predavanja bodo po urniku: po 2 uri z vmesnimi ~10 minutami odmora. Računam, da boste na predavanja hodili, kot vam to nalagajo univerzitetna pravila. |
Ocenjevanje Fakultativni seminarji in končna ocena predmeta Popravljanje ocene Absolventi |
Po koncu predavanj bo pisni izpit s kratkim ustnim zagovorom (praviloma ne več kot 1 teden po pisnem izpitu) za vse študente, ki so opravili pisni del. Teoretični sklopi (A-G) so osnova za razumevanje aplikativnih tem (H-M); vprašanja bodo z obeh področij. Teme iz sklopa N ne pridejo v poštev za izpit
(kar ne pomeni, da vas ne pričakujem na teh predavanjih), zato se za prvi rok lahko začnete pripravljati že med novoletnimi prazniki. V pomoč pri preverjanju učenja so vam lahko tudi vprašanja s prejšnjih rokov. |
Ostalo | Koristne povezave Komentarji, vprašanja in odgovori |
Teme po datumih v štud. letu 2007/08
(teme so opisane pod tabelo v predmetniku)
datum | tema | datum | tema |
2. oktober | A1 | 3. oktober | A2 |
9. oktober | B1 | 10. oktober | B2 |
16. oktober | C1 | 17. oktober | C2 |
23. oktober | D1 | 24. oktober | D2 |
30. oktober | E1 |
31. oktober | drž. praznik |
6. november | odpade* | 7. november | odpade* |
13. november | F1 | 14. november | F2 |
20. november | G1 |
21. november | G2 |
27. november | I1 |
28. november | I2 |
4. december | H1-2 | 5. december | H1-forenzika |
11. december | J1 | 12. december | J2 |
18. december | K1 | 19. december | K2 |
25. december | drž. praznik | 26. december | drž. praznik |
1. januar | drž. praznik |
2. januar | drž. praznik |
8. januar | L1 |
9. januar | L2 |
15. januar | M1-2 | 16. januar | N1, N2 |
* 6. in 7. novembra odpadejo predavanja, nadomestili pa jih bomo s podaljšanjem rednih predavanj za po 15 min. v novembru in decembru.
Predmetnik
oznake: MB...Glick & Pasternak: Molecular Biotechnology (strani se nanašajo na starejšo 2. izdajo, ki je tudi v CTK), PGM...Primrose, Twyman & Old (pomožni učbenik; številke so strani, ki obsegajo določeno temo): Principles of gene manipulation, 'Maniatis'...Sambrook&Russel: Molecular cloning. A laboratory manual.
Razdelitev po 2-urnih sklopih in osnovna literatura:
A1 Namen predmeta, potek predavanj; osnove tehnologije rekombinantne DNA, zgodovina [MB 3-12] (več kot malo tudi na WWW), zakonodaja (SI: Zakon o ravnanju z GSO; predpisi EU; konvencija o člov. pravicah v zvezi z biomedicino in protokol o prepovedi kloniranja človeških bitij);
A2 Laboratorijski organizmi [MB 13-18]; varnost Posredovalnica informacij o biološki varnosti (SLO); ameriški standardi: navodila NIH
B1 DNA: podvojevanje,prepisovanje; biosinteza proteinov. [MB 19-44; ta del bo obdelan na kratko, saj predvidevam, da to temo že obvladate /biokemija, molek. genetika/] Elektroforezne metode (nekatere osnove
na straneh Colorado State University).
B2 Encimi v tehnologiji rekombinantne DNA [MB 45-51 + 'Maniatis', PGM 26-42]
C1 Vektorji [MB 51-59; 68-74; PGM 43-84]. Reporterski geni pregled reporterskih sistemov v reviji The Scientist 7/2001).
C2 Sinteza cDNA, priprava knjižnic [MB 59-68; PGM 83-119]. Transformiranje celic [MB 74-75].
D1 Sinteza DNA in vitro. PCR in izvedene tehnike. [MB 79-108; PGM 19-25]
D2 Določanje nukleotidnega zaporedja [MB120-132]. Hibridizacija, sonde – načini označevanja [MB 59-66 + označevanje sond]. DNA-mikromreže sestavek v Wikipediji (žal ni prav sistematičen), na gene-chips.com in pregled (2005) v reviji The Scientist; gradivo za ameriške srednje šole).
E1 Ekspresijski sistemi - splošno ([http://www.embl-heidelberg.de/ExternalInfo/geerlof/draft_frames/frame_flowchart_ext.htm opisi
nekaterih metod] na straneh EMBL - deluje v programu Internet Explorer).
