Posbioinfousp:orientadores

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Orientadores Alair Pereira do Lago; IME-USP; alair@ime.usp.br Linhas de pesquisa: Aprendizagem computacional; Biologia computacional; Estrutura de dados avançados; Sistemas operacionais. Alan Mitchel Durham; IME-USP; alan@ime.usp.br Linhas de pesquisa: Desenvolvimento de Compiladores, Bioinformática, Implementação de Linguagens de Programação, Engenharia de Software, Computação Móvel. Alessandra Alaniz Macedo; FFCLRP-USP; ale.alaniz@usp.br Linhas de pesquisa: Recuperação de Informação, Hipermedia, Computação ubíqua. Vagas: A medicina translacional pretende superar obstáculos multi e interdisciplinares para aplicar as descobertas científicas de diferentes disciplinas em cuidados mais efetivos e personalizados da atenção à saúde humana. Doenças crônicas como hipertensão, diabetes e obesidade têm sido consideradas um sério problema de saúde em todo o mundo, liderando as causas de mortalidade entre homens e mulheres, com aproximadamente 60% de todas as mortes. Pesquisas recentes em medicina genômica e em biomedicina sugerem que fatores de risco incidentes desde a concepção de uma criança até o final de sua adolescência podem influenciar no desenvolvimento de doenças crônicas da idade adulta. Artigos científicos indicam que a epigenética deve ser explorada para prevenir essas doenças. A grande quantidade de artigos disponibilizados diariamente dificulta a atualização de profissionais, uma vez que buscas por informação exata se tornam complexas e dispendiosas de tempo. Portanto, torna-se fundamental compreender os desafios computacionais técnicos e científicos para agregar esforços na descoberta automática de conhecimento. O presente projeto propõe investigações científicas teórico-práticas para a definição de relacionamentos e a busca entre informações médicas, moleculares e de saúde para auxiliar a prevenção de doenças crônicas. Planeja-se explorar e estender estruturas conceituais como ontologias e thesauri, a partir do processamento de linguagem natural e da mineração de dados. Pretende-se aplicar os resultados no: (i) relacionamento de informações clínicas de pacientes com conhecimentos sobre fatores epigenéticos no desenvolvimento de doenças complexas a partir do processamento de artigos científicos e de relações entre doenças e genes, definidas por ontologias da área; (ii) relacionamento de consultas de usuários com documentos confiáveis em saúde; e (iii) relacionamento de informações biomédicas no auxílio à compreensão de relações gênicas como, doenças poligênicas, e seus efeitos na tentativa de direcionar a curas específicas desse tipo de doença. Assim, objetiva-se contribuir com (a) estudos sobre o desenvolvimento humano e sua relação com as doenças crônicas do adulto, principalmente no que se refere à aplicação desses conhecimentos na prevenção de doenças complexas e na saúde pública; (b) estratégias de prevenção de doenças crônico-degenerativas para a saúde pública de modo geral; e (c) na orientação de usuários a informações confiáveis sobre doenças crônicas, quando estão utilizando máquinas de busca comerciais. Com aplicação da proposta, pretende-se auxiliar no planejamento, execução e avaliação da prevenção e controle de doenças crônicas. A prevenção e controle dessas doenças e seus fatores de risco são fundamentais para evitar um crescimento epidêmico desse tipo de enfermidade e suas conseqüências para a qualidade de vida. Aline Maria da Silva; IQ-USP; almsilva@iq.usp.br Linhas de pesquisa: Regulação e Função de serina/treonina proteínas, fosfatases em microorganismos, Mecanismos de patogenicidade de Xylella fastidiosa. Anatoly Yambartsev; IME-USP; Vagas: A área de pesquisa é modelagem de redes em Systems Biology. O candidato vai participar