Introsynbioinicio: Difference between revisions

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<center><font face="courier" style="color:#ffffff" size="5">''Introducción a la Biología Sintética '''</font><br>
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[[Introsynbioinicio| <font face="courier" style="color:#ffffff">'''Inicio'''</font>]] &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
[[BE.180:Syllabus | <font face="courier" style="color:#ffffff">'''Temario'''</font>]] &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
[[Introsynbio:Modulo_1| <font face="courier" style="color:#ffffff">'''Modulo 1. Ingeniería Genética'''</font>]] &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
[[BE.180:Assignments | <font face="courier" style="color:#ffffff">'''Tareas'''</font>]] &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
[[Introsynbio:Modulo_2| <font face="courier" style="color:#ffffff">'''Modulo 2. Biología Sintéica'''</font>]] &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
[[BE.180:Exams | <font face="courier" style="color:#ffffff">'''Exames'''</font>]] &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
[[BE.180:Expectations | <font face="courier" style="color:#ffffff">'''Expectations'''</font>]] &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;


[[BE.180:Programming | <font face="courier" style="color:#ffffff">''' Otros Recursos '''</font>]] &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 
[[BE.180:Bio | <font face="courier" style="color:#ffffff">'''Biology Tutorial'''</font>]] &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
[[Introsynbio:Modulo_3 | <font face="courier" style="color:#ffffff">''' Modulo 3.Do it yourself Biology '''</font>]] &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
[[| <font face="courier" style="color:#ffffff">'''Bioseguridad en el Laboratorio'''</font>]] &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
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==¿Qué es la Biología Sintética y que tiene de diferente con la ingeniería Genética?==
!Concept
 
!Assignment
El término "ingeniería genética" fue acuñado por primera vez por Jack Williamson en su novela de ciencia ficción Dragon's Island, publicada en 1951 (Stableford,2004)
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Desde entonces, el término ha sido ampliamente utilizado para referirse a la modificación genética de los organismos mediante el uso de ADN externo que añade uno o más rasgos nuevos que no se encuentran originalmente en ese organismo.  
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Por esta razón la ingeniería genética ha sido la principal herramienta utilizada en la  biotecnología en los últimos 30 años y ha ayudado en la creación de muchas aplicaciones novedosas. Sin embargo, hoy en día,  los avances científicos y la creación de nuevas herramientas y softwares han allanado el camino para la creación de nuevos  métodos aún más avanzados de modificación genética  y de  nuevos  sistemas biológicos, siendo uno de ellos : biología sintética.
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| [[Drew Endy | DE]]
La biología sintética  es un campo interdisciplinario emergente en el cual los principios de ingeniería se traen en biología para hacerle más fácil diseñar y crear los nuevos sistemas biológicos. Sin embargo, la idea de ingeniería de sistemas biológicos ha sido a menudo confundida con lo que ya se ha hecho en otros campos de la biotecnología, como la ingeniería metabólica y la ingeniería genética, entre otras razones, es por qué la biología sintética ha sido difícil de definir.
| [[Sabrina_Spencer | SS]], [[Lauffenburger:Laura_Sontag | LS]]
 
| [[BE.180:Introduction | Biological Engineering & Programming ]]
Por esta razón si alguien busca en internet la definición de biología sintética se va a encontrar con una gran cantidad de ellas y lo cierto es que no hay una definición exacta ya que incluso los mismos líderes del área la definen y la entienden de una manera diferente.
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Algunas de ellas como por ejemplo:
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    “Synthetic biology is a) the design and construction of new biological parts, devices and systems and b) the re-design of existing natural biological systems for useful purposes.” Fuente: Synthetic biology.org
| [[Drew Endy | DE]]
 
| [[Sabrina_Spencer | SS]], [[Lauffenburger:Laura_Sontag | LS]]
    “Synthetic biology is the engineering of biology: the synthesis of complex, biologically based (or inspired) systems which display functions that do not exist in nature. This engineering perspective may be applied at all levels of the hierarchy of biological structures — from individual molecules to whole cells, tissues and organisms. In essence, synthetic biology will enable the design of ‘biological systems’ in a rational and systematic way.” Fuente: High-level Expert Group European Commission
| [[BE.180:Abstraction1 | Abstraction: From  to Parts]]
 
