Harvard:Biophysics 101/2007/03/15

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(Genomic mutation finder)
(Exonic mutation finder)
Line 5: Line 5:
Below is a exonic sequence of a gene. Which gene is it? Is it mutated? Is the allele implicated in disease? Which diseases?  
Below is a exonic sequence of a gene. Which gene is it? Is it mutated? Is the allele implicated in disease? Which diseases?  
-
 
+
<pre>
-
>Example_a_exon
+
>Ex2
-
        1 cttagcggta gccccttggt ttccgtggca acggaaaagc gcgggaatta cagataaatt
+
CTTAGCGGTAGCCCCTTGGTTTCCGTGGCAACGGAAAAGCGCGGGAATTACAGATAAATTAAAACTGCGA
-
      61 aaaactgcga ctgcgcggcg tgagctcgct gagacttcct ggacggggga caggctgtgg
+
CTGCGCGGCGTGAGCTCGCTGAGACTTCCTGGACGGGGGACAGGCTGTGGGGTTTCTCAGATAACTGGGC
-
      121 ggtttctcag ataactgggc ccctgcgctc aggaggcctt caccctctgc tctgggtaaa
+
CCCTGCGCTCAGGAGGCCTTCACCCTCTGCTCTGGGTAAAGTTCATTGGAACAGAAAGAAATGGATTTAT
-
      181 gttcattgga acagaaagaa atggatttat ctgctcttcg cgttgaagaa gtacaaaatg
+
CTGCTCTTCGCGTTGAAGAAGTACAAAATGTCATTAATGCTATGCAGAAAATCTTAGAGTGTCCCATCTG
-
      241 tcattaatgc tatgcagaaa atcttagagt gtcccatctg tctggagttg atcaaggaac
+
TCTGGAGTTGATCAAGGAACCTGTCTCCACAAAGTGTGACCACATATTTTGCAAATTTTGCATGCTGAAA
-
      301 ctgtctccac aaagtgtgac cacatatttt gcaaattttg catgctgaaa cttctcaacc
+
CTTCTCAACCAGAAGAAAGGGCCTTCACAGTGTCCTTTATGTAAGAATGATATAACCAAAAGGAGCCTAC
-
      361 agaagaaagg gccttcacag tgtcctttat gtaagaatga tataaccaaa aggagcctac
+
AAGAAAGTACGAGATTTAGTCAACTTGTTGAAGAGCTATTGAAAATCATTTGTGCTTTTCAGCTTGACAC
-
      421 aagaaagtac gagatttagt caacttgttg aagagctatt gaaaatcatt tgtgcttttc
+
AGGTTTGGAGTATGCAAACAGCTATAATTTTGCAAAAAAGGAAAATAACTCTCCTGAACATCTAAAAGAT
-
      481 agcttgacac aggtttggag tatgcaaaca gctataattt tgcaaaaaag gaaaataact
+
GAAGTTTCTATCATCCAAAGTATGGGCTACAGAAACCGTGCCAAAAGACTTCTACAGAGTGAACCCGAAA
-
      541 ctcctgaaca tctaaaagat gaagtttcta tcatccaaag tatgggctac agaaaccgtg
+
ATCCTTCCTTGCAGGAAACCAGTCTCAGTGTCCAACTCTCTAACCTTGGAACTGTGAGAACTCTGAGGAC
-
      601 ccaaaagact tctacagagt gaacccgaaa atccttcctt gcaggaaacc agtctcagtg
+
AAAGCAGCGGATACAACCTCAAAAGACGTCTGTCTACATTGAATTGGGATCTGATTCTTCTGAAGATACC
-
      661 tccaactctc taaccttgga actgtgagaa ctctgaggac aaagcagcgg atacaacctc
+
GTTAATAAGGCAACTTATTGCAGTGTGGGAGATCAAGAATTGTTACAAATCACCCCTCAAGGAACCAGGG
-
      721 aaaagacgtc tgtctacatt gaattgggat ctgattcttc tgaagatacc gttaataagg
+
ATGAAATCAGTTTGGATTCTGCAAAAAAGGCTGCTTGTGAATTTTCTGAGACGGATGTAACAAATACTGA
-
      781 caacttattg cagtgtggga gatcaagaat tgttacaaat cacccctcaa ggaaccaggg
+
ACATCATCAACCCAGTAATAATGATTTGAACACCACTGAGAAGCGTGCAGCTGAGAGGCATCCAGAAAAG
-
      841 atgaaatcag tttggattct gcaaaaaagg ctgcttgtga attttctgag acggatgtaa
+
TATCAGGGTAGTTCTGTTTCAAACTTGCATGTGGAGCCATGTGGCACAAATACTCATGCCAGCTCATTAC
-
      901 caaatactga acatcatcaa cccagtaata atgatttgaa caccactgag aagcgtgcag
+
AGCATGAGAACAGCAGTTTATTACTCACTAAAGACAGAATGAATGTAGAAAAGGCTGAATTCTGTAATAA
-
      961 ctgagaggca tccagaaaag tatcagggta gttctgtttc aaacttgcat gtggagccat
+
AAGCAAACAGCCTGGCTTAGCAAGGAGCCAACATAACAGATGGGCTGGAAGTAAGGAAACATGTAATGAT
-
    1021 gtggcacaaa tactcatgcc agctcattac agcatgagaa cagcagttta ttactcacta
+
AGGCGGACTCCCAGCACAGAAAAAAAGGTAGATCTGAATGCTGATCCCCTGTGTGAGAGAAAAGAATGGA
-
    1081 aagacagaat gaatgtagaa aaggctgaat tctgtaataa aagcaaacag cctggcttag
+
ATAAGCAGAAACTGCCATGCTCAGAGAATCCTAGAGATACTGAAGATGTTCCTTGGATAACACTAAATAG
-
    1141 caaggagcca acataacaga tgggctggaa gtaaggaaac atgtaatgat aggcggactc
+
CAGCATTCAGAAAGTTAATGAGTGGTTTTCCAGAAGTGATGAACTGTTAGGTTCTGATGACTCACATGAT
-
    1201 ccagcacaga aaaaaaggta gatctgaatg ctgatcccct gtgtgagaga aaagaatgga
+
GGGGAGTCTGAATCAAATGCCAAAGTAGCTGATGTATTGGACGTTCTAAATGAGGTAGATGAATATTCTG
-
    1261 ataagcagaa actgccatgc tcagagaatc ctagagatac tgaagatgtt ccttggataa
+
GTTCTTCAGAGAAAATAGACTTACTGGCCAGTGATCCTCATGAGGCTTTAATATGTAAAAGTGAAAGAGT
-
    1321 cactaaatag cagcattcag aaagttaatg agtggttttc cagaagtgat gaactgttag
+
TCACTCCAAATCAGTAGAGAGTAATATTGAAGACAAAATATTTGGGAAAACCTATCGGAAGAAGGCAAGC
-
    1381 gttctgatga ctcacatgat ggggagtctg aatcaaatgc caaagtagct gatgtattgg
+
CTCCCCAACTTAAGCCATGTAACTGAAAATCTAATTATAGGAGCATTTGTTACTGAGCCACAGATAATAC
-
    1441 acgttctaaa tgaggtagat gaatattctg gttcttcaga gaaaatagac ttactggcca
+
AAGAGCGTCCCCTCACAAATAAATTAAAGCGTAAAAGGAGACCTACATCAGGCCTTCATCCTGAGGATTT
-
    1501 gtgatcctca tgaggcttta atatgtaaaa gtgaaagagt tcactccaaa tcagtagaga
+
TATCAAGAAAGCAGATTTGGCAGTTCAAAAGACTCCTGAAATGATAAATCAGGGAACTAACCAAACGGAG
-
    1561 gtaatattga agacaaaata tttgggaaaa cctatcggaa gaaggcaagc ctccccaact
+
CAGAATGGTCAAGTGATGAATATTACTAATAGTGGTCATGAGAATAAAACAAAAGGTGATTCTATTCAGA
-
    1621 taagccatgt aactgaaaat ctaattatag gagcatttgt tactgagcca cagataatac
+
