FCCT Biochemistry Lab:Courses:TrDNA: Difference between revisions
(→NOVO) |
(→NOVO) |
||
Line 5: | Line 5: | ||
===NOVO=== | ===NOVO=== | ||
[20.11.] Govorilna ura se 28.11. in 12.12. začne ob 16:15, 5.12. pa zaradi mojega sestanka na ministrstvu odpade (oglasite se lahko v petek, 7.12. dopoldne). | [20.11.] Govorilna ura se 28.11. in 12.12. začne ob 16:15, 5.12. pa zaradi mojega sestanka na | ||
[14.11.] Na željo letnika bomo torkovo predavanje 27.11. nadomestili po eno uro v sredo 28.11. in v sredo 12.12.2007 - predavanji bosta daljši.<br> | ministrstvu odpade (oglasite se lahko v petek, 7.12. dopoldne). | ||
[14.11.] Na željo letnika bomo torkovo predavanje 27.11. nadomestili po eno uro v sredo 28.11. in | |||
v sredo 12.12.2007 - predavanji bosta daljši.<br> | |||
[26.10.] Prof. Drobničeva bo predavala o tehnologiji DNA v forenziki 5. 12. ob 14:00.<br> | [26.10.] Prof. Drobničeva bo predavala o tehnologiji DNA v forenziki 5. 12. ob 14:00.<br> | ||
<br> | <br> | ||
Line 46: | Line 48: | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>2138<br></td> | <td>2138<br></td> | ||
<td><br></td> | <td>95 (10)<br></td> | ||
<td><br></td> | <td>petek ob 12:00<br></td> | ||
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>2508<br></td> | <td>2508<br></td> | ||
<td> | <td>---70 (8)<br></td> | ||
<td>petek ob 10:00<br></td> | <td>petek ob 10:00<br></td> | ||
</tr> | </tr> | ||
Line 58: | Line 60: | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>2516<br></td> | <td>2516<br></td> | ||
<td><br></td> | <td>(7)<br></td> | ||
<td><br></td> | <td>petek ob 11:30<br></td> | ||
</tr> | </tr> | ||
Line 65: | Line 67: | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>2528<br></td> | <td>2528<br></td> | ||
<td><br></td> | <td>76 (8)<br></td> | ||
<td><br></td> | <td>petek ob 12:30<br></td> | ||
</tr> | </tr> | ||
Revision as of 12:38, 27 November 2007
This is a test wiki of the Recombinant DNA Technology course in Slovenian language. Basic course information in English]
TEHNOLOGIJA REKOMBINANTNE DNA
NOVO
[20.11.] Govorilna ura se 28.11. in 12.12. začne ob 16:15, 5.12. pa zaradi mojega sestanka na ministrstvu odpade (oglasite se lahko v petek, 7.12. dopoldne). [14.11.] Na željo letnika bomo torkovo predavanje 27.11. nadomestili po eno uro v sredo 28.11. in v sredo 12.12.2007 - predavanji bosta daljši.
[26.10.] Prof. Drobničeva bo predavala o tehnologiji DNA v forenziki 5. 12. ob 14:00.
Ocene pisnega dela izpita od 23.11.
Vsi ustni izpiti bodo v študentskem laboratoriju (J10) na Jamovi 39 ob urah, navedenih v tabeli.
Ogled izpitov bo v petek ob 10:30 ali naslednji teden po predhodni najavi.
vpisna številka (3001xxxx) |
doseženih % (ocena) |
ustni del izpita |
1847 |
48 (5) |
--- |
1970 |
41 (4) |
--- |
2134 |
52 (5) |
--- |
2137 |
||
2138 |
95 (10) |
petek ob 12:00 |
2508 |
---70 (8) |
petek ob 10:00 |
2516 |
(7) |
petek ob 11:30 |
2528 |
76 (8) |
petek ob 12:30 |
2538 |
88 (9) |
petek ob 09:30 |
Kriterij za ocene iz pisnega dela je: 56%-65% za 6, 66%-74% za 7, 75%-82% za 8, 83%-90% za 9, >90% za 10.