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    “La Biología Sintética es la aplicación de la ciencia,tecnología e ingeniería para facilitar y acelerar el diseño, manufactura y/o modificación del material genético en organismos vivos; contribuyendo en los retos del sector salud, energía, alimentación y conservación del medio ambiente”. Fuente: Red Nacional de Biología Sintética,Mexico
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No obstante a pesar de las diferentes definiciones podemos decir que todas se basan en la idea principal de que la biología sintética es : ingeniería +  biología.
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| Tues Feb 14
Y esto se está logrando mediante la implementación de principios de ingeniería a la biología como lo son uso de partes y módulos estandarizadas, uso del ciclo de ingeniería e implementación de la creación tipo bottom up, modelado matemático, uso de jerarquías de abstracción, uso de nuevas tecnologías como la síntesis automatizada de ADN, entre otras .
| [[Drew Endy | DE]]
 
| [[Sabrina_Spencer | SS]], [[Lauffenburger:Laura_Sontag | LS]]
Todo esto es lo que define y distingue a la biología sintética de la ingeniería genética tradicional y de la manera en la que creamos nuevos sistemas biológicos. La biología sintética es un proceso, una herramienta que ayuda a que la biología sea más como un proceso ingenieril que pueda ser predecible y efectivo.
| [[BE.180:Abstraction2 | Abstraction: From Parts to Devices ]]
 
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https://www.youtube.com/watch?v=XIuh7KDRzLk
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==Qué encontraras Aquí==
| Thurs Feb 16
Experimentos Super cool
| [[Drew Endy | DE]]
 
| [[Sabrina_Spencer | SS]], [[Lauffenburger:Laura_Sontag | LS]]
 
| [[BE.180:Devices1 | Device Modeling & Simplification]]
==[[Introsynbioinicio:iGEM| iGEM:International Genetically Engineered Machine Competition  ]]==
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[[File:Igem-logo-200px.png]]
! colspan="6" | President's Day holiday Feb 20, No class Tues Feb 21(Mon schedule)  
 
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¿Qué es la competencia iGEM?
| GL
 
| 1
Una competencia super chida de biología Sintética para estudiantes de licenciatura y maestria
| Thurs Feb 23
 
| [[Tom Knight | TK]]
==Referencias y Lecturas Sugeridas ==
| [[Sabrina_Spencer | SS]], [[Lauffenburger:Laura_Sontag | LS]]
*https://medium.com/biological-speculation/ingenier%C3%ADa-de-la-biolog%C3%ADa-de-donde-naci%C3%B3-esta-noci%C3%B3n-9c0e4876d116
| [[BE.180:TK | Tom Knight lecture]]
*Drew Endy.Foundations for engineering biology : http://www.nature.com/nature/journal/v438/n7067/full/nature04342.html
| Assignment 1 due
 
