Phys 10. 박효진(Hyo jin Park)
논문공부
7.1(Wednesday)
Maximizing DNA Loading on a Range of Gold Nanoparticle Sizes
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ac0613582
- 논문 주요내용
- Spacer란 반복유전자에서 유전자끼리 직접 인접하지않고 비발현부분을 사이에 두고 연결되어 있는데 이 비발현부분을 Spacer이라고 한다.
- Alkanethiol Oligonucleotide-Modified된 금나노 입자를 제조
- 금 나노 입자에 Alkanethiol Oligonucleotides Loaded 의 정량화
- 금에다가 DNA를 붙이는 방법에 대해 공부함
- Gold nanoparticle을 염석과정을 실온에서 밤새 배양하여 수행한다.
- 과량의 올리고 뉴클레오티드를 제거하기위해, Gold nanoparticles은 원심분리하고, 상등액을 하단에 Gold nanoparticle의 펠릿에 두고 제거 하였다. 입자는 0.01% SDS 에 재부유 하였다. 이 세척과정은 총 다섯 상등액제거 를 반복 하였다.
- DTT과정에 대해서는 조금 더 팀원들과 의논해서 알아봐야 할 것 같다.
6.29(Monday)
Recent progress on DNA based walkers
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0958166914002055
- 논문 주요내용
- DNA based synthetic molecular walkers are reminiscent of biological protein motors. They are powered by Hybridization with fuel strands, environment induced conformational transitions, and covalent chemistry of oligonucleotides.
- The functionalities of state-of-the-art DNA walker systems can thus be analyzed for various applications.
- This is the paper to review recent progress on DNA walker principles and characterization methods, and evaluate various aspects of their functions for future applications.
- 배운 내용
- DNA walker에서 toehold 의 유무에 따라 strand가 가지는 운동이 더 크고 작아짐을 알 수 있었다.
- DNA walker에서 에너지가 안정한 상태로 가기위한 움직임은 Spontaneous reaction에 의해 일어나고 에너지가 더 불안정한곳으로 가기위한 움직임은 연료가닥을 넣어줌으로써 움직인다는 것을 알 수 있었다.
사진출처 : http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0958166914002055
1.16(T.G.I Friday)
DNA Origami Design of Dolphin-Shaped Structures with Flexible Tails
http://dx.doi.org/10.1021/nn800215j
- 논문의 주요내용
- It was demonstrated that different designs of the dolphin tail region provided various levels of flexibility in a predictable fashion.
- They show that the addition of specific attachment sites promotes dimerization between two independently self-assembled dolphin structures, and that these interactions stabilize the flexible tail.
- this dolphin shape has specific features that made it interesting for a thorough investigation of the flexibility of the narrow tail region.
- 배운내용
- DNA Origami를 이용하여 유연성이 있는 꼬리부분을 가진 돌고래모양의 구조체를 만들 수 있다.
- 이 돌고래모양은 유연한 좁은 꼬리부분을 가졌다는것이 특별한 특징으로 철저한 연구동안 돌고래모양에 흥미로운점을 주었던 것이다.
- 이 유연성은 작은 유연성의 구조체로 구성되는것의 확장으로 나노크기로봇의 팔이나 나노크기의 캔틸래버와 같은 미래에 DNA Origami 디자인으로 개발될 수 있다.
- Figure 5의 그림에서 1번 고래의 등과 2번고래의 아랫부분은 T-extensions로 그리고 1번고래의 아랫부분과 2번고래의부분의 등부분은 sticky ends로 되어있는데 sticky ends부분에 의해 30분간 37도씨에서 두마리는 이량화될수있다.
<http://pubs.acs.org/appl/literatum/publisher/achs/journals/content/ancac3/2008/ancac3.2008.2.issue-6/nn800215j/production/images/medium/nn-2008-00215j_0006.gif>
사진 출처 : http://dx.doi.org/10.1021/nn800215j
- 첫번째그림 tail as up(u)
- 두번째 그림 tail as normal(n)
- 세번째 그림 tail as down(d)
- 더 알고 싶은 내용
- Crossover in tail seam에 관한 내용
- 논문의 그림만 따로 파워포인트를 이용해 BOX에 올려놓았습니다.
1.3(Sat)
Complex shapes self-assmbled from single-stranded DNA tiles
http://www.nature.com/nature/journal/v485/n7400/full/nature11075.html#close
- 논문의주요내용
- Main design feature is a self-assembled rectangle that serves as a molecular canvas, with each of its constituent SST strands─folded into a 3 nm-by-7 nm tile and attached to four neighbouring tiles─acting as a pixel.
- A desired shape, drawn on the canvas, is then produced by one-pot annealing of all those strands that correspond to pixels covered by the target shape; the remaining strands are excluded.
<http://www.nature.com/nature/journal/v485/n7400/carousel/nature11075-f1.2.jpg>
사진출처 : http://www.nature.com/nature/journal/v485/n7400/full/nature11075.html#close
- 배운내용
- 10.5개의 베이스로 이루어진 하나의 도메인이 총 4개가 연결되어 42개의 베이스를 이루고있다.
- 외가닥 DNA를 이용하여 "Brick-wall"을 만들어 낼 수 있다.