in projeto que esta em andamento (em colaboração com Prof. Morgun de Oregon State University, EU) sobre estudos de propriedades estatísticas de redes de processos biológicos relacionados com doenças humanas. Especificamente nos estamos lidando com as redes de co-expressão gênica construídas em base de dados de microarrays e/ou next-gen sequencing. Temos a disposição de orientar 0-3 alunos: em programa de mestrado (2 alunos) e doutorado (1 aluno). André Fujita; IME-USP; fujita@ime.usp.br Linhas de pesquisa: Bioinformática, Microarrays, Redes Regulatórias Angela Kaysel Cruz; FMRP-USP; akcruz@fmrp.usp.br Linhas de pesquisa: Projeto genoma de Leishmania; aspectos estruturais da organização do genoma; construção de mapas físicos, análises de bibliotecas de cDNA. Ariane Machado Lima; EACH-USP; ariane.machado@usp.br Linhas de pesquisa: Bioinformática; Identificação computacional de RNAs não codificantes; Linguagens formais; Vagas: Vagas para Mestrado ou Doutorado na área de Reconhecimento de Padrões e/ou Linguagens Formais aplicados a Análise de Sequências. Exemplos de aplicações são pesquisas envolvendo sítios de fatores de transcrição, sítios de microRNAs, RNAs não codificantes. Embora seja desejável, não é necessário que o aluno já possua conhecimento nessas áreas. Serão necessários conhecimentos de programação em alguma linguagem. Arthur Gruber; ICB-USP; argruber@usp.br Linhas de pesquisa: Biologia Molecular de Microorganismos, Biologia molecular de coccídias, Desenvolvimento de aplicativos de Bioinformática. Vagas:Temos disponibilidade para estudantes de Mestrado e Doutorado. Nosso laboratório desenvolve uma linha de pesquisa multidisciplinar relacionada com biologia molecular e genômica de protozoários do gênero Eimeria, assim como colaborações com colegas que trabalham com genômica de bactérias. Há mais de uma década temos colaboração com pesquisadores do IME-USP para o desenvolvimento de aplicativos de bioinformática, os quais são de domínio público e têm sido amplamente usados pela comunidade científica. Entre artigos/ferramentas desenvolvidos pelo nosso grupo, podemos listar: The Eimeria Transcript Database - base de dados dos transcriptomas de Eimeria spp. Descrito em: Novaes et al. (2012). International Journal for Parasitology 42(1):39-48 e http://www.coccidia.icb.usp.br/eimeriatdb/ GenSeed - programa para reconstrução de sequências dirigida por semente. Descrito em: Sobreira et al. (2008). Bioinformatics 24(15):1676-1680 e http://www.coccidia.icb.usp.br/genseed/ COCCIMORPH - sistema de diagnóstico morfológico de parasitas do gênero por processamento digital de imagem. Descrito em: Castañón et al. (2007). Pattern Recognition 40: 1899-1910 e http://www.coccidia.icb.usp.br/coccimorph/ TRAP - programa para análise quantitativa e qualitativa de sequências repetitivas seriadas. Descrito em: Sobreira et al. (2006). Bioinformatics 22(3):361-362 e http://www.coccidia.icb.usp.br/trap/ EGene - plataforma de construção de pipelines para processamento e anotação automática de sequências. Descrito em: Durham et al. (2005). Bioinformatics 21(12):2812-2813 e http://www.coccidia.icb.usp.br/egene/ Carlos Alberto de Bragança Pereira; IME-USP; cpereira@ime.usp.br Linhas de pesquisa: Inferência Bayesiana em Engenharia, Inferência Bayesiana. Carlos Alberto Labate; ESALQ-USP; calabate@carpa.ciagri.usp.br Linhas de pesquisa: Transformação genética de Eucalipto, Bioinformática aplicada à genômica e proteômica, Genômica Funcional e Proteômica com ênfase na regulação da expressão gênica, formação da madeira, resistência à ferrugem e resistência ao estresse hídrico em plantas de eucalipto. Carlos Frederico Martins Menck; ICB-USP; cfmmenck@usp.br Linhas de pesquisa: Estudos de Reparo de DNA e suas consequências Biológicas. Cléver Ricardo Guareis