Harvard:Biophysics 101/2007/03/15: Difference between revisions

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Below is a exonic sequence of a gene. Which gene is it? Is it mutated? Is the allele implicated in disease? Which diseases?  
Below is a exonic sequence of a gene. Which gene is it? Is it mutated? Is the allele implicated in disease? Which diseases?  
 
<pre>
>Example_a_exon
>Ex2
        1 cttagcggta gccccttggt ttccgtggca acggaaaagc gcgggaatta cagataaatt
CTTAGCGGTAGCCCCTTGGTTTCCGTGGCAACGGAAAAGCGCGGGAATTACAGATAAATTAAAACTGCGA
      61 aaaactgcga ctgcgcggcg tgagctcgct gagacttcct ggacggggga caggctgtgg
CTGCGCGGCGTGAGCTCGCTGAGACTTCCTGGACGGGGGACAGGCTGTGGGGTTTCTCAGATAACTGGGC
      121 ggtttctcag ataactgggc ccctgcgctc aggaggcctt caccctctgc tctgggtaaa
CCCTGCGCTCAGGAGGCCTTCACCCTCTGCTCTGGGTAAAGTTCATTGGAACAGAAAGAAATGGATTTAT
      181 gttcattgga acagaaagaa atggatttat ctgctcttcg cgttgaagaa gtacaaaatg
CTGCTCTTCGCGTTGAAGAAGTACAAAATGTCATTAATGCTATGCAGAAAATCTTAGAGTGTCCCATCTG
      241 tcattaatgc tatgcagaaa atcttagagt gtcccatctg tctggagttg atcaaggaac
TCTGGAGTTGATCAAGGAACCTGTCTCCACAAAGTGTGACCACATATTTTGCAAATTTTGCATGCTGAAA
      301 ctgtctccac aaagtgtgac cacatatttt gcaaattttg catgctgaaa cttctcaacc
CTTCTCAACCAGAAGAAAGGGCCTTCACAGTGTCCTTTATGTAAGAATGATATAACCAAAAGGAGCCTAC
      361 agaagaaagg gccttcacag tgtcctttat gtaagaatga tataaccaaa aggagcctac
AAGAAAGTACGAGATTTAGTCAACTTGTTGAAGAGCTATTGAAAATCATTTGTGCTTTTCAGCTTGACAC
      421 aagaaagtac gagatttagt caacttgttg aagagctatt gaaaatcatt tgtgcttttc
AGGTTTGGAGTATGCAAACAGCTATAATTTTGCAAAAAAGGAAAATAACTCTCCTGAACATCTAAAAGAT
      481 agcttgacac aggtttggag tatgcaaaca gctataattt tgcaaaaaag gaaaataact
GAAGTTTCTATCATCCAAAGTATGGGCTACAGAAACCGTGCCAAAAGACTTCTACAGAGTGAACCCGAAA
      541 ctcctgaaca tctaaaagat gaagtttcta tcatccaaag tatgggctac agaaaccgtg
ATCCTTCCTTGCAGGAAACCAGTCTCAGTGTCCAACTCTCTAACCTTGGAACTGTGAGAACTCTGAGGAC
      601 ccaaaagact tctacagagt gaacccgaaa atccttcctt gcaggaaacc agtctcagtg
AAAGCAGCGGATACAACCTCAAAAGACGTCTGTCTACATTGAATTGGGATCTGATTCTTCTGAAGATACC
      661 tccaactctc taaccttgga actgtgagaa ctctgaggac aaagcagcgg atacaacctc
GTTAATAAGGCAACTTATTGCAGTGTGGGAGATCAAGAATTGTTACAAATCACCCCTCAAGGAACCAGGG
      721 aaaagacgtc tgtctacatt gaattgggat ctgattcttc tgaagatacc gttaataagg
ATGAAATCAGTTTGGATTCTGCAAAAAAGGCTGCTTGTGAATTTTCTGAGACGGATGTAACAAATACTGA
      781 caacttattg cagtgtggga gatcaagaat tgttacaaat cacccctcaa ggaaccaggg
ACATCATCAACCCAGTAATAATGATTTGAACACCACTGAGAAGCGTGCAGCTGAGAGGCATCCAGAAAAG
      841 atgaaatcag tttggattct gcaaaaaagg ctgcttgtga attttctgag acggatgtaa
TATCAGGGTAGTTCTGTTTCAAACTTGCATGTGGAGCCATGTGGCACAAATACTCATGCCAGCTCATTAC
      901 caaatactga acatcatcaa cccagtaata atgatttgaa caccactgag aagcgtgcag
AGCATGAGAACAGCAGTTTATTACTCACTAAAGACAGAATGAATGTAGAAAAGGCTGAATTCTGTAATAA
      961 ctgagaggca tccagaaaag tatcagggta gttctgtttc aaacttgcat gtggagccat
AAGCAAACAGCCTGGCTTAGCAAGGAGCCAACATAACAGATGGGCTGGAAGTAAGGAAACATGTAATGAT