V sistem e-študent vpisujem tudi negativne ocene po kriteriju: 0%-11% za 1, 12%-23% za 2, 24%-34% za 3, 35%-45% za 4, 46%-55% za 5.
==================
Odgovori na vprašanja s konzultacij
APTAMERI
Na predavanju 9.1.07 ste postavili vprašanje glede sestave aptamerov, ker sem govoril o molekulah DNA, slike pa so prikazovale selekcijski postopek in primer, pri katerem je šlo za analizo molekul RNA. Dovolj dobra razlaga je na strani angleške Wikipedije, kjer piše, da so zaporedja lahko RNA ali DNA in celo peptidi. V zadnji izdaji učbenika v slovarčku piše, da so aptameri sintetične molekule nukleinskih
kislin, ki se vežejo na proteine, ki se sicer ne vežejo na DNA (sicer jih učbenik ne obravnava).
LOKALIZACIJA YAC
O tem nisem našel nobenega pravega podatka, a mislim, da mora biti tako, kot sem vam razložil: YAC verjetno vstopi v citoplazmo (lahko preko protoplastiranja kvasovk, ali pa tudi s pomočjo lipidnih reagentov ali elektroporacije - frekvenca transformacije je ~100 / ug vektorja) in se v jedro vključi po prvi delitvi celice.
DOSTOP N2 V KORENINSKE NODULE
Noduli imajo sloj celic, ki ne prepušča kisika (npr. slika 3 A-C članka Diouf et al., 2003, očitno pa mora dušik na nek način priti do celic v osrednjem delu nodulov, ki so sposobne fiksacije. Članek,
ki bi verjetno v celoti odgovoril na vprašanje, ni prosto dostopen, je pa iz leta 1992.
KONSTRUKTI ZA IZRAŽANJE V KLOROPLASTIH: poliA+
Pri kloroplastih je podobno kot pri nekaterih prokariontih vloga poliA-repa obratna kot pri mRNA, ki izhajajo iz jedrne DNA (pa tudi pri
mitohondrijski mRNA pri sesalcih naj bi bilo tako) Crit. Rev. Plant Sci., 2006). Če bi želeli nek zapis proizvesti v kloroplastih, torej poliadenilacijskega signala ne bi rabili.
Podatki o predmetu
Izvedba predmeta | Predavanja: 60 ur, zimski semester 4. letnika univerzitetnega študija biokemije; skupni predmet (za vse sklope) Vaje: 60 ur, druga polovica poletnega semestra 4. letnika univerzitetnega študija biokemije; predmet samo za študente sklopa A. |
Predavatelj | doc. dr. Marko Dolinar |
Urnik 2007/08 | zimski semester: torek 10:15 do 11:55 in sreda 13:50 do 15:30 v predavalnici J125 na dekanatu Dvourna predavanja imajo ~10 minutni odmor. |
Govorilne ure | Vsako sredo od 16h do 17h in/ali po predhodnem dogovoru po telefonu (01) 477-3765 (pisarna) ali (01)241-9486 (laboratorij); oglasite se na Jamovi 39 ( Institut "Jožef Stefan"), stavba B, najvišje nadstropje, soba B408. |
Izpitni roki 2007/08 |
Samo absolventom* bosta namenjena dva roka:
(* po dogovoru s študenti in predstavnikom absolventskega letnika lahko določimo še en rok po vaši želji) |
Diplomska dela | Teme in pogoji za opravljanje diplomskih nalog s področja tehnologije rekombinantne DNA na Katedri za biokemijo v koledarskem letu 2008: priprava in preverjanje uporabnosti novega ekspresijskega vektorja, izražanje in analiza rekombinantnih proteinov, renaturacija, značilnosti inkluzijskih telesc, ipd. Na Institutu "Jožef Stefan" obstaja možnost priprave več diplomskih nalog na treh odsekih s področja biokemije in molekularne biologije B1, B2, B3. |
Študijska literatura | Bernard R. Glick, Jack J. Pasternak: Molecular Biotechnology, Principles and applications of recombinant DNA, 3rd edition, ASM Press, Washington, 2003 [ISBN 1-55581-269-4] Par izvodov 2. izdaje je bilo naročenih za knjižnico (FKKT/CTK). Cena pri založbi je bila 57 USD. V knjigi je biotehnološki del razložen bolj obširno, kot je potrebno za ta predmet. Študirate še lahko po 2. izdaji; tudi strani zgoraj, v opisu tem, se nanašajo na 2. izdajo, ki je na voljo v CTK (2 izvoda) in na Veterinarski fakulteti (piše v Cobissu). |