de Farias; FFCLRP-USP; farias@ffclrp.usp.br Linhas de pesquisa: Métodos de análise e projeto de software baseados em componentes, Desenvolvimento de sistemas groupware baseado em componentes, Projeto e desenvolvimento de sistemas distribuídos, Modelagem Conceitual, Desenvolvimento Baseado em Modelos de Sistemas Sensíveis ao Contexto. Eduardo Moraes Rego Reis; IQ-USP; emreis@iq.usp.br Linhas de pesquisa: Análise da expressão gênica em larga escala em câncer usando DNA microarrays. Evandro Eduardo Seron Ruiz; FFCL-RP-USP; evandro@usp.br Linhas de pesquisa: Recuperação e caracterização da informação em saúde; Vagas: Estou pesquisando metodologias de extração de informação biomédica em textos livres, ou seja, dado um texto escrito em inglês ou português, pesquiso mecanismos de conversão da informação ali colocada em estruturas e dados que possam ser computados, como por exemplo, extrair informações de relacionamentos entre fenótipos e genótipos, extrair informação sobre genes, quantidades, nomes, endereços, entre outros. Estas informações capturadas podem ser eventualmente pesquisadas em outras bases de dados e ampliar o conhecimento sobre o tema. Fabrício Martins Lopes; UTFPR-Cornélio Procópio; fabricio@utfpr.edu.br Linhas de pesquisa: Bioinformática, Reconhecimento de Padrões, Visão Computacional. Vagas: Interesse em pesquisa sobre reconhecimento de padrões (RP), em particular no desenvolvimento de técnicas de RP aplicado na inferência de redes gênicas. Atualmente desenvolve atividades vinculadas a Integração de dados na biologia sistêmica, que em poucas palavras trata de como a integração de dados (expressão, anotação, sequências genômicas, etc) podem contribuir para identificar os relacionamentos entre os genes. Além disso como cada informação contribui para a correta identificação desses relacionamentos. Outra aplicação de interesse diz respeito a como medir as possíveis ligações entre os genes a partir dos dados disponíveis. Nesse contexto, a entropia de Tsallis foi aplicada com sucesso (ver http://dx.doi.org/10.1186/1752-0509-5-61) na inferência de redes gênicas. O trabalho citado a pouco deixou algumas questões que são do interesse para serem investigadas. Caso tenha interesse em um desses temas para desenvolver sua dissertação de mestrado ou tese de doutorado, entre em contato. Fernando Luis Barroso da Silva; FCFRP-USP; fernando@fcfrp.usp.br Linhas de pesquisa: Modelagem Molecular, Bioinformática Estrutural, Interações fundamentais em Biofísica Molecular. Vagas: A Nanobiologia Computacional lida com simulações numéricas para a caracterização de propriedades físico-química dos sistemas biomoleculares incluindo os complexos envolvendo proteínas (proteína-proteína, proteína-nanopartícula, proteína-polieletrólitos, etc.). Depende essencialmente de processamento de alto desempenho e em larga escala. Trabalhamos em três frentes: 1. Desenvolvimento metodológico de novas ferramentas computacionais, métodos, programas de simulação para sistemas (bio)moleculares e serviços web para Bioinformática Estrutural; 2. Investigação de aspectos genéricos dos efeitos de força iônica e proton na estabilidade, estrutura e função biológica de macromoléculas em solução; 3. Aplicação desta tecnologia para sistemas com interesse prático em Biotecnologia, Ciências Farmacêuticas e dos alimentos.  [Maiores informações: http://glu.fcfrp.usp.br] Glaucia Mendes Souza; IQ-USP; glmsouza@iq.usp.br Linhas de pesquisa: Transdução de sinal da transição, crescimento/desenvolvimento, Transdução de Sinal da Cana-de-açúcar (SUCAST), Transcriptoma da Cana-de-açúcar. Vagas: Tenho interesse em orientar um aluno de Doutorado no Projeto de Sequenciamento do Genoma da Cana-de-açúcar e definição de Redes Regulatórias nesta planta. Maiores informações sobre a linha de pesquisa podem ser encontradas nos links abaixo: http://glauciasouza.com/index.php/sugarcane-research/sugarcane-genome-sequencing http://glauciasouza.com/index.php/sugarcane-research/transcription-factors-and-regulatory-networks http://glauciasouza.com/ O projeto está sendo desenvolvido em parceria com grupos dos Estados Unidos (Ohio-State University e Ohio State University) com possibilidades para estágio-sanduíche no exterior. Para maiores informações os alunos deverão entrar em contato via email. Helena Paula Brentani; FM-USP; helena.brentani@gmail.com Linhas de pesquisa: Expressão Gênica, Genômica, Microarray, Bioinformática, Câncer Helaine Carrer; ESALQ-USP; hecarrer@esalq.usp.br Linhas de pesquisa: Biotecnologia e Biologia Molecular de Organelas, Biologia Molecular da Interação Planta-microrganismo, Genômica e Bioinformática. Helder Takashi Imoto Nakaya; hnakaya@usp.br Linhas de pesquisa: O objetivo do laboratório consiste em resolver problemas biológicos através do desenvolvimento e utilização de ferramentas computacionais e análise de dados de técnicas de larga-escala. Nossa pesquisa é guiada tanto por hipóteses levantadas pelo modo científico tradicional, quanto por hipóteses levantadas pelos próprios dados (data-driven research). Ambos os casos envolvem a biologia de sistema, ou seja, a análise do comportamento e interação entre os componentes de um sistema biológico, visto como um todo e frente a diferentes perturbações. Os projetos científicos são multi-discplinares e contam com a participação de excelentes colaboradores externos que são vitais para a geração de hipóteses, dados, análises alternativas e/ou para validações experimentais de nossos achados. Mais detalhes e vagas em: www.csbiology.com e-mail para contato: mailto: hnakaya@usp.br Google scholar ( http://scholar.google.com/citations?user=eywDYbcAAAAJ ) Jefferson Antonio Galves; IME-USP; galves@ime.usp.br Linhas de pesquisa: Processos Estocásticos Especiais, Técnicas Probabilísticas de Identificação de Padrões. Joaquim Cézar Felipe; FFCLRP-USP; jfelipe@ffclrp.usp.br Linhas de pesquisa: Software aplicativo, Projeto e Implementação de Bases de Dados, Bancos de Dados Geográficos e Temporais, Indexação e Recuperação de Imagens Baseada em Conteúdo, Imagens Médicas, Recuperação de Imagens Baseada em Conteúdo, Informática Biomédica. João Carlos Setúbal; Linha de Pesquisa: Bioinformática. Vagas: O prof. João Carlos Setúbal do Instituto de Química trabalha com bioinformática e procura novos alunos de mestrado e doutorado. Há inúmeros projetos que podem render teses. Os possíveis temas se dividem em basicamente dois grandes grupos: desenvolvimento de novas ferramentas de bioinformática (indicado para alunos com formação em computação ou com boa experiência em programação) e análises computacionais de dados biológicos, geralmente de genômica ou transcritômica (indicado para alunos com formação em biociências). Mais informações em http://www.iq.usp.br/setubal. João Dias de Toledo de Arruda Neto; IF-USP; arruda@if.usp.br Linhas de pesquisa: Física médica; Ressonâncias bariônicas, hipernúcleos; Hipermídeos; Biofísica. João Eduardo Ferreira; IME-USP; jef@ime.usp.br Linhas de pesquisa: Banco de dados, Banco de dados para extração de conhecimento, Integração de Sistemas de Informação, Modelagem de banco de dados. José Augusto Baranauskas; FFCL-RP-USP; augusto@usp.br Linhas de pesquisa: Bioinformática e genômica funcional; Aprendizado de máquina; ATPases translocadora de íons; Mineração de dados. Julia Maria Pavan Soler; IME-USP; pavan@ime.usp.br Linhas de pesquisa: Aplicação e desencolvimento de métodos estatísticos na análise de dados genéticos e genômicos; Mapeamento genético de doenças complexas. Junior Barrera; FFCLRP-USP; jb@ime.usp.br Linhas de pesquisa: Aplicações da