MOLDIAG:Syllabus: Difference between revisions

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==Conteúdos programático==
==Conteúdos programático==


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# Fingerprinting (genotipagem)
# Fingerprinting (genotipagem)


===Biossíntese e função de macromoléculas===
===Bases Biológicas do Diagnóstico Molecular===
*Estrutura do DNA e RNA
*Estrutura do DNA e RNA
2.1.1. Organização do DNA   
#Organização do DNA   
2.1.2. RNAs codificantes e não codificantes
# RNAs codificantes e não codificantes
2.1.3. RNA de interferência
# RNA de interferência
*Expressão genética e síntese proteica
*Expressão genética e síntese proteica
2.2.1. Transcrição
#Transcrição
2.2.2. Maquinaria de transcrição procariótica e eucariótica
#Maquinaria de transcrição procariótica e eucariótica
2.2.3. Edição do RNA
#Edição do RNA
2.2.4. Síntese proteica
#Síntese proteica
2.2.5. Modificações pós-translacionais
#Modificações pós-translacionais


===Engenharia Genética===
===Ferramentas do Diagnóstico Molecular===
*Enzimas que modificam ácidos nucleicos  
*Enzimas que modificam ácidos nucleicos  
*Sistemas e vectores de clonagem
*Sistemas e vectores de clonagem
3.2.1. Plasmídeos
#Plasmídeos
3.2.2. Cosmídeos e fagmídos
#Cosmídeos e fagmídos
3.2.3. YACs, BACs
# YACs, BACs
3.2.3. Transformação, conjugação, transfeção e electroporação
#Transformação, conjugação, transfeção e electroporação
*Sistemas de selecção de recombinantes
*Sistemas de selecção de recombinantes
3.3.1. Antibióticos
#Antibióticos
3.3.2. Sistemas auxotróficos
# Sistemas auxotróficos
3.3.3. Proteínas fluorescentes
#Proteínas fluorescentes
*Sistemas de produção de proteínas recombinantes
*Sistemas de produção de proteínas recombinantes
*Bibliotecas genómicas (genotecas)
*Bibliotecas genómicas (genotecas)
*Hibridação de ácidos nucleicos
*Hibridação de ácidos nucleicos
3.6.1. Southern blotting
# Southern blotting
3.6.2. Northern blotting
#Northern blotting


===Amplificação de ácidos nucleicos - PCR===
====Métodos da baseados na Polimerase====
*Amplificações pela polimerase  
*Amplificações pela polimerase  
4.1.1. PCR
#RFLP-PCR
4.1.2. RFLP-PCR
#RAPD-PCR
4.1.3. RAPD-PCR
#Multiplex PCR
4.1.4. Multiplex PCR
# PCR Multiplex alelo específico
4.1.5. PCR Multiplex alelo específico
#PCR Longo
4.1.6. PCR Longo
# PCR Competitivo  
4.1.7. PCR Competitivo  
#PCR colony
4.1.8. PCR colony
#Touchdown (gradiente) e Hot Start
4.1.9. Touchdown (gradiente) e Hot Start
# PCR Degenerado
4.1.10. PCR Degenerado
#PCR In situ
4.1.11. PCR In situ
# PCR Inverso
4.1.12. PCR Inverso
# RACE  
4.1.13. RACE  
#Nested PCR
4.1.14. Nested PCR
#RT-PCR / RT-PCR  
4.1.15. RT-PCR / RT-PCR  
# Methylation Spectific PCR (MS-PCR)
4.1.16. Methylation Spectific PCR (MS-PCR)
*PCR em tempo real
*PCR em tempo real
4.2.1. Conceitos
#Conceitos
4.2.2. Syber-green
#Syber-green
4.2.3. Sondas
#Sondas
4.2.4. Curvas de calibração e quantificação
#Curvas de calibração e quantificação
====Métodos baseados na Ligase e MLPA====
*Aplicações pela ligase
*Aplicações pela ligase
4.3.1. LCR
#LCR
4.3.2. MLPA
#MLPA
*Métodos especiais
*Métodos especiais
4.4.1. DNA ramificado (bDNA)
# DNA ramificado (bDNA)
4.4.2. Ribotipagem
#Ribotipagem
 
===Métodos separativos: cromatografia e electroforese===
A.Análise de Proteínas
*Electroforese
5.1.1.1. Tipos de matrizes
5.1.1.2. Electroforese nativa (PAGE)
5.1.1.3. Electroforese desnaturante (SDS-PAGE)
5.1.1.4. Focagem isoeléctrica (IEF)
5.1.1.5. Géis 2D
*Cromatografias
5.1.2.1. De camada fina (TLC)
5.1.2.2. Permuta iónica
5.1.2.3. Afinidade / Imunoafinidade
5.1.2.4. HPLC
5.1.2.5. GC
B.Ácidos nucleicos
*Electroforese
5.2.1.1. Agarose
5.2.1.2. PFGE: Pulsed field gel electrophoresis
5.2.1.3. Electroforese capilar (EC)
5.2.2. HPLC desnaturante (DHPLC)
5.2.2.1. EC vs DHPLC