Cilji | Pričakujem, da boste po opravljenem izpitu znali po stopnjah razložiti, kako ustvarimo rekombinanti organizem, da boste razumeli biokemijsko naravo postopkov in reakcij, ki so za to potrebni, da boste (z nekaj občutka za živi svet) zagovarjali svoje mnenje o etičnih in strokovnih vidikih genske tehnologije. Po opravljenem izpitu bi morali biti sposobni razumeti metodološki del dobro napisanega strokovnega članka s področja molekularne biologije, ki vključuje gensko-tehnološke pristope. Prav tako mislim, da bi študenti morali znati sami sestaviti zaporedje reakcij, ki so potrebne za določen poskus. Za študente, ki bodo opravljali tudi vaje, pa pričakujem, da bi nekatere osnovne tehnike bili sposobni tudi ponoviti po članku/patentu in da bi znali sami načrtati nekaj osnovnih poskusov (vključno z mikrolitri posameznih reagentov v reakciji). |
Potek predavanj | Teme po datumih so v spodnji tabeli. Vsebine tematskih sklopov so na dnu strani. Predavanja bodo po urniku: po 2 uri z vmesnimi ~10 minutami odmora. Računam, da boste na predavanja hodili, kot vam to nalagajo univerzitetna pravila. |
Ocenjevanje Fakultativni seminarji in končna ocena predmeta Popravljanje ocene Absolventi |
Po koncu predavanj bo pisni izpit s kratkim ustnim zagovorom (praviloma ne več kot 1 teden po pisnem izpitu) za vse študente, ki so opravili pisni del. Teoretični sklopi (A-G) so osnova za razumevanje aplikativnih tem (H-M); vprašanja bodo z obeh področij. Teme iz sklopa N ne pridejo v poštev za izpit (kar ne pomeni, da vas ne pričakujem na teh predavanjih), zato se za prvi rok lahko začnete pripravljati že med novoletnimi prazniki. V pomoč pri preverjanju učenja so vam lahko tudi vprašanja s prejšnjih rokov. Ob vsakem izpitnem vprašanju bo navedeno tudi število točk, ki jih dobite za povsem pravilen odgovor, tako da se lahko bolj posvetite vprašanjem, ki prinašajo več točk. Tudi kriterij za ocenjevanje je znan vnaprej in je povsem aritmetičen in neodvisen od raznih statističnih razrezov. Iz dosedanjih izkušenj lahko rečem, da se študentom pisni izpit zdi težji, kot so pričakovali. |
Ostalo | Koristne povezave Komentarji, vprašanja in odgovori glej spodaj na tej strani |
Teme po datumih v štud. letu 2007/08
(teme so opisane pod tabelo v predmetniku)
datum | tema | datum | tema |
2. oktober | A1 | 3. oktober | A2 |
9. oktober | B1 | 10. oktober | B2 |
16. oktober | C1 | 17. oktober | C2 |
23. oktober | D1 | 24. oktober | D2 |
30. oktober | E1 |
31. oktober | drž. praznik |
6. november | odpade* | 7. november | odpade* |
13. november | F1 | 14. november | F2 |
20. november | G1 |
21. november | G2 |
27. november | nadomeščamo 28.12. in 12.12. po +1 h |
28. november | I1, I2 |
4. december | H1-2 | 5. december | H1-forenzika |
11. december | J1 | 12. december | J2 |
18. december | K1 | 19. december | K2 |
25. december | drž. praznik | 26. december | drž. praznik |
1. januar | drž. praznik |
2. januar | drž. praznik |
8. januar | L1 |
9. januar | L2 |
15. januar | M1-2 | 16. januar | N1, N2 |
* 6. in 7. novembra odpadejo predavanja, nadomestili pa jih bomo s podaljšanjem rednih predavanj za po 15 min. v novembru in decembru.