ATGAGAAAAATCCTAACCCAATAGAATCACTAGAAAAAGAATCTGCTTTCAAAACGAAAGCTGAACCTAT
-
    1681 aagagcgtcc cctcacaaat aaattaaagc gtaaaaggag acctacatca ggccttcatc
+
AAGCAGCAGTATAAGCAATATGGAACTCGAATTAAATATCCACAATTCAAAAGCACCTAAAAAGAATAGG
-
    1741 ctgaggattt tatcaagaaa gcagatttgg cagttcaaaa gactcctgaa atgataaatc
+
CTGAGGAGGAAGTCTTCTACCAGGCATATTCATGCGCTTGAACTAGTAGTCAGTAGAAATCTAAGCCCAC
-
    1801 agggaactaa ccaaacggag cagaatggtc aagtgatgaa tattactaat agtggtcatg
+
CTAATTGTACTGAATTGCAAATTGATAGTTGTTCTAGCAGTGAAGAGATAAAGAAAAAAAAGTACAACCA
-
    1861 agaataaaac aaaaggtgat tctattcaga atgagaaaaa tcctaaccca atagaatcac
+
AATGCCAGTCAGGCACAGCAGAAACCTACAACTCATGGAAGGTAAAGAACCTGCAACTGGAGCCAAGAAG
-
    1921 tagaaaaaga atctgctttc aaaacgaaag ctgaacctat aagcagcagt ataagcaata
+
AGTAACAAGCCAAATGAACAGACAAGTAAAAGACATGACAGCGATACTTTCCCAGAGCTGAAGTTAACAA
-
    1981 tggaactcga attaaatatc cacaattcaa aagcacctaa aaagaatagg ctgaggagga
+
ATGCACCTGGTTCTTTTACTAAGTGTTCAAATACCAGTGAACTTAAAGAATTTGTCAATCCTAGCCTTCC
-
    2041 agtcttctac caggcatatt catgcgcttg aactagtagt cagtagaaat ctaagcccac
+
AAGAGAAGAAAAAGAAGAGAAACTAGAAACAGTTAAAGTGTCTAATAATGCTGAAGACCCCAAAGATCTC
-
    2101 ctaattgtac tgaattgcaa attgatagtt gttctagcag tgaagagata aagaaaaaaa
+
ATGTTAAGTGGAGAAAGGGTTTTGCAAACTGAAAGATCTGTAGAGAGTAGCAGTATTTCATTGGTACCTG
-
    2161 agtacaacca aatgccagtc aggcacagca gaaacctaca actcatggaa ggtaaagaac
+
GTACTGATTATGGCACTCAGGAAAGTATCTCGTTACTGGAAGTTAGCACTCTAGGGAAGGCAAAAACAGA
-
    2221 ctgcaactgg agccaagaag agtaacaagc caaatgaaca gacaagtaaa agacatgaca
+
ACCAAATAAATGTGTGAGTCAGTGTGCAGCATTTGAAAACCCCAAGGGACTAATTCATGGTTGTTCCAAA
-
    2281 gcgatacttt cccagagctg aagttaacaa atgcacctgg ttcttttact aagtgttcaa
+
GATAATAGAAATGACACAGAAGGCTTTAAGTATCCATTGGGACATGAAGTTAACCACAGTCGGGAAACAA
-
    2341 ataccagtga acttaaagaa tttgtcaatc ctagccttcc aagagaagaa aaagaagaga
+
GCATAGAAATGGAAGAAAGTGAACTTGATGCTCAGTATTTGCAGAATACATTCAAGGTTTCAAAGCGCCA
-
    2401 aactagaaac agttaaagtg tctaataatg ctgaagaccc caaagatctc atgttaagtg
+
GTCATTTGCTCCGTTTTCAAATCCAGGAAATGCAGAAGAGGAATGTGCAACATTCTCTGCCCACTCTGGG
-
    2461 gagaaagggt tttgcaaact gaaagatctg tagagagtag cagtatttca ttggtacctg
+
TCCTTAAAGAAACAAAGTCCAAAAGTCACTTTTGAATGTGAACAAAAGGAAGAAAATCAAGGAAAGAATG
-
    2521 gtactgatta tggcactcag gaaagtatct cgttactgga agttagcact ctagggaagg
+
AGTCTAATATCAAGCCTGTACAGACAGTTAATATCACTGCAGGCTTTCCTGTGGTTGGTCAGAAAGATAA
-
    2581 caaaaacaga accaaataaa tgtgtgagtc agtgtgcagc atttgaaaac cccaagggac
+
GCCAGTTGATAATGCCAAATGTAGTATCAAAGGAGGCTCTAGGTTTTGTCTATCATCTCAGTTCAGAGGC
-
    2641 taattcatgg ttgttccaaa gataatagaa atgacacaga aggctttaag tatccattgg
+
AACGAAACTGGACTCATTACTCCAAATAAACATGGACTTTTACAAAACCCATATCGTATACCACCACTTT
-
    2701 gacatgaagt taaccacagt cgggaaacaa gcatagaaat ggaagaaagt gaacttgatg
+
TTCCCATCAAGTCATTTGTTAAAACTAAATGTAAGAAAAATCTGCTAGAGGAAAACTTTGAGGAACATTC
-
    2761 ctcagtattt gcagaataca ttcaaggttt caaagcgcca gtcatttgct ccgttttcaa
+
AATGTCACCTGAAAGAGAAATGGGAAATGAGAACATTCCAAGTACAGTGAGCACAATTAGCCGTAATAAC
-
    2821 atccaggaaa tgcagaagag gaatgtgcaa cattctctgc ccactctggg tccttaaaga
+
ATTAGAGAAAATGTTTTTAAAGAAGCCAGCTCAAGCAATATTAATGAAGTAGGTTCCAGTACTAATGAAG
-
    2881 aacaaagtcc aaaagtcact tttgaatgtg aacaaaagga agaaaatcaa ggaaagaatg
+
TGGGCTCCAGTATTAATGAAATAGGTTCCAGTGATGAAAACATTCAAGCAGAACTAGGTAGAAACAGAGG
-
    2941 agtctaatat caagcctgta cagacagtta atatcactgc aggctttcct gtggttggtc
+
GCCAAAATTGAATGCTATGCTTAGATTAGGGGTTTTGCAACCTGAGGTCTATAAACAAAGTCTTCCTGGA
-
    3001 agaaagataa gccagttgat aatgccaaat gtagtatcaa aggaggctct aggttttgtc
+
AGTAATTGTAAGCATCCTGAAATAAAAAAGCAAGAATATGAAGAAGTAGTTCAGACTGTTAATACAGATT
-
    3061 tatcatctca gttcagaggc aacgaaactg gactcattac tccaaataaa catggacttt
+
TCTCTCCATATCTGATTTCAGATAACTTAGAACAGCCTATGGGAAGTAGTCATGCATCTCAGGTTTGTTC
-
    3121 tacaaaaccc atatcgtata ccaccacttt ttcccatcaa gtcatttgtt aaaactaaat
+
TGAGACACCTGATGACCTGTTAGATGATGGTGAAATAAAGGAAGATACTAGTTTTGCTGAAAATGACATT
-
    3181 gtaagaaaaa tctgctagag gaaaactttg aggaacattc aatgtcacct gaaagagaaa
+
AAGGAAAGTTCTGCTGTTTTTAGCAAAAGCGTCCAGAAAGGAGAGCTTAGCAGGAGTCCTAGCCCTTTCA
-
    3241 tgggaaatga gaacattcca agtacagtga gcacaattag ccgtaataac attagagaaa
+
CCCATACACATTTGGCTCAGGGTTACCGAAGAGGGGCCAAGAAATTAGAGTCCTCAGAAGAGAACTTATC
-
    3301 atgtttttaa agaagccagc tcaagcaata ttaatgaagt aggttccagt actaatgaag
+
TAGTGAGGATGAAGAGCTTCCCTGCTTCCAACACTTGTTATTTGGTAAAGTAAACAATATACCTTCTCAG
-
    3361 tgggctccag tattaatgaa ataggttcca gtgatgaaaa cattcaagca gaactaggta
+
TCTACTAGGCATAGCACCGTTGCTACCGAGTGTCTGTCTAAGAACACAGAGGAGAATTTATTATCATTGA
-
    3421 gaaacagagg gccaaaattg aatgctatgc ttagattagg ggttttgcaa cctgaggtct
+
AGAATAGCTTAAATGACTGCAGTAACCAGGTAATATTGGCAAAGGCATCTCAGGAACATCACCTTAGTGA
-
