Knight:pRML1/2-sequencing

Sequencing primers for pRML1, pRML2:

• T3 for pRML1
• T7 for pRML2

For both pRML1 & 2:

• attgtctcatgagcggatac,ampR-F
• ggtcacgctgcgcgtaacc,F1-F (works on pRML1, missing region on pRML2)
• atggaaaaacgccagcaacg,322ori-R

Construction primers:

• pRML1 (Left YAC arm)
  • GTT TCT TCC TGC AGC GGC CGC TAC TAG TA AGCTGGGCCATTCTCATGAAG,pRML1-R
  • biobrick right end, binding site for Cen4 sequence
  • binds with stutter
• pRML2-F (Right YAC arm)
  • GTT TCT TCG AAT TCG CGG CCG CTT CTA GAG ACGCGCGTCGACGGTATCGG,pRML2-F
  • biobrick left end, ARSH4 binding site
  • binds with stutter

pRML1

New primers for pRML1 9/17/06

ACCTGACTACGGCATCTCTG,TKR1 (46160)

CACGAACCATAAACCATTCC,TK1 (46360)

ttgcctgggctttggacgtc,TKR2 (46860)

cagataccgcaccgtattgg,TK2 (47060)

caccacacaacaccgcctcg,TKR3 (47570)

tggtcgaacgcagacgcgtg,TK3 (47760)

cacaggtagttctggtccattg,TRP1 (460) pSH63 AF298789

agcatcggaatctagagcac,TRPR1 (550)

ggtgttgatgtaagcggagg,TRP2 (1060)

ctatttcttagcatttttgacg,TRPR2 (1130)

acatcaacaccaataacgcc,YAC4R1 (9710) pYAC4

gcttacattt tatgttagct gg,YAC4-1 (9640)

agcgttgcct catcaatgcg,YAC4-2 (10370)

cacacagtggaccgaacgtg,YAC4R2

GGAAATTCATCGATTTCGAAG,T3R

September 24 primers for pRML1

GCTCAATGTTGACTAGCCAGC,CENF

TGATCGCGTAGTCGATAGTGG,TRPR0

GCGGCACGCTGTTGACGCTG,TK4

pRML2

Primers 9/17/06

aaatt gaagctctaa tttgtgag,URA1 (3200) DQ882849

ggtagagggtgaacgttacag,URA1R (3300)

GGAAATTCATCGATTTCGAAGC,T7R

September 24 primers:

GCAGGCATGCCTGCAGGTCGAG,oriR2

TACCTGAGAGCAGGAAGAGC,ARS

Final sequence, pRML1=

>pRML1 9742 bp ggatccatatgactagtgatcctctagagtcgatcgacctgcaggcatgcctgcaggtcg aggcgataagcttcatttttagataaaatttattaatcatcattaatttcttgaaaaaca ttttatttattgatcttttataacaaaaaacccttctaaaagtttatttttgaatgaaaa acttataaaaatttatgaaaactacaaaaaataaaatttttaattaaaataattttgata agaacttcaatctttgactagcttagtcatttttgagatttaattaatattttatgttta ttcatatataaactattcaaaatattatagaatttaaacattttaacatcttaatcattc ataaataactaaaaatcaaagtattacattcaataaataacttttactcaatgtcaaaga aattattggggttggggttggggttggggttggggttggggttggggttggggttggggt tggggttggggttggggttggggttggggttggggttggggttggggttggggttggggt tggggttggggttggggttggggttggggttggggttggggttggggttggggttggggt tggggttggggttggggttgggggttggggttggggttggggttggggttggggttgggg ttggggttggggttggggttggggttggggtctgcctcgcgcggaaattcatcgatttcg aagctagctcgcgagtcgaccgcggccgcagatctgaattccctttagtgagggttaatt tacgtagcgatgataagctgtcaaacatgagctgggccattctcatgaagaatatcttga atttattgtcatattactagctagttggtgtggaagtcctaatatcggtgatcaatatag tggttgacatgctggctagtcaacattgagccttttgatcatgcaaatatattacggtat 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Final sequence, pRML2

>pRML2 5180 bp ggatcctctagagtcgatcgacctgcaggcatgcctgcaggtcgaggcgataagcttcat ttttagataaaatttattaatcatcattaatttcttgaaaaacattttatttattgatct tttataacaaaaaacccttctaaaagtttatttttgaatgaaaaacttataaaaatttat gaaaactacaaaaaataaaatttttaattaaaataattttgataagaacttcaatctttg actagcttagtcatttttgagatttaattaatattttatgtttattcatatataaactat tcaaaatattatagaatttaaacattttaacatcttaatcattcataaataactaaaaat caaagtattacattcaataaataacttttactcaatgtcaaagaaattattggggttggg gttggggttggggttggggttggggttggggttggggttggggttggggttggggttggg gttggggttggggttggggttggggttggggttggggttggggttggggttggggttggg gttggggttggggttggggttggggttggggttggggttggggttggggttggggttggg gttggggttgggggttggggttggggttggggttggggttggggttggggttggggttgg ggttggggttggggttggggtctgcctcgcgcggaaattcatcgatttcgaagctagctc gcgagtcgaccgccggcgcagatctgaattcgatgtacccaattcgccctatagtgagtc gtattacgcgcgtcgacggtatcgggggatcgccaacaaatactaccttttatcttgctc ttcctgctctcaggtattaatgccgaattgtttcatcttgtctgtgtagaagaccacaca cgaaaatcctgtgattttacattttacttatcgttaatcgaatgtatatctatttaatct 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