User:Lindenb/Notebook/UMR915/2012/03/08

From OpenWetWare

< User:Lindenb | Notebook | UMR915 | 2012 | 03(Difference between revisions)
Jump to: navigation, search
(GATK)
Current revision (12:05, 8 March 2012) (view source)
 
Line 21: Line 21:
<html><script src="https://gist.github.com/2001488.js"> </script></html>
<html><script src="https://gist.github.com/2001488.js"> </script></html>
 +
 +
=before/after picard AddOrReplaceReadGroups=
 +
before
 +
<pre>/samtools view -h  ~/package/samtools-0.1.18/examples/ex1.bam | head
 +
@SQ SN:seq1 LN:1575
 +
@SQ SN:seq2 LN:1584
 +
B7_591:4:96:693:509 73 seq1 1 99 36M * 0 0 CACTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCG <<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<5<<<<<;:<;7 MF:i:18 Aq:i:73 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0
 +
EAS54_65:7:152:368:113 73 seq1 3 99 35M * 0 0 CTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGT <<<<<<<<<<0<<<<655<<7<<<:9<<3/:<6): MF:i:18 Aq:i:66 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0
 +
EAS51_64:8:5:734:57 137 seq1 5 99 35M * 0 0 AGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCC <<<<<<<<<<<7;71<<;<;;<7;<<3;);3*8/5 MF:i:18 Aq:i:66 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0
 +
B7_591:1:289:587:906 137 seq1 6 63 36M * 0 0 GTGGCTCATTGTAATTTTTTGTTTTAACTCTTCTCT (-&----,----)-)-),'--)---',+-,),''*, MF:i:130 Aq:i:63 NM:i:5 UQ:i:38 H0:i:0 H1:i:0
 +
EAS56_59:8:38:671:758 137 seq1 9 99 35M * 0 0 GCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCATGG <<<<<<<<<<<<<<<;<;7<<<<<<<<7<<;:<5% MF:i:18 Aq:i:72 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0
 +
EAS56_61:6:18:467:281 73 seq1 13 99 35M * 0 0 ATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCCTGGCCCA <<<<<<<<;<<<8<<<<<;8:;6/686&;(16666 MF:i:18 Aq:i:39 NM:i:1 UQ:i:5 H0:i:0 H1:i:1
 +
EAS114_28:5:296:340:699 137 seq1 13 99 36M * 0 0 ATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCATGGCCCAG <<<<<;<<<;<;<<<<<<<<<<<8<8<3<8;<;<0; MF:i:18 Aq:i:73 NM:i:0 UQ:i:0 H0:i:1 H1:i:0
 +
B7_597:6:194:894:408 73 seq1 15 99 35M * 0 0 TGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCATTGCCCAGC <<<<<<<<<7<<;<<<<;<<<7;;<<<*,;;572< MF:i:18 Aq:i:43 NM:i:1 UQ:i:9 H0:i:0 H1:i:1
 +
</pre>
 +
after
 +
<pre>@HD VN:1.0 SO:unsorted
 +
@SQ SN:seq1 LN:1575
 +
@SQ SN:seq2 LN:1584
 +
@RG ID:1 PL:illumina PU:testunit LB:test.lib SM:test.sample
 +
B7_591:4:96:693:509 73 seq1 1 99 36M * 0 0 CACTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCG <<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<5<<<<<;:<;7 H0:i:1 H1:i:0 MF:i:18 RG:Z:1 NM:i:0 UQ:i:0 Aq:i:73
 +
EAS54_65:7:152:368:113 73 seq1 3 99 35M * 0 0 CTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGT <<<<<<<<<<0<<<<655<<7<<<:9<<3/:<6): H0:i:1 H1:i:0 MF:i:18 RG:Z:1 NM:i:0 UQ:i:0 Aq:i:66
 +
EAS51_64:8:5:734:57 137 seq1 5 99 35M * 0 0 AGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCC <<<<<<<<<<<7;71<<;<;;<7;<<3;);3*8/5 H0:i:1 H1:i:0 MF:i:18 RG:Z:1 NM:i:0 UQ:i:0 Aq:i:66
 +
B7_591:1:289:587:906 137 seq1 6 63 36M * 0 0 GTGGCTCATTGTAATTTTTTGTTTTAACTCTTCTCT (-&----,----)-)-),'--)---',+-,),''*, H0:i:0 H1:i:0 MF:i:130 RG:Z:1 NM:i:5 UQ:i:38 Aq:i:63
 +
EAS56_59:8:38:671:758 137 seq1 9 99 35M * 0 0 GCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCATGG <<<<<<<<<<<<<<<;<;7<<<<<<<<7<<;:<5% H0:i:1 H1:i:0 MF:i:18 RG:Z:1 NM:i:0 UQ:i:0 Aq:i:72
 +
EAS56_61:6:18:467:281 73 seq1 13 99 35M * 0 0 ATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCCTGGCCCA <<<<<<<<;<<<8<<<<<;8:;6/686&;(16666 H0:i:0 H1:i:1 MF:i:18 RG:Z:1 NM:i:1 UQ:i:5 Aq:i:39</pre>
<!-- ##### DO NOT edit below this line unless you know what you are doing. ##### -->
<!-- ##### DO NOT edit below this line unless you know what you are doing. ##### -->