    3481 ataaacaaag tcttcctgga agtaattgta agcatcctga aataaaaaag caagaatatg
+
GGAAACAAAATGTTCTGCTAGCTTGTTTTCTTCACAGTGCAGTGAATTGGAAGACTTGACTGCAAATACA
-
    3541 aagaagtagt tcagactgtt aatacagatt tctctccata tctgatttca gataacttag
+
AACACCCAGGATCCTTTCTTGATTGGTTCTTCCAAACAAATGAGGCATCAGTCTGAAAGCCAGGGAGTTG
-
    3601 aacagcctat gggaagtagt catgcatctc aggtttgttc tgagacacct gatgacctgt
+
GTCTGAGTGACAAGGAATTGGTTTCAGATGATGAAGAAAGAGGAACGGGCTTGGAAGAAAATAATCAAGA
-
    3661 tagatgatgg tgaaataaag gaagatacta gttttgctga aaatgacatt aaggaaagtt
+
AGAGCAAAGCATGGATTCAAACTTAGGTGAAGCAGCATCTGGGTGTGAGAGTGAAACAAGCGTCTCTGAA
-
    3721 ctgctgtttt tagcaaaagc gtccagaaag gagagcttag caggagtcct agccctttca
+
GACTGCTCAGGGCTATCCTCTCAGAGTGACATTTTAACCACTCAGCAGAGGGATACCATGCAACATAACC
-
    3781 cccatacaca tttggctcag ggttaccgaa gaggggccaa gaaattagag tcctcagaag
+
TGATAAAGCTCCAGCAGGAAATGGCTGAACTAGAAGCTGTGTTAGAACAGCATGGGAGCCAGCCTTCTAA
-
    3841 agaacttatc tagtgaggat gaagagcttc cctgcttcca acacttgtta tttggtaaag
+
CAGCTACCCTTCCATCATAAGTGACTCTTCTGCCCTTGAGGACCTGCGAAATCCAGAACAAAGCACATCA
-
    3901 taaacaatat accttctcag tctactaggc atagcaccgt tgctaccgag tgtctgtcta
+
GAAAAAGCAGTATTAACTTCACAGAAAAGTAGTGAATACCCTATAAGCCAGAATCCAGAAGGCCTTTCTG
-
    3961 agaacacaga ggagaattta ttatcattga agaatagctt aaatgactgc agtaaccagg
+
CTGACAAGTTTGAGGTGTCTGCAGATAGTTCTACCAGTAAAAATAAAGAACCAGGAGTGGAAAGGTCATC
-
    4021 taatattggc aaaggcatct caggaacatc accttagtga ggaaacaaaa tgttctgcta
+
CCCTTCTAAATGCCCATCATTAGATGATAGGTGGTACATGCACAGTTGCTCTGGGAGTCTTCAGAATAGA
-
    4081 gcttgttttc ttcacagtgc agtgaattgg aagacttgac tgcaaataca aacacccagg
+
AACTACCCATCTCAAGAGGAGCTCATTAAGGTTGTTGATGTGGAGGAGCAACAGCTGGAAGAGTCTGGGC
-
    4141 atcctttctt gattggttct tccaaacaaa tgaggcatca gtctgaaagc cagggagttg
+
CACACGATTTGACGGAAACATCTTACTTGCCAAGGCAAGATCTAGAGGGAACCCCTTACCTGGAATCTGG
-
    4201 gtctgagtga caaggaattg gtttcagatg atgaagaaag aggaacgggc ttggaagaaa
+
AATCAGCCTCTTCTCTGATGACCCTGAATCTGATCCTTCTGAAGACAGAGCCCCAGAGTCAGCTCGTGTT
-
    4261 ataatcaaga agagcaaagc atggattcaa acttaggtga agcagcatct gggtgtgaga
+
GGCAACATACCATCTTCAACCTCTGCATTGAAAGTTCCCCAATTGAAAGTTGCAGAATCTGCCCAGAGTC
-
    4321 gtgaaacaag cgtctctgaa gactgctcag ggctatcctc tcagagtgac attttaacca
+
CAGCTGCTGCTCATACTACTGATACTGCTGGGTATAATGCAATGGAAGAAAGTGTGAGCAGGGAGAAGCC
-
    4381 ctcagcagag ggataccatg caacataacc tgataaagct ccagcaggaa atggctgaac
+
AGAATTGACAGCTTCAACAGAAAGGGTCAACAAAAGAATGTCCATGGTGGTGTCTGGCCTGACCCCAGAA
-
    4441 tagaagctgt gttagaacag catgggagcc agccttctaa cagctaccct tccatcataa
+
GAATTTATGCTCGTGTACAAGTTTGCCAGAAAACACCACATCACTTTAACTAATCTAATTACTGAAGAGA
-
    4501 gtgactcttc tgcccttgag gacctgcgaa atccagaaca aagcacatca gaaaaagcag
+
CTACTCATGTTGTTATGAAAACAGATGCTGAGTTTGTGTGTGAACGGACACTGAAATATTTTCTAGGAAT
-
    4561 tattaacttc acagaaaagt agtgaatacc ctataagcca gaatccagaa ggcctttctg
+
TGCGGGAGGAAAATGGGTAGTTAGCTATTTCTGGGTGACCCAGTCTATTAAAGAAAGAAAAATGCTGAAT
-
    4621 ctgacaagtt tgaggtgtct gcagatagtt ctaccagtaa aaataaagaa ccaggagtgg
+
GAGCATGATTTTGAAGTCAGAGGAGATGTGGTCAATGGAAGAAACCACCAAGGTCCAAAGCGAGCAAGAG
-
    4681 aaaggtcatc cccttctaaa tgcccatcat tagatgatag gtggtacatg cacagttgct
+
AATCCCAGGACAGAAAGATCTTCAGGGGGCTAGAAATCTGTTGCTATGGGCCCTTCACCAACATGCCCAC
-
    4741 ctgggagtct tcagaataga aactacccat ctcaagagga gctcattaag gttgttgatg
+
AGATCAACTGGAATGGATGGTACAGCTGTGTGGTGCTTCTGTGGTGAAGGAGCTTTCATCATTCACCCTT
-
    4801 tggaggagca acagctggaa gagtctgggc cacacgattt gacggaaaca tcttacttgc
+
GGCACAGGTGTCCACCCAATTGTGGTTGTGCAGCCAGATGCCTGGACAGAGGACAATGGCTTCCATGCAA
-
    4861 caaggcaaga tctagaggga accccttacc tggaatctgg aatcagcctc ttctctgatg
+
TTGGGCAGATGTGTGAGGCACCTGTGGTGACCCGAGAGTGGGTGTTGGACAGTGTAGCACTCTACCAGTG
-
    4921 accctgaatc tgatccttct gaagacagag ccccagagtc agctcgtgtt ggcaacatac
+
CCAGGAGCTGGACACCTACCTGATACCCCAGATCCCCCACAGCCACTACTGACTGCAGCCAGCCACAGGT
-
    4981 catcttcaac ctctgcattg aaagttcccc aattgaaagt tgcagaatct gcccagagtc
+
ACAGAGCCACAGGACCCCAAGAATGAGCTTACAAAGTGGCCTTTCCAGGCCCTGGGAGCTCCTCTCACTC
-
    5041 cagctgctgc tcatactact gatactgctg ggtataatgc aatggaagaa agtgtgagca
+
TTCAGTCCTTCTACTGTCCTGGCTACTAAATATTTTATGTACATCAGCCTGAAAAGGACTTCTGGCTATG
-
    5101 gggagaagcc agaattgaca gcttcaacag aaagggtcaa caaaagaatg tccatggtgg
+
CAAGGGTCCCTTAAAGATTTTCTGCTTGAAGTCTCCCTTGGAAATCTGCCATGAGCACAAAATTATGGTA
-
    5161 tgtctggcct gaccccagaa gaatttatgc tcgtgtacaa gtttgccaga aaacaccaca
+
ATTTTTCACCTGAGAAGATTTTAAAACCATTTAAACGCCACCAATTGAGCAAGATGCTGATTCATTATTT
-
    5221 tcactttaac taatctaatt actgaagaga ctactcatgt tgttatgaaa acagatgctg
+
ATCAGCCCTATTCTTTCTATTCAGGCTGTTGTTGGCTTAGGGCTGGAAGCACAGAGTGGCTTGGCCTCAA
-
    5281 agtttgtgtg tgaacggaca ctgaaatatt ttctaggaat tgcgggagga aaatgggtag
+