    1021 gtggcacaaa tactcatgcc agctcattac agcatgagaa cagcagttta ttactcacta
AGGCGGACTCCCAGCACAGAAAAAAAGGTAGATCTGAATGCTGATCCCCTGTGTGAGAGAAAAGAATGGA
    1081 aagacagaat gaatgtagaa aaggctgaat tctgtaataa aagcaaacag cctggcttag
ATAAGCAGAAACTGCCATGCTCAGAGAATCCTAGAGATACTGAAGATGTTCCTTGGATAACACTAAATAG
    1141 caaggagcca acataacaga tgggctggaa gtaaggaaac atgtaatgat aggcggactc
CAGCATTCAGAAAGTTAATGAGTGGTTTTCCAGAAGTGATGAACTGTTAGGTTCTGATGACTCACATGAT
    1201 ccagcacaga aaaaaaggta gatctgaatg ctgatcccct gtgtgagaga aaagaatgga
GGGGAGTCTGAATCAAATGCCAAAGTAGCTGATGTATTGGACGTTCTAAATGAGGTAGATGAATATTCTG
    1261 ataagcagaa actgccatgc tcagagaatc ctagagatac tgaagatgtt ccttggataa
GTTCTTCAGAGAAAATAGACTTACTGGCCAGTGATCCTCATGAGGCTTTAATATGTAAAAGTGAAAGAGT
    1321 cactaaatag cagcattcag aaagttaatg agtggttttc cagaagtgat gaactgttag
TCACTCCAAATCAGTAGAGAGTAATATTGAAGACAAAATATTTGGGAAAACCTATCGGAAGAAGGCAAGC
    1381 gttctgatga ctcacatgat ggggagtctg aatcaaatgc caaagtagct gatgtattgg
CTCCCCAACTTAAGCCATGTAACTGAAAATCTAATTATAGGAGCATTTGTTACTGAGCCACAGATAATAC
    1441 acgttctaaa tgaggtagat gaatattctg gttcttcaga gaaaatagac ttactggcca
AAGAGCGTCCCCTCACAAATAAATTAAAGCGTAAAAGGAGACCTACATCAGGCCTTCATCCTGAGGATTT
    1501 gtgatcctca tgaggcttta atatgtaaaa gtgaaagagt tcactccaaa tcagtagaga
TATCAAGAAAGCAGATTTGGCAGTTCAAAAGACTCCTGAAATGATAAATCAGGGAACTAACCAAACGGAG
    1561 gtaatattga agacaaaata tttgggaaaa cctatcggaa gaaggcaagc ctccccaact
CAGAATGGTCAAGTGATGAATATTACTAATAGTGGTCATGAGAATAAAACAAAAGGTGATTCTATTCAGA
    1621 taagccatgt aactgaaaat ctaattatag gagcatttgt tactgagcca cagataatac
ATGAGAAAAATCCTAACCCAATAGAATCACTAGAAAAAGAATCTGCTTTCAAAACGAAAGCTGAACCTAT
    1681 aagagcgtcc cctcacaaat aaattaaagc gtaaaaggag acctacatca ggccttcatc
AAGCAGCAGTATAAGCAATATGGAACTCGAATTAAATATCCACAATTCAAAAGCACCTAAAAAGAATAGG
    1741 ctgaggattt tatcaagaaa gcagatttgg cagttcaaaa gactcctgaa atgataaatc
CTGAGGAGGAAGTCTTCTACCAGGCATATTCATGCGCTTGAACTAGTAGTCAGTAGAAATCTAAGCCCAC
    1801 agggaactaa ccaaacggag cagaatggtc aagtgatgaa tattactaat agtggtcatg
CTAATTGTACTGAATTGCAAATTGATAGTTGTTCTAGCAGTGAAGAGATAAAGAAAAAAAAGTACAACCA
    1861 agaataaaac aaaaggtgat tctattcaga atgagaaaaa tcctaaccca atagaatcac
AATGCCAGTCAGGCACAGCAGAAACCTACAACTCATGGAAGGTAAAGAACCTGCAACTGGAGCCAAGAAG
    1921 tagaaaaaga atctgctttc aaaacgaaag ctgaacctat aagcagcagt ataagcaata
AGTAACAAGCCAAATGAACAGACAAGTAAAAGACATGACAGCGATACTTTCCCAGAGCTGAAGTTAACAA
    1981 tggaactcga attaaatatc cacaattcaa aagcacctaa aaagaatagg ctgaggagga
ATGCACCTGGTTCTTTTACTAAGTGTTCAAATACCAGTGAACTTAAAGAATTTGTCAATCCTAGCCTTCC
    2041 agtcttctac caggcatatt catgcgcttg aactagtagt cagtagaaat ctaagcccac
AAGAGAAGAAAAAGAAGAGAAACTAGAAACAGTTAAAGTGTCTAATAATGCTGAAGACCCCAAAGATCTC
    2101 ctaattgtac tgaattgcaa attgatagtt gttctagcag tgaagagata aagaaaaaaa
ATGTTAAGTGGAGAAAGGGTTTTGCAAACTGAAAGATCTGTAGAGAGTAGCAGTATTTCATTGGTACCTG
    2161 agtacaacca aatgccagtc aggcacagca gaaacctaca actcatggaa ggtaaagaac