===Fundamentos de fluorescência===
===Fundamentos de fluorescência===
*Espectro electromagnético da luz visível
*Espectro electromagnético da luz visível
6.1.1. Amplitude de onda  
#Amplitude de onda  
6.1.2. Comprimento de onda
# Comprimento de onda
6.1.3. Frequência
# Frequência
*Fluoróforos
*Fluoróforos
6.2.1. Estado fundamental
#Estado fundamental
6.2.2. Estado excitado
#Estado excitado
*Diagrama de Jablonski
*Diagrama de Jablonski
6.4. Lei de Kasha
# Lei de Kasha
6.5. Lei de Planck
#Lei de Planck
6.6. Desvio de Stokes (Stokes shift)
#Desvio de Stokes (Stokes shift)
6.7. FRET - Förster resonance energy transfer
#FRET - Förster resonance energy transfer
6.7.1. Cromóforos e fluoróforos
#Cromóforos e fluoróforos
6.7.2. Quenching
#Quenching
6.7.3. Detecção in vivo da interacção de proteínas
#Detecção in vivo da interacção de proteínas
6.7.4. Sondas moleculares
#Sondas moleculares
*Microscopia
*Microscopia
6.8.1. Fluoróforos usados em microscopia
#Fluoróforos usados em microscopia
6.8.2. Photobleaching (decaimento)
# Photobleaching (decaimento)
6.8.3. Métodos para minimizar o decaimento
#Métodos para minimizar o decaimento
6.8.4. Filtros
#Filtros
6.8.5. Espelhos dicróicos
#Espelhos dicróicos
6.8.6. Microscopia de fluorescência
#Microscopia de fluorescência
6.8.7. Microscopia confocal
#Microscopia confocal


===Métodos de fluorescência em citogenética===
===Métodos de fluorescência em citogenética===
*Citogenética clássica vs citogenética convencional  
*Citogenética clássica vs citogenética convencional  
7.1.1. Hibridação in situ
#Hibridação in situ
7.1.2. Sondas e DNA alvo
#Sondas e DNA alvo
7.1.2.1. Desnaturação
## Desnaturação
7.1.2.2. Renaturação / hibridação
## Renaturação / hibridação
*Preparação da amostra
*Preparação da amostra
7.2.1. Tipos de material biológico
#Tipos de material biológico
7.2.2. Fixação
#Fixação
7.2.3. Pré-tratamento das lâminas
#Pré-tratamento das lâminas
*Tipos de sonda
*Tipos de sonda
7.3.1. Sequência repetitiva
#Sequência repetitiva
7.3.2. Single copy sequences
#Single copy sequences
7.3.3. Chromosome paiting
#Chromosome paiting
*Marcação das sondas
*Marcação das sondas
7.4.1. Nick translation
#Random primed labelling  
7.4.2. Random primed labelling  
#PCR
7.4.3. PCR
*Imunodectecção
*Imunodectecção
7.5.1. Marcação directa vs marcação indirecta
#Marcação directa vs marcação indirecta
7.5.2. Amplificação de sinal
#Amplificação de sinal
7.5.3. Método ABC
#Método ABC
7.5.4. Método Streptavidina-biotina
#Método Streptavidina-biotina
*Técnicas especiais de FISH
*Técnicas especiais de FISH
7.6.1. SKY-FISH
#SKY-FISH
7.6.2. Zoo-FISH  
# Zoo-FISH  
7.6.3. Fiber-FISH  
# Fiber-FISH  
7.6.4. PRINS
# PRINS
7.6.5. CGH
# CGH
7.6.6. PNA-FISH
#PNA-FISH
7.6.7. DNA microarrays / CGH microarrays  
# DNA microarrays / CGH microarrays  
7.6.8. Flow-cytometry FISH  
#Flow-cytometry FISH
 
===Diagnóstico citogenético===
====Citogenética médica clássica====
====Citogenética de interfase====
===Genética médica===
===Diagnóstico molecular hemáto-oncológico===
===Diagnóstico molecular de doenças infecciosas===
===Diagnóstico pré-natal===


===Métodos de fluorescência em citologia analítica===
*Imunoquímica
8.1.1. ELISA
8.1.2. Western-blotting
*Citometria de flurorescência
8.2.1. Tipos de citometros
8.2.2. Dinâmica de fluídos
8.2.3. Sondas fluorescentes
8.2.4. Análise multiparamétrica
8.2.5. Case studies


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Latest revision as of 04:33, 19 August 2013

