Labpib:Research

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===Research | Pesquisa===
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In general terms, the research field in which we at LabPIB work is known as [http://en.wikipedia.org/wiki/Bioinformatics Bioinformatics]. Given the broad implications of Bioinformatics to modern Biotechnology, we consider this field of major importance but also incredibly challenging. A working definition that LabPIB uses to understand what is Bioinformatics is the one in line with the inclusive interpretation for this term: '''Bioinformatics is the application of computational and mathematical techniques to generate and manage information from/for Biology and/or Medicine'''. According to this understanding, Bioinformatics is an [http://en.wikipedia.org/wiki/Informatics Informatics] specialization. Of course, although we understand Bioinformatics in this broad sense, LabPIB develops research in specific sub(sub-sub-...)-fields related to [http://en.wikipedia.org/wiki/Molecular_biology Molecular Biology] and [http://en.wikipedia.org/wiki/Systems_biology Systems Biology].
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In general terms, the research field in which we at LabPIB work is known as [http://en.wikipedia.org/wiki/Bioinformatics Bioinformatics]. Given the broad implications of Bioinformatics to modern Biotechnology, we consider this field of major importance but also incredibly challenging. A working definition that LabPIB uses to understand what is Bioinformatics is the one in line with the inclusive interpretation for this term: '''Bioinformatics is the application of computational and mathematical techniques to generate and manage information from/for Biology'''. According to this understanding, Bioinformatics is an [http://en.wikipedia.org/wiki/Informatics Informatics] specialization. Of course, although we understand Bioinformatics in this broad sense, LabPIB develops research in specific sub(sub-sub-...)-fields related to [http://en.wikipedia.org/wiki/Molecular_biology Molecular Biology] and [http://en.wikipedia.org/wiki/Systems_biology Systems Biology] of extremophilic [http://en.wikipedia.org/wiki/Archaea archaea].
Em termos bem gerais, a área de pesquisa em que o LabPIB trabalha é a [http://pt.wikipedia.org/wiki/Bioinform%C3%A1tica Bioinformática]. Dadas as vastas implicações da Bioinformática para a Biotecnologia moderna, nós consideramos esta área de primordial importância mas também um incrível desafio. A definição de trabalho que o LabPIB usa para entender o que é Bioinformática está em linha com a interpretação mais inclusiva do termo:  
Em termos bem gerais, a área de pesquisa em que o LabPIB trabalha é a [http://pt.wikipedia.org/wiki/Bioinform%C3%A1tica Bioinformática]. Dadas as vastas implicações da Bioinformática para a Biotecnologia moderna, nós consideramos esta área de primordial importância mas também um incrível desafio. A definição de trabalho que o LabPIB usa para entender o que é Bioinformática está em linha com a interpretação mais inclusiva do termo:  
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'''Bioinformática é o estudo da aplicação de técnicas computacionais e matemáticas à geração e gerenciamento de informação pela/para Biologia e/ou Medicina'''. De acordo com esta visão, Bioinformática é uma especialização da [http://pt.wikipedia.org/wiki/Inform%C3%A1tica Informática]. Evidentemente, apesar de entender a Bioinformática dessa forma ampla, o LabPIB desenvolve pesquisas em sub(sub-sub-...)-áreas específicas, relacionadas à [http://pt.wikipedia.org/wiki/Biologia_molecular Biologia Molecular] e [http://pt.wikipedia.org/wiki/Biologia_Sist%C3%AAmica Biologia Sistêmica].
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'''Bioinformática é o estudo da aplicação de técnicas computacionais e matemáticas à geração e gerenciamento de informação pela/para Biologia'''. De acordo com esta visão, Bioinformática é uma especialização da [http://pt.wikipedia.org/wiki/Inform%C3%A1tica Informática]. Evidentemente, apesar de entender a Bioinformática dessa forma ampla, o LabPIB desenvolve pesquisas em sub(sub-sub-...)-áreas específicas, relacionadas à [http://pt.wikipedia.org/wiki/Biologia_molecular Biologia Molecular] e [http://pt.wikipedia.org/wiki/Biologia_Sist%C3%AAmica Biologia Sistêmica] ([http://www.overstream.net/view.php?oid=upmfubafidu7 vídeo]) de [http://pt.wikipedia.org/wiki/Archaea arquéias] extremófilas.
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The LabPIB is engaged in some specific projects, but their essence is, in fact, the '''people''' behind them:
The LabPIB is engaged in some specific projects, but their essence is, in fact, the '''people''' behind them:
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* Probabilistic functional annotation for bioenergy genomics (Danillo Almeida-e-Silva, Ricardo Cacheta)