GTACTGATTATGGCACTCAGGAAAGTATCTCGTTACTGGAAGTTAGCACTCTAGGGAAGGCAAAAACAGA
    2221 ctgcaactgg agccaagaag agtaacaagc caaatgaaca gacaagtaaa agacatgaca
ACCAAATAAATGTGTGAGTCAGTGTGCAGCATTTGAAAACCCCAAGGGACTAATTCATGGTTGTTCCAAA
    2281 gcgatacttt cccagagctg aagttaacaa atgcacctgg ttcttttact aagtgttcaa
GATAATAGAAATGACACAGAAGGCTTTAAGTATCCATTGGGACATGAAGTTAACCACAGTCGGGAAACAA
    2341 ataccagtga acttaaagaa tttgtcaatc ctagccttcc aagagaagaa aaagaagaga
GCATAGAAATGGAAGAAAGTGAACTTGATGCTCAGTATTTGCAGAATACATTCAAGGTTTCAAAGCGCCA
    2401 aactagaaac agttaaagtg tctaataatg ctgaagaccc caaagatctc atgttaagtg
GTCATTTGCTCCGTTTTCAAATCCAGGAAATGCAGAAGAGGAATGTGCAACATTCTCTGCCCACTCTGGG
    2461 gagaaagggt tttgcaaact gaaagatctg tagagagtag cagtatttca ttggtacctg
TCCTTAAAGAAACAAAGTCCAAAAGTCACTTTTGAATGTGAACAAAAGGAAGAAAATCAAGGAAAGAATG
    2521 gtactgatta tggcactcag gaaagtatct cgttactgga agttagcact ctagggaagg
AGTCTAATATCAAGCCTGTACAGACAGTTAATATCACTGCAGGCTTTCCTGTGGTTGGTCAGAAAGATAA
    2581 caaaaacaga accaaataaa tgtgtgagtc agtgtgcagc atttgaaaac cccaagggac
GCCAGTTGATAATGCCAAATGTAGTATCAAAGGAGGCTCTAGGTTTTGTCTATCATCTCAGTTCAGAGGC
    2641 taattcatgg ttgttccaaa gataatagaa atgacacaga aggctttaag tatccattgg
AACGAAACTGGACTCATTACTCCAAATAAACATGGACTTTTACAAAACCCATATCGTATACCACCACTTT
    2701 gacatgaagt taaccacagt cgggaaacaa gcatagaaat ggaagaaagt gaacttgatg
TTCCCATCAAGTCATTTGTTAAAACTAAATGTAAGAAAAATCTGCTAGAGGAAAACTTTGAGGAACATTC
    2761 ctcagtattt gcagaataca ttcaaggttt caaagcgcca gtcatttgct ccgttttcaa
AATGTCACCTGAAAGAGAAATGGGAAATGAGAACATTCCAAGTACAGTGAGCACAATTAGCCGTAATAAC
    2821 atccaggaaa tgcagaagag gaatgtgcaa cattctctgc ccactctggg tccttaaaga
ATTAGAGAAAATGTTTTTAAAGAAGCCAGCTCAAGCAATATTAATGAAGTAGGTTCCAGTACTAATGAAG
    2881 aacaaagtcc aaaagtcact tttgaatgtg aacaaaagga agaaaatcaa ggaaagaatg
TGGGCTCCAGTATTAATGAAATAGGTTCCAGTGATGAAAACATTCAAGCAGAACTAGGTAGAAACAGAGG
    2941 agtctaatat caagcctgta cagacagtta atatcactgc aggctttcct gtggttggtc
GCCAAAATTGAATGCTATGCTTAGATTAGGGGTTTTGCAACCTGAGGTCTATAAACAAAGTCTTCCTGGA
    3001 agaaagataa gccagttgat aatgccaaat gtagtatcaa aggaggctct aggttttgtc
AGTAATTGTAAGCATCCTGAAATAAAAAAGCAAGAATATGAAGAAGTAGTTCAGACTGTTAATACAGATT
    3061 tatcatctca gttcagaggc aacgaaactg gactcattac tccaaataaa catggacttt
TCTCTCCATATCTGATTTCAGATAACTTAGAACAGCCTATGGGAAGTAGTCATGCATCTCAGGTTTGTTC
    3121 tacaaaaccc atatcgtata ccaccacttt ttcccatcaa gtcatttgtt aaaactaaat
TGAGACACCTGATGACCTGTTAGATGATGGTGAAATAAAGGAAGATACTAGTTTTGCTGAAAATGACATT
    3181 gtaagaaaaa tctgctagag gaaaactttg aggaacattc aatgtcacct gaaagagaaa
AAGGAAAGTTCTGCTGTTTTTAGCAAAAGCGTCCAGAAAGGAGAGCTTAGCAGGAGTCCTAGCCCTTTCA
    3241 tgggaaatga gaacattcca agtacagtga gcacaattag ccgtaataac attagagaaa
CCCATACACATTTGGCTCAGGGTTACCGAAGAGGGGCCAAGAAATTAGAGTCCTCAGAAGAGAACTTATC
    3301 atgtttttaa agaagccagc tcaagcaata ttaatgaagt aggttccagt actaatgaag
TAGTGAGGATGAAGAGCTTCCCTGCTTCCAACACTTGTTATTTGGTAAAGTAAACAATATACCTTCTCAG
