User:Ana Claudia De O. Manata/Notebook/Aulas TP Bio Molecular/2010/03/02
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Exercício TP1Considere a seguinte representação de uma molécula biológica. TTGACACTACCGAGGTGTACTATTTTTACCCGAGTCGCTAATTTTTGCCGCAAGGTGCTAAGCCGCGAGG AAAGCGAGGCTGAACAGGCAGTCGCCCGTCCACAGGTGACGGTGATCCCGCGTGAGCAGCATGCTATTTC CCGCAAAGATATCAGTGAAAATGCCCTGAAGGTAATGTACAGGCTCAATAAAGCGGGATACGAAGCCTGG
Moléculas de DNA e RNA, que constituem longas cadeias de nucleótidos. No caso da molécula de DNA, esta é formada por duas cadeias anti-paralelas e complementares tendo uma delas o sentido 5’→3’ e a complementar o sentido inverso (3’→5’). O nucleótido é formado por um grupo fosfato, uma desoxirribose e uma base azotada. As bases azotadas de adenina (A) e timina (T) e as bases guanina (G) e citosina (C) ligam respectivamente sempre entre si, sendo que as primeiras por 2 ligações de hidrogénio e as segundas por 3. A molécula de RNA diferencia-se por constituir uma cadeia simples, ter uma ribose em vez da desoxirribose presente no DNA e ainda por te em vez das bases de timina (T) as bases de uracilo (U).
Para melhor representar a estrutura real poderiam estar indicadas as extremidades 5' e 3' (apesar de ser uma convenção) e o facto de o DNA ser constituído por duas cadeias anti-paralelas. Eventualmente poderiam ser esquematizadas as pontes de hidrogénio entre as bases.
Poderá conter um gene no caso de se verificar uma quadro de leitura, isto é, se ao longo da sequência existirem respectivamente os codões de iniciação (AUG - Metionina) e stop. Além disto terá de codificar um número de aminoácidos que possa constituir uma proteína. Pressupondo que a sequência em questão não está completa, se se verificar um quadro de leitura aberto, ou seja, sem codões de iniciação e stop, pode-se presumir que se trata de uma porção de um gene que pode codificar uma proteína.
UUGACACUACCGAGGUGUACUAUUUUUACCCGAGUCGCUAAUUUUUGCCGCAAGGUGCUAAGCCGCGAGG AAAGCGAGGCUGAACAGGCAGUCGCCCGUCCACAGGUGACGGUGAUCCCGCGUGAGCAGCAUGCUAUUUC CCGCAAAGAUAUCAGUGAAAAUGCCCUGAAGGUAAUGUACAGGCUCAAUAAAGCGGGAUACGAAGCCUGG É necessário ter em conta que a transcrição pode ser segundo a leitura da sequência apresentada mas também poderia ser a partir da cadeia complementar anti-paralela.
Como? É possível fazendo a leitura da sequência de bases, ou seja, atribuir a um codão o respectivo aminoácido utilizando o código genético existente. A sequência de aminoácidos obtida poderá corresponder a uma proteína.
Consulte aqui o código genético Utilizando o programa para fazer a tradução obtivemos os seguintes resultados: 5'3' Frame 1 L T L P R C T I F T R V A N F C R K V L S R E E S E A E Q A V A R P Q V T V I P R E Q H A I S R K D I S E N A L K V Met Y R L N K A G Y E A W 5'3' Frame 2 Stop H Y R G V L F L P E S L I F A A R C Stop A A R K A R L N R Q S P V H R Stop R Stop S R V S S Met L F P A K I S V K Met P Stop R Stop C T G S I K R D T K P 5'3' Frame 3 D T T E V Y Y F Y P S R Stop F L P Q G A K P R G K R G Stop T G S R P S T G D G D P A Stop A A C Y F P Q R Y Q Stop K C P E G N V Q A Q Stop S G I R S L 3'5' Frame 1 P G F V S R F I E P V H Y L Q G I F T D I F A G N S Met L L T R D H R H L W T G D C L F S L A F L A A Stop H L A A K I S D S G K N S T P R Stop C Q 3'5' Frame 2 Q A S Y P A L L S L Y I T F R A F S L I S L R E I A C C S R G I T V T C G R A T A C S A S L S S R L S T L R Q K L A T R V K I V H L G S V 3'5' Frame 3 R L R I P L Y Stop A C T L P S G H F H Stop Y L C G K Stop H A A H A G S P S P V D G R L P V Q P R F P R G L A P C G K N Stop R L G Stop K Stop Y T S V V S Dos resultados obtidos concluiu-se que 5'3' Frame 1 e 3'5' Frame 2 podem constituir uma porção de um proteína (mais de 20 aminoácidos), dado que não é apresentada a sequência completa não estão representados os codões de iniciação e stop.
No código standard o codão de iniciação é AUG, enquanto que nas bactérias está documentada a possibilidade de existirem os codões de iniciação GUG e UUG. Adicionalmente nas bactérias a iniciação pode ser atribuída a qualquer codão que corresponda a NUG.
Submeter a sequência a uma base de dados, como é o caso do BLAST, e esta por comparações indica o organismo a que esta poderá pertencer.
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