User:Lindenb/Notebook/UMR915/20110704: Difference between revisions
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(New page: {{PLNB|20110628|20110704}} =LiftOver notch2= hg18:<pre>chr1 120259749 120259750 chr1 120259919 120259920 chr1 120260015 120260016 chr1 120260418 120260419 chr1 120260442 120260443 </pre> L...) |
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Revision as of 03:01, 4 July 2011
LiftOver notch2
hg18:
chr1 120259749 120259750 chr1 120259919 120259920 chr1 120260015 120260016 chr1 120260418 120260419 chr1 120260442 120260443
Lift over to hg19:
chr1:120458226-120458227 chr1:120458396-120458397 chr1:120458492-120458493 chr1:120458895-120458896 chr1:120458919-120458920
Sample1: chr1:120458919
120458871 120458881 120458891 120458901 120458911 120458921 120458931 120458941 120458951 120458961 120458971 120458981 120458991 AACATACGTGTGAGGAGATTCTAGGGAATCAACAGGGGATAAAGTTACTGAACTCTC*AGACAGTTGGACCTTCTCACTCAGAGACTTCTTCCTCCTACTACCCTTGGCATCCTTTGCCTCCTTGGCAAGGTT*AGGGAGGC ......................................................... ........................................................................... ........ , .......................................................*..................... ....................................................*........ ,,,, ....................................................A....................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, ..... ..................................................*.......................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, ..... ..................T...............................A......................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, ....... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,a,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, .........................................*........ ,,,,,,, ................................................A........................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, .......... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ........................................*........ ............ ............................................A..........................C.... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, ............ ............................................A............................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, ....................... .................................A.......................................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, ......................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, ......................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,a,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, ......................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ...............C.....*........ ............................ ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,a,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ....................*........ ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ....................A....................................................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, ............................... ..................A.....................................G....CA............. ,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, ..........C.................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,a,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, ................................ .................A.......................................................... ,,c,c,,,,,,,,*g,,t,,,, .................................. ...............A............................................................ ,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, .................................... ..............*.............................................................. ..........*........ ....................................... ,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ..........*........ ....................................... ,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,c,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ..........*........ ....................................... ,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,g,,,,,,,,,,,,,,,t,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,*,,,,,,,, .C........A.......................... ,,,,,,,,,,,,,a,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,*,,,,,,,, ........................................ ,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,c,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, .....*........ ......................C........T......... ..........A................................................................. ....*........ ......................................... ,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,*,,,,,,,, ............................................ ,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, .*........ ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,a,,,,,,,,,,,,,,g,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,*,,,,,,,, ................................................ ......A..................................................................... ........ ................................................. .....*..T.................................................................... ,,,,,,,, ........G....................................C... ,,,,,a,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,, ................................................... ,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,
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TGGAAAGTCACAATGGGGGGCAAGGGCTCCCGAGGGGTGGTTATGTGCTTCCCTTCAGGTGGCCTGCTCTGGGGAGCTATGCCAGGATGGGTGCCCTCAGCTGGAGCCAGGACCATACCAAACATCTCATTGTACTGGGTCT
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