    3361 tgggctccag tattaatgaa ataggttcca gtgatgaaaa cattcaagca gaactaggta
TCTACTAGGCATAGCACCGTTGCTACCGAGTGTCTGTCTAAGAACACAGAGGAGAATTTATTATCATTGA
    3421 gaaacagagg gccaaaattg aatgctatgc ttagattagg ggttttgcaa cctgaggtct
AGAATAGCTTAAATGACTGCAGTAACCAGGTAATATTGGCAAAGGCATCTCAGGAACATCACCTTAGTGA
    3481 ataaacaaag tcttcctgga agtaattgta agcatcctga aataaaaaag caagaatatg
GGAAACAAAATGTTCTGCTAGCTTGTTTTCTTCACAGTGCAGTGAATTGGAAGACTTGACTGCAAATACA
    3541 aagaagtagt tcagactgtt aatacagatt tctctccata tctgatttca gataacttag
AACACCCAGGATCCTTTCTTGATTGGTTCTTCCAAACAAATGAGGCATCAGTCTGAAAGCCAGGGAGTTG
    3601 aacagcctat gggaagtagt catgcatctc aggtttgttc tgagacacct gatgacctgt
GTCTGAGTGACAAGGAATTGGTTTCAGATGATGAAGAAAGAGGAACGGGCTTGGAAGAAAATAATCAAGA
    3661 tagatgatgg tgaaataaag gaagatacta gttttgctga aaatgacatt aaggaaagtt
AGAGCAAAGCATGGATTCAAACTTAGGTGAAGCAGCATCTGGGTGTGAGAGTGAAACAAGCGTCTCTGAA
    3721 ctgctgtttt tagcaaaagc gtccagaaag gagagcttag caggagtcct agccctttca
GACTGCTCAGGGCTATCCTCTCAGAGTGACATTTTAACCACTCAGCAGAGGGATACCATGCAACATAACC
    3781 cccatacaca tttggctcag ggttaccgaa gaggggccaa gaaattagag tcctcagaag
TGATAAAGCTCCAGCAGGAAATGGCTGAACTAGAAGCTGTGTTAGAACAGCATGGGAGCCAGCCTTCTAA
    3841 agaacttatc tagtgaggat gaagagcttc cctgcttcca acacttgtta tttggtaaag
CAGCTACCCTTCCATCATAAGTGACTCTTCTGCCCTTGAGGACCTGCGAAATCCAGAACAAAGCACATCA
    3901 taaacaatat accttctcag tctactaggc atagcaccgt tgctaccgag tgtctgtcta
GAAAAAGCAGTATTAACTTCACAGAAAAGTAGTGAATACCCTATAAGCCAGAATCCAGAAGGCCTTTCTG
    3961 agaacacaga ggagaattta ttatcattga agaatagctt aaatgactgc agtaaccagg
CTGACAAGTTTGAGGTGTCTGCAGATAGTTCTACCAGTAAAAATAAAGAACCAGGAGTGGAAAGGTCATC
    4021 taatattggc aaaggcatct caggaacatc accttagtga ggaaacaaaa tgttctgcta
CCCTTCTAAATGCCCATCATTAGATGATAGGTGGTACATGCACAGTTGCTCTGGGAGTCTTCAGAATAGA
    4081 gcttgttttc ttcacagtgc agtgaattgg aagacttgac tgcaaataca aacacccagg
AACTACCCATCTCAAGAGGAGCTCATTAAGGTTGTTGATGTGGAGGAGCAACAGCTGGAAGAGTCTGGGC
    4141 atcctttctt gattggttct tccaaacaaa tgaggcatca gtctgaaagc cagggagttg
CACACGATTTGACGGAAACATCTTACTTGCCAAGGCAAGATCTAGAGGGAACCCCTTACCTGGAATCTGG
    4201 gtctgagtga caaggaattg gtttcagatg atgaagaaag aggaacgggc ttggaagaaa
AATCAGCCTCTTCTCTGATGACCCTGAATCTGATCCTTCTGAAGACAGAGCCCCAGAGTCAGCTCGTGTT
    4261 ataatcaaga agagcaaagc atggattcaa acttaggtga agcagcatct gggtgtgaga
GGCAACATACCATCTTCAACCTCTGCATTGAAAGTTCCCCAATTGAAAGTTGCAGAATCTGCCCAGAGTC
    4321 gtgaaacaag cgtctctgaa gactgctcag ggctatcctc tcagagtgac attttaacca
CAGCTGCTGCTCATACTACTGATACTGCTGGGTATAATGCAATGGAAGAAAGTGTGAGCAGGGAGAAGCC
    4381 ctcagcagag ggataccatg caacataacc tgataaagct ccagcaggaa atggctgaac
AGAATTGACAGCTTCAACAGAAAGGGTCAACAAAAGAATGTCCATGGTGGTGTCTGGCCTGACCCCAGAA
    4441 tagaagctgt gttagaacag catgggagcc agccttctaa cagctaccct tccatcataa
GAATTTATGCTCGTGTACAAGTTTGCCAGAAAACACCACATCACTTTAACTAATCTAATTACTGAAGAGA
    4501 gtgactcttc tgcccttgag gacctgcgaa atccagaaca aagcacatca gaaaaagcag