Predmetnik
oznake: MB...Glick & Pasternak: Molecular Biotechnology (strani se nanašajo na starejšo 2. izdajo, ki je tudi v CTK), PGM...Primrose, Twyman & Old (pomožni učbenik; številke so strani, ki obsegajo določeno temo): Principles of gene manipulation, 'Maniatis'...Sambrook&Russel: Molecular cloning. A laboratory manual.
Razdelitev po 2-urnih sklopih in osnovna literatura:
A1 Namen predmeta, potek predavanj; osnove tehnologije rekombinantne DNA, zgodovina [MB 3-12] (več kot malo tudi na WWW), zakonodaja (SI: Zakon o ravnanju z GSO; predpisi EU; konvencija o člov. pravicah v zvezi z biomedicino in protokol o prepovedi kloniranja človeških bitij);
A2 Laboratorijski organizmi [MB 13-18]; varnost Posredovalnica informacij o biološki varnosti (SLO); ameriški standardi: navodila NIH
B1 DNA: podvojevanje,prepisovanje; biosinteza proteinov. [MB 19-44; ta del bo obdelan na kratko, saj predvidevam, da to temo že obvladate /biokemija, molek. genetika/] Elektroforezne metode (nekatere osnove
na straneh Colorado State University).
B2 Encimi v tehnologiji rekombinantne DNA [MB 45-51 + 'Maniatis', PGM 26-42]
C1 Vektorji [MB 51-59; 68-74; PGM 43-84]. Reporterski geni pregled reporterskih sistemov v reviji The Scientist 7/2001).
C2 Sinteza cDNA, priprava knjižnic [MB 59-68; PGM 83-119]. Transformiranje celic [MB 74-75].
D1 Sinteza DNA in vitro. PCR in izvedene tehnike. [MB 79-108; PGM 19-25]
D2 Določanje nukleotidnega zaporedja [MB120-132]. Hibridizacija, sonde – načini označevanja [MB 59-66 + označevanje sond]. DNA-mikromreže sestavek v Wikipediji (žal ni prav sistematičen), na gene-chips.com in pregled (2005) v reviji The Scientist; gradivo za ameriške srednje šole).
E1 Ekspresijski sistemi - splošno (opisi nekaterih metod na straneh EMBL - deluje v programu Internet Explorer).
E2 Izražanje v prokariontih: vektorji, fuzije, optimizacija proizvodnje; usmerjena lokalizacija, topnost, stabilnost in renaturacija ([MB 109-143 + renaturacije: kratek pregled; PGM 139-155).
F1 Izražanje v kvasovkah in nitastih glivah [MB 145-154; PGM 156-173].
F2 Izražanje v gojenih živalskih in človeških celicah [MB 154-169; PGM 174-220].
G1 Mutageneza – pristopi; proteinsko inženirstvo. [MB171-195; PGM 132-138]
G2 Predstavitev na fagih ([MB122-124 + pregledni članek W.G.T. Willats, Plant Mol. Biol., 2002). Dvohibridni sistem kvasovk - nekaj podrobnosti; princip dvohibridnega sistema PPT in uporaba pri iskanju proteinov, ki interagirajo PPT - avtor Bruce Jenks, Univ. Nijmegen, Nizozemska.
H1 Forenzična genetika / prstni odtis DNA (glej tudi poglavje v Wikipediji, za začetek morda tudi sestavek na kemija.org). Predavala bo doc. dr. Katja Drobnič s Centra za kriminalistično-tehnične preiskave MNZ.
