User:Ines Sofia Silva Vieira/Notebook/Bio Molec - caderno/2010/03/02: Difference between revisions

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Poderá esta sequência conter um gene? Justifique a sua resposta.
Poderá esta sequência conter um gene? Justifique a sua resposta.
Antes de mais para esta sequência corresponder a um gene (e consequentemente codificar uma proteína)tem de ser um transcrito de RNA obtido a partir desta molecula.  
Antes de mais para esta sequência corresponder a um gene (e consequentemente codificar uma proteína)tem de ser um transcrito de RNA obtido a partir desta molecula.  
Esta sequência para conter um gene precisa de ter algumas características tais como  
Esta sequência para conter um gene precisa de ter algumas características tais como:
 
1)um codão de iniciação AUG(MET) - foram encontrados 3 no sentido 5' -> 3', no sentido contrário encontramos dois ATG
1)um codão de iniciação AUG(MET) - foram encontrados 3 no sentido 5' -> 3', no sentido contrário encontramos dois ATG
2) codão STOP (UAA, UAG e UGG) - encontramos diversos em ambos os sentidos! - CGG, TAG, TGA.
 
2) codão STOP (UAA, UAG e UGG) - encontramos diversos em ambos os sentidos! - CGG, TAG, TGA
 
Para a sequência conter um ou mais genes, os nucleótidos têm de estar entre estes codões de iniciação e STOP e o quadro de leitura tem de codificar um número de aminoácidos que permita formar uma proteína.
Para a sequência conter um ou mais genes, os nucleótidos têm de estar entre estes codões de iniciação e STOP e o quadro de leitura tem de codificar um número de aminoácidos que permita formar uma proteína.
Se partirmos do pressuposto de que a sequência não se encontra completa, podemos afirmar que mesmo com um quadro de leitura aberto(sem codões iniciação e STOP) esta pode corresponder a uma porção de um gene que codifica uma proteína.
Se partirmos do pressuposto de que a sequência não se encontra completa, podemos afirmar que mesmo com um quadro de leitura aberto(sem codões iniciação e STOP) esta pode corresponder a uma porção de um gene que codifica uma proteína.
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Sim é possível prever pois pelos codões(tripletos) de RNA podemos ver a que aminoácidos corresponde nos 6 quadros de leitura possíveis e por análise destes vemos se existe alguma proteína com a respectiva composição.   
Sim é possível prever pois pelos codões(tripletos) de RNA podemos ver a que aminoácidos corresponde nos 6 quadros de leitura possíveis e por análise destes vemos se existe alguma proteína com a respectiva composição.   
   
   
Para haver uma proteina codificada, temos de encontrar uma sequência continuada de tripletos de forma não interrompida por codões stop. Se isto acontecer, temos um fragmento de sequencia codificante para uma proteina estando esta delimitada pelo aminoácido correspondente à sequencia do codão iniciador e pelo codão stop.
   
   
A sequência apresentada codifica alguma proteína?  
A sequência apresentada codifica alguma proteína?  

Revision as of 12:41, 17 May 2010

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Exercicio TP1

  • Considere a seguinte representação de uma molécula biológica.

TTGACACTACCGAGGTGTACTATTTTTACCCGAGTCGCTAATTTTTGCCGCAAGGTGCTAAGCCGCGAGG AAAGCGAGGCTGAACAGGCAGTCGCCCGTCCACAGGTGACGGTGATCCCGCGTGAGCAGCATGCTATTTC CCGCAAAGATATCAGTGAAAATGCCCTGAAGGTAATGTACAGGCTCAATAAAGCGGGATACGAAGCCTGG


Lembre-se que qualquer representações tem subjacente um conjunto de convenções.

Que moléculas se podem representar desta forma e que convenções estarão implícitas nos diferentes casos?


É um código genético representado por quatro letras diferentes em repetição que representam quatro nucleótidos: Adenina(A), Guanina(G), Citosina(C) e Timina(T). É uma cadeia antiparalela e complementar com o sentido 5' ->3'. Provavelmente a molécula corresponde a DNA uma vez que apresenta o nucleótido Timina e não Uracilo. Contudo, também pode ser RNA(mensageiro, de transferência ou ribossómico) desde que para isso ocorra uma alteração da base nucleotidica T(timina) para U(uracilo). A dupla cadeia de DNA é feita por ligações de hidrogénio.As bases azotadas A emparelham com as T ou U(RNA)-2 ligações de Hidorgénio e as C com as G - 3 ligações H. Os nucleótidos de DNA são compostos por um grupo fosfato, uma base azotada e uma desoxirribose enquanto que o RNA possui uma ribose em vez de desoxirribose, como já foi também referido a base azotada neste caso é uracilo e não timina.

Supondo que se trata de DNA, indique uma forma de apresentação alternativa que represente melhor a sua estrutura real.