CTACTCATGTTGTTATGAAAACAGATGCTGAGTTTGTGTGTGAACGGACACTGAAATATTTTCTAGGAAT
    4561 tattaacttc acagaaaagt agtgaatacc ctataagcca gaatccagaa ggcctttctg
TGCGGGAGGAAAATGGGTAGTTAGCTATTTCTGGGTGACCCAGTCTATTAAAGAAAGAAAAATGCTGAAT
    4621 ctgacaagtt tgaggtgtct gcagatagtt ctaccagtaa aaataaagaa ccaggagtgg
GAGCATGATTTTGAAGTCAGAGGAGATGTGGTCAATGGAAGAAACCACCAAGGTCCAAAGCGAGCAAGAG
    4681 aaaggtcatc cccttctaaa tgcccatcat tagatgatag gtggtacatg cacagttgct
AATCCCAGGACAGAAAGATCTTCAGGGGGCTAGAAATCTGTTGCTATGGGCCCTTCACCAACATGCCCAC
    4741 ctgggagtct tcagaataga aactacccat ctcaagagga gctcattaag gttgttgatg
AGATCAACTGGAATGGATGGTACAGCTGTGTGGTGCTTCTGTGGTGAAGGAGCTTTCATCATTCACCCTT
    4801 tggaggagca acagctggaa gagtctgggc cacacgattt gacggaaaca tcttacttgc
GGCACAGGTGTCCACCCAATTGTGGTTGTGCAGCCAGATGCCTGGACAGAGGACAATGGCTTCCATGCAA
    4861 caaggcaaga tctagaggga accccttacc tggaatctgg aatcagcctc ttctctgatg
TTGGGCAGATGTGTGAGGCACCTGTGGTGACCCGAGAGTGGGTGTTGGACAGTGTAGCACTCTACCAGTG
    4921 accctgaatc tgatccttct gaagacagag ccccagagtc agctcgtgtt ggcaacatac
CCAGGAGCTGGACACCTACCTGATACCCCAGATCCCCCACAGCCACTACTGACTGCAGCCAGCCACAGGT
    4981 catcttcaac ctctgcattg aaagttcccc aattgaaagt tgcagaatct gcccagagtc
ACAGAGCCACAGGACCCCAAGAATGAGCTTACAAAGTGGCCTTTCCAGGCCCTGGGAGCTCCTCTCACTC
    5041 cagctgctgc tcatactact gatactgctg ggtataatgc aatggaagaa agtgtgagca
TTCAGTCCTTCTACTGTCCTGGCTACTAAATATTTTATGTACATCAGCCTGAAAAGGACTTCTGGCTATG
    5101 gggagaagcc agaattgaca gcttcaacag aaagggtcaa caaaagaatg tccatggtgg
CAAGGGTCCCTTAAAGATTTTCTGCTTGAAGTCTCCCTTGGAAATCTGCCATGAGCACAAAATTATGGTA
    5161 tgtctggcct gaccccagaa gaatttatgc tcgtgtacaa gtttgccaga aaacaccaca
ATTTTTCACCTGAGAAGATTTTAAAACCATTTAAACGCCACCAATTGAGCAAGATGCTGATTCATTATTT
    5221 tcactttaac taatctaatt actgaagaga ctactcatgt tgttatgaaa acagatgctg
ATCAGCCCTATTCTTTCTATTCAGGCTGTTGTTGGCTTAGGGCTGGAAGCACAGAGTGGCTTGGCCTCAA
    5281 agtttgtgtg tgaacggaca ctgaaatatt ttctaggaat tgcgggagga aaatgggtag
GAGAATAGCTGGTTTCCCTAAGTTTACTTCTCTAAAACCCTGTGTTCACAAAGGCAGAGAGTCAGACCCT
    5341 ttagctattt ctgggtgacc cagtctatta aagaaagaaa aatgctgaat gagcatgatt
TCAATGGAAGGAGAGTGCTTGGGATCGATTATGTGACTTAAAGTCAGAATAGTCCTTGGGCAGTTCTCAA
    5401 ttgaagtcag aggagatgtg gtcaatggaa gaaaccacca aggtccaaag cgagcaagag
ATGTTGGAGTGGAACATTGGGGAGGAAATTCTGAGGCAGGTATTAGAAATGAAAAGGAAACTTGAAACCT
    5461 aatcccagga cagaaagatc ttcagggggc tagaaatctg ttgctatggg cccttcacca
GGGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGCAGATCACTGGAGGTCAG
    5521 acatgcccac agatcaactg gaatggatgg tacagctgtg tggtgcttct gtggtgaagg
GAGTTCGAAACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAGAAATTAGCCGGTCA
    5581 agctttcatc attcaccctt ggcacaggtg tccacccaat tgtggttgtg cagccagatg
TGGTGGTGGACACCTGTAATCCCAGCTACTCAGGTGGCTAAGGCAGGAGAATCACTTCAGCCCGGGAGGT
    5641 cctggacaga ggacaatggc ttccatgcaa ttgggcagat gtgtgaggca cctgtggtga
GGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCATACCACGGCACTCCAGCCTGGGTGACAGTGAGACTGTGGCTCAAAA
