IGEM:Chiba/2009/Brainstorming/log

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(代用品系)
(センサ系)
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##酷いね。(野澤・井山)
##酷いね。(野澤・井山)
##花粉の成分をまず感知しなきゃいけないのでは?具体的な花粉の構造についてかんがえるべき。(井山)
##花粉の成分をまず感知しなきゃいけないのでは?具体的な花粉の構造についてかんがえるべき。(井山)
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##フィルターの作製方法は?(冨永)
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##花粉をどうしたいのか?焦点を絞ろう。捕まえたいのか。あるいは・・・?
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##花粉を捕まえる機構は?(冨永)
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##花粉を捕まえるなら,花粉に何かリガンドとなる物質があって,細胞外に提示されたタグかなにかがそれと結合する,機構が考えられそう。アレルギー疾患の人が特異的に持つ抗原=アレルゲンであるから,この抗原に特異的に結合する抗体を細胞外に提示すれば・・・。サイズの問題は,バイオフィルムに花粉が多点で吸着するのなら解決できるのか?(冨永)
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##花粉のいったいどの部分が問題(アレルギーを引き起こす性質をもっている)なのかよく調べた方がいいんじゃない?(井山)
##花粉のいったいどの部分が問題(アレルギーを引き起こす性質をもっている)なのかよく調べた方がいいんじゃない?(井山)
##もうちょっとメカニズムに踏み込んでみよう。(冨永)
##もうちょっとメカニズムに踏み込んでみよう。(冨永)
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===代用品系===
===代用品系===

Revision as of 00:02, 8 July 2009

Contents

05/07/2009

物質・酸性度センサ系

水質検査(晴山)

Cu・Cd・PCBの混合度を調べるシステムを作る。

  1. 内容
    1. Cu・Cd・PCB、それぞれを感知し、赤・黄・青にそれぞれ発色する菌、A・B・Cをを混ぜた液体を作る。
    2. そこにサンプル水を入れ、サンプル中の汚染度合いを計測する。色の混ざり具合によって、汚染物質の存在比率を知ることができる。
  2. 利点
    1. ICPとかだとすぐその場で分析・計測できないけど、大腸菌なら軽いので持ち運べる
    2. 単体的な毒性をみるよりは複合的な毒性を見たい場合に有効?
  3. コメント
    1. 例えば10を感知して、1を出力する菌。10を感知して5を出力する菌。とあった場合、色の混合度合いはちゃんとした分析値としては使えない。すべての菌の入力と出力のバランスが一緒にならないと、同じ系では使えないのでは?
    2. 複合的な毒性の具体例を提示できればもっと面白い。要調査。(井山)
    3. 複合的な毒性の具体例がないと,AND-Gate(3 入力-1 出力) でいいのでは,となってしまう?(冨永)
    4. ↑それとはちょっと違うんじゃないのかな?どれがどの程度入っているのかわかるというのがこの案では重要なわけで。(井山)
    5. 同じサンプルを別々の系で計ったら(つまりA・B・C菌を別々にする)、ちゃんとシステムは使えそう。(野澤)
    6. これならすぐできます(センサ飼いならすだけ)。96 穴にそれぞれ違うセンサー機能を持つ大腸菌培養液を入れておいて,サンプル水をそれぞれ入れる。とか。(冨永)
    7. 今まで汚染系のプロジェクトは数多くあるから、そのへんのパーツはありそう。(井山)
    8. ヒ素センサーとか,しっかり使えそうですね。(冨永)


マーカー(山本)

