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| __NOTOC__
| | <html><link rel="stylesheet" href="http://www.openwetware.org/index.php?title=Maiko_Furubayashi/Chiba2.css&action=raw&ctype=text/css" type="text/css" /></html> |
| {| style="width:100%; font-family:'Century Gothic',sans-serif"
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| =Brainstorming= | |
| いままでにやられてるものリストアップ。
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| ==synthetic biology で世界を救う==
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| ===エネルギー===
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| *ブタノール生産菌
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| **Albertaだっけ?08
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| *Amyris Biotechnology
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| ===メディカル===
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| *癌細胞をやっつける
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| **Anderson JC et.al. (2006) [http://voigtlab.ucsf.edu/papers/2006_anderson_jmb_invasion.pdf Environmentally Controlled Invasion of Cancer Cells by Engineered Bacteria]
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| *bactoblood（赤血球大腸菌）
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| **UC berkeley 07
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| *プロビオ大腸菌
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| **caltech 08
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| *アーテミシニン（抗マラリア薬）
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| **Amyris Biotechnology
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| ===環境===
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| ===食糧=== | |
| *[http://www.goldenrice.org/ golden rice]
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| **コメに遺伝子を２個（phytoene synthaseとphytoene desaturase）いれてβカロテンをつくるgolden riceをつくったのだった。
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| **βカロテンはビタミンAの前駆体となる物質。人間はβカロテンは合成できないけどβカロテンからビタミンAを作る酵素は持ってる。βカロテンを摂取することでビタミンA欠乏症を回避できる
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| **※βカロテンを合成するには酵素がもうひとつ(lycopene cyclase）が必要だけど実はコメはこの遺伝子持ってる：コメのvegetative tissuesでは以上の全ての遺伝子を発現しててβカロテンまで合成してるのだけどgrainではlycopene cyclaseしか発現してないらしい。のでここで上記の２個の遺伝子を導入するとgrain中のlycopene cyclaseの基質ができてβカロテンをつくるらしい
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| <br />
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| ===あそび===
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| *bugbrick
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| *ラジコン菌（遠隔操作で走性を制御）
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| **磁性細菌だとそもそも出来るな（でも走性じゃないか）
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| *化学科っぽくできるといい（でも指導できなそう）
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| *ミニセル
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| ==去年の続きとか==
| | *[[iGEM:Chiba/2009/Brainstorming/log|Brainstormingログ part 1]](プロジェクト決定前) |
| ===「大腸菌タイマー」===
| | *[[iGEM:Chiba/2009/Brainstorming/log/2|Brainstormingログ part 2]]（プロジェクト決定後） |
| *遺伝子発現のシーケンス／順序制御。
| | :Brainstormingのログはコチラから。こっちは議事録になります。 |
| *"入力"の後，規定の順番（＆時間？）でonになるスイッチ群。
| | :内容は日付毎に整理されています。 |
| *例：１回インダクションを書けると，もう外部刺激がなくともぜったい赤＞青＞緑 の順で蛍光タンパク質が発現。とか...? | |
| ===しくみ===
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| *シグナル生産菌：入力を受けてAHLを合成（AHLは培地中を拡散／蓄積） | |
| *earlyスイッチ：薄めのAHL濃度で蛍光タンパク質１発現
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| *midスイッチ：中のAHL濃度で蛍光タンパク質２発現
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| *lateスイッチ：濃いAHL濃度で蛍光タンパク質３発現
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| こいつらを混ぜてインダクションかけて蛍光を見る。
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| ===考えるべきこと===
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| #スイッチの濃度感受性の違いをどのように造り出すか
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| #*スイッチ：luxプロモータ。
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| #*方法１）luxR変異体を使用。感度の高いもの／低いものなど
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| #*方法２）luxR-type proteinsのクロストークを利用
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| #*方法３）違う種類のAHLを合成さしてクロストークを利用
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| #*'''方法１のluxR変異体が一番ゴールに近そう'''
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| #培地中にAHLは蓄積するのか／分解しないのか
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| #AHLは大腸菌の外膜／内膜をどれくらいの速度？平衡？で通過するのか
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| #細胞の増殖はどのように影響するか
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| *まあどちにしろAHLが系に"徐々に"蓄積してゆくことを確認すれば，2と4は別にそな重大じゃないですね。3はちょと気になる
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| | | *[[iGEM:Chiba/2009/Brainstorming/2d|Web-Brainstorming]] |
| <br />
| | :なにか思いついたりした時は、コチラに書いておいてください。メモ帳みたいなものです。 |
| | | :各メンバ毎にスペースを設けたので、ガンガン書き込んでいってください。 |
| ===調べること===
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| #luxR mutants候補
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| #*Collins CHの論文が２報くらいあった気がする
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| #*TraRの構造の論文が参考になるかも
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| #うちにあるluxR mutants（[[IGEM:Chiba/2008/Projects|ソース]]）
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| ##I45F: wtの10倍sensitve（何がだろ？）
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| ##L42A: wtの1/15
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| ##L42S: wtの1/1000
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| #AHLが"徐々に"蓄積してゆくことを調べる
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| #*もしシグナル菌がAHLを徐々にではなく一気に飽和するくらい合成しまくってたら，それはただluxR側の発現速度を見るだけになってるので。調べる必要アリ。
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| #*シグナル生産菌を培養，一定時間ごとに集菌して上澄み液を回収。この培養上澄み液（<蓄積したAHL入り）でluxプロモータ下においた蛍光タンパクをインダクションしてみてその蛍光をみる。これである程度線形に増えてたらok！とか？
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| #*いやluxプロモータは割とシグモイドカーブぽい挙動を示すのでそれは無理でした。
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| #*AHLを精製して分析するとかしかないのかなあ。
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| <br />
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| ==synbioなツールをつくる==
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| *スイッチ
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| *タイマー
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| *オシレータ
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| *newベクタ
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| ==pickup==
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| *quorum sensing
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| *light receptor
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| *chemotaxis
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| *鞭毛
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| *磁性細菌
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