IGEM:Chiba/2009/Miutes/2

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*山本・野澤・井山
*山本・野澤・井山
梅野先生、豊田先生、冨永さん、福富さん、古林さん、田代さんにpptでの発表を聞いていただきました。
梅野先生、豊田先生、冨永さん、福富さん、古林さん、田代さんにpptでの発表を聞いていただきました。
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会議の詳しい内容は[[iGEM:Chiba/2009/Miutes/2/fe-sensor|鉄センサプロジェクト紹介ページ]]に記載しました。
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①Fe 検出
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山本薫
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・06ラテンアメリカ、07コロンビアイスラエルのFe promoterは使えるか微妙？
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::レギュレーターがPartsにない。
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::[http://partsregistry.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_I765000 Part:BBa_I765000]
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::[http://partsregistry.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_J3902 Part:BBa_J3902]
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::[http://mic.sgmjournals.org/cgi/content/full/150/7/2113 ラテンアメリカが使っていた論文]にもレギュレーターについての詳細な情報なし。
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・もし07UCバークレーで鉄を扱ったモノがあるならば、使うべき。
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・大腸菌（またはそれ以外の生物）も鉄を感じる
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　大腸菌から遺伝子もってきたら楽なので、探すべき。
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・Fe3+は生物的に使えない。Fe2+を検出する。
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・iron response element
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::[http://en.wikipedia.org/wiki/Iron_response_element wiki]
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::[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8710843 Pub_Med]
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::[http://www.pnas.org/content/93/16/8175 PNAS]
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②heme oxygenaseをどうやって放出するか。
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::自爆する。
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::リゾチウムで出る。Partsでもある。
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::鞭毛から生成。
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③Heme分解
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・Heme oxygenaseを使った分解では、NADPHが必要。[http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?R00311 KEGG]
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::NADPHは大腸菌に添加して一緒に食べればいいのでは？高いけど。
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・酸性でも分解する[http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?R00310 KEGG]
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::oxygenaseをつかわなくても大丈夫そう。
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④結合乗数・錯生成係数・キレート効果
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・レギュレーターとHeme（Biliverdin）のどちらが、Fe2+との結合乗数が高いのか調べる。
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::（だいたいHemeが10の4~5乗。センサが10の6~9乗らしい。…同じmol数なら勝てる？）
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・Biliverdinはほっておくとまたすぐキレート形成しそう。さらに分解できないか。
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・どのくらいFe2+がキャプチャーされるのか。夾雑物条件の中でいくらキャッチアップされるのか。
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・低pH環境でヘムより強い結合乗数をもつセンサを使えばOK
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・生体分析・血液の検査方法
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::実際の条件を調べる：ポリフェリンの平衡をつくってから、分離（遊離）して、pH滴定で計る。
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::→むしろデータ探せばありそう。
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⑤シリウス
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いまのままだとそこまでこだわる必要がない。
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低pH環境にさらされる状態（つまり細胞外にでてしまった状態）での利用法を考えるべき。
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⑥菌の生存＠胃
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pH3ではE.coliは結構死ぬ。
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ただだからといって、pHを上げると、胃とその他の消化器官との区別が曖昧になる。
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他にLG21を真似してみてもいいのでは？
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⑦pHセンサ
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・既存のpHセンサではなくて、たとえばAHLなどの分子を使ったpHセンサシステムもできる。
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・pHセンサで胃とその他を区別する場合、大腸菌の生存のために酸性の緩和を試みることはできない。（矛盾する。）pHせんさじゃなくても、胃とその他を区別することはできないのか？
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⑧テーマについて
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・point：
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::肉を食べた人のものと結果の区別がつきにくい。
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::現在のテーマだと胃と他の消化器官との区別が重要。
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・別の応用例も考える
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::フェナントロリンは夾雑物があるとNG
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::土壌とかは？
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::pH変化とFeセンサの他の使い道を考えるべき。
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山本
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===07/Aug/09===
===07/Aug/09===

Revision as of 00:27, 28 August 2009


Contents

夏期長期休暇中議事・活動記録

03/Aug/2009

  • VBL3階会議室
  • 13:00-22:00
  • 山本・野澤・井山

梅野先生、豊田先生、冨永さん、福富さん、古林さん、田代さんにpptでの発表を聞いていただきました。 会議の詳しい内容は鉄センサプロジェクト紹介ページに記載しました。

山本薫

07/Aug/09

  • VBL3階会議室
  • 16:00-23:00
  • 山本・野澤

調べ物に一日費やしました。 成果はブレインストーミングのページに載せました。

山本薫

20/Aug/09

  • 東京大学医科学研究所２号館２階大講義室（白金）
  • 10:00-16:00
  • 山本・野澤・井山

日本チームの合同発表練習会に行ってきました！ 内容については合同練習会報告ページにて記載しています。

21~22/Aug/09

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