    5701 cccgagagtg ggtgttggac agtgtagcac tctaccagtg ccaggagctg gacacctacc
AAAAAAAAAAAAAAAGGAAAATGAAACTAGAAGAGATTTCTAAAAGTCTGAGATATATTTGCTAGATTTC
    5761 tgatacccca gatcccccac agccactact gactgcagcc agccacaggt acagagccac
TAAAGAATGTGTTCTAAAACAGCAGAAGATTTTCAAGAACCGGTTTCCAAAGACAGTCTTCTAATTCCTC
    5821 aggaccccaa gaatgagctt acaaagtggc ctttccaggc cctgggagct cctctcactc
ATTAGTAATAAGTAAAATGTTTATTGTTGTAGCTCTGGTATATAATCCATTCCTCTTAAAATATAAGACC
    5881 ttcagtcctt ctactgtcct ggctactaaa tattttatgt acatcagcct gaaaaggact
TCTGGCATGAATATTTCATATCTATAAAATGACAGATCCCACCAGGAAGGAAGCTGTTGCTTTCTTTGAG
    5941 tctggctatg caagggtccc ttaaagattt tctgcttgaa gtctcccttg gaaatctgcc
GTGATTTTTTTCCTTTGCTCCCTGTTGCTGAAACCATACAGCTTCATAAATAATTTTGCTTGCTGAAGGA
    6001 atgagcacaa aattatggta atttttcacc tgagaagatt ttaaaaccat ttaaacgcca
AGAAAAAGTGTTTTTCATAAACCCATTATCCAGGACTGTTTATAGCTGTTGGAAGGACTAGGTCTTCCCT
    6061 ccaattgagc aagatgctga ttcattattt atcagcccta ttctttctat tcaggctgtt
AGCCCCCCCAGTGTGCAAGGGCAGTGAAGACTTGATTGTACAAAATACGTTTTGTAAATGTTGTGCTGTT
    6121 gttggcttag ggctggaagc acagagtggc ttggcctcaa gagaatagct ggtttcccta
AACACTGCAAATAAACTTGGTAGCAAACACTTCAAAAAAAAAAAAAAAAAA
    6181 agtttacttc tctaaaaccc tgtgttcaca aaggcagaga gtcagaccct tcaatggaag
    6241 gagagtgctt gggatcgatt atgtgactta aagtcagaat agtccttggg cagttctcaa
    6301 atgttggagt ggaacattgg ggaggaaatt ctgaggcagg tattagaaat gaaaaggaaa
    6361 cttgaaacct gggcatggtg gctcacgcct gtaatcccag cactttggga ggccaaggtg
    6421 ggcagatcac tggaggtcag gagttcgaaa ccagcctggc caacatggtg aaaccccatc
    6481 tctactaaaa atacagaaat tagccggtca tggtggtgga cacctgtaat cccagctact
    6541 caggtggcta aggcaggaga atcacttcag cccgggaggt ggaggttgca gtgagccaag
    6601 atcataccac ggcactccag cctgggtgac agtgagactg tggctcaaaa aaaaaaaaaa
    6661 aaaaaggaaa atgaaactag aagagatttc taaaagtctg agatatattt gctagatttc
    6721 taaagaatgt gttctaaaac agcagaagat tttcaagaac cggtttccaa agacagtctt
    6781 ctaattcctc attagtaata agtaaaatgt ttattgttgt agctctggta tataatccat
    6841 tcctcttaaa atataagacc tctggcatga atatttcata tctataaaat gacagatccc
    6901 accaggaagg aagctgttgc tttctttgag gtgatttttt tcctttgctc cctgttgctg
    6961 aaaccataca gcttcataaa taattttgct tgctgaagga agaaaaagtg tttttcataa
    7021 acccattatc caggactgtt tatagctgtt ggaaggacta ggtcttccct agccccccca
    7081 gtgtgcaagg gcagtgaaga cttgattgta caaaatacgt tttgtaaatg ttgtgctgtt
    7141 aacactgcaa ataaacttgg tagcaaacac ttcaaaaaaa aaaaaaaaaa a


===Genomic mutation finder===
===Genomic mutation finder===

Revision as of 06:13, 15 March 2007

Assignment Due Mar 20

  • Write a script to automatically carry out the interpretation you performed manually for todays problems. Below are two other examples of similar kind.

Exonic mutation finder

Below is a exonic sequence of a gene. Which gene is it? Is it mutated? Is the allele implicated in disease? Which diseases?