H2 DNA-diagnostika [MB206-224]. Uporaba TrDNA v sistematiki in ekologiji (teorija in preprost primer). Proizvodnja rekombinantnih reagentov [MB227-276].
I1 Molekularna biotehnologija: uporaba rekombinantnih organizmov [MB 277-309], uporaba biomase [MB 311-345].
I2 Rekomb. bakterije v agronomiji [MB 347-397]. Rekombinantna DNA v rastlinskih sistemih [MB227-276, PGM 221-246].
J1 Uporaba rastlin v molekularni biotehnologiji (MB 445-477; kratek poljudni uvod tudi na WWW). Gensko spremenjena hrana (dileme: glej novice nasprotnikov GSH na WWW).
J2 Transgenske živali [MB 479-505, PGM 247-273]; tehnologija izbijanja genov (splošen uvod na straneh revije The Scientist). Utišanje genov z RNAi (osnove v animaciji revije Nature Reviews Genetics - zahteva pripomoček FlashPlayer; Nobelova nagrada za fiziologijo 2006 - razlaga.
K1 Izvorne celice (uvod in osnovni pojmi na strani NIH; izvorne celice na Kimball's Biology Pages; poljudni članek Nejca Jelena o izvornih celicah in njihovi uporabi - na kemija.org: " 1. del, " 2. del). Kloniranje sesalcev splošno, seznam doslej kloniranih sesalcev in poglavje o kloniranju živali na Wikipediji; povzetek v reviji Nature: 10 let po objavi članka o ovci Dolly).
K2 Projekt Človekov genom posebna ševilka revije Science ob objavi zaporedja človekovega genoma, novica v reviji Nature in povezave). Določanje zaporedij drugih genomov genomski projekti na Wikipediji).
L1 Genomika – proteomika (o ~ómikah v reviji Nature; proteomika na Wikipediji). Farmakogenomika sestavek
na NCBI).
L2 Tehnologija rekombinante DNA v medicini. Gensko zdravljenje [MB555-590]
M1 Patentiranje, dileme, možnosti. (MB 591-620; slovenska zakonodaja (v formatu PDF), evropska patentna konvencija).
M2 Etika ter družbena sprejemljivost. Patentiranje v genetiki in Etični, sociološki in zakonodajni vidiki na straneh programa Človekov genom; Etična vprašanja v biotehnologiji; UNESCO: Svetovna deklaracija o človekovem genomu in človekovih pravicah).
N1-2 Novi pristopi v tehnologiji rekombinantne DNA (nove tehnike, reagenti in pristopi pri kloniranju in čiščenju rekomb. proteinov; pregled novih sistemov na trgu)
O1 ponovitve, poglabljanje, odprta vprašanja
O2 zaključni pisni izpit in zagovor
__
*(za prebiranje WWW strani se morate prijaviti v BioMedNet, je pa zastonj in vam omogoča dostop do še več drugih virov in informacij s področja molekularne biologije in biomedicine).
'Maniatis': tako na kratko imenujemo laboratorijski priročnik, ki je bil pred leti številka 1 v laboratorijih, saj vsebuje osnovne razlage in veliko postopkov za delo. Pravi vir je: Sambrook, J., Fritsch, E.F., Maniatis, T., Molecular Cloning. A laboratory manual. 2nd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press 1989. Obstaja tudi 3. izdaja. Ne poskušajte si te knjige izposoditi v knjižnicah, ker jo povsod rabijo v laboratorijih. Tudi kupovati je nima smisla, razen če nameravate odpreti lasten laboratorij. Enako uporabna in (ne)dostopna je 'rdeča knjiga ', uradno F.M. Ausubel et al.: Current Protocols in Molecular Biology, J. Wiley & Sons - trenutno 5 debelih map protokolov in razlag. Ker
boste res rabili samo nekaj strani, se pri študiju tehničnih postopkov lahko oprete na kopije slik s predavanj, ki vam jih bom dal.
Stara izpitna vprašanja
(2002/03, 2. rok)
1. (3) Kaj pomenita pojma homologen in heterologen ekspresijski sistem?