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* Probabilistic gene functional annotation for genomics (Danillo Almeida-e-Silva)
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* Probabilistic functional annotation (Ariane Sasso)
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* Probabilistic metabolite annotation for metabolomics (Ricardo Silva)
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* Predictive models in systems microbiology (J.C. Garcia)
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* Ontologies for the 'gene expression' knowledge domain (Flavia Miyazaki)
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* Rubber tree ''H. brasiliensis'' transcriptomics (Leonardo Rippel)
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* Dermatophyte ''T. rubrum'' transcriptomics (Gabriela Persinoti)
* Dermatophyte ''T. rubrum'' transcriptomics (Gabriela Persinoti)
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* SNPs analysis for variomics (Diego Martinez)
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* Software development for variomics (Diego Martinez)
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* Interactomics: Large-scale study of proteins interaction/complexing. ([http://openwetware.org/wiki/Labpib:Daniel_Bojczuk Daniel Bojczuk])
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* Protein-RNA interaction of ''Halobacterium salinarum'' (Marcos Abraão Fonseca)
O LabPIB está desenvolvendo alguns projetos específicos, mas, na verdade, a essência são as '''pessoas''' por trás deles:  
O LabPIB está desenvolvendo alguns projetos específicos, mas, na verdade, a essência são as '''pessoas''' por trás deles:  
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* Anotação funcional probabilística em genômica p/ bioenergia (Danillo Almeida-e-Silva, Ricardo Cacheta)
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* Anotação gênica funcional probabilística em genômica (Danillo Almeida-e-Silva)
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* Anotação funcional probabilística (Ariane Sasso)
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* Anotação probabilística de metabólitos em metabolômica (Ricardo Silva)
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* Modelos preditivos em microbiologia sistêmica (J.C. Garcia)
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* Ontologias para o domínio de conhecimento 'expressão gênica' (Flavia Miyazaki)
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* Transcritômica da seringueira ''H. brasiliensis'' (Leonardo Rippel)
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* Transcritômica do dermatófito ''T. rubrum'' (Gabriela Persinoti)
* Transcritômica do dermatófito ''T. rubrum'' (Gabriela Persinoti)
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* Análise de SNPs em variômica (Diego Martinez)
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* Desenvolvimento de software em variômica (Diego Martinez)
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* Interatômica: estudo em larga-escala de interação/complexação de proteínas. ([http://openwetware.org/wiki/Labpib:Daniel_Bojczuk Daniel Bojczuk])
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* Interação proteína-RNA em ''Halobacterium salinarum'' (Marcos Abraão Fonseca)
===Future Projects | Projetos Futuros===
===Future Projects | Projetos Futuros===
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Nowadays (Dec/2009) we are recruting students interested in [http://www.rsc.org/Publishing/Journals/MB/article.asp?doi=b906402h Structural Interactomics]. Please see "Join the Team" link.
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Recently (early 2011), LabPIB reoriented its collective efforts towards a more close collaboration with the [LaBiSisMi http://koide.openwetware.org/] studying microorganisms from a systems biology perspective. These microbes are archea and extremophile unicelular beings with fascinating properties and life-styles. Future projects will be more focused on the study of such creatures.
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Atualmente (Dez/2009) estamos recrutanto estudantes interessados em estudar [http://www.rsc.org/Publishing/Journals/MB/article.asp?doi=b906402h Interatômica Estrutural]. Por favor veja o link "Junte-se ao Grupo".
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Recentemente (inicio de 2011), o LabPIB reorientou seus esforços coletivos na direção de uma colaboração mais próxima com o [LaBiSisMi http://koide.openwetware.org/] no estudo de microorganismos por uma perspectiva da Biologia Sistêmica. Esses micróbios são arquéias e extremófilos, seres unicelulares com propriedades e habitats fascinantes. Projetos futuros serão focados no estudo dessas criaturas.