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*Cameron E. et al. A brief history of synthetic biology : http://www.nature.com/nrmicro/journal/v12/n5/full/nrmicro3239.html
| GL
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| Tues Feb 28
| [[Gerald J Sussman | GJS]]
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| [[BE.180:GJS | Gerry Sussman lecture]]
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| Thurs Mar 2
| [[Drew Endy | DE]]
| [[Sabrina_Spencer | SS]], [[Lauffenburger:Laura_Sontag | LS]]
| [[BE.180:DeviceAnalysis | Device Analysis]]
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| [[Drew Endy | DE]]
| [[Sabrina_Spencer | SS]], [[Lauffenburger:Laura_Sontag | LS]]
| [[BE.180:DeviceComposition | Device Composition ]]
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| [[Drew Endy | DE]]
| [[Sabrina_Spencer | SS]], [[Lauffenburger:Laura_Sontag | LS]]
| [[BE.180:Decomposition1 | Decomposition of Complex Problems]] (3/10 is last day to add)
| Assignment 2 due; 3 released
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| [[Drew Endy | DE]]
| [[Sabrina_Spencer | SS]], [[Lauffenburger:Laura_Sontag | LS]]
| [[BE.180:Devices2 | Devices, Revisited]]
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| [[Drew Endy | DE]]
| [[Sabrina_Spencer | SS]], [[Lauffenburger:Laura_Sontag | LS]]
| [[BE.180:Devices | Genetic Devices & Device Modeling]]
| Assignment 3 due
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| Tues Mar 21
| [[Drew Endy | DE]]
| [[Sabrina_Spencer | SS]], [[Lauffenburger:Laura_Sontag | LS]]
| [[BE.180:Discussion1 | Discussion & Review]]
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| Thurs Mar 23
| [[Drew Endy | DE]]
| [[Sabrina_Spencer | SS]], [[Lauffenburger:Laura_Sontag | LS]]
| [[BE.180:Exam1 | Exam 1]] (covers through 16 March lecture)
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! colspan="6" | Spring Break Mar 27-31
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| Tues Apr 4
| [[Drew Endy | DE]]
| [[Sabrina_Spencer | SS]], [[Lauffenburger:Laura_Sontag | LS]]
| [[BE.180:SequenceOptimization | Sequence Optimization]]
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| [[Drew Endy | DE]]
| [[Sabrina_Spencer | SS]], [[Lauffenburger:Laura_Sontag | LS]]
| [[BE.180:DetectIdent |  Detection & Identification]]
| Assignment 4 released
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| Tues Apr 11
| [[Drew Endy | DE]]
| [[Sabrina_Spencer | SS]], [[Lauffenburger:Laura_Sontag | LS]]
| [[BE.180:SpaceTime1 | Space and Time Systems]]
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| 6
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| Thurs Apr 13
| [[Drew Endy | DE]]
| [[Sabrina_Spencer | SS]], [[Lauffenburger:Laura_Sontag | LS]]
| [[BE.180:SpaceTime2 | Programming Space & Time Systems]]
| Assignment 4 due
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! colspan="6" | Patriot's day holiday April 17-18
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| 7
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| Thurs Apr 20
| [[Drew Endy | DE]]
| [[Sabrina_Spencer | SS]], [[Lauffenburger:Laura_Sontag | LS]]
| [[BE.180:SpaceTime2 | Programming Space & Time Systems]]
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| 7
| 2
| Tues Apr 25
| [[Drew Endy | DE]]
| [[Sabrina_Spencer | SS]], [[Lauffenburger:Laura_Sontag | LS]]
| [[User:Yeem/BE.180 notes/4-25 | Growing Point Language]]
| Assignment 5 released
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| Thurs Apr 27
| [[Drew Endy | DE]]
| [[Sabrina_Spencer | SS]], [[Lauffenburger:Laura_Sontag | LS]]
| [[BE.180:CCL | "Crop Circle" Language]] (4/27 is last day to drop)
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| Tues May 2
| [[Drew Endy | DE]]
| [[Sabrina_Spencer | SS]], [[Lauffenburger:Laura_Sontag | LS]]
| [[BE.180:Modeling | ]]
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| Thurs May 4
| [[Drew Endy | DE]]
| [[Sabrina_Spencer | SS]], [[Lauffenburger:Laura_Sontag | LS]]
| <!-- old link: [[BE.180:Testing | ]] -->[[User:Yeem/BE.180 notes/Semester review|Semester review]]
| Assignment 5 due
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| D
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| Tues May 9
| [[Drew Endy | DE]]
| [[Sabrina_Spencer | SS]], [[Lauffenburger:Laura_Sontag | LS]]
| [[BE.180:Discussion2 | ]]
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| E
| 2
| Thurs May 11
| [[Drew Endy | DE]]
| [[Sabrina_Spencer | SS]], [[Lauffenburger:Laura_Sontag | LS]]
| [[BE.180:Exam2 | Exam2]] (comprehensive through 4 May lecture)
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| EOC
| 1
| Tues May 16
| [[Drew Endy | DE]]
| [[Sabrina_Spencer | SS]], [[Lauffenburger:Laura_Sontag | LS]]
| [[BE.180:LDOC | Course Evaluation & Wrap-Up]]
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| Thurs May 18
| No class
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Latest revision as of 20:45, 12 November 2017

Introducción a Biología Sintética '

Inicio        Modulo 1. Ingeniería Genética        Modulo 2. Biología Sintéica       


Modulo 3.Do it yourself Biology        [[| Bioseguridad en el Laboratorio]]       




¿Qué es la Biología Sintética y que tiene de diferente con la ingeniería Genética?