GAGAATAGCTGGTTTCCCTAAGTTTACTTCTCTAAAACCCTGTGTTCACAAAGGCAGAGAGTCAGACCCT
-
    5341 ttagctattt ctgggtgacc cagtctatta aagaaagaaa aatgctgaat gagcatgatt
+
TCAATGGAAGGAGAGTGCTTGGGATCGATTATGTGACTTAAAGTCAGAATAGTCCTTGGGCAGTTCTCAA
-
    5401 ttgaagtcag aggagatgtg gtcaatggaa gaaaccacca aggtccaaag cgagcaagag
+
ATGTTGGAGTGGAACATTGGGGAGGAAATTCTGAGGCAGGTATTAGAAATGAAAAGGAAACTTGAAACCT
-
    5461 aatcccagga cagaaagatc ttcagggggc tagaaatctg ttgctatggg cccttcacca
+
GGGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGCAGATCACTGGAGGTCAG
-
    5521 acatgcccac agatcaactg gaatggatgg tacagctgtg tggtgcttct gtggtgaagg
+
GAGTTCGAAACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAGAAATTAGCCGGTCA
-
    5581 agctttcatc attcaccctt ggcacaggtg tccacccaat tgtggttgtg cagccagatg
+
TGGTGGTGGACACCTGTAATCCCAGCTACTCAGGTGGCTAAGGCAGGAGAATCACTTCAGCCCGGGAGGT
-
    5641 cctggacaga ggacaatggc ttccatgcaa ttgggcagat gtgtgaggca cctgtggtga
+
GGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCATACCACGGCACTCCAGCCTGGGTGACAGTGAGACTGTGGCTCAAAA
-
    5701 cccgagagtg ggtgttggac agtgtagcac tctaccagtg ccaggagctg gacacctacc
+
AAAAAAAAAAAAAAAGGAAAATGAAACTAGAAGAGATTTCTAAAAGTCTGAGATATATTTGCTAGATTTC
-
    5761 tgatacccca gatcccccac agccactact gactgcagcc agccacaggt acagagccac
+
TAAAGAATGTGTTCTAAAACAGCAGAAGATTTTCAAGAACCGGTTTCCAAAGACAGTCTTCTAATTCCTC
-
    5821 aggaccccaa gaatgagctt acaaagtggc ctttccaggc cctgggagct cctctcactc
+
ATTAGTAATAAGTAAAATGTTTATTGTTGTAGCTCTGGTATATAATCCATTCCTCTTAAAATATAAGACC
-
    5881 ttcagtcctt ctactgtcct ggctactaaa tattttatgt acatcagcct gaaaaggact
+
TCTGGCATGAATATTTCATATCTATAAAATGACAGATCCCACCAGGAAGGAAGCTGTTGCTTTCTTTGAG
-
    5941 tctggctatg caagggtccc ttaaagattt tctgcttgaa gtctcccttg gaaatctgcc
+
GTGATTTTTTTCCTTTGCTCCCTGTTGCTGAAACCATACAGCTTCATAAATAATTTTGCTTGCTGAAGGA
-
    6001 atgagcacaa aattatggta atttttcacc tgagaagatt ttaaaaccat ttaaacgcca
+
AGAAAAAGTGTTTTTCATAAACCCATTATCCAGGACTGTTTATAGCTGTTGGAAGGACTAGGTCTTCCCT
-
    6061 ccaattgagc aagatgctga ttcattattt atcagcccta ttctttctat tcaggctgtt
+
AGCCCCCCCAGTGTGCAAGGGCAGTGAAGACTTGATTGTACAAAATACGTTTTGTAAATGTTGTGCTGTT
-
    6121 gttggcttag ggctggaagc acagagtggc ttggcctcaa gagaatagct ggtttcccta
+
AACACTGCAAATAAACTTGGTAGCAAACACTTCAAAAAAAAAAAAAAAAAA
-
    6181 agtttacttc tctaaaaccc tgtgttcaca aaggcagaga gtcagaccct tcaatggaag
+
-
    6241 gagagtgctt gggatcgatt atgtgactta aagtcagaat agtccttggg cagttctcaa
+
-
    6301 atgttggagt ggaacattgg ggaggaaatt ctgaggcagg tattagaaat gaaaaggaaa
+
-
    6361 cttgaaacct gggcatggtg gctcacgcct gtaatcccag cactttggga ggccaaggtg
+
-
    6421 ggcagatcac tggaggtcag gagttcgaaa ccagcctggc caacatggtg aaaccccatc
+
-
    6481 tctactaaaa atacagaaat tagccggtca tggtggtgga cacctgtaat cccagctact
+
-
    6541 caggtggcta aggcaggaga atcacttcag cccgggaggt ggaggttgca gtgagccaag
+
-
    6601 atcataccac ggcactccag cctgggtgac agtgagactg tggctcaaaa aaaaaaaaaa
+
-
    6661 aaaaaggaaa atgaaactag aagagatttc taaaagtctg agatatattt gctagatttc
+
-
    6721 taaagaatgt gttctaaaac agcagaagat tttcaagaac cggtttccaa agacagtctt
+
-
    6781 ctaattcctc attagtaata agtaaaatgt ttattgttgt agctctggta tataatccat
+
-
    6841 tcctcttaaa atataagacc tctggcatga atatttcata tctataaaat gacagatccc
+
-
    6901 accaggaagg aagctgttgc tttctttgag gtgatttttt tcctttgctc cctgttgctg
+
-
    6961 aaaccataca gcttcataaa taattttgct tgctgaagga agaaaaagtg tttttcataa
+
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    7021 acccattatc caggactgtt tatagctgtt ggaaggacta ggtcttccct agccccccca
+
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    7081 gtgtgcaagg gcagtgaaga cttgattgta caaaatacgt tttgtaaatg ttgtgctgtt
+
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    7141 aacactgcaa ataaacttgg tagcaaacac ttcaaaaaaa aaaaaaaaaa a
+
===Genomic mutation finder===
===Genomic mutation finder===

Revision as of 08:13, 15 March 2007

Assignment Due Mar 20

  • Write a script to automatically carry out the interpretation you performed manually for todays problems. Below are two other examples of similar kind.

Exonic mutation finder

Below is a exonic sequence of a gene. Which gene is it? Is it mutated? Is the allele implicated in disease? Which diseases?

>Ex2
CTTAGCGGTAGCCCCTTGGTTTCCGTGGCAACGGAAAAGCGCGGGAATTACAGATAAATTAAAACTGCGA
CTGCGCGGCGTGAGCTCGCTGAGACTTCCTGGACGGGGGACAGGCTGTGGGGTTTCTCAGATAACTGGGC
CCCTGCGCTCAGGAGGCCTTCACCCTCTGCTCTGGGTAAAGTTCATTGGAACAGAAAGAAATGGATTTAT
CTGCTCTTCGCGTTGAAGAAGTACAAAATGTCATTAATGCTATGCAGAAAATCTTAGAGTGTCCCATCTG
TCTGGAGTTGATCAAGGAACCTGTCTCCACAAAGTGTGACCACATATTTTGCAAATTTTGCATGCTGAAA
CTTCTCAACCAGAAGAAAGGGCCTTCACAGTGTCCTTTATGTAAGAATGATATAACCAAAAGGAGCCTAC
AAGAAAGTACGAGATTTAGTCAACTTGTTGAAGAGCTATTGAAAATCATTTGTGCTTTTCAGCTTGACAC