Morfologia Matemática em Análise de Imagens, Desenvolvimento de sistemas computacionais para análise de imagens, Pesquisa teórica em Morfologia Matemática, Identificação de redes de regulação gênica, Aplicação de projeto de operadores morfológicos a problemas reais de análise de imagens, Modelagem de sistemas multiagentes, Pesquisa teórica sobre o projeto de operadores morfológicos por aprendizado computacional. Koichi Sameshima; FM-USP; ksameshi@usp.br Linhas de pesquisa: Estudo dos mecanismos de processamento temporal de informação nos sistemas sensoriais: abordagens eletrofisiológica, psicofísica e computacional, Abordagens psicofísicas e neuropsicológicas aplicadas no estudo dos sistemas sensoriais e na avalliação de cognitiva em humanos, Neuroimagem funcional. Luciano da Fontoura Costa; IFSC-USP; luciano@if.sc.usp.br Linhas de pesquisa: Processamento e Análise de Imagens, Modelagem e Simulação de Sistemas Neuronais, Bioinformática, Biologia Computacional. Luiz Antonio Baccalá; POLI-USP; baccala@lcs.poli.usp.br Linhas de pesquisa: Equalização Cega de Canais, Causalidade entre Séries Temporais Muiltivariadas, Conectividade Neural. Odemir Martinez Bruno; IFSC-USP; bruno@pq.cnpq.br Linhas de pesquisa: Visão Computacional, Computação Paralela, Análise e processamento de imagens, Visão Artificial, Reconhecimento de padrões. Vagas: The SCG is an interdisciplinary scientific research group which main goal is integrating Computer Science, Mathematics and Physics into the study of theoretical and applied scientific challengers. The SCG's main interests are: Computer Vision, Image Analysis, Pattern Recognition, Artificial Intelligence and Non-linear Science. The principal mathematical tools researched are Chaos and Fractals, Multiscale Analysis, Automata and Complex Networks (Graph theory with statistical analysis). The SCG's applications include: biodiversity, plant biology, bioimageinformatics, nanoscale image analysis (Material Sciences) and cryptography. Our motivation is thinking Science as a symbiose among different study fields where, each area is inter-connected and the multidisciplinarity promotes advances for the whole Science. for more information, please access: http://scg.ifsc.usp.br Otavio Henrique Thiemann; IFSC-USP; thiemann@if.sc.usp.br Linhas de pesquisa: Cristalografia de Macromoléculas, Biologia Molecular Estrutural, Parasitologia Molecular. Paolo Marinho de Andrade Zanotto; ICB-USP; pzanotto@usp.br Linhas de pesquisa: Biologia Molecular de Baculovirus, Cultura de Tecidos de Insetos, Sequenciamento de DNA viral em grande escala, Virologia Molecular, Estudos de expressão gênica viral por realtime PCR e RLM-RACE, clonagem de DNA, Cultivo celular para replicação viral, Detecção viral por PCR. Paulo Sérgio Lopes de Oliveira; LNBIO; paulo.oliveira@lnbio.org.br Linhas de pesquisa: Desenvolvimento de ferramentas computacionais para análise de genomas, Modelagem de bases de dados de transcriptomas, Abordagem computacional de problemas genéticos associados ao sistema cardiovascular, Análise de expressão gênica, Análise de regulação gênica usando modelagem molecular por homologia e dinâmica molecular, Splicing alternativo e função protéica: Uma bordagem através de estruturas de proteínas, Análise funcional de mutações através de abordagem computacional de estruturas protéicas, Seleção de marcadores genéticos de interesse comercial em bovinos. Renato Tinós; FFCLRP-USP; rtinos@ffclrp.usp.br Linhas de pesquisa: Tolerância a Falhas, Robótica, Inteligência Artificial, Algoritmos Genéticos, Redes Neurais Artificiais, Informática Biomédica, Robótica. Ricardo Z.N. Vêncio; FFCLRP-USP; rvencio@usp.br rvencio@gmail.com Research: In our perspective, bioinformatics is characterized by the intense usage of computational and mathematical