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Research | Pesquisa

In general terms, the research field in which we at LabPIB work is known as Bioinformatics. Given the broad implications of Bioinformatics to modern Biotechnology, we consider this field of major importance but also incredibly challenging. A working definition that LabPIB uses to understand what is Bioinformatics is the one in line with the inclusive interpretation for this term: Bioinformatics is the application of computational and mathematical techniques to generate and manage information from/for Biology. According to this understanding, Bioinformatics is an Informatics specialization. Of course, although we understand Bioinformatics in this broad sense, LabPIB develops research in specific sub(sub-sub-...)-fields related to Molecular Biology and Systems Biology of extremophilic archaea.


Em termos bem gerais, a área de pesquisa em que o LabPIB trabalha é a Bioinformática. Dadas as vastas implicações da Bioinformática para a Biotecnologia moderna, nós consideramos esta área de primordial importância mas também um incrível desafio. A definição de trabalho que o LabPIB usa para entender o que é Bioinformática está em linha com a interpretação mais inclusiva do termo: Bioinformática é o estudo da aplicação de técnicas computacionais e matemáticas à geração e gerenciamento de informação pela/para Biologia. De acordo com esta visão, Bioinformática é uma especialização da Informática. Evidentemente, apesar de entender a Bioinformática dessa forma ampla, o LabPIB desenvolve pesquisas em sub(sub-sub-...)-áreas específicas, relacionadas à Biologia Molecular e Biologia Sistêmica (vídeo) de arquéias extremófilas.


Projects | Projetos

The LabPIB is engaged in some specific projects, but their essence is, in fact, the people behind them:

  • Probabilistic gene functional annotation for genomics (Danillo Almeida-e-Silva)
  • Probabilistic metabolite annotation for metabolomics (Ricardo Silva)
  • Dermatophyte T. rubrum transcriptomics (Gabriela Persinoti)
  • Software development for variomics (Diego Martinez)
  • Protein-RNA interaction of Halobacterium salinarum (Marcos Abraão Fonseca)


O LabPIB está desenvolvendo alguns projetos específicos, mas, na verdade, a essência são as pessoas por trás deles:

  • Anotação gênica funcional probabilística em genômica (Danillo Almeida-e-Silva)
  • Anotação probabilística de metabólitos em metabolômica (Ricardo Silva)
  • Transcritômica do dermatófito T. rubrum (Gabriela Persinoti)
  • Desenvolvimento de software em variômica (Diego Martinez)
  • Interação proteína-RNA em Halobacterium salinarum (Marcos Abraão Fonseca)


Future Projects | Projetos Futuros

Recently (early 2011), LabPIB reoriented its collective efforts towards a more close collaboration with the [LaBiSisMi http://koide.openwetware.org/] studying microorganisms from a systems biology perspective. These microbes are archea and extremophile unicelular beings with fascinating properties and life-styles. Future projects will be more focused on the study of such creatures.


Recentemente (inicio de 2011), o LabPIB reorientou seus esforços coletivos na direção de uma colaboração mais próxima com o [LaBiSisMi http://koide.openwetware.org/] no estudo de microorganismos por uma perspectiva da Biologia Sistêmica. Esses micróbios são arquéias e extremófilos, seres unicelulares com propriedades e habitats fascinantes. Projetos futuros serão focados no estudo dessas criaturas.

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