Sentido: 5' -> 3', Cadeia dupla complementar e anti paralela com uma ponte de hidrogénio entre as base AT e com duas pontes de H entre C e G. Uma forma de apresentação pode então ser: 5' TTGACACTACCGA... 3' 3' AACTGTGATGGCT... 5'

Poderá esta sequência conter um gene? Justifique a sua resposta.


Antes de mais para esta sequência corresponder a um gene (e consequentemente codificar uma proteína)tem de ser um transcrito de RNA obtido a partir desta molecula. Esta sequência para conter um gene precisa de ter algumas características tais como:

1)um codão de iniciação AUG(MET) - foram encontrados 3 no sentido 5' -> 3', no sentido contrário encontramos dois ATG

2) codão STOP (UAA, UAG e UGG) - encontramos diversos em ambos os sentidos! - CGG, TAG, TGA

Para a sequência conter um ou mais genes, os nucleótidos têm de estar entre estes codões de iniciação e STOP e o quadro de leitura tem de codificar um número de aminoácidos que permita formar uma proteína. Se partirmos do pressuposto de que a sequência não se encontra completa, podemos afirmar que mesmo com um quadro de leitura aberto(sem codões iniciação e STOP) esta pode corresponder a uma porção de um gene que codifica uma proteína.


Indique o resultado da transcrição desta sequência.

A transcrição desta sequência(DNA(nosso DNA -cadeia codificante)-->mRNA) e convencionando que se encontra no sentido 5'->3' é a seguinte: 5' UUGACACUACCGAGGUGUACUAUUUUUACCCGAGUCGCUAAUUUUUGCCGCAAGGUGCUAAGCCGCGAGG AAAGCGAGGCUGAACAGGCAGUCGCCCGUCCACAGGUGACGGUGAUCCCGCGUGAGCAGCAUGCUAUUUC CCGCAAAGAUAUCAGUGAAAAUGCCCUGAAGGUAAUGUACAGGCUCAAUAAAGCGGGAUACGAAGCCUGG 3'

É possível prever que proteína se encontra codificada numa sequência nucleotídica? Como? Sim é possível prever pois pelos codões(tripletos) de RNA podemos ver a que aminoácidos corresponde nos 6 quadros de leitura possíveis e por análise destes vemos se existe alguma proteína com a respectiva composição.


A sequência apresentada codifica alguma proteína? 

       5'3' Frame 1

L T L P R C T I F T R V A N F C R K V L S R E E S E A E Q A V A R P Q V T V I P R E Q H A I S R K D I S E N A L K V Met Y R L N K A G Y E A W 5'3' Frame 2 Stop H Y R G V L F L P E S L I F A A R C Stop A A R K A R L N R Q S P V H R Stop R Stop S R V S S Met L F P A K I S V K Met P Stop R Stop C T G S I K R D T K P 5'3' Frame 3 D T T E V Y Y F Y P S R Stop F L P Q G A K P R G K R G Stop T G S R P S T G D G D P A Stop A A C Y F P Q R Y Q Stop K C P E G N V Q A Q Stop S G I R S L 3'5' Frame 1 P G F V S R F I E P V H Y L Q G I F T D I F A G N S Met L L T R D H R H L W T G D C L F S L A F L A A Stop H L A A K I S D S G K N S T P R Stop C Q 3'5' Frame 2 Q A S Y P A L L S L Y I T F R A F S L I S L R E I A C C S R G I T V T C G R A T A C S A S L S S R L S T L R Q K L A T R V K I V H L G S V 3'5' Frame 3 R L R I P L Y Stop A C T L P S G H F H Stop Y L C G K Stop H A A H A G S P S P V D G R L P V Q P R F P R G L A P C G K N Stop R L G Stop K Stop Y T S V V S

A Frame 1 de 5'->3' e a Frame 2 de 3' ->5' são sequências que não está interrompida por codões STOP sendo então sequencias codificantes possiveis de uma proteína. A frame 1 de 3'->5' tem uma particularidade uma vez que corresponde a uma ORF-origem de replicação.


Que diferenças encontra se em vez de aplicar o código genético standard aplicar a variante bacteriana?


O código genético da variante bacteriana apresenta algumas diferenças. A variante bacteriana é uma variante onde o código é ambiguo, isto é, um único tripleto não é especifico, pode codificar em diferentes ocasiões diferentes aminoácidos incluindo um codão stop. O codão de inciação não é restritamente o AUG pode ser também o GUG e UUG. Desta forma, conseguimos mais sequências peptidicas do que com o código standard.


Como poderia saber de que organismo provém esta sequência? Recorreria ao BLAST para comparar esta sequência com as que se encontram na base de dados do NCBI e assim tirar por analogia conclusões quanto ao organismo em questão.



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