techniques for the generation and management of bioinformation. Here at LabPIB we develop research in specific sub(sub-sub)-fields of bioinformatics related to molecular biology and systems biology (http://en.wikipedia.org/wiki/Systems_biology) of microorganisms. Please visit our website for more details: http://labpib.openwetware.org/ Roberto Marcondes Cesar Junior; IME-USP; cesar@ime.usp.br Linhas de pesquisa: Reconhecimento de padrões, Modelagem por redes, Visão Computacional, Análise de imagens, Bioinformática. Ronaldo Fumio Hashimoto; IME-USP; ronaldo@ime.usp.br Linhas de pesquisa: Processamento de Imagens, Reconhecimento de Padrões, Morfologia Matemática, Bioinformática, Redes Booleanas Probabilísticas, Redes Booleanas. Sergio Russo Matioli; IB-USP; srmatiol@ib.usp.br Linhas de pesquisa: Genética evolutiva, Genética quantitativa. Sergio Verjovski-Almeida; IQ-USP; verjo@iq.usp.br Linhas de pesquisa: Expressão gênica diferencial em câncer, Expressão gênica em larga escala em Schistosoma mansoni - efeito de hormônios. Vagas: Nosso projeto de pesquisa ″Caracterização funcional de RNAs intrônicos não-codificadores expressos no genoma humano″ busca investigar a implicação funcional de RNAs não-codificadores (ncRNAs) no câncer e na regulação gênica da célula normal, além de sua possível utilização como marcador de malignidade em diversos tipos de câncer. Os estudos realizados atualmente envolvem, entre outras técnicas, a super-expressão e o silenciamento de RNAs não-codificadores em células de mamíferos, consolidando o uso da plataforma de estudos de biologia celular envolvendo ncRNAs implantada em nosso grupo. O projeto está dividido em duas partes principais: (A) Caracterização funcional de RNAs não-codificadores (ncRNAs) expressos em tumores humanos e/ou relacionados aos mecanismos de proliferação celular ou morte celular. (B) Identificação de novos RNAs não-codificadores (ncRNAs) e validação de perfis de expressão gênica para estabelecimento de possíveis marcadores tumorais. Usamos RNAseq, ChIP-Seq, ChiRP-Seq e também microarrays para analisar a expressão gênica em larga escala, e o efeito da expressão de certos ncRNAs sobre a expressão gênica. Busca-se elucidar alguns dos mecanismos de ação de ncRNAs, contribuindo assim para ampliar a lista dos possíveis alvos para intervenção terapêutica. Tie Koide; FMRP-USP; tkoide@fmrp.usp.br Linhas de pesquisa: Biologia Sistêmica de microorganismos. Vagas: Vagas para doutorado O LaBiSisMi tem como missão contribuir para a compreensão de microorganismos, entendidos como um sistema dinâmico integrado, buscando modelos quantitativos multi-escala para entender seu comportamento, guiados pela Biologia Molecular Experimental. O LaBiSisMi procura adotar uma abordagem multidisciplinar ao estudo dos microorganismos, fazendo uso da mais moderna Biologia Sistêmica possível. Nossa visão é de que somente a sinergia entre Tecnologia, Matemática/Computação e Biologia poderá responder as perguntas que motivam nossa Ciência. Buscamos alunos interessados em bioinformática, microbiologia e biologia molecular, que tenham disposição em trabalhar tanto no computador quanto na bancada, para desvendar as redes de regulação gênica de um microorganismo extremófilo. Atualmente, temos um projeto Jovem Pesquisador FAPESP em vigência, focado no estudo de RNAs não-codificantes. O laboratório tem a disposição acesso a facilities da USP em genômica e proteômica, e apoio de grupos focados em desenvolvimento de metodologias matemáticas em bioinformática (http://labpib.fmrp.usp.br/). Para mais informações sobre o laboratório: http://labisismi.fmrp.usp.br/index.php/br/ tkoide@fmrp.usp.br Zilá Luz Paulino Simões; FFCLRP-USP; zlpsimoe@usp.br Linhas de pesquisa: Genética do desenvolvimento, Genômica funcional de Apis Mellifera.