MOLDIAG:Syllabus: Difference between revisions

From OpenWetWare
Jump to navigationJump to search
No edit summary
No edit summary
Line 22: Line 22:
<!-- Feel free to add or remove items from the navigation bar to customize the header for your class. -->
<!-- Feel free to add or remove items from the navigation bar to customize the header for your class. -->


This is the wiki for the '''Medical Biochemistry''' is part of a module of ''Molecular and Biochemical Diagnosis'' of MSc in [https://sites.google.com/a/eu.ipp.pt/tecnologiabioquimica/ Biochemical Technology] for [http://www.estsp.ipp.pt ESTSP]. The official language for this course and wiki is Portuguese.  
==Conteúdos programático==
 
===Introdução ao diagnóstico molecular em medicina===
*Doenças monogénicas
*Doenças poligénicas
*Biologia forense
#CODIS
#STRs
* Tipagem HLA
#Tipagem Celular por FACS
#Genotipagem por PCR
# Genotipagem por Microarrays
*Farmacogenómica
#Citocromo P450
*Susceptibilidade a doenças infecciosas
#Susceptibilidade genética: SCID
#Resistência genética: HIV
*Doenças infecciosas
#Virologia
# Bacteriologia
#Resistência aos antibióticos
*Epidemiologia molecular
# Filogenética
# Fingerprinting (genotipagem)
 
===Biossíntese e função de macromoléculas===
*Estrutura do DNA e RNA
2.1.1. Organização do DNA 
2.1.2. RNAs codificantes e não codificantes
2.1.3. RNA de interferência
*Expressão genética e síntese proteica
2.2.1. Transcrição
2.2.2. Maquinaria de transcrição procariótica e eucariótica
2.2.3. Edição do RNA
2.2.4. Síntese proteica
2.2.5. Modificações pós-translacionais
 
===Engenharia Genética===
*Enzimas que modificam ácidos nucleicos
*Sistemas e vectores de clonagem
3.2.1. Plasmídeos
3.2.2. Cosmídeos e fagmídos
3.2.3. YACs, BACs
3.2.3. Transformação, conjugação, transfeção e electroporação
*Sistemas de selecção de recombinantes
3.3.1. Antibióticos
3.3.2. Sistemas auxotróficos
3.3.3. Proteínas fluorescentes
*Sistemas de produção de proteínas recombinantes
*Bibliotecas genómicas (genotecas)
*Hibridação de ácidos nucleicos
3.6.1. Southern blotting
3.6.2. Northern blotting
 
===Amplificação de ácidos nucleicos - PCR===
*Amplificações pela polimerase
4.1.1. PCR
4.1.2. RFLP-PCR
4.1.3. RAPD-PCR
4.1.4. Multiplex PCR
4.1.5. PCR Multiplex alelo específico
4.1.6. PCR Longo
4.1.7. PCR Competitivo
4.1.8. PCR colony
4.1.9. Touchdown (gradiente) e Hot Start
4.1.10. PCR Degenerado
4.1.11. PCR In situ
4.1.12. PCR Inverso
4.1.13. RACE
4.1.14. Nested PCR
4.1.15. RT-PCR / RT-PCR
4.1.16. Methylation Spectific PCR (MS-PCR)
*PCR em tempo real
4.2.1. Conceitos
4.2.2. Syber-green
4.2.3. Sondas
4.2.4. Curvas de calibração e quantificação
*Aplicações pela ligase
4.3.1. LCR
4.3.2. MLPA
*Métodos especiais
4.4.1. DNA ramificado (bDNA)
4.4.2. Ribotipagem
 
===Métodos separativos: cromatografia e electroforese===
A.Análise de Proteínas
*Electroforese
5.1.1.1. Tipos de matrizes
5.1.1.2. Electroforese nativa (PAGE)
5.1.1.3. Electroforese desnaturante (SDS-PAGE)
5.1.1.4. Focagem isoeléctrica (IEF)
5.1.1.5. Géis 2D
*Cromatografias
5.1.2.1. De camada fina (TLC)
5.1.2.2. Permuta iónica
5.1.2.3. Afinidade / Imunoafinidade
5.1.2.4. HPLC
5.1.2.5. GC
B.Ácidos nucleicos
*Electroforese
5.2.1.1. Agarose
5.2.1.2. PFGE: Pulsed field gel electrophoresis
5.2.1.3. Electroforese capilar (EC)
5.2.2. HPLC desnaturante (DHPLC)
5.2.2.1. EC vs DHPLC
 