>Ex2
CTTAGCGGTAGCCCCTTGGTTTCCGTGGCAACGGAAAAGCGCGGGAATTACAGATAAATTAAAACTGCGA
CTGCGCGGCGTGAGCTCGCTGAGACTTCCTGGACGGGGGACAGGCTGTGGGGTTTCTCAGATAACTGGGC
CCCTGCGCTCAGGAGGCCTTCACCCTCTGCTCTGGGTAAAGTTCATTGGAACAGAAAGAAATGGATTTAT
CTGCTCTTCGCGTTGAAGAAGTACAAAATGTCATTAATGCTATGCAGAAAATCTTAGAGTGTCCCATCTG
TCTGGAGTTGATCAAGGAACCTGTCTCCACAAAGTGTGACCACATATTTTGCAAATTTTGCATGCTGAAA
CTTCTCAACCAGAAGAAAGGGCCTTCACAGTGTCCTTTATGTAAGAATGATATAACCAAAAGGAGCCTAC
AAGAAAGTACGAGATTTAGTCAACTTGTTGAAGAGCTATTGAAAATCATTTGTGCTTTTCAGCTTGACAC
AGGTTTGGAGTATGCAAACAGCTATAATTTTGCAAAAAAGGAAAATAACTCTCCTGAACATCTAAAAGAT
GAAGTTTCTATCATCCAAAGTATGGGCTACAGAAACCGTGCCAAAAGACTTCTACAGAGTGAACCCGAAA
ATCCTTCCTTGCAGGAAACCAGTCTCAGTGTCCAACTCTCTAACCTTGGAACTGTGAGAACTCTGAGGAC
AAAGCAGCGGATACAACCTCAAAAGACGTCTGTCTACATTGAATTGGGATCTGATTCTTCTGAAGATACC
GTTAATAAGGCAACTTATTGCAGTGTGGGAGATCAAGAATTGTTACAAATCACCCCTCAAGGAACCAGGG
ATGAAATCAGTTTGGATTCTGCAAAAAAGGCTGCTTGTGAATTTTCTGAGACGGATGTAACAAATACTGA
ACATCATCAACCCAGTAATAATGATTTGAACACCACTGAGAAGCGTGCAGCTGAGAGGCATCCAGAAAAG
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CTACTCATGTTGTTATGAAAACAGATGCTGAGTTTGTGTGTGAACGGACACTGAAATATTTTCTAGGAAT
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AATCCCAGGACAGAAAGATCTTCAGGGGGCTAGAAATCTGTTGCTATGGGCCCTTCACCAACATGCCCAC
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GGCACAGGTGTCCACCCAATTGTGGTTGTGCAGCCAGATGCCTGGACAGAGGACAATGGCTTCCATGCAA
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ATGTTGGAGTGGAACATTGGGGAGGAAATTCTGAGGCAGGTATTAGAAATGAAAAGGAAACTTGAAACCT
GGGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGCAGATCACTGGAGGTCAG
GAGTTCGAAACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAGAAATTAGCCGGTCA
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GTGATTTTTTTCCTTTGCTCCCTGTTGCTGAAACCATACAGCTTCATAAATAATTTTGCTTGCTGAAGGA
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AGCCCCCCCAGTGTGCAAGGGCAGTGAAGACTTGATTGTACAAAATACGTTTTGTAAATGTTGTGCTGTT
AACACTGCAAATAAACTTGGTAGCAAACACTTCAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Genomic mutation finder

Below is a sequence of a gene. Which gene is it? Is it mutated? Is the allele implicated in disease? Which diseases?
>ex_3
GGGAGGAAGCAGAGGTGCCCTGGCATCTTCAGCTGGAGGTGAGCAGGGTGCTGAGGGTGTGAGAGGCCGG
GCGCCTGGGGATGGGAGGCGGGACCGCATCTTCAAGGGGACGCTGCCACCCTACCCCAGAGGTCAGGGCC
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CTGTTGTATCAGGTCCCTGTCGCAGCCACTGGCCCTATAGCCTAATAAAGGAGCGGGTGCATGCATTGGA
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CAGGCCTGTGCTTGGGCTTGAACGCTGGGCCGGCCGCTGCGCTCTGTGGCTCCCTGCAGGCCTGCGGATC
GGCCAGGGGGCTCCGATCCTTTTGGACCGAGGCTGAAGCAACGGCTGCACCAGAGAAGGCCTTCTGGCTG
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TCTCCTTTGTGCTTCATTCCATGGCCAGAGCAAGACACGTGGGCAAGCCCAAAGCCAGGGGCTGGGAAAG
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GTGTTTAGTGCAGTTCATGGTTGAGCAGGAAGATTAGAAATAAGGACATAGAGACAACTATTTTCTTGGT
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AGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAATAAAATAAAATAAAGAAAAAAAGAATTAG
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AGCCTCCCAAGTAGCTAGGACTACAGGCGCCTGCTGCCACATTTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGA
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TGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGACAGAGTTCGCAGTGCACTAGCCGCGATCGTGCCACTGCA
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GAAGTTGCGGACCCTCACGGTGAGTGGTACAGTTCTTAAAGATGATGTGTCCAGAGTTTGTTCCTTCTGA
