Phys 14. 박수현(Suhyun Park)
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- 특수문자들
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논문공부
02/24(TUE)
Self-assembly of three-dimensional prestressed tensegrity structures from DNA_Tim Liedl, Bjorn Hogberg, Jessica Tytell, Donald E. Ingber and William M. Shih
02/17(TUE)
The Label-Free Unambiguous Detection and Symbolic Display of Single Nucleotide Polymorphisms on DNA Origami_Hari K. K. Subramanian, Banani Chakraborty, Ruojie Sha, and Nadrian C. Seeman_Department of Chemistry, New York University, New York, New York 10003, United States
- Schematic representation of the branch-migration-based mismatch detection probe technique.
- 맨위의 그림에서 붉은색 가닥 3'의 끝에 녹색형광염료를 붙이고,검은색가닥 5'끝에는 보라색의 Black Hole Quencher-1을 붙인다.
- 검은색가닥 3'끝에는 8개의 뉴클레오티드로 구성된"toehold"라는 overhang이 존재한다.
- 첫번째 단계 : 흑색가닥과 완전히 '상보적인'가닥을 overhang 부분에 추가한다.
- 완전히 상보적일 경우(오른쪽) 적색가닥을 제거하고 흑색가닥을 따라 끝까지 진행된다-이경우 형광에서 BHQ-1이 완전히 분리되면서 형광신호가 잡히지 않는다.
- 한부분이 일치하지 않는경우(왼쪽) 침묵상태로 더이상 진행되지 않는다.
- 녹색 형광은 반응이 얼마나 잘 일어났는지 확인하기 위해 첨가되었다.
- A schematic drawing of the DNA origami tile used here
- M13 viral를 suquence로사용하고(검은색으로 표시),staple가닥은 얇은 파란색으로 표시
- 생성된 문자에 관련된 staple가닥은 두꺼운 선으로 표시, A:빨간색 _ T:녹색 _ G:밝은파랑 _ C:밝은자주
- C는 표면으로 부터 돌출된 이동식 가닥의 시리즈로 구성된다.
02/12(THU)
02/10(TUE)
DNA-Based Micelles:Synthesis Micellar Properties and Size-Dependent Cell Permeability_Haipeng Liu, Zhi Zhu, Huaizhi Kang,Yanrong Wu,Kwame Sefan,and Weihong Tan
- self-assembly을 기반으로, 크기, 구조 및 기능을 제어하여 micelle을 만들었다.
- 실험 테스트에서 미셀 이러한 유형의 우수한 열 안정성을 가지며 크기가 DNA 서열의 길이를 변경함으로써 미세 조정될 수 있음을 보여 주었다.
- Micelle의 생물의학적 응용 – micelle의 구조는 작은 크기, 양호한 생체적합성, 생체 내외로의 높은 안정성과 결합 세포 투과성으로 세포 내로 난용성 의약품을 옮길 수 있는 능력이 있다.
02/05 (THU)
AFM - mica, fluid(liquid) cell_Team1-이정아,박효진,박수현
- 평면 위 단순 2차원 구조로 확인하기 좋다
- 실험시료와 탐침의 원자 사이에 작용하는 반데르발스 힘을 검출하여 이미지를 얻는다.
- 연질의 시료인 경우에는 손상으로 정확한 시료관찰이 불가능하다.
- 하나의 시료를 측정하고 이미징하는데 많은 시간이 소요된다.
- 대기나 액체 속, 또는 고온부터 저온까지 여러가지 환경에서 생체 실험자료를 자연에 가까운 상태로 측정할 수 있다.
- contact mode : 평평하게 놓인 시료위를 캔틸레버가 쭉 지나가면서 측정할 시료의 높이 측정가능, 측정도중에 시료의 변형이 일어날수도 있다.
- tapping mode : 평평하게 놓인 시료 위를 톡톡 두드리듯 지나가면서 물체의 경도를 측정하는방법이다.
- 관찰가능 영역의 크기는 수 nm~수십 um정도.
01/29 (THU)
DNA-Templating Mass Production of Gold Trimer Rings for Optical Metamaterials_Ryoko Watanabe-Tamaki,Atsushi Ishikawa,Takuo Tanaka,Tamotsu Zako,andMizuo Maeda
File:150129-ParkSH-DNA-Templating Mass Production of Gold Trimer Rings for.ppt
01/27 (TUE)
cadnano
- 21bp-빨간색, 28bp-노란색, 35bp-초록색 ,42bp-하늘색, 49bp-검은색
01/22(THU)
cadnano
- ship2는 ship1(5-3)의 보완형
01/20 (TUE)
A DNA-fuelledmolecularmachine made of DNA-Bernard Yurke,Andrew J. Turberfield,Allen P.Mills Jr,Friedrich C.Simmel& Jennifer L.Neumann
- DNA의 '연료'로써의 쓰임에 대해 연구-핀셋 형태의 기계를 만들고, 이 기계의 cycle을 통해 Duplex(Doble Helix) DNA의 폐기물을 생산한다.
- 20°C ,1μM의 소금물에서 시스템을 만들기 위한 SPSC buffer 세가닥의 Sequence.
B의 domain 1,C의 domain 2는 경첩을 형성하는 중심을 포함하는 A의 염기에 따른다.
붉은색 글씨부분은 'F'라고 하는 overhang을 나타냄
01/06 (TUE)
Light-drivenmonodirectional molecular rotor-Nagatoshi Koumura, Robert W. J. Zijlstra, Richard A. van Delden,Nobuyuki Harada& Ben L. Feringa
- 자외선혹은 온도변화에 따라 활성화되는 4개의 불연속적인 이성질화 단계를 포함하는 360도 회전하는 불연속적인 나선형 비대칭 알켄의 carbon-carbon double bond 에서 단방향 회전을 발견
- 빛에의해 cis형에서 trans형으로 구조변화(trans형이 더 안정적인 상태)
- 여기에 제시된 분자로터 디자인은 두가지 기본원칙을 기반으로 제작
- 자연에서 빛에의한 c-c이중결합 주위의 cis-trans 이성질화는 극도로 빠르고 가역적인 방응이고, 이것을 정보검색을 형성하는 단계에서 기초로 형성함.
- 하나의 화학적 혹은 물리적 사건의 두 chiral 요소의 공동작업은 the process of chiral discrimination
(-유기체가 살아가는데 필요한 기능중 하나)은 독특한 handedness를 이끌 수 있다.
- 그림1
- '그림1'은 c-c이중결합을 중앙에 가진 2개의 동일한 반쪽을 나타냄
- 구조 각각의 반쪽에서 P는 오른쪽 방향 회전을 의미, 나중에 사용된 M은 왼쪽방향 회전을 의미
- 분자 입체간섭에서는 나선형 모양의 구조를 사용
- methylsubstituent가 부착되어 입체중심으로 놓여있는 두 반쪽에서, (R)은 각각 Meax, Meeq로 나타낸다.
- methyl group을 사용하는이유는 입체모양에서 수평,수직방향으로 연결이 가능하여 안정하기 때문