===Fundamentos de fluorescência===
*Espectro electromagnético da luz visível
6.1.1. Amplitude de onda
6.1.2. Comprimento de onda
6.1.3. Frequência
*Fluoróforos
6.2.1. Estado fundamental
6.2.2. Estado excitado
*Diagrama de Jablonski
6.4. Lei de Kasha
6.5. Lei de Planck
6.6. Desvio de Stokes (Stokes shift)
6.7. FRET - Förster resonance energy transfer
6.7.1. Cromóforos e fluoróforos
6.7.2. Quenching
6.7.3. Detecção in vivo da interacção de proteínas
6.7.4. Sondas moleculares
*Microscopia
6.8.1. Fluoróforos usados em microscopia
6.8.2. Photobleaching (decaimento)
6.8.3. Métodos para minimizar o decaimento
6.8.4. Filtros
6.8.5. Espelhos dicróicos
6.8.6. Microscopia de fluorescência
6.8.7. Microscopia confocal
 
===Métodos de fluorescência em citogenética===
*Citogenética clássica vs citogenética convencional
7.1.1. Hibridação in situ
7.1.2. Sondas e DNA alvo
7.1.2.1. Desnaturação
7.1.2.2. Renaturação / hibridação
*Preparação da amostra
7.2.1. Tipos de material biológico
7.2.2. Fixação
7.2.3. Pré-tratamento das lâminas
*Tipos de sonda
7.3.1. Sequência repetitiva
7.3.2. Single copy sequences
7.3.3. Chromosome paiting
*Marcação das sondas
7.4.1. Nick translation
7.4.2. Random primed labelling
7.4.3. PCR
*Imunodectecção
7.5.1. Marcação directa vs marcação indirecta
7.5.2. Amplificação de sinal
7.5.3. Método ABC
7.5.4. Método Streptavidina-biotina
*Técnicas especiais de FISH
7.6.1. SKY-FISH
7.6.2. Zoo-FISH
7.6.3. Fiber-FISH
7.6.4. PRINS
7.6.5. CGH
7.6.6. PNA-FISH
7.6.7. DNA microarrays / CGH microarrays
7.6.8. Flow-cytometry FISH
 
===Métodos de fluorescência em citologia analítica===
*Imunoquímica
8.1.1. ELISA
8.1.2. Western-blotting
*Citometria de flurorescência
8.2.1. Tipos de citometros
8.2.2. Dinâmica de fluídos
8.2.3. Sondas fluorescentes
8.2.4. Análise multiparamétrica
8.2.5. Case studies


<!-- Replace everything above this line with information about your course. -->
<!-- Replace everything above this line with information about your course. -->


</div>
</div>

Revision as of 13:42, 1 September 2012

Home        People        Syllabus        Materials        Labs        Assignments       


Conteúdos programático

Introdução ao diagnóstico molecular em medicina

  • Doenças monogénicas
  • Doenças poligénicas
  • Biologia forense
  1. CODIS
  2. STRs
  • Tipagem HLA
  1. Tipagem Celular por FACS
  2. Genotipagem por PCR
  3. Genotipagem por Microarrays
  • Farmacogenómica
  1. Citocromo P450
  • Susceptibilidade a doenças infecciosas
  1. Susceptibilidade genética: SCID
  2. Resistência genética: HIV
  • Doenças infecciosas
  1. Virologia
  2. Bacteriologia
  3. Resistência aos antibióticos
  • Epidemiologia molecular
  1. Filogenética
  2. Fingerprinting (genotipagem)

Biossíntese e função de macromoléculas

  • Estrutura do DNA e RNA

2.1.1. Organização do DNA 2.1.2. RNAs codificantes e não codificantes 2.1.3. RNA de interferência

  • Expressão genética e síntese proteica

2.2.1. Transcrição 2.2.2. Maquinaria de transcrição procariótica e eucariótica 2.2.3. Edição do RNA 2.2.4. Síntese proteica 2.2.5. Modificações pós-translacionais

Engenharia Genética

  • Enzimas que modificam ácidos nucleicos
  • Sistemas e vectores de clonagem

3.2.1. Plasmídeos 3.2.2. Cosmídeos e fagmídos 3.2.3. YACs, BACs 3.2.3. Transformação, conjugação, transfeção e electroporação

  • Sistemas de selecção de recombinantes

3.3.1. Antibióticos 3.3.2. Sistemas auxotróficos 3.3.3. Proteínas fluorescentes

  • Sistemas de produção de proteínas recombinantes
  • Bibliotecas genómicas (genotecas)
  • Hibridação de ácidos nucleicos