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CAGACCTTTGCGGTGAGTGTTACAGCTCTTAAGGCGGCATGTCTGGAGTTTGTTCGTTCCTCCCGTCTGG
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CGGTGTTACCAGCAGATAAATGCTATGCGGACCCAAAGAGTGAGCAGCAGCAAGATTTATTGCAAAGAGC
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TGCAATCTGGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAACCTCCCCAGTA
GAGGGGATTACAGGCACCCACCACCGCACCCAGCTAATATTTTGTCTTTTTAGTAGAGTCGGGGTTTCAC
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CTTTAGCTAGACACAGAAGTTCTCCAAGTGCCCACCAGATTAGCTAGATACAGAGTGCTGATTGGTGCAT
CCCCAAACCCCAAGCTAGACACAGAGTGCTGACTGGTGCATATAAAATCCTCAGGCTAGACATAAAAGTT
TTCCAAGTCCCCATCTGACTCAGGAGCCCAGCTGGCTTCACCTAGTGGATCCTGCGCAGGGCTGTGCCGG
GCGCCTGCACTCCTCTCAGCCCTTGGGCAGTCGATGGGACCGGGCGCTGAGGAGCAGGGGGCGGTGCCCG
TCGGGGAGGCTCAGGCCACGCTGGAGCTCACAGGGGTTGGGAGGGGGCTCGGGCATGGCGGGCTGCAGGT
CCTGAGCCTTGCCCTGTGCAGGGCGGCTGGGGCCCGGTGAGAATTCAAGCGGGGTGCAGGCGGGCCGGCA
GTGCTGGGGGACCCGGCGCACCCTCTGCAGCTGCTGGCCCGGGTGCTAGGCCCCTGACTGCCCGGGGCCG
GGGGTGCGGGGCCCGCTGAGCCCGCGCCCACCTGGAACTCGCGCTGGCTGGCGAGCGCTGCGCGCAGCCC
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AGGCCGAGGAGGCGCCGAGAGCGAGCGAGGGCTGCTAGCACGTTGTCACCTCGCATTCTGAACCACAGAC
TCTCCAACTCTCCGGCGCTTTTCGCCCACTCGGTCCCTCAGAACACGAAGGGCTCTCTCATCCTGTCACT
AAAACGATTAGCTGTCCGGAGACACGGAAAAAGTCGCCCCTCTTCTTTGCAGGATTCCTCCCTTGAACTT
CTCCAAACCCTCTTAGTGTGACGTGACCCCACCCCTAGCTAACCCAGGCTGCTTCCTTACCAGCTTCCCG
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AACATGGCGGACAAAGACAGTAACTAGTCCCGTTTCTCCGCGTTTTCGCCAAGAAGATTGGCTCTTACCA
CTTGTCCCTCAAAACGACCACCCCATTGACTGGTGGCGATTGCGTCGACGGAGACGGGGCAAAAGCAAGC
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CATTTCCCCTGCCCCAGGCAAATTCGGCGCTCACTGCGTCCCCGCAGGCCACTGACCTTACAAGACTACT
TGCCCCAGACTCCTGGGGCTGGATGGGAATTGTAGTCTCCCTAAAGAGTTGTACGTATCTTTTTAAGGCC
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AGGTCTCCAATCTATCCACTGGATTTCCGTGAGAATTGTGCCCGCTCTGGTATTGGATGTTCCTCTCCAT
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CAATTACTGTGATGCAATAAGCCGCAACTGGAAGAGTAGAGGCTAGAGGGCAGGCACTTTATGGCAAACT
CAGGTAGAATTCTTCCTCTTCCGTCTCTTTCCTTTTACGTCATCCGGGGGCAGACTGGGTGGCCAATCCA
GAGCCCCGAGAGACGCTTGGCTCTTTCTGTCCCTCCCATCCTCTGATTGTACCTTGATTTCGTATTCTGA
GAGGCTGCTGCTTAGCGGTAGCCCCTTGGTTTCCGTGGCAACGGAAAAGCGCGGGAATTACAGATAAATT
AAAACTGCGACTGCGCGGCGTGAGCTCGCTGAGACTTCCTGGACGGGGGACAGGCTGTGGGGTTTCTCAG
ATAACTGGGCCCCTGCGCTCAGGAGGCCTTCACCCTCTGCTCTGGGTAAAGGTAGTAGAGTCCCGGGAAA
GGGACAGGGGGCCCAAGTGATGCTCTGGGGTACTGGCGTGGGAGAGTGGATTTCCGAAGCTGACAGATGG
GTATTCTTTGACGGGGGGTAGGGGCGGAACCTGAGAGGCGTAAGGCGTTGTGAACCCTGGGGAGGGGGGC
AGTTTGTAGGTCGCGAGGGAAGCGCTGAGGATCAGGAAGGGGGCACTGAGTGTCCGTGGGGGAATCCTCG
TGATAGGAACTGGAATATGCCTTGAGGGGGACACTATGTCTTTAAAAACGTCGGCTGGTCATGAGGTCAG
GAGTTCCAGACCAGCCTGACCAACGTGGTGAAACTCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCG
TGGTGCCGCTCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTAGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAG
TGAGCCGAGATCGCGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTGTCTCAAAACAAAACAAAAC
AAAACAAAACAAAAAACACCGGCTGGTATGTATGAGAGGATGGGACCTTGTGGAAGAAGAGGTGCCAGGA
ATATGTCTGGGAAGGGGAGGAGACAGGATTTTGTGGGAGGGAGAACTTAAGAACTGGATCCATTTGCGCC
ATTGAGAAAGCGCAAGAGGGAAGTAGAGGAGCGTCAGTAGTAACAGATGCTGCCGGCAGGGATGTGCTTG
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GGTTGGCAGCAATATGTGAAAAAATTCAGAATTTATGTTGTCTAATTACAAAAAGCAACTTCTAGAATCT
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