Current revision

Project name Main project page
Previous entry      Next entry

Daily

GATK

doc: https://www.dropbox.com/s/3c2efmdyu4j9x8j/kvg_20_line_lifesavers_mad_v2.pptx.pdf

cloning:

$ git clone http://github.com/broadgsa/gatk.git GATK.dev

requires:

http://code.google.com/p/cofoja/

before/after picard AddOrReplaceReadGroups

before

/samtools view -h  ~/package/samtools-0.1.18/examples/ex1.bam | head
@SQ	SN:seq1	LN:1575
@SQ	SN:seq2	LN:1584
B7_591:4:96:693:509	73	seq1	1	99	36M	*	0	0	CACTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCG	<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<5<<<<<;:<;7	MF:i:18	Aq:i:73	NM:i:0	UQ:i:0	H0:i:1	H1:i:0
EAS54_65:7:152:368:113	73	seq1	3	99	35M	*	0	0	CTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGT	<<<<<<<<<<0<<<<655<<7<<<:9<<3/:<6):	MF:i:18	Aq:i:66	NM:i:0	UQ:i:0	H0:i:1	H1:i:0
EAS51_64:8:5:734:57	137	seq1	5	99	35M	*	0	0	AGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCC	<<<<<<<<<<<7;71<<;<;;<7;<<3;);3*8/5	MF:i:18	Aq:i:66	NM:i:0	UQ:i:0	H0:i:1	H1:i:0
B7_591:1:289:587:906	137	seq1	6	63	36M	*	0	0	GTGGCTCATTGTAATTTTTTGTTTTAACTCTTCTCT	(-&----,----)-)-),'--)---',+-,),''*,	MF:i:130	Aq:i:63	NM:i:5	UQ:i:38	H0:i:0	H1:i:0
EAS56_59:8:38:671:758	137	seq1	9	99	35M	*	0	0	GCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCATGG	<<<<<<<<<<<<<<<;<;7<<<<<<<<7<<;:<5%	MF:i:18	Aq:i:72	NM:i:0	UQ:i:0	H0:i:1	H1:i:0
EAS56_61:6:18:467:281	73	seq1	13	99	35M	*	0	0	ATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCCTGGCCCA	<<<<<<<<;<<<8<<<<<;8:;6/686&;(16666	MF:i:18	Aq:i:39	NM:i:1	UQ:i:5	H0:i:0	H1:i:1
EAS114_28:5:296:340:699	137	seq1	13	99	36M	*	0	0	ATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCATGGCCCAG	<<<<<;<<<;<;<<<<<<<<<<<8<8<3<8;<;<0;	MF:i:18	Aq:i:73	NM:i:0	UQ:i:0	H0:i:1	H1:i:0
B7_597:6:194:894:408	73	seq1	15	99	35M	*	0	0	TGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCATTGCCCAGC	<<<<<<<<<7<<;<<<<;<<<7;;<<<*,;;572<	MF:i:18	Aq:i:43	NM:i:1	UQ:i:9	H0:i:0	H1:i:1

after

@HD	VN:1.0	SO:unsorted
@SQ	SN:seq1	LN:1575
@SQ	SN:seq2	LN:1584
@RG	ID:1	PL:illumina	PU:testunit	LB:test.lib	SM:test.sample
B7_591:4:96:693:509	73	seq1	1	99	36M	*	0	0	CACTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCG	<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<5<<<<<;:<;7	H0:i:1	H1:i:0	MF:i:18	RG:Z:1	NM:i:0	UQ:i:0	Aq:i:73
EAS54_65:7:152:368:113	73	seq1	3	99	35M	*	0	0	CTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGT	<<<<<<<<<<0<<<<655<<7<<<:9<<3/:<6):	H0:i:1	H1:i:0	MF:i:18	RG:Z:1	NM:i:0	UQ:i:0	Aq:i:66
EAS51_64:8:5:734:57	137	seq1	5	99	35M	*	0	0	AGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCC	<<<<<<<<<<<7;71<<;<;;<7;<<3;);3*8/5	H0:i:1	H1:i:0	MF:i:18	RG:Z:1	NM:i:0	UQ:i:0	Aq:i:66
B7_591:1:289:587:906	137	seq1	6	63	36M	*	0	0	GTGGCTCATTGTAATTTTTTGTTTTAACTCTTCTCT	(-&----,----)-)-),'--)---',+-,),''*,	H0:i:0	H1:i:0	MF:i:130	RG:Z:1	NM:i:5	UQ:i:38	Aq:i:63
EAS56_59:8:38:671:758	137	seq1	9	99	35M	*	0	0	GCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCATGG	<<<<<<<<<<<<<<<;<;7<<<<<<<<7<<;:<5%	H0:i:1	H1:i:0	MF:i:18	RG:Z:1	NM:i:0	UQ:i:0	Aq:i:72
EAS56_61:6:18:467:281	73	seq1	13	99	35M	*	0	0	ATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCCTGGCCCA	<<<<<<<<;<<<8<<<<<;8:;6/686&;(16666	H0:i:0	H1:i:1	MF:i:18	RG:Z:1	NM:i:1	UQ:i:5	Aq:i:39


Personal tools