User:Ines Sofia Silva Vieira/Notebook/Bio Molec - caderno/2010/03/16: Difference between revisions
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Na imagem seguinte está representada o resultado de uma sequênciação de uma região genómica variável (polimórfica) de 2 indivíduos distintos. Qual o genótipo de cada indivíduo? | Na imagem seguinte está representada o resultado de uma sequênciação de uma região genómica variável (polimórfica) de 2 indivíduos distintos. Qual o genótipo de cada indivíduo? | ||
preto G, veremlho T, azul C , VERDE a | |||
Individuo 1: TCGTGTTCTATGATCATGAGAGTCGCCG | |||
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Suponha que queria sequenciar o gene e o mRNA da beta-globina. Como deveria proceder? | |||
Para sequenciar o gene e o mRNA da beta globina deviamos | |||
Considere os resultados da sequenciação discutida no Caso de Estudo 1. | Considere os resultados da sequenciação discutida no Caso de Estudo 1. | ||
Que aspecto esperaria encontrar no electroferograma na região variável de cada indivíduo? | Que aspecto esperaria encontrar no electroferograma na região variável de cada indivíduo? | ||
Se tivesse apenas acesso aos resultados da sequenciação da Maria, seria capaz de definir o seu genótipo com rigor? Justifique. | Se tivesse apenas acesso aos resultados da sequenciação da Maria, seria capaz de definir o seu genótipo com rigor? Justifique. |
Revision as of 05:01, 16 March 2010
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TP3 Sequenciação de DNAIntrodução As sequências de genes e mRNAs com que temos vindo a trabalhar foram obtidas experimentalmente com base na técnica de sequênciação de DNA desenvolvida nos anos 70 por Fred Sanger. A seguinte animação explica o funcionamento da técnica: Sanger sequencing Actualmente utiliza-se uma versao mais moderna que recorre a DNA polimerases termoestáveis e nucleótidos fluorescents, permitindo maior sensibilidade e a leitura automática do resultado da sequênciação: Cycle sequencing Note que o resultado de uma sequenciação é um electroferograma, que depois é convertido em "As, Cs, Gs e Ts" por um programa informático.
Porque se diz que a sequenciação pelo método Sanger é uma sequenciação por terminação? Esta sequenciação é considerada por terminação devido à adição de didesoxirribonucleótidos que vão bloquear o crescimento do DNA em replicação.
Considere o seguinte electroferograma de uma reacção de sequenciação de um DNA purificado. Que problemas consegue observar e porque sucedem? Existem alguns problemas aparentes. Em primeiro lugar é perceptivel uns picos de intensidade de fluorescência reduzida. Esta intensidade é reduzida quando temos fragmentos de grandes dimensões e a polimerase tem dificuldade em ligar-se a apenas um nucleótido (são formadas moléculas mais pequenas). Para além disto, temos picos mais largos devido a falhas na electroforese(diminuição da resolução) em que se torna dificil distinguir fragmentos de DNA de dimensão semelhante(começa a haver sobreposição dos mesmos).
O segmento de DNA estudado nesta experiência tem 5 Kpb. Tendo em conta que apenas consegue determinar a sequência de 600-1000 nucleótidos em cada reacção de sequenciação, como dever proceder para analisar o fragmento completo? Para analisarmos o fragmento completo poderíamos inicialmente sequenciar a primeira porção do nosso DNA e seguidamente proceder à elaboração de um primer correspondente à região terminal dessa sequência para desta forma por 'pedaços' conseguirmos obter a sequência completa.
preto G, veremlho T, azul C , VERDE a Individuo 1: TCGTGTTCTATGATCATGAGAGTCGCCG Individuo 2: TCGTGTTCTATGATGATGAGAGTCGCCG tem uma sobreposiçao preto e azul: sit d heterozigotia...
Suponha que queria sequenciar o gene e o mRNA da beta-globina. Como deveria proceder? Para sequenciar o gene e o mRNA da beta globina deviamos Considere os resultados da sequenciação discutida no Caso de Estudo 1. Que aspecto esperaria encontrar no electroferograma na região variável de cada indivíduo? Se tivesse apenas acesso aos resultados da sequenciação da Maria, seria capaz de definir o seu genótipo com rigor? Justifique. Com base na sequência do gene da beta-globina disponível na última TP e as técnicas de análise de sequências que tem vindo a aprender identifique as regiões do gene em que se localizam as alterações pontuais encontradas.
[edit] Para pensar Se a sequenciação obriga ao conhecimento prévio de um pequeno pedaço de sequência, como foi possível efectuar as primeiras sequenciações?
Que estratégias terão sido usadas para sequenciar os milhões de nucleótidos dos vários cromossomas do genoma humano? Retrieved from "http://www.openwetware.org/wiki/BIOMOL_LCS/2010:TP_3"
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