治験で飲んでもらった薬がどこまで届いているか確認するマーカー。

  1. 内容
    1. まず患者に飲んでもらい、目的の場所に着いてたら感知できるような匂いを出す。
    2. どこまでその薬が届いたかわかる!
  2. コメント
    1. 消化器系で使うってことはpHセンサが必要?(井山)
    2. むしろpH を感知してにおい分子を作れば,勝手に胃で臭い始めるかも(冨永)
    3. 08のNYMUのpHセンサを調べた方が良いんじゃない?(晴山)
    4. 消化器系から臭うのはどこまでが限界?餃子食べて胃から臭う事はあっても腸から臭うってことはなさそうだよね?(井山)
    5. 胃から臭うことはあります。CM とか見たことないですか?(冨永)
    6. 匂いにはどんなものがあるのか要調査。あとBiobrickで使えるものがあったらいいよね。(井山)
    7. MIT およびChiba の2006 年プロジェクトなど。(冨永)


アレルギー計(山本)

  1. 内容
    1. アレルギーにならないように警報装置を作りたい。温度計や湿度計のように、部屋のホコリや花粉の量を計るもの。(ホコリや花粉が入力になり得るのかわかりませんが...)
  2. コメント
    1. ホコリや花粉のどの部分が、アレルゲンになっているのか調べる必要有り。(井山)
    2. また、それがどれくらいのサイズなのかも知る必要がある。(井山)
    3. サイズの問題が先決だと思います。(冨永)


化粧品の内容物感知(藤井)

  1. 内容
    1. 化粧品に含まれる有害な添加物を計測する。
  2. コメント
    1. 有害な添加物を具体的にあげてみよう!(井山)
    2. 大腸菌にこれをやらせるってゆうのがかなり独創的で好きだ。(井山)
    3. センサー系ですね。有害物質を絞れるとすすむと思います。(冨永)


化粧品(藤井)

  1. 内容
    1. 光浴びると輝きを増すような化粧品。
    2. 逆に曇りの日こそ湿度を感知して輝いてしまうような!
  2. コメント
    1. 光入力関係と、湿度感知について調べなくちゃね!
    2. 曇りの日はアタシが太陽になるっ!って発想がすごい。
    3. 顔が大腸菌と培地まみれになるってゆう条件がキツイけど、igemなら全然アリじゃないかと思う。(井山)
    4. 実用化を意識したいですね。目的にあうレポーターを探さないといけない。蛍光じゃあみえないしね。(冨永)

強度応答センサ系

神経の仕組みをつくる(野澤)

  1. 内容
    1. 神経は一本一本は刺激の強さを認識できないが、閾値の違う多くの神経が集まって1つの刺激の強さが信号として伝えられる。
    2. これをまねて、同一の刺激に対して閾値の違う複数のプロモーターを扱うことで入力の強度を測ることができないかと考えた。
    3. 出力はプロモーターごとに同じ。入力の大小にかかわらず、どのプロモーターが付いた回路も出力は一定であるのが理想。
    4. できるだけ感度の違うプロモーターを集めて、入力の大小に細かく対応するシステムを作る。
  2. コメント
    1. プロモータ、なにがいいんだろ?
    2. 複数感度変えてつくらなくちゃいけなそうだね…。作り方を勉強せねば。。。
    3. 井山プロジェクトと平行してすすめられそうだ。


入力の強度を計る(野澤)

  1. 内容
    1. リレーカウンターを作る。
    2. 上のシステムを使って入力の強度を図るシステムを作りたい。
    3. 例えば3種類の閾値の違うプロモーターを使えば、それぞれのON/OFFの状況によって入力の大きさを4段階に分けることができる(ひとつも反応しない~すべてが反応する)。
    4. ブラックボックスの部分は何らかの物質を放出する機能を持たせる。
    5. すべてのプロモーターについて出力は質、量ともに等しいのが理想(細胞内に元から存在する物質を介して何かを作らせるようにすれば可能?)。
    6. プロモーターをできる限りたくさん用意した上でブラックボックス部分から放出される物質の量を正確に測ることができれば、入力の総量(入力の大きさ×時間)を計測できる。
  2. コメント
    1. コリンズさんの論文(A. E. Friedland et al., Science, 324, 1199-1202(2009))が…とりあえず読もう。。。



強度に応答するスイッチ(井山)