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Conteúdos programático

Introdução ao diagnóstico molecular em medicina

  • Doenças monogénicas
  • Doenças poligénicas
  • Biologia forense
  1. CODIS
  2. STRs
  • Tipagem HLA
  1. Tipagem Celular por FACS
  2. Genotipagem por PCR
  3. Genotipagem por Microarrays
  • Farmacogenómica
  1. Citocromo P450
  • Susceptibilidade a doenças infecciosas
  1. Susceptibilidade genética: SCID
  2. Resistência genética: HIV
  • Doenças infecciosas
  1. Virologia
  2. Bacteriologia
  3. Resistência aos antibióticos
  • Epidemiologia molecular
  1. Filogenética
  2. Fingerprinting (genotipagem)

Bases Biológicas do Diagnóstico Molecular

  • Estrutura do DNA e RNA
  1. Organização do DNA
  2. RNAs codificantes e não codificantes
  3. RNA de interferência
  • Expressão genética e síntese proteica
  1. Transcrição
  2. Maquinaria de transcrição procariótica e eucariótica
  3. Edição do RNA
  4. Síntese proteica
  5. Modificações pós-translacionais

Ferramentas do Diagnóstico Molecular

  • Enzimas que modificam ácidos nucleicos
  • Sistemas e vectores de clonagem
  1. Plasmídeos
  2. Cosmídeos e fagmídos
  3. YACs, BACs
  4. Transformação, conjugação, transfeção e electroporação
  • Sistemas de selecção de recombinantes
  1. Antibióticos
  2. Sistemas auxotróficos
  3. Proteínas fluorescentes
  • Sistemas de produção de proteínas recombinantes
  • Bibliotecas genómicas (genotecas)
  • Hibridação de ácidos nucleicos
  1. Southern blotting
  2. Northern blotting

Métodos da baseados na Polimerase

  • Amplificações pela polimerase
  1. RFLP-PCR
  2. RAPD-PCR
  3. Multiplex PCR
  4. PCR Multiplex alelo específico
  5. PCR Longo
  6. PCR Competitivo
  7. PCR colony
  8. Touchdown (gradiente) e Hot Start
  9. PCR Degenerado
  10. PCR In situ
  11. PCR Inverso
  12. RACE
  13. Nested PCR
  14. RT-PCR / RT-PCR
  15. Methylation Spectific PCR (MS-PCR)
  • PCR em tempo real
  1. Conceitos
  2. Syber-green
  3. Sondas
  4. Curvas de calibração e quantificação

Métodos baseados na Ligase e MLPA

  • Aplicações pela ligase
  1. LCR
  2. MLPA
  • Métodos especiais
  1. DNA ramificado (bDNA)
  2. Ribotipagem

Fundamentos de fluorescência

  • Espectro electromagnético da luz visível
  1. Amplitude de onda
  2. Comprimento de onda
  3. Frequência
  • Fluoróforos
  1. Estado fundamental
  2. Estado excitado
  • Diagrama de Jablonski
  1. Lei de Kasha
  2. Lei de Planck
  3. Desvio de Stokes (Stokes shift)
  4. FRET - Förster resonance energy transfer
  5. Cromóforos e fluoróforos
  6. Quenching
  7. Detecção in vivo da interacção de proteínas
  8. Sondas moleculares
  • Microscopia
  1. Fluoróforos usados em microscopia
  2. Photobleaching (decaimento)
  3. Métodos para minimizar o decaimento
  4. Filtros
  5. Espelhos dicróicos
  6. Microscopia de fluorescência
  7. Microscopia confocal

Métodos de fluorescência em citogenética

  • Citogenética clássica vs citogenética convencional
  1. Hibridação in situ
  2. Sondas e DNA alvo
    1. Desnaturação
    2. Renaturação / hibridação
  • Preparação da amostra
  1. Tipos de material biológico
  2. Fixação
  3. Pré-tratamento das lâminas
  • Tipos de sonda
  1. Sequência repetitiva
  2. Single copy sequences
  3. Chromosome paiting
  • Marcação das sondas
  1. Random primed labelling
  2. PCR
  • Imunodectecção
  1. Marcação directa vs marcação indirecta
  2. Amplificação de sinal
  3. Método ABC
  4. Método Streptavidina-biotina
  • Técnicas especiais de FISH
  1. SKY-FISH
  2. Zoo-FISH
  3. Fiber-FISH
  4. PRINS
  5. CGH
  6. PNA-FISH
  7. DNA microarrays / CGH microarrays
  8. Flow-cytometry FISH

Diagnóstico citogenético

Citogenética médica clássica

Citogenética de interfase

Genética médica

Diagnóstico molecular hemáto-oncológico

Diagnóstico molecular de doenças infecciosas

Diagnóstico pré-natal

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