AGGTTTGGAGTATGCAAACAGCTATAATTTTGCAAAAAAGGAAAATAACTCTCCTGAACATCTAAAAGAT
GAAGTTTCTATCATCCAAAGTATGGGCTACAGAAACCGTGCCAAAAGACTTCTACAGAGTGAACCCGAAA
ATCCTTCCTTGCAGGAAACCAGTCTCAGTGTCCAACTCTCTAACCTTGGAACTGTGAGAACTCTGAGGAC
AAAGCAGCGGATACAACCTCAAAAGACGTCTGTCTACATTGAATTGGGATCTGATTCTTCTGAAGATACC
GTTAATAAGGCAACTTATTGCAGTGTGGGAGATCAAGAATTGTTACAAATCACCCCTCAAGGAACCAGGG
ATGAAATCAGTTTGGATTCTGCAAAAAAGGCTGCTTGTGAATTTTCTGAGACGGATGTAACAAATACTGA
ACATCATCAACCCAGTAATAATGATTTGAACACCACTGAGAAGCGTGCAGCTGAGAGGCATCCAGAAAAG
TATCAGGGTAGTTCTGTTTCAAACTTGCATGTGGAGCCATGTGGCACAAATACTCATGCCAGCTCATTAC
AGCATGAGAACAGCAGTTTATTACTCACTAAAGACAGAATGAATGTAGAAAAGGCTGAATTCTGTAATAA
AAGCAAACAGCCTGGCTTAGCAAGGAGCCAACATAACAGATGGGCTGGAAGTAAGGAAACATGTAATGAT
AGGCGGACTCCCAGCACAGAAAAAAAGGTAGATCTGAATGCTGATCCCCTGTGTGAGAGAAAAGAATGGA
ATAAGCAGAAACTGCCATGCTCAGAGAATCCTAGAGATACTGAAGATGTTCCTTGGATAACACTAAATAG
CAGCATTCAGAAAGTTAATGAGTGGTTTTCCAGAAGTGATGAACTGTTAGGTTCTGATGACTCACATGAT
GGGGAGTCTGAATCAAATGCCAAAGTAGCTGATGTATTGGACGTTCTAAATGAGGTAGATGAATATTCTG
GTTCTTCAGAGAAAATAGACTTACTGGCCAGTGATCCTCATGAGGCTTTAATATGTAAAAGTGAAAGAGT
TCACTCCAAATCAGTAGAGAGTAATATTGAAGACAAAATATTTGGGAAAACCTATCGGAAGAAGGCAAGC
CTCCCCAACTTAAGCCATGTAACTGAAAATCTAATTATAGGAGCATTTGTTACTGAGCCACAGATAATAC
AAGAGCGTCCCCTCACAAATAAATTAAAGCGTAAAAGGAGACCTACATCAGGCCTTCATCCTGAGGATTT
TATCAAGAAAGCAGATTTGGCAGTTCAAAAGACTCCTGAAATGATAAATCAGGGAACTAACCAAACGGAG
CAGAATGGTCAAGTGATGAATATTACTAATAGTGGTCATGAGAATAAAACAAAAGGTGATTCTATTCAGA
ATGAGAAAAATCCTAACCCAATAGAATCACTAGAAAAAGAATCTGCTTTCAAAACGAAAGCTGAACCTAT
AAGCAGCAGTATAAGCAATATGGAACTCGAATTAAATATCCACAATTCAAAAGCACCTAAAAAGAATAGG
CTGAGGAGGAAGTCTTCTACCAGGCATATTCATGCGCTTGAACTAGTAGTCAGTAGAAATCTAAGCCCAC
CTAATTGTACTGAATTGCAAATTGATAGTTGTTCTAGCAGTGAAGAGATAAAGAAAAAAAAGTACAACCA
AATGCCAGTCAGGCACAGCAGAAACCTACAACTCATGGAAGGTAAAGAACCTGCAACTGGAGCCAAGAAG
AGTAACAAGCCAAATGAACAGACAAGTAAAAGACATGACAGCGATACTTTCCCAGAGCTGAAGTTAACAA
ATGCACCTGGTTCTTTTACTAAGTGTTCAAATACCAGTGAACTTAAAGAATTTGTCAATCCTAGCCTTCC
AAGAGAAGAAAAAGAAGAGAAACTAGAAACAGTTAAAGTGTCTAATAATGCTGAAGACCCCAAAGATCTC
ATGTTAAGTGGAGAAAGGGTTTTGCAAACTGAAAGATCTGTAGAGAGTAGCAGTATTTCATTGGTACCTG
GTACTGATTATGGCACTCAGGAAAGTATCTCGTTACTGGAAGTTAGCACTCTAGGGAAGGCAAAAACAGA
ACCAAATAAATGTGTGAGTCAGTGTGCAGCATTTGAAAACCCCAAGGGACTAATTCATGGTTGTTCCAAA
GATAATAGAAATGACACAGAAGGCTTTAAGTATCCATTGGGACATGAAGTTAACCACAGTCGGGAAACAA
GCATAGAAATGGAAGAAAGTGAACTTGATGCTCAGTATTTGCAGAATACATTCAAGGTTTCAAAGCGCCA
GTCATTTGCTCCGTTTTCAAATCCAGGAAATGCAGAAGAGGAATGTGCAACATTCTCTGCCCACTCTGGG
TCCTTAAAGAAACAAAGTCCAAAAGTCACTTTTGAATGTGAACAAAAGGAAGAAAATCAAGGAAAGAATG
AGTCTAATATCAAGCCTGTACAGACAGTTAATATCACTGCAGGCTTTCCTGTGGTTGGTCAGAAAGATAA
GCCAGTTGATAATGCCAAATGTAGTATCAAAGGAGGCTCTAGGTTTTGTCTATCATCTCAGTTCAGAGGC
AACGAAACTGGACTCATTACTCCAAATAAACATGGACTTTTACAAAACCCATATCGTATACCACCACTTT
TTCCCATCAAGTCATTTGTTAAAACTAAATGTAAGAAAAATCTGCTAGAGGAAAACTTTGAGGAACATTC
AATGTCACCTGAAAGAGAAATGGGAAATGAGAACATTCCAAGTACAGTGAGCACAATTAGCCGTAATAAC
ATTAGAGAAAATGTTTTTAAAGAAGCCAGCTCAAGCAATATTAATGAAGTAGGTTCCAGTACTAATGAAG
TGGGCTCCAGTATTAATGAAATAGGTTCCAGTGATGAAAACATTCAAGCAGAACTAGGTAGAAACAGAGG
GCCAAAATTGAATGCTATGCTTAGATTAGGGGTTTTGCAACCTGAGGTCTATAAACAAAGTCTTCCTGGA
AGTAATTGTAAGCATCCTGAAATAAAAAAGCAAGAATATGAAGAAGTAGTTCAGACTGTTAATACAGATT
TCTCTCCATATCTGATTTCAGATAACTTAGAACAGCCTATGGGAAGTAGTCATGCATCTCAGGTTTGTTC
TGAGACACCTGATGACCTGTTAGATGATGGTGAAATAAAGGAAGATACTAGTTTTGCTGAAAATGACATT
AAGGAAAGTTCTGCTGTTTTTAGCAAAAGCGTCCAGAAAGGAGAGCTTAGCAGGAGTCCTAGCCCTTTCA
CCCATACACATTTGGCTCAGGGTTACCGAAGAGGGGCCAAGAAATTAGAGTCCTCAGAAGAGAACTTATC
TAGTGAGGATGAAGAGCTTCCCTGCTTCCAACACTTGTTATTTGGTAAAGTAAACAATATACCTTCTCAG
TCTACTAGGCATAGCACCGTTGCTACCGAGTGTCTGTCTAAGAACACAGAGGAGAATTTATTATCATTGA
AGAATAGCTTAAATGACTGCAGTAACCAGGTAATATTGGCAAAGGCATCTCAGGAACATCACCTTAGTGA
GGAAACAAAATGTTCTGCTAGCTTGTTTTCTTCACAGTGCAGTGAATTGGAAGACTTGACTGCAAATACA
AACACCCAGGATCCTTTCTTGATTGGTTCTTCCAAACAAATGAGGCATCAGTCTGAAAGCCAGGGAGTTG
GTCTGAGTGACAAGGAATTGGTTTCAGATGATGAAGAAAGAGGAACGGGCTTGGAAGAAAATAATCAAGA
AGAGCAAAGCATGGATTCAAACTTAGGTGAAGCAGCATCTGGGTGTGAGAGTGAAACAAGCGTCTCTGAA
GACTGCTCAGGGCTATCCTCTCAGAGTGACATTTTAACCACTCAGCAGAGGGATACCATGCAACATAACC
TGATAAAGCTCCAGCAGGAAATGGCTGAACTAGAAGCTGTGTTAGAACAGCATGGGAGCCAGCCTTCTAA
CAGCTACCCTTCCATCATAAGTGACTCTTCTGCCCTTGAGGACCTGCGAAATCCAGAACAAAGCACATCA
GAAAAAGCAGTATTAACTTCACAGAAAAGTAGTGAATACCCTATAAGCCAGAATCCAGAAGGCCTTTCTG
CTGACAAGTTTGAGGTGTCTGCAGATAGTTCTACCAGTAAAAATAAAGAACCAGGAGTGGAAAGGTCATC
CCCTTCTAAATGCCCATCATTAGATGATAGGTGGTACATGCACAGTTGCTCTGGGAGTCTTCAGAATAGA
AACTACCCATCTCAAGAGGAGCTCATTAAGGTTGTTGATGTGGAGGAGCAACAGCTGGAAGAGTCTGGGC
CACACGATTTGACGGAAACATCTTACTTGCCAAGGCAAGATCTAGAGGGAACCCCTTACCTGGAATCTGG
AATCAGCCTCTTCTCTGATGACCCTGAATCTGATCCTTCTGAAGACAGAGCCCCAGAGTCAGCTCGTGTT
GGCAACATACCATCTTCAACCTCTGCATTGAAAGTTCCCCAATTGAAAGTTGCAGAATCTGCCCAGAGTC