El término "ingeniería genética" fue acuñado por primera vez por Jack Williamson en su novela de ciencia ficción Dragon's Island, publicada en 1951 (Stableford,2004) Desde entonces, el término ha sido ampliamente utilizado para referirse a la modificación genética de los organismos mediante el uso de ADN externo que añade uno o más rasgos nuevos que no se encuentran originalmente en ese organismo.

Por esta razón la ingeniería genética ha sido la principal herramienta utilizada en la biotecnología en los últimos 30 años y ha ayudado en la creación de muchas aplicaciones novedosas. Sin embargo, hoy en día, los avances científicos y la creación de nuevas herramientas y softwares han allanado el camino para la creación de nuevos métodos aún más avanzados de modificación genética y de nuevos sistemas biológicos, siendo uno de ellos : biología sintética.

La biología sintética es un campo interdisciplinario emergente en el cual los principios de ingeniería se traen en biología para hacerle más fácil diseñar y crear los nuevos sistemas biológicos. Sin embargo, la idea de ingeniería de sistemas biológicos ha sido a menudo confundida con lo que ya se ha hecho en otros campos de la biotecnología, como la ingeniería metabólica y la ingeniería genética, entre otras razones, es por qué la biología sintética ha sido difícil de definir.

Por esta razón si alguien busca en internet la definición de biología sintética se va a encontrar con una gran cantidad de ellas y lo cierto es que no hay una definición exacta ya que incluso los mismos líderes del área la definen y la entienden de una manera diferente.

Algunas de ellas como por ejemplo:

   “Synthetic biology is a) the design and construction of new biological parts, devices and systems and b) the re-design of existing natural biological systems for useful purposes.” Fuente: Synthetic biology.org
   “Synthetic biology is the engineering of biology: the synthesis of complex, biologically based (or inspired) systems which display functions that do not exist in nature. This engineering perspective may be applied at all levels of the hierarchy of biological structures — from individual molecules to whole cells, tissues and organisms. In essence, synthetic biology will enable the design of ‘biological systems’ in a rational and systematic way.” Fuente: High-level Expert Group European Commission
   “La Biología Sintética es la aplicación de la ciencia,tecnología e ingeniería para facilitar y acelerar el diseño, manufactura y/o modificación del material genético en organismos vivos; contribuyendo en los retos del sector salud, energía, alimentación y conservación del medio ambiente”. Fuente: Red Nacional de Biología Sintética,Mexico

No obstante a pesar de las diferentes definiciones podemos decir que todas se basan en la idea principal de que la biología sintética es : ingeniería + biología.

Y esto se está logrando mediante la implementación de principios de ingeniería a la biología como lo son uso de partes y módulos estandarizadas, uso del ciclo de ingeniería e implementación de la creación tipo bottom up, modelado matemático, uso de jerarquías de abstracción, uso de nuevas tecnologías como la síntesis automatizada de ADN, entre otras .

Todo esto es lo que define y distingue a la biología sintética de la ingeniería genética tradicional y de la manera en la que creamos nuevos sistemas biológicos. La biología sintética es un proceso, una herramienta que ayuda a que la biología sea más como un proceso ingenieril que pueda ser predecible y efectivo.


https://www.youtube.com/watch?v=XIuh7KDRzLk

Qué encontraras Aquí

Experimentos Super cool


iGEM:International Genetically Engineered Machine Competition

¿Qué es la competencia iGEM?

Una competencia super chida de biología Sintética para estudiantes de licenciatura y maestria

Referencias y Lecturas Sugeridas