- 2차원 외가닥 구조에서 맨 아래와 맨위의 가닥을 이어줌으로써 tube 즉 3차원 구조를 만들어 낼 수 있다.
- 캔버스를 이용하여 자가조립을 시키고 원하지 않는 부분은 남겨둠으로써 사라지게 만들어서 원하는 2차원 구조를 만들어 낼 수 있다.
- 이렇게 만들어진 2차원 구조들은 한곳에 섞어놓아도 서로 섞이지 않는다.
- 더 알고싶은 내용
- 측정기법의 종류와 설명
활동사항
7.28(Tuesday) ~ 8.1 (Saturday)
부산과학기술협의회봉사실시
- 활동 및 주의사항
-주로 초등학생들 수업보조를 맡음.
-첫날 08:30 출근 나머지는 09:00분까지 출근
-출근과 동시에 4층으로 가서 담당직원분을 만나서 그날 해야할 오전 오후 일을 배정받음(수업보조or행정업무)
-배정받은후 2,3,4층 복도창문 교실 창문을 개방하여 환기 실시
-마치고나면 9:40분 수업보조or행정업무 하기전까지 잡일을 시키심 (이때 창문열고 어디 짱박혀있다가 9:40분되면 자신이 맡은 수업 보조들어가는게 잡일 안하는 요령)
사람들이 눈에 보이면 시키고 눈에 보이지 않으면 우리 담당하시는분도 바빠서 신경안쓰심
-09:40분에 수업보조를 들어가면 담당 수업 강사분에게 어떤수업인지 대충 설명듣고 부탁하시는 일 맡아서 하면됨
-수업은 어려운편이 아니어서 보면 따라갈수있고 애들 가르쳐주고 할수있을 정도.
-11:50 쯤에 오전수업이 끝나고 애들 나가고난뒤 교실 뒷정리 조금 하고 점심먹으러감
-점심먹는곳에 계시는 식당 아주머님 조심..
들어가서 해야할일
1. 인사하기 (인사성없다고 막 뭐라하심)
2. 음식 남기지않기 그리고 밥다먹은뒤 식판 아주머님께 가져다 드리기(싱크대있는곳으로)
3. "잘먹었습니다." 필수 수고하세요도 하면좋음 인사를 잘해야함...안하면 혼남
-점심을 먹고 12:40분까지는 개인시간을 가지고 12:40분에 배정받은 일을 한다.(수업보조, 사무업무)
-12:40 부터 오전일과와 마찬가지로 자신이 해야할 일을 시작함
-15:00분에 수업이 끝나고 수업보조의 경우 대충 뒷정리를 한후 4층으로가서 담당직원에게 수업이 끝마쳤다고 보고
-그이후 이제 퇴근해도된다고 할때까지 잡일 또는 행정업무를 같이하게된다.
- 느낀점
-일단 날씨때문에 너무 더웠고 교실안은 에어컨으로 좀 시원하지만 복도나 밖은 엄청 덥고 폐교에 지은곳이다 보니 엘리베이터가 없어서 4층까지 왔다갔다 엄청 힘듬. 수업보조의 경우 몇몇 산만한 아이들때문에 정신없고 또 한명한명 못따라가는애들 다챙겨주면 엄청 힘듬 의외로 혼자서도 잘하는 친구가있으면 그친구들에게 못따라가는 친구들을 좀 도아주라고 하는것도 요령! 행정업무는 해보지않아서 잘모르겠지만 잡일같은경우 어차피 17:00 까지 활동하기로 되있으므로 그때 집에간다고 생각하고 천천히 다안끝내면 다음날 하거나 그냥 짬되는일이 많으므로 급하게 하지 않고 마음을 비우고 천천히 하면됨.
7.4(Saturday)
아이디어회의
- 모임시간 -10:00, 장소 오호관4층센터
- 회전하는 구조체
-금속으로 뜨기가 힘들꺼같다는 생각이듬
-DNA Structure와 어떻게 조합을 시킬지가 문제
7.3(Friday)
아이디어회의
- 물리학과에 문의해 5221 전산실을 모임하는 장소로 쓰기로함
- 아이디어 구체화
7.2(Thursday)
BIOMOD 2nd MTG
- 세밀하게 조사해야 할 것
- 나노사이즈도 유체역학적인 거동이 농도에 따라 달라지는지
- 실험에 필요한 재료/기기들 알아볼 것
7.1(Wednesday)
아이디어회의
- 모임시간 - 13:00, 장소 - 오호관 4층 센터
- 어떠한 모터에서 방향성을 가질 수 있는 구조체에 대해 공부하고 아이디어를 냈음
- 적극적인 회의참석을 위해서 내일부터 노트북을 챙겨다녀야겠다고 생각이 들었음
6.30(Tuesday)
아이디어회의
- 예비군으로 인한 모임 불참석
6,29(MON)
Contacting with sponsor
- 방학 수행 업무 관련 문의전화 시간지정 요망
-->연락을 해준다고함.
아이디어회의
- 본격적인 아이디어 도출, 아이디어 방향 설정 및 구체화
Searching flight information
- 일본항공, 1회경유(도쿄나리타)(2시간30분 연결, 2시간 55분 연결), 가격 Expedia기준 1,440,272.25원