  1. 内容
    1. 感度の違うプロモーターを一つの回路に沢山並べ入力強度にリニアに応答するスイッチを作りたい。
    2. 野澤君の神経模擬システムの違うパターンバージョンかも。
    3. こんなかんじ: [ぷ(感度weak)]-RBS-[ぷ(m)]-RBS-[ぷ(s)]-RBS-[GFP]
    4. この"ぷ"(=プロモーター)の種類をできるだけ増やしたい。
    5. ただこの回路の場合、強度が大:中:小に応じて出力が3:2:1になるけど、この辺りの調節はもっと計算をしてやらないと、意味がわからない出力になりそう。
  2. コメント
    1. プロモータ、なにがいいんだろ?
    2. 複数感度変えてつくらなくちゃいけなそうだね…。作り方を勉強せねば。。。変異いれるか。。

タイマー系

カップラーメンなどの3分を計れるタイマー(山本)

  1. 内容
    1. 時間経過とともにだんだん色が変わっていって、自分でその色を見ながら麺の固さを調節できる。入力は水とかで。
  2. コメント
    1. 温度センサも考えてみたら?(井山)
    2. 入力水・・・どうでしょ?カップラーメンならお湯があればいいわけだから,温度センサーでもいいですよね。そしてそして,3 分でレポートしてくれるレポーターって?(冨永)

05/08/2009

センサ系

鼻孔に弁を発生させる(石崎)

  1. 内容
    1. 花粉とかを感知する
    2. 鼻の穴にフィルターをつける。
  2. 利点
    1. 花粉だけ捕まえてくれるとうれしいかな~マスクいらんし。
  3. コメント
    1. 酷いね。(野澤・井山)
    2. 花粉の成分をまず感知しなきゃいけないのでは?具体的な花粉の構造についてかんがえるべき。(井山)
    3. 花粉をどうしたいのか?焦点を絞ろう。捕まえたいのか。あるいは・・・?
    4. 花粉を捕まえるなら,花粉に何かリガンドとなる物質があって,細胞外に提示されたタグかなにかがそれと結合する,機構が考えられそう。アレルギー疾患の人が特異的に持つ抗原=アレルゲンであるから,この抗原に特異的に結合する抗体を細胞外に提示すれば・・・。サイズの問題は,バイオフィルムに花粉が多点で吸着するのなら解決できるのか?(冨永)


大腸菌コンタクトレンズ(石崎)

  1. 内容
    1. 目に大腸菌が入った目薬的なモノを滴下
    2. 花粉を完治してフィルター形成
  2. コメント
    1. むしろ目に大腸菌入っても大丈夫なのか???(野澤・井山)
    2. 乳酸菌はどう?(石崎)→いや…調べてよ(野澤・井山)
    3. 08iHKUのCheZのシステムつかったら面白そう。ただ瞳にぴったり滴下する必要ありそうだけど(野澤)
    4. 花粉のいったいどの部分が問題(アレルギーを引き起こす性質をもっている)なのかよく調べた方がいいんじゃない?(井山)
    5. もうちょっとメカニズムに踏み込んでみよう。(冨永)

代用品系

バリウムの代わりになる大腸菌(石崎)

  1. 内容
    1. 大腸菌を飲む
    2. 胃の壁に張り付いてX線を吸収。
    3. 何かを食べるとはがれ落ちて排出される。
  2. 利点
    1. バリウム独特の不快感を解消!
  3. コメント
    1. 初めは粘度が高い状態。(まりもフラグ?!)→胃液に反応する(pHセンサフラグ?!)→時間が経つとさらさらになる(時計?!)→簡単に排出されるようになる(酸体勢がに急に弱くなるとか)ってゆうのも良さそうだね。(野澤・井山)
    2. バクテリアがX線を吸収する金属を背負ったりしてないと、レントゲンにならないよ(井山)
    3. バリウムはどういう機構で造影剤になっているのか?(冨永)
    4. 胃の壁に張り付く機構は?(冨永)
    5. そもそも大腸菌を口から入れる時点でいろいろとやばそうな気がする(野澤)
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