User:Maiko Furubayashi: Difference between revisions

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===データベース===
===データベース===
*[http://redpoll.pharmacy.ualberta.ca/CCDB/cgi-bin/STAT_NEW.cgi E. coli statistics] [http://ccdb.wishartlab.com/CCDB/cgi-bin/STAT_NEW.cgi リンク変わった]
*[http://redpoll.pharmacy.ualberta.ca/CCDB/cgi-bin/STAT_NEW.cgi E. coli statistics] [http://ccdb.wishartlab.com/CCDB/cgi-bin/STAT_NEW.cgi *]
*[http://ecocyc.org/ ecocyc]
*[http://ecocyc.org/ ecocyc]
*[http://regulondb.ccg.unam.mx/ regulon DB]
*[http://regulondb.ccg.unam.mx/ regulon DB]
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===レアコドン===
===レアコドン===
*[http://nihserver.mbi.ucla.edu/RACC/ Rare Codon Calculator]
*[http://nihserver.mbi.ucla.edu/RACC/ Rare Codon Calculator]
===イースト===
*[http://wiki.yeastgenome.org/index.php/Commonly_used_auxotrophic_markers Commonly used auxotrophic markers - SGD Wiki]


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==かきもの==
 
 
==執筆マニュアル==
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===論文スタイルガイド===
===スタイルガイド===
*[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK988/ The NCBI Style Guide]
*[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK988/ The NCBI Style Guide]
**[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK995/ Chapter 5 Style Points and Conventions] - AA/nt 表記，イタリック，カンマ，数字など
**[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK995/ Chapter 5 Style Points and Conventions] - AA/nt 表記，イタリック，カンマ，数字など
*[http://jb.asm.org/site/misc/journal-ita_nom.xhtml INSTRUCTIONS TO AUTHORS - Journal of Bacteriology] - 遺伝子/ genotype / その他遺伝学用語
*genotype
===理科系の作文技術===
**[http://jb.asm.org/site/misc/journal-ita_nom.xhtml INSTRUCTIONS TO AUTHORS - Journal of Bacteriology]
*[https://owl.english.purdue.edu/owl/ Purdue Online Writing Lab (OWL)]
**[http://www.yeastgenome.org/sgdpub/Saccharomyces_cerevisiae.pdf Yeast (pdf)]
**[http://ecoliwiki.net/colipedia/index.php/Help:Genetic_nomenclature Genetic nomenclature - E.coli wiki]
===論文の書き方===
*[http://www.biomedcentral.com/authors/authoracademy BioMed Central author academy]
*[http://www.biomedcentral.com/authors/authoracademy BioMed Central author academy]
*[http://www.americanscientist.org/issues/pub/the-science