3.6.1. Southern blotting 3.6.2. Northern blotting

Amplificação de ácidos nucleicos - PCR

  • Amplificações pela polimerase

4.1.1. PCR 4.1.2. RFLP-PCR 4.1.3. RAPD-PCR 4.1.4. Multiplex PCR 4.1.5. PCR Multiplex alelo específico 4.1.6. PCR Longo 4.1.7. PCR Competitivo 4.1.8. PCR colony 4.1.9. Touchdown (gradiente) e Hot Start 4.1.10. PCR Degenerado 4.1.11. PCR In situ 4.1.12. PCR Inverso 4.1.13. RACE 4.1.14. Nested PCR 4.1.15. RT-PCR / RT-PCR 4.1.16. Methylation Spectific PCR (MS-PCR)

  • PCR em tempo real

4.2.1. Conceitos 4.2.2. Syber-green 4.2.3. Sondas 4.2.4. Curvas de calibração e quantificação

  • Aplicações pela ligase

4.3.1. LCR 4.3.2. MLPA

  • Métodos especiais

4.4.1. DNA ramificado (bDNA) 4.4.2. Ribotipagem

Métodos separativos: cromatografia e electroforese

A.Análise de Proteínas

  • Electroforese

5.1.1.1. Tipos de matrizes 5.1.1.2. Electroforese nativa (PAGE) 5.1.1.3. Electroforese desnaturante (SDS-PAGE) 5.1.1.4. Focagem isoeléctrica (IEF) 5.1.1.5. Géis 2D

  • Cromatografias

5.1.2.1. De camada fina (TLC) 5.1.2.2. Permuta iónica 5.1.2.3. Afinidade / Imunoafinidade 5.1.2.4. HPLC 5.1.2.5. GC B.Ácidos nucleicos

  • Electroforese

5.2.1.1. Agarose 5.2.1.2. PFGE: Pulsed field gel electrophoresis 5.2.1.3. Electroforese capilar (EC) 5.2.2. HPLC desnaturante (DHPLC) 5.2.2.1. EC vs DHPLC

Fundamentos de fluorescência

  • Espectro electromagnético da luz visível

6.1.1. Amplitude de onda 6.1.2. Comprimento de onda 6.1.3. Frequência

  • Fluoróforos

6.2.1. Estado fundamental 6.2.2. Estado excitado

  • Diagrama de Jablonski

6.4. Lei de Kasha 6.5. Lei de Planck 6.6. Desvio de Stokes (Stokes shift) 6.7. FRET - Förster resonance energy transfer 6.7.1. Cromóforos e fluoróforos 6.7.2. Quenching 6.7.3. Detecção in vivo da interacção de proteínas 6.7.4. Sondas moleculares

  • Microscopia

6.8.1. Fluoróforos usados em microscopia 6.8.2. Photobleaching (decaimento) 6.8.3. Métodos para minimizar o decaimento 6.8.4. Filtros 6.8.5. Espelhos dicróicos 6.8.6. Microscopia de fluorescência 6.8.7. Microscopia confocal

Métodos de fluorescência em citogenética

  • Citogenética clássica vs citogenética convencional

7.1.1. Hibridação in situ 7.1.2. Sondas e DNA alvo 7.1.2.1. Desnaturação 7.1.2.2. Renaturação / hibridação

  • Preparação da amostra

7.2.1. Tipos de material biológico 7.2.2. Fixação 7.2.3. Pré-tratamento das lâminas

  • Tipos de sonda

7.3.1. Sequência repetitiva 7.3.2. Single copy sequences 7.3.3. Chromosome paiting

  • Marcação das sondas

7.4.1. Nick translation 7.4.2. Random primed labelling 7.4.3. PCR

  • Imunodectecção

7.5.1. Marcação directa vs marcação indirecta 7.5.2. Amplificação de sinal 7.5.3. Método ABC 7.5.4. Método Streptavidina-biotina

  • Técnicas especiais de FISH

7.6.1. SKY-FISH 7.6.2. Zoo-FISH 7.6.3. Fiber-FISH 7.6.4. PRINS 7.6.5. CGH 7.6.6. PNA-FISH 7.6.7. DNA microarrays / CGH microarrays 7.6.8. Flow-cytometry FISH

Métodos de fluorescência em citologia analítica

  • Imunoquímica

8.1.1. ELISA 8.1.2. Western-blotting

  • Citometria de flurorescência

8.2.1. Tipos de citometros 8.2.2. Dinâmica de fluídos 8.2.3. Sondas fluorescentes 8.2.4. Análise multiparamétrica 8.2.5. Case studies


Retrieved from "https://openwetware.org/mediawiki/index.php?title=MOLDIAG:Syllabus&oldid=622369"