2. (3) Katere so prednosti in slabosti izražanja genov v insektnih celicah v primerjavi z drugimi gostiteljskimi organizmi?
3. (2) Kakšno je skupno število baznih parov v genomu riža?
4. (9) Opiši vektor (čemu služijo posamezni zapisi in regije na vektorju)! Za katere gostiteljske organizme ga lahko uporabimo? Kako lahko induciramo izražanje rekombinantne sintetaze? (slike ni on-line, ker je iz nekega članka – šlo je za ekspresijski vektor za E. coli)
5. (4) Naštej 4 primere uporabe mestno-specifične mutageneze?
6. (3) Zakaj pride do zaustavitve podaljševanja verige pri dodatku terminatorjev v sekvenčni reakciji?
7. (6) V blatu ob jezeru Turkana so našli mumificirani trupli dveh osebkov, enega odraslega in enega otroka. Kako bi na osnovi njune DNA ugotovili, ali gre za starša z otrokom ali ne?
8. (4) Opiši postopek hibridizacije fragmentov genomske DNA E. coli! Sonda je že pripravljena in detekcija bo potekla po navodilih proizvajalca – pripraviti je treba samo genomsko DNA za analizo.
9. (6) Opiši princip delovanja dvohibridnega sistema na osnovi proteina Gal4!
10. (5) Kaj vse lahko usmerjeno spreminjamo pri sončnicah za večji hektarski donos in kvaliteto semen?
11. (4) Kaj pomeni oznaka His-tag, kje se pojavlja in katere so lastnosti rekombinantnih proteinov, ki vključujejo to oznako?
12. (5) Kako bi lahko detektirali točkovno mutacijo v genu za laktalbumin s pomočjo 3 začetnih oligonukleotidov in fluorescenčnim označevanjem produktov?
13. (3) Naštej 3 lastnosti episomskih vektorjev za kvasovke!
14. (3) Po katerem principu poteka ločevanje nastalih produktov pri avtomatskih sekvenatorjih DNA?
Rezultati pisnega dela izpita
(tabela pripravljena za vnos podatkov)
vpisna številka (3001xxxx) |
doseženih % (ocena) |
ustni del izpita |
Kriterij za ocene iz pisnega dela je: 56%-65% za 6, 66%-74% za 7, 75%-82% za 8, 83%-90% za 9, >90% za 10.
V sistem e-študent vpisujem tudi negativne ocene po kriteriju: 0%-11% za 1, 12%-23% za 2, 24%-34% za 3, 35%-45% za 4, 46%-55% za 5.
==================
Koristne povezave
- Kako čemu rečemo po slovensko? Terminološka komisija pri [http://bio.ijs.si/sbd.html Slovenskem biokemijskem društvu]
- Katedra za biokemijo Fakultete za kemijo in kem. tehnologijo Univerze v Ljubljani
- Razlage nekaterih osnovnih pojmov, novice, strani za študente in predavatelje s področja molekularne biologije, biotehnologije, tehnologije rekombinantne DNA: Access Excellence - tudi [http://www.accessexcellence.org/AB/GG/ slikovno gradivo].
- Slovar biotehnoloških izrazov (vsi slovarji so v angleščini).
- Slovar [http://www.weihenstephan.de/%7Eschlind/genglos.html?list=1 genetskih izrazov
- Slovar celične biologije;
- Slovar biotehnologije in genetskega inženirstva (FAO)
Komentarji, vprašanja in odgovori:
Na strokovna vprašanja bom poskušal odgovoriti na predavanjih, če pa niste moji študenti, pa na kratko tudi po e-pošti.
Pišite mi tudi, če katera od povezav na tej strani ne deluje več ali če veste za kakšno drugo dobro povezavo, ki bi jo veljalo vključiti (mislim pa, da se ta stran ne sme spremeniti v katalog povezav, zato bom sam presodil, ali bom vaše predloge upošteval ali ne).
Zadnja sprememba: 20.11.2007 (spremembe pri govorilnih urah, ustni izpiti 30.11.).