IGEM:Chiba/2009/Miutes/2

夏期休暇中議事・活動記録

03/Aug/2009

• VBL3階会議室
• 13:00-22:00
• 山本・野澤・井山

梅野先生、豊田先生、冨永さん、福富さん、古林さん、田代さんにpptでの発表を聞いていただきました。

①Fe 検出 ・06ラテンアメリカ、07コロンビアイスラエルのFe promoterは使えるか微妙？ 　レギュレーターがPartsにない。（http://partsregistry.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_I765000）（http://partsregistry.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_J3902） 　ラテンアメリカが使っていた論文（ http://mic.sgmjournals.org/cgi/content/full/150/7/2113）にもレギュレーターについての詳細な情報なし。

・もし07UCバークレーで鉄を扱ったモノがあるならば、使うべき。

・大腸菌（またはそれ以外の生物）も鉄を感じる 　大腸菌から遺伝子もってきたら楽なので、探すべき。

・Fe3+は生物的に使えない。Fe2+を検出する。

・iron response element http://en.wikipedia.org/wiki/Iron_response_element http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8710843 http://www.pnas.org/content/93/16/8175

②heme oxygenaseをどうやって放出するか。 自爆する。 リゾチウムで出る。Partsでもある。 鞭毛から生成。

③Heme分解 ・Heme oxygenaseを使った分解では、nadphが必要。(http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?R00311) 　nadphは大腸菌に添加して一緒に食べればいいのでは？高いけど。

・酸性でも分解する（http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?R00310） 　oxygenaseをつかわなくても大丈夫そう。

④結合乗数・錯生成係数・キレート効果 ・レギュレーターとHeme（Biliverdin）のどちらが、Fe2+との結合乗数が高いのか調べる。 　（だいたいHemeが10の4~5乗。センサが10の6~9乗らしい。…同じmol数なら勝てる？）

・Biliverdinはほっておくとまたすぐキレート形成しそう。さらに分解できないか。

・どのくらいFe2+がキャプチャーされるのか。夾雑物条件の中でいくらキャッチアップされるのか。

・低pH環境でヘムより強い結合乗数をもつセンサを使えばOK

・生体分析・血液の検査方法 　実際の条件を調べる：ポリフェリンの平衡をつくってから、分離（遊離）して、pH滴定で計る。 　→むしろデータ探せばありそう。

⑤シリウス いまのままだとそこまでこだわる必要がない。 低pH環境にさらされる状態（つまり細胞外にでてしまった状態）での利用法を考えるべき。

⑥菌の生存＠胃 pH3ではE.coliは結構死ぬ。 ただだからといって、pHを上げると、胃とその他の消化器官との区別が曖昧になる。 他にLG21を真似してみてもいいのでは？

⑦pHセンサ ・既存のpHセンサではなくて、たとえばAHLなどの分子を使ったpHセンサシステムもできる。 ・pHセンサで胃とその他を区別する場合、大腸菌の生存のために酸性の緩和を試みることはできない。（矛盾する。）pHせんさじゃなくても、胃とその他を区別することはできないのか？

⑧テーマについて ・point： 　肉を食べた人のものと結果の区別がつきにくい。 　現在のテーマだと胃と他の消化器官との区別が重要。

・別の応用例も考える 　フェナントロリンは夾雑物があるとNG 　土壌とかは？ 　pH変化とFeセンサの他の使い道を考えるべき。