CAGCTGCTGCTCATACTACTGATACTGCTGGGTATAATGCAATGGAAGAAAGTGTGAGCAGGGAGAAGCC
AGAATTGACAGCTTCAACAGAAAGGGTCAACAAAAGAATGTCCATGGTGGTGTCTGGCCTGACCCCAGAA
GAATTTATGCTCGTGTACAAGTTTGCCAGAAAACACCACATCACTTTAACTAATCTAATTACTGAAGAGA
CTACTCATGTTGTTATGAAAACAGATGCTGAGTTTGTGTGTGAACGGACACTGAAATATTTTCTAGGAAT
TGCGGGAGGAAAATGGGTAGTTAGCTATTTCTGGGTGACCCAGTCTATTAAAGAAAGAAAAATGCTGAAT
GAGCATGATTTTGAAGTCAGAGGAGATGTGGTCAATGGAAGAAACCACCAAGGTCCAAAGCGAGCAAGAG
AATCCCAGGACAGAAAGATCTTCAGGGGGCTAGAAATCTGTTGCTATGGGCCCTTCACCAACATGCCCAC
AGATCAACTGGAATGGATGGTACAGCTGTGTGGTGCTTCTGTGGTGAAGGAGCTTTCATCATTCACCCTT
GGCACAGGTGTCCACCCAATTGTGGTTGTGCAGCCAGATGCCTGGACAGAGGACAATGGCTTCCATGCAA
TTGGGCAGATGTGTGAGGCACCTGTGGTGACCCGAGAGTGGGTGTTGGACAGTGTAGCACTCTACCAGTG
CCAGGAGCTGGACACCTACCTGATACCCCAGATCCCCCACAGCCACTACTGACTGCAGCCAGCCACAGGT
ACAGAGCCACAGGACCCCAAGAATGAGCTTACAAAGTGGCCTTTCCAGGCCCTGGGAGCTCCTCTCACTC
TTCAGTCCTTCTACTGTCCTGGCTACTAAATATTTTATGTACATCAGCCTGAAAAGGACTTCTGGCTATG
CAAGGGTCCCTTAAAGATTTTCTGCTTGAAGTCTCCCTTGGAAATCTGCCATGAGCACAAAATTATGGTA
ATTTTTCACCTGAGAAGATTTTAAAACCATTTAAACGCCACCAATTGAGCAAGATGCTGATTCATTATTT
ATCAGCCCTATTCTTTCTATTCAGGCTGTTGTTGGCTTAGGGCTGGAAGCACAGAGTGGCTTGGCCTCAA
GAGAATAGCTGGTTTCCCTAAGTTTACTTCTCTAAAACCCTGTGTTCACAAAGGCAGAGAGTCAGACCCT
TCAATGGAAGGAGAGTGCTTGGGATCGATTATGTGACTTAAAGTCAGAATAGTCCTTGGGCAGTTCTCAA
ATGTTGGAGTGGAACATTGGGGAGGAAATTCTGAGGCAGGTATTAGAAATGAAAAGGAAACTTGAAACCT
GGGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGCAGATCACTGGAGGTCAG
GAGTTCGAAACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAGAAATTAGCCGGTCA
TGGTGGTGGACACCTGTAATCCCAGCTACTCAGGTGGCTAAGGCAGGAGAATCACTTCAGCCCGGGAGGT
GGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCATACCACGGCACTCCAGCCTGGGTGACAGTGAGACTGTGGCTCAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAGGAAAATGAAACTAGAAGAGATTTCTAAAAGTCTGAGATATATTTGCTAGATTTC
TAAAGAATGTGTTCTAAAACAGCAGAAGATTTTCAAGAACCGGTTTCCAAAGACAGTCTTCTAATTCCTC
ATTAGTAATAAGTAAAATGTTTATTGTTGTAGCTCTGGTATATAATCCATTCCTCTTAAAATATAAGACC
TCTGGCATGAATATTTCATATCTATAAAATGACAGATCCCACCAGGAAGGAAGCTGTTGCTTTCTTTGAG
GTGATTTTTTTCCTTTGCTCCCTGTTGCTGAAACCATACAGCTTCATAAATAATTTTGCTTGCTGAAGGA
AGAAAAAGTGTTTTTCATAAACCCATTATCCAGGACTGTTTATAGCTGTTGGAAGGACTAGGTCTTCCCT
AGCCCCCCCAGTGTGCAAGGGCAGTGAAGACTTGATTGTACAAAATACGTTTTGTAAATGTTGTGCTGTT
AACACTGCAAATAAACTTGGTAGCAAACACTTCAAAAAAAAAAAAAAAAAA

===Genomic mutation finder===

Below is a sequence of a gene. Which gene is it? Is it mutated? Is the allele implicated in disease? Which diseases? 
<pre>
>ex_3
GGGAGGAAGCAGAGGTGCCCTGGCATCTTCAGCTGGAGGTGAGCAGGGTGCTGAGGGTGTGAGAGGCCGG
GCGCCTGGGGATGGGAGGCGGGACCGCATCTTCAAGGGGACGCTGCCACCCTACCCCAGAGGTCAGGGCC
TCTCGCCCAGCTCTGGCTCTGATGTCCTGGAGGGAGGGAGATGCTGTTGCGATTCAGAAGATCAGGGGAG
GGCCACCCCCATTCGAGAAGAGTGAAAATCCTGAGCCTGAAGCAGAAGTGGAATCGGTTGGAGCCGAGGC
TTTAGAGGGTGGCGTTGGGAAGAGGGTCTGGCGCCGCCCTATGGACTGTTCGGGCTCACGAGGCTGAAGG
CTCCGAAGACCGCGACCTGCGAACCATGGGAAGGTTCCACGCGGATGAAGGCTACAGCCCCGGCCAGAGA
CCCTACACTAGGCCTGGACTTCTCCACCGGCTTATGACATGATAGCTCAATAAGCTCCTTATTTAACGCA
CTGTTGTATCAGGTCCCTGTCGCAGCCACTGGCCCTATAGCCTAATAAAGGAGCGGGTGCATGCATTGGA
TTGGTGAGCTACCGCCACAGCAACGCGTCCTAATCAACCATCCCAAACGGCAGTTGGAAGAAAGTTCTTG
CAGGCCTGTGCTTGGGCTTGAACGCTGGGCCGGCCGCTGCGCTCTGTGGCTCCCTGCAGGCCTGCGGATC
GGCCAGGGGGCTCCGATCCTTTTGGACCGAGGCTGAAGCAACGGCTGCACCAGAGAAGGCCTTCTGGCTG
AAGGTGGAAGTGCACGGGGTCCGCAGAACCGCCTAAGGCGTCTTCAGGCGTGGGTTAGGAACTAGCAGGC
TCTCCTTTGTGCTTCATTCCATGGCCAGAGCAAGACACGTGGGCAAGCCCAAAGCCAGGGGCTGGGAAAG
TACCCTCCACCCACAACGAAACCATGGCAAGGGGTGGGTGCATGTAGGGCTGAGGAATTGGGGCCAATAG
TCTATCTATCCCGTGAGGAGACCTGCTGTGGGGGTTGCACAGCCTGGGTCTGCAAGCTTCACTGCCCTCG
GCCTGGGCGTCCTGTGCTCCTTTGGCCTCTCTGGGTTAGGAAAGTATCCCTTTTATCTCTGCAAAGGTCA
GAGTCCCAGTGTCTGCTTTCAAATATAAAACCAGCTATTGGGGGTATGACCCTGAACTGTATGAGGGCCG
CCCTTTCAGTAATTCTCTCTCCAGGAGTGAGAACCTCCCTTTCTCAATTTTAGGTTAGATGGGTCTGAGT
GTGTTTAGTGCAGTTCATGGTTGAGCAGGAAGATTAGAAATAAGGACATAGAGACAACTATTTTCTTGGT
GTTAAACTCATTTTAAACAAAGTGGAAAGTAAAGGATTTAGTAGGGAAATCCTTTCACCTTGGCAAAAGT
ATAGTCTATCTGGTCACAACTGCCACAGCATGATCCTTGGTGGCTTGGCACAAGCATTCCCTGTCCTCCA
TCAAGCCCATAATGTCCCTCAGTAATTCCACTGCATTTTTTTTGCAGCTGCTGTGTGCTGGAGCTGTGGG
GAACCCCTCGGTAATCTCTTGTCTGCTTTTTAGGAACTCCTATCTCCAGATCTTCTTTTACTTCCCAAGC
CACCCCACTTCTTTGAAAGGTCTGCAGGCTTGTCTACCTCTTCTCAGCTTGCTCTGCATGCCTTGGGGAA
GCTCTTAAAGCATGGATCATGAAGGAGGGGGGCGGAGGAGAGGGAAATGCATGTTTCCACAAATGGACCA
TGAGCCCACCAGGCAGGCTCTAGATGGGGAAAAAAACCCCTTACATTATCATGTGACTTGTACAAGAAAA
AAGGTACCTGCAAAGGGTCAAGGGACCAGAGAGGAGAACTTGAGAGGTATTCTGGAGGAGGCGACTTTTG
ATGTGAGCTTTCTAGGTGAGTAAAGGGCATTGTAGATGAAAGGACTGGCTGGTAAGTGGCCAGCAGATAG
AAATACAGGCTGAGCTCAGGGGAGGGTACACCCAGAGGTGGGGAGGAAGGTAGGAAGTGAAAAAGGAGGC
TGGGCGTGGTGGCTCACGCCTGTAATCCTAGCACTTTGAGTGTCCGAGGCAGGCGGATCACTTGAGGTCA
GGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAACTACAAAAATTAGCTGGGT
GTGGTGGTGTGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTAAGGTATGATAATTGCTTGAACCCGGGAGG
CGGAGCTTGCAGTGAGCGAAGATCATGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTAACAGAGTGAGATCCTGTCTCA
AAAAAAAAAAAAAAGGAAGTGAAAAAGGAAAGGGAGAAGGCCAGAATGGAAAGGAGCTAAAGACAGACTG
AGCAAGGCAGAGTTGGAGGCCAGCGCAGGAAGGGCTCAAAACATTTGCAAGGACAGTTCACATCCCACTG
GTATGTCAGCTTAGATTTAAAGCACTACCCAGAGTTATTCAAAGCCAGACAGGAGAACTGCAGGCATCAG
AATGCCCTGGGGACGGGTCCAAAATGCAGAATCCTAAGCCCCTAAAGAGTCACTCTACGATGAGATCCAA
GAATTTGGGCTGGATCCCACTTCTCCTGTCCCCTGCCCTCACCACTGAGGACCTAAAGCATAATAAAAGG
GGACAATCTCTGCCCTAAATAATCCCTTTTGGCAGTTACTTTCTGTTTTCAAACTTCAAATCTGTCCTCT
GGGACTAACCTAGGAGATGAGGGATAAGGGAATTAACATTTATGGAAAATGGAGGAACCCACATAGGCAC
CTGTGTTCACCTAATATTCCTTACCAAGCAGTGGGTGCTGCCATTATCTCCATTGTATGGATGAGAAAAC
AGGCTTAAAAGAGGTTAATCGACCAGGTGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGACCGA
GGACAGCGGATCACGATGTCAGGGGATCGAGACCATCCTGGCTAACACAGTGAAACCCCGTCTCTACTAA
AAATACAAAGAAAAAAAAAAATTAGCTGGGCGTGCTGGTGGGCGCCTGTAGTCCAAGCTACTCAGGAAGC
TGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGGCAGAGCTTGCAGTGAGCCAAGATCGCGCCACTACACTCC
AGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAATAAAATAAAATAAAGAAAAAAAGAATTAG
CTGGGCATGGTTGCGCACGTCTGTAGTCCCAAGCTACTCGGGAGGCTGAAGCAGGAGAATTGCTTGAACC
CGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCACGCCACTGCACTCCAGCCTGGTGACAGAGCGAGACTTCG
TCTCTAAAAAAAGAAAAAGAAAAAGGAAAAAAAAAAAAAGAGGTTAAGTAACTTGGGCGGGGGCGGCCAG
AGCCACAGAACTAGTAAGTGATAGAAGTAGGATTCTCACCTAGTTCTTTCTGATGCTAGTTGGAGAGGCA
GCTTTGTTCAGTGGGTTTTAGAGCCAGGGCTGCTTAGGTTTGGATCTCACCTCTATCCCATATTATTTGC
TGGGACTTCCTTAAAACAGTGTGGGGCTCAGGGCAACCCAATGAGTATGGGGCTAAGACAGCTGCCACCG
AGTCAGCATTTTTCACAGGCCCCTCGAGATAGCACTGAAGACAGAAATTTCTAAATTGAATTTTATTGAT
GTTCAGGAAAGAGAAGTCAGTCACAACCCCCCTTGGCCCTCAGCCCCAAGCAGAGAGCCCAGAGTGTGTG
ACCTCAGGCAAGTACCAAAACCTCTCTGTGCCTCAGTTCCTCATCTGTAAATTGGGGCAAATGTCAGTTG
ATGTGAGGATTAAATATGATGATATCCTGGCTGGGCACAATGGCTCATGCCTGTAATCCCATAACTTTGG
GAGGCTGAGGCCGCTGGATTGCTTGAGGCCAGGAGTTCAAAACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCA
TTTCTACCAAATATACAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGTGCATGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGC
TGAGGCACAAGAATCGCTTCAACCCAGGAAGCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATTGCGCCACTGCACTGC
AGCCTGGATGACAGAGTGAGACTCTGTCCCAAAACAAAAAGAAAAGCAAAGCAAAGAAAGAAAAGGAGAA
AAGAAAAGAAAATAAAAAGCTGATATCCTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTCACCGAGGC
TGAAGTGCAGTGGCACGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCTGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTC
AGCCTCCCAAGTAGCTAGGACTACAGGCGCCTGCTGCCACATTTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGA
GACGGGGTTCAATAAAATGAAGCGAAATGGGGATGAAACATAATGAACCACAGCAGTTTTCTGTCCCTAC
TGTTCCCACCCTTCTGGGGAGCAAGATTTCAATGGAATCTTCTGGTGCTTCTCCCGACATCTCTTGCATG
TCTCATTGTTTTTATTATTATTATTATTATTTTGAGACACAAATGAGCTAAGCGCTACTTCGAATTATTA
AAGCCCATATCACTGGAGAAATAAGATCCCTATTCTGAACACCTAGCAATAAGTACCATAATATACTTTA
CCTCTTCATCTTCCTCATCCAGGTATTTTATTTTAATACTATTCAGATCAAATGAAACTTTTACCTACAA
AAGAAATACACATTTAAAGGCAGGTTATAATGTACATAGAAGTCAAAGGATGAGTTGGGCATATTTCATT
ACATACTAAATATTTTATATGGTTAAAAAAATCCACAAAATCAGAAGACAACAAACAACCATCACAACCC
ACAGCAAAGGGTTAATATCTGCAACACACCCAGAGTATCAGCAAAACTGCTAATGATACAATTAACAACC
CAGGAAAAAGTATACATAAAATTCATAGAAGAAGTCAGAACACCTAACAAATACCTCAGAAGACTTTCAA
ACTTTCTGGTGGTCAGAACAATGCAAATTGAAAGCAATGAAATGTCATCTAATCAGAACAGCAAATTGTG
TGTATGTGTGTGAGCACAAAAAATGGGAAGACTTGGGTTCTAGACACAGCTCTGGCCCATTACTAGACAT
AAAACTGTGAGCAGGTCAGTTCACCTTTGAGCTTCAGTTCTTTAATCTGTAAAATAGGTCTAATATGTCT
GTTTTGCCGATCTCACAGTGTTACCATAAGGATCAAATTAAAAATGAATATGCAAGTTCTTTCAAAATGT
CATTCAAATATAAAAATATTATAATACAGGCCAGGCACAGTGGCTCATGTCTGTAATCCCAGGATTTTGG
GAAGCAGAGGCAGGCAGATCGCTTGAGTCCAGGAGTTCGAGACCAGCCTAGCCAACATGGTGAAACTTCG
TCTCTAATAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTAGTGGCGCAGGCCTGTATTCCCAGCTACTCAAGAGGC
TGAGGCAAGAGAATTGCTTGAATCTGGGAGGCAAGGTTGCAGTGCGCCAAGATCATGCCACTGCACTCCC
GCCTGGGTGATAGAGCGAGACTCTGTCTCAAAAATAAAATAAAAAATTGGCCCGGTGTGGTGGCTCATGC
CTGTAATCCTAGCAATTTGGGAGGCTGAGGTGGAAGGATCGTGAACCTAGGAGTTGAAGACCAGCCTGGG
CAACAAAGCCGGACCCTGTCTCCTTAAAAAAATTAAGTTCAATTAAACATTTTTAAAAATAATAAACCAG
TCATTAGAACCATAAACCTGTACTGTTTTTGACAATGTAATGCACTGCCCTGTAAAACACTACAATTAAG
ACTGTTATTTTAAGGACCCTGAAGTCTGTGAAGATCAGGCACTTTTTTGAAACCCTAAGATAATTATCCC
CCAGTTTTCTCCATTCTTTGTTTCTACCTAGAACCAAGTTCACCACCAAAACGCAGTCCTGCTGACGTCA
AGTATTCATTCATATGACATGTAATTACTGGGGTCGTTAAAATTTGGGCAGAATCTTTGTCAATTCACCA
GGACCTTAGGCAAAAAATCAGGAAAATGAAGTGACTGACTCAGTCTGCCAAAAGCGGATATTCTGAAATA
CCACTTTCCAACTTTAAGAAACACTTCCTGCCAGGTGCGGTGGCTCACGCCTATAATCCCAGCACTTTGG
GAGGCCGAGGAAGGCAGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGGTCATCCTGGCTAACGCGGTGAAACCCCCAT
CTCTACTAAAAACACAAAAAATTAGCTGGGCGTGATGGCGGGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGC
TGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGACAGAGTTCGCAGTGCACTAGCCGCGATCGTGCCACTGCA
CTTCAGGCTGGGCGACAGAGCGAGACTCAGTCTCAAAAAAAAAAGAAAAAAAAGAAACACACTTCCCTAC
TCGTTAGGGAAATTAATCTTCGTCTCTTTTTCTCAAATTACACAATTGGAAATTAATTTAGATATTCTGG
AGCTCCTCCAGCTGGTGGGCCAACTAAGAGAAAACAGGAAGTGGGAGATTCTAGCTTAGCTGGACCATAT
CCAGGTCTCCATAAGGAACTCTCTTTGGCTGGCATGTAAAAAAATTCTTTCAGCAAGAGCATTAATCTTG
AACGTGTGTAAACACGAAAGCTATGGTTAACCCTACCTGCTCCTTAGGTCTACAGCCAGTAGAGTCAGAT
AGCTGGGTCCTAGGCCTTCAGCTTTCATAATTGACATTATTGTTAAGTCCATGTGACTGACTCACCTTGT
CTTGGCACAAGTTAGCTTTTCCTCCACATCGATTTTTTTTTCTTTCAGCCTCAACAAAATCCCTTTAATG
AAACAAACCTGGCAACCCGAACTTTGGTTACTGTCTCCACCAGAGGCCTGTACAAGCCAAGTTATCCAAG
CTGAGGCCGGGAGTGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGAGGATCGCTT
GAGCTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGGCTGGTCTTTGAGAAAGCGAGACTTTGTCTCGAAAAAAAAAAA
AAAAGTGTGGCCTGAAAGTTGAGTGTTTGACAAAAAGGAGAAACAGTGCCTTTCCAAAACCAAAGGTCCC
TAACCAAGATCTCTTTAACGGGGTCTCGAAAAAAGGAGAATGGGATGAGAAGGATATATGGGTAGTGTCA
TTTTTTAACTTGCAGATTTCATCCTAGTCTTCCAGTTATCGTTTCCTAGCACTCCATGTTCCCAAGATAG
TGTCACCACCCCAAGGACTCTCTCTCATTTTCTTTGCCTGGGCCCTCTTTCTACTGAGGAGTCGTGGCCT
TCCATCAGTAGAAGCCGGATGTTCTTGTGTCCGAAATTGGTGGGTTCTTGGTCTCACTGACTTCAAGAAT
GAAGTTGCGGACCCTCACGGTGAGTGGTACAGTTCTTAAAGATGATGTGTCCAGAGTTTGTTCCTTCTGA
TGTTCGGACGTGTTCAGAGTTACCTCCTTCTGGTGGATTCGTGGTCTCGCTGGCTTCAGGAGTGAAGCTG
CAGACCTTTGCGGTGAGTGTTACAGCTCTTAAGGCGGCATGTCTGGAGTTTGTTCGTTCCTCCCGTCTGG
AGTTGTTCATTCCTCCTGGTGGGTTCGTGGTCTCGCTGGCTTCAGGAGTGAAGCTGCAGACCTCTGCGGT
CGGTGTTACCAGCAGATAAATGCTATGCGGACCCAAAGAGTGAGCAGCAGCAAGATTTATTGCAAAGAGC
ACAAGAACAAAGCTTCCACAGCGTGGAAGGAGACCAGAGCGGGTTGCTGCTGCTGGCTCAGGCAGCCTGC
ATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCCCTCTGTCACCCAGGCTGGAATGCAGTGG
TGCAATCTGGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAACCTCCCCAGTA
GAGGGGATTACAGGCACCCACCACCGCACCCAGCTAATATTTTGTCTTTTTAGTAGAGTCGGGGTTTCAC
TGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCTTGACCTCGTGATCCACCCCTCTAGGCCTCCCAAATTGCTGGG
ATTACAGGTGTGAGCCACTGGCACCCAGCGGGGCAGCCTGCTTTTATTCCCTTATCTGACCCCACCCACA
TCCTGTTGATTGGTCCATTTTACAGAGAGCTAATTGGTCCGTTTTGACAGGGTGCTGATTGGTGCATTTA
CAATCCCTGAGCTAGATATACACAGAGTGCTGATTGGTGCATTTACAATCCTCTAGCTAGACATAAAAAT
TCTCCAAGTCCCCACTACATTTGCTAGACACAGAGCACTGATTGGTGCGTTTACAAACCTTTAGCTAGAC
ACAGAGTGCTGATTGGTGCATTTGCAAACCTTGAGCTAGACACAGAGCACTGATTGGTGCATTTACAATC
CTTTAGCTAGACACAGAAGTTCTCCAAGTGCCCACCAGATTAGCTAGATACAGAGTGCTGATTGGTGCAT
CCCCAAACCCCAAGCTAGACACAGAGTGCTGACTGGTGCATATAAAATCCTCAGGCTAGACATAAAAGTT
TTCCAAGTCCCCATCTGACTCAGGAGCCCAGCTGGCTTCACCTAGTGGATCCTGCGCAGGGCTGTGCCGG
GCGCCTGCACTCCTCTCAGCCCTTGGGCAGTCGATGGGACCGGGCGCTGAGGAGCAGGGGGCGGTGCCCG
TCGGGGAGGCTCAGGCCACGCTGGAGCTCACAGGGGTTGGGAGGGGGCTCGGGCATGGCGGGCTGCAGGT
CCTGAGCCTTGCCCTGTGCAGGGCGGCTGGGGCCCGGTGAGAATTCAAGCGGGGTGCAGGCGGGCCGGCA
GTGCTGGGGGACCCGGCGCACCCTCTGCAGCTGCTGGCCCGGGTGCTAGGCCCCTGACTGCCCGGGGCCG
GGGGTGCGGGGCCCGCTGAGCCCGCGCCCACCTGGAACTCGCGCTGGCTGGCGAGCGCTGCGCGCAGCCC
CAGTTCCCACACCCGCCTCTCCCTCCACACTTCCCCGCAAGCAGAGGGAGCCGGCTCTGGCTTCGGCCAG
CCCAGAGAGGGGCCCCCACAGCGCAGTGGCGGGCTGAAGGGCTCCTCCAGCACGGCCAGAATGGACGCCA
AGGCCGAGGAGGCGCCGAGAGCGAGCGAGGGCTGCTAGCACGTTGTCACCTCGCATTCTGAACCACAGAC
TCTCCAACTCTCCGGCGCTTTTCGCCCACTCGGTCCCTCAGAACACGAAGGGCTCTCTCATCCTGTCACT
AAAACGATTAGCTGTCCGGAGACACGGAAAAAGTCGCCCCTCTTCTTTGCAGGATTCCTCCCTTGAACTT
CTCCAAACCCTCTTAGTGTGACGTGACCCCACCCCTAGCTAACCCAGGCTGCTTCCTTACCAGCTTCCCG
CCCCCTGGGGAGGCGGCAATGCAAAGACCGTCCGCTGCCAGCTCTGCCGCTATCTCTGTGGGGTGAATCT
AACATGGCGGACAAAGACAGTAACTAGTCCCGTTTCTCCGCGTTTTCGCCAAGAAGATTGGCTCTTACCA
CTTGTCCCTCAAAACGACCACCCCATTGACTGGTGGCGATTGCGTCGACGGAGACGGGGCAAAAGCAAGC
TGAACCCGAAAAATAACAAACACTGGGGCTGAGGGGTGGAACTACGAGTGCGCAGACATGGGCCAGAGCG
CATTTCCCCTGCCCCAGGCAAATTCGGCGCTCACTGCGTCCCCGCAGGCCACTGACCTTACAAGACTACT
TGCCCCAGACTCCTGGGGCTGGATGGGAATTGTAGTCTCCCTAAAGAGTTGTACGTATCTTTTTAAGGCC
TAGTTTCTGCTTTCAAAATACGAAAACATAACACTCCAGTCCATAACTGTTGACAAGTACAAGCGCGCAC
AGGTCTCCAATCTATCCACTGGATTTCCGTGAGAATTGTGCCCGCTCTGGTATTGGATGTTCCTCTCCAT
AAGACTACAGTTTCTAAGGAACACTGTGGCGAAGACCTTTCATTCCGCAACGCATGCTGGAAATAATTAT
TTCCCTCCACCCCCCCAACAATCCTTATTACTTATATTTACCGAAACTGGAGACCTCCATTAGGGCGGAA
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CAGCTTTCCATCTGCCTCTGTCACTGACCCCGGGACAGAAGGTTCAAGCCTTAAGGGAATTTGGAGAGAG
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TAAAATACATTAAAGTTTTCTGTAATTGTCTCTAAGGTCTCCCAACAAACATATACCCCATCTGTTTCAA
GCTCTGCATAACCTTTCCCAGAAGTCAAGTTCAGGCCCTGGCCTCATGGTGCCTGGCCCAGGTTAAGAGT
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