E2 Izražanje v prokariontih: vektorji, fuzije, optimizacija proizvodnje; usmerjena lokalizacija, topnost, stabilnost in renaturacija ([MB 109-143 + renaturacije: kratek pregled; PGM 139-155).
F1 Izražanje v kvasovkah in nitastih glivah [MB 145-154; PGM 156-173].
F2 Izražanje v gojenih živalskih in človeških celicah [MB 154-169; PGM 174-220].
G1 Mutageneza – pristopi; proteinsko inženirstvo. [MB171-195; PGM 132-138]
G2 Predstavitev na fagih ([MB122-124 + pregledni članek W.G.T. Willats, Plant Mol. Biol., 2002). Dvohibridni sistem kvasovk samo osnove in nekaj podrobnosti; princip dvohibridnega sistema PPT in uporaba
pri iskanju proteinov, ki interagirajo PPT - avtor [http://www.celanphy.sci.kun.nl/jenks.htm Bruce
Jenks], Univ. Nijmegen, Nizozemska.
H1 Forenzična genetika / prstni odtis DNA (glej tudi poglavje v Wikipediji, za začetek morda tudi sestavek na kemija.org). Predavala bo doc. dr. Katja Drobnič s Centra za kriminalistično-tehnične preiskave MNZ.
H2 DNA-diagnostika [MB206-224]. Uporaba TrDNA v sistematiki in ekologiji (teorija in preprost primer). Proizvodnja rekombinantnih reagentov [MB227-276].
I1 Molekularna biotehnologija: uporaba rekombinantnih organizmov [MB 277-309], uporaba biomase [MB 311-345].
I2 Rekomb. bakterije v agronomiji [MB 347-397]. Rekombinantna DNA v rastlinskih sistemih [MB227-276, PGM 221-246].
J1 Uporaba rastlin v molekularni biotehnologiji [MB 445-477; kratek poljudni uvod tudi na WWW. Gensko spremenjena hrana (dileme: glej novice nasprotnikov GSH na WWW).
J2 Transgenske živali [MB 479-505, PGM 247-273]; tehnologija izbijanja genov ([http://www.the-scientist.com/article/display/11976/ splošen
uvod] na straneh revije The Scientist). Utišanje genov z RNAi (osnove v animaciji revije Nature Reviews Genetics - zahteva pripomoček FlashPlayer; Nobelova nagrada za fiziologijo 2006 - razlaga.
K1 Izvorne celice (uvod in osnovni pojmi na strani NIH; izvorne celice na Kimball's Biology Pages; poljudni članek Nejca Jelena o izvornih celicah in njihovi uporabi - na kemija.org: " 1. del, " 2. del). Kloniranje sesalcev splošno, seznam doslej kloniranih sesalcev in poglavje o kloniranju živali na Wikipediji; povzetek v reviji Nature: 10 let po objavi članka o ovci Dolly).
K2 Projekt Človekov genom posebna ševilka revije Science ob objavi zaporedja človekovega genoma, novica v reviji Nature in povezave). Določanje zaporedij drugih genomov genomski projekti na Wikipediji).
L1 Genomika – proteomika (o ~ómikah v reviji Nature; proteomika na Wikipediji). Farmakogenomika sestavek
na NCBI).
L2 Tehnologija rekombinante DNA v medicini. Gensko zdravljenje [MB555-590]
M1 Patentiranje, dileme, možnosti. (MB 591-620; slovenska zakonodaja (v formatu PDF), evropska patentna konvencija).
M2 Etika ter družbena sprejemljivost. Patentiranje v genetiki in Etični, sociološki in zakonodajni vidiki na straneh programa Človekov genom; Etična vprašanja v biotehnologiji; UNESCO: Svetovna deklaracija o človekovem genomu in človekovih pravicah).
N1-2 Novi pristopi v tehnologiji rekombinantne DNA (nove tehnike, reagenti in pristopi pri kloniranju in čiščenju rekomb. proteinov; pregled novih sistemov na trgu)
O1 ponovitve, poglabljanje, odprta vprašanja
O2 zaključni pisni izpit in zagovor
__
*(za prebiranje WWW strani se morate prijaviti v BioMedNet, je pa zastonj in vam omogoča dostop do še več drugih virov in informacij s področja molekularne biologije in biomedicine).
'Maniatis': tako na kratko imenujemo laboratorijski priročnik, ki je bil pred leti številka 1 v laboratorijih, saj vsebuje osnovne razlage in veliko postopkov za delo. Pravi vir je: Sambrook, J., Fritsch, E.F., Maniatis, T., Molecular Cloning. A laboratory manual. 2nd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press 1989. Obstaja tudi 3. izdaja. Ne poskušajte si te knjige izposoditi v knjižnicah, ker jo povsod rabijo v laboratorijih. Tudi kupovati je nima smisla, razen če nameravate odpreti lasten laboratorij. Enako uporabna in (ne)dostopna je 'rdeča knjiga ', uradno F.M. Ausubel et al.: Current Protocols in Molecular Biology, J. Wiley & Sons - trenutno 5 debelih map protokolov in razlag. Ker
boste res rabili samo nekaj strani, se pri študiju tehničnih postopkov lahko oprete na kopije slik s predavanj, ki vam jih bom dal.
Stara izpitna vprašanja
(2002/03, 2. rok)
1. (3) Kaj pomenita pojma homologen in heterologen ekspresijski sistem?
2. (3) Katere so prednosti in slabosti izražanja genov v insektnih celicah v primerjavi z drugimi gostiteljskimi organizmi?
3. (2) Kakšno je skupno število baznih parov v genomu riža?
4. (9) Opiši vektor (čemu služijo posamezni zapisi in regije na vektorju)! Za katere gostiteljske organizme ga lahko uporabimo? Kako lahko induciramo izražanje rekombinantne sintetaze? (slike ni on-line, ker je iz nekega članka – šlo je za ekspresijski vektor za E. coli)
5. (4) Naštej 4 primere uporabe mestno-specifične mutageneze?
6. (3) Zakaj pride do zaustavitve podaljševanja verige pri dodatku terminatorjev v sekvenčni reakciji?
7. (6) V blatu ob jezeru Turkana so našli mumificirani trupli dveh osebkov, enega odraslega in enega otroka. Kako bi na osnovi njune DNA ugotovili, ali gre za starša z otrokom ali ne?
8. (4) Opiši postopek hibridizacije fragmentov genomske DNA E. coli! Sonda je že pripravljena in detekcija bo potekla po navodilih proizvajalca – pripraviti je treba samo genomsko DNA za analizo.
9. (6) Opiši princip delovanja dvohibridnega sistema na osnovi proteina Gal4!
10. (5) Kaj vse lahko usmerjeno spreminjamo pri sončnicah za večji hektarski donos in kvaliteto semen?
11. (4) Kaj pomeni oznaka His-tag, kje se pojavlja in katere so lastnosti rekombinantnih proteinov, ki vključujejo to oznako?
12. (5) Kako bi lahko detektirali točkovno mutacijo v genu za laktalbumin s pomočjo 3 začetnih oligonukleotidov in fluorescenčnim označevanjem produktov?
13. (3) Naštej 3 lastnosti episomskih vektorjev za kvasovke!
14. (3) Po katerem principu poteka ločevanje nastalih produktov pri avtomatskih sekvenatorjih DNA?
Rezultati pisnega dela izpita
(tabela pripravljena za vnos podatkov)
vpisna
številka (3001xxxx) |
doseženih
% (ocena) |
ustni
del izpita |
Kriterij za ocene iz pisnega dela je: 56%-65% za 6, 66%-74% za 7, 75%-82% za 8, 83%-90% za 9, >90% za 10.
V sistem e-študent vpisujem tudi negativne ocene po kriteriju: 0%-11% za 1, 12%-23% za 2, 24%-34% za 3, 35%-45% za 4, 46%-55% za 5.
==================
Koristne povezave
- Kako čemu rečemo po slovensko? Terminološka komisija pri [http://bio.ijs.si/sbd.html Slovenskem biokemijskem društvu]
- Katedra za biokemijo Fakultete za kemijo in kem. tehnologijo Univerze v Ljubljani
- Razlage nekaterih osnovnih pojmov, novice, strani za študente in predavatelje s področja molekularne biologije, biotehnologije, tehnologije rekombinantne DNA: Access Excellence - tudi [http://www.accessexcellence.org/AB/GG/ slikovno gradivo].
- Slovar biotehnoloških izrazov (vsi slovarji so v angleščini).
- Slovar [http://www.weihenstephan.de/%7Eschlind/genglos.html?list=1 genetskih izrazov
- Slovar celične biologije;
- Slovar biotehnologije in genetskega inženirstva (FAO)
Komentarji, vprašanja in odgovori:
Na strokovna vprašanja bom poskušal odgovoriti na predavanjih, če pa niste moji študenti, pa na kratko tudi po e-pošti.
Pišite mi tudi, če katera od povezav na tej strani ne deluje več ali če veste za kakšno drugo dobro povezavo, ki bi jo veljalo vključiti (mislim pa, da se ta stran ne sme spremeniti v katalog povezav, zato bom sam presodil, ali bom vaše predloge upošteval ali ne).
Zadnja sprememba: 15.11.2007 (prenos strani na ta wiki).