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| *山本・野澤・井山 | | *山本・野澤・井山 |
| 梅野先生、豊田先生、冨永さん、福富さん、古林さん、田代さんにpptでの発表を聞いていただきました。 | | 梅野先生、豊田先生、冨永さん、福富さん、古林さん、田代さんにpptでの発表を聞いていただきました。 |
| | 会議の詳しい内容は[[iGEM:Chiba/2009/Miutes/2/fe-sensor|鉄センサプロジェクト紹介ページ]]に記載しました。 |
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| ①Fe 検出
| | 山本薫 |
| ・06ラテンアメリカ、07コロンビアイスラエルのFe promoterは使えるか微妙？
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| ::レギュレーターがPartsにない。
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| ::[http://partsregistry.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_I765000 Part:BBa_I765000]
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| ::[http://partsregistry.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_J3902 Part:BBa_J3902]
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| ::[http://mic.sgmjournals.org/cgi/content/full/150/7/2113 ラテンアメリカが使っていた論文]にもレギュレーターについての詳細な情報なし。
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| ・もし07UCバークレーで鉄を扱ったモノがあるならば、使うべき。
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| ・大腸菌（またはそれ以外の生物）も鉄を感じる
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| 大腸菌から遺伝子もってきたら楽なので、探すべき。
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| ・Fe3+は生物的に使えない。Fe2+を検出する。
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| ・iron response element
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| ::[http://en.wikipedia.org/wiki/Iron_response_element wiki]
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| ::[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8710843 Pub_Med]
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| ::[http://www.pnas.org/content/93/16/8175 PNAS]
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| ②heme oxygenaseをどうやって放出するか。
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| ::自爆する。
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| ::リゾチウムで出る。Partsでもある。
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| ::鞭毛から生成。
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| ③Heme分解
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| ・Heme oxygenaseを使った分解では、NADPHが必要。[http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?R00311 KEGG]
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| ::NADPHは大腸菌に添加して一緒に食べればいいのでは？高いけど。
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| ・酸性でも分解する[http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?R00310 KEGG]
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| ::oxygenaseをつかわなくても大丈夫そう。
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| ④結合乗数・錯生成係数・キレート効果
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| ・レギュレーターとHeme（Biliverdin）のどちらが、Fe2+との結合乗数が高いのか調べる。
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| ::（だいたいHemeが10の4~5乗。センサが10の6~9乗らしい。…同じmol数なら勝てる？）
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| ・Biliverdinはほっておくとまたすぐキレート形成しそう。さらに分解できないか。
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| ・どのくらいFe2+がキャプチャーされるのか。夾雑物条件の中でいくらキャッチアップされるのか。
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| ・低pH環境でヘムより強い結合乗数をもつセンサを使えばOK
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| ・生体分析・血液の検査方法
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| ::実際の条件を調べる：ポリフェリンの平衡をつくってから、分離（遊離）して、pH滴定で計る。
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| ::→むしろデータ探せばありそう。
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| ⑤シリウス
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| いまのままだとそこまでこだわる必要がない。
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| 低pH環境にさらされる状態（つまり細胞外にでてしまった状態）での利用法を考えるべき。
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| ⑥菌の生存＠胃
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| pH3ではE.coliは結構死ぬ。
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| ただだからといって、pHを上げると、胃とその他の消化器官との区別が曖昧になる。
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| 他にLG21を真似してみてもいいのでは？
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| ⑦pHセンサ
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| ・既存のpHセンサではなくて、たとえばAHLなどの分子を使ったpHセンサシステムもできる。
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| ・pHセンサで胃とその他を区別する場合、大腸菌の生存のために酸性の緩和を試みることはできない。（矛盾する。）pHせんさじゃなくても、胃とその他を区別することはできないのか？
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| ⑧テーマについて
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| ・point：
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| ::肉を食べた人のものと結果の区別がつきにくい。
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| ::現在のテーマだと胃と他の消化器官との区別が重要。
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| ・別の応用例も考える
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| ::フェナントロリンは夾雑物があるとNG
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| ::土壌とかは？
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| ::pH変化とFeセンサの他の使い道を考えるべき。
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| 山本
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| ===07/Aug/09=== | | ===07/Aug/09=== |
<html><link rel="stylesheet" href="http://www.openwetware.org/index.php?title=Maiko_Furubayashi/Chiba2.css&action=raw&ctype=text/css" type="text/css" /></html>
夏期長期休暇中議事・活動記録
03/Aug/2009
- VBL3階会議室
- 13:00-22:00
- 山本・野澤・井山
梅野先生、豊田先生、冨永さん、福富さん、古林さん、田代さんにpptでの発表を聞いていただきました。
会議の詳しい内容は鉄センサプロジェクト紹介ページに記載しました。
山本薫
07/Aug/09
- VBL3階会議室
- 16:00-23:00
- 山本・野澤
調べ物に一日費やしました。
成果はブレインストーミングのページに載せました。
山本薫
20/Aug/09
- 東京大学医科学研究所２号館２階大講義室（白金）
- 10:00-16:00
- 山本・野澤・井山
日本チームの合同発表練習会に行ってきました！
内容については合同練習会報告ページにて記載しています。
21~22/Aug/09
