IGEM:Chiba/2009/Brainstorming: Difference between revisions

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#*いやluxプロモータは割とシグモイドカーブぽい挙動を示すのでそれは無理でした。
#*いやluxプロモータは割とシグモイドカーブぽい挙動を示すのでそれは無理でした。
#*AHLを精製して分析するとかしかないのかなあ。(古林さん)
#*AHLを精製して分析するとかしかないのかなあ。(古林さん)
#プロモーターの感度
#*去年のプレゼン（質疑応答）とポスター発表で，プロモーター配列替えてみたら？というアドバイスをもらいました。lux boxの配列について相同性など詳しく調べれば，効果あるか否か，わかりそうです。そして，たぶん，有効だとおもいます。（冨永）

Revision as of 09:09, 3 July 2009

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2009メンバプロジェクト案

石崎慧

プロジェクト案

コメント

野澤亮

プロジェクト案

コメント

晴山和直

プロジェクト案

コメント

藤井誠子

プロジェクト案

コメント

山本薫

プロジェクト案

○去年の続きの場合 時計の利用例

  • まだ具体的には考えていないですが、デジタル時計なんかが作れるのではないでしょうか。
  • 治験で飲んでもらった薬がどこまで届いているか確認するマーカーも作れそうです。
    • マーカーとしてどんな風に？

①まず患者に飲んでもらう一定時間経過したら、なにか機械で感知できるようなシグナルを出す。 ②どこまでその薬が届いたかわかる！

コメント

  • デジタル時計って？1か0かってことかな？どんなかんじなのか、リンク希望！！！
  • 医学的な方のメリットは？
  • 人体の中に入っていても外からわかるシグナルってなんだろう？そうゆうシステムがひつような病気ってなんだろ？（井山）

井山佳美

プロジェクト案

去年の発展で積分はどう？

  • シグナル生産菌：入力を受けてAHLを合成（AHLは培地中を拡散／蓄積）
  • レシーバー菌：AHL合成量がある閾値に達すると、なにかしらのアクションをする。

シグナル生産菌への入力スイッチ（on/off）の切れがよく、そして入力の強度によってAHLの生産量を増やすことができれば、系中のAHL濃度は入力の積分値となる。

応用例

揮発性の入力で知りたいものって何だ？

  1. ＵＶ
    1. 日中どこまで自分がＵＶを浴びたかがわかる。ＵＶを浴びた席分量に応じて、このシステムが警笛を鳴らす。＝皮膚病などの早期対策につながる？
    2. 去年やったけどなぜかうまくいかなかった。なぜ？
  2. 光・湿度・温度変化など
    1. 賞味期限の横に必ずといっていいほどあるなぞの表示。"直射日光を避け、できるだけ涼しいところで保管してください"。これって光や湿度・温度変化が食品の劣化に影響するってこと？
    2. この光や湿度、温度変化によってどの程度食品が傷むのかがわかれば,統合的なリアル賞味期限を提示することができるのではないか？
    3. どの食品でやろうか？
    4. あとは洋服ダンスとかに入れる防虫剤の色が変わる仕組みとかも調べておく必要あるかも。
  3. とりあえず汚染系
    1. すごく人類にとって有益なイントロがかけそう。

必要な部品

  1. 揮発性の入力に応答するスイッチ
  2. 切れのいいスイッチ
  3. 去年のシステム。
    1. まだ改良の余地ありすぎ？
    2. Rのミュータントやってませんね。
    3. RBS,Vectorの強度？ふった実験もやってない。
    4. 結局できなかったcinIってどうなの？
    5. traＩについて話がでてたけど、どんなものなんだろう？
  4. すごく早い出力。ＧＦＰなのかなあ；；

コメント

調べること

  1. luxR mutants候補
    • Collins CHの論文が２報くらいあった気がする
    • TraRの構造の論文が参考になるかも
  2. うちにあるluxR mutants（ソース）
    1. I45F: wtの10倍sensitve（何がだろ？）
    2. L42A: wtの1/15
    3. L42S: wtの1/1000
  3. AHLが"徐々に"蓄積してゆくことを調べる
    • もしシグナル菌がAHLを徐々にではなく一気に飽和するくらい合成しまくってたら，それはただluxR側の発現速度を見るだけになってるので。調べる必要アリ。
    • シグナル生産菌を培養，一定時間ごとに集菌して上澄み液を回収。この培養上澄み液（<蓄積したAHL入り）でluxプロモータ下においた蛍光タンパクをインダクションしてみてその蛍光をみる。これである程度線形に増えてたらok！とか？
    • いやluxプロモータは割とシグモイドカーブぽい挙動を示すのでそれは無理でした。
    • AHLを精製して分析するとかしかないのかなあ。(古林さん)
  4. プロモーターの感度
    • 去年のプレゼン（質疑応答）とポスター発表で，プロモーター配列替えてみたら？というアドバイスをもらいました。lux boxの配列について相同性など詳しく調べれば，効果あるか否か，わかりそうです。そして，たぶん，有効だとおもいます。（冨永）
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