IGEM:Chiba/2009/Miutes/2/fe-sensor

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Yoshimi Iyama (Talk | contribs)
(New page: 03/Aug/2009 *VBL3階会議室 *13:00-22:00 *山本・野澤・井山 梅野先生、豊田先生、冨永さん、福富さん、古林さん、田代さんにpptでの発表を聞いて...)
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03/Aug/2009

  • VBL3階会議室
  • 13:00-22:00
  • 山本・野澤・井山

梅野先生、豊田先生、冨永さん、福富さん、古林さん、田代さんにpptでの発表を聞いていただきました。


ppt

会議内容

①Fe 検出 ・06ラテンアメリカ、07コロンビアイスラエルのFe promoterは使えるか微妙?

レギュレーターがPartsにない。
Part:BBa_I765000
Part:BBa_J3902
ラテンアメリカが使っていた論文にもレギュレーターについての詳細な情報なし。

・もし07UCバークレーで鉄を扱ったモノがあるならば、使うべき。

・大腸菌(またはそれ以外の生物)も鉄を感じる  大腸菌から遺伝子もってきたら楽なので、探すべき。

・Fe3+は生物的に使えない。Fe2+を検出する。

・iron response element

wiki
Pub_Med
PNAS


②heme oxygenaseをどうやって放出するか。

自爆する。
リゾチウムで出る。Partsでもある。
鞭毛から生成。


③Heme分解 ・Heme oxygenaseを使った分解では、NADPHが必要。KEGG

NADPHは大腸菌に添加して一緒に食べればいいのでは?高いけど。

・酸性でも分解するKEGG

oxygenaseをつかわなくても大丈夫そう。


④結合乗数・錯生成係数・キレート効果 ・レギュレーターとHeme(Biliverdin)のどちらが、Fe2+との結合乗数が高いのか調べる。

(だいたいHemeが10の4~5乗。センサが10の6~9乗らしい。…同じmol数なら勝てる?)

・Biliverdinはほっておくとまたすぐキレート形成しそう。さらに分解できないか。

・どのくらいFe2+がキャプチャーされるのか。夾雑物条件の中でいくらキャッチアップされるのか。

・低pH環境でヘムより強い結合乗数をもつセンサを使えばOK

・生体分析・血液の検査方法

実際の条件を調べる:ポリフェリンの平衡をつくってから、分離(遊離)して、pH滴定で計る。
→むしろデータ探せばありそう。


⑤シリウス いまのままだとそこまでこだわる必要がない。 低pH環境にさらされる状態(つまり細胞外にでてしまった状態)での利用法を考えるべき。


⑥菌の生存@胃 pH3ではE.coliは結構死ぬ。 ただだからといって、pHを上げると、胃とその他の消化器官との区別が曖昧になる。 他にLG21を真似してみてもいいのでは?


⑦pHセンサ ・既存のpHセンサではなくて、たとえばAHLなどの分子を使ったpHセンサシステムもできる。 ・pHセンサで胃とその他を区別する場合、大腸菌の生存のために酸性の緩和を試みることはできない。(矛盾する。)pHせんさじゃなくても、胃とその他を区別することはできないのか?


⑧テーマについて ・point:

肉を食べた人のものと結果の区別がつきにくい。
現在のテーマだと胃と他の消化器官との区別が重要。

・別の応用例も考える

フェナントロリンは夾雑物があるとNG
土壌とかは?
pH変化とFeセンサの他の使い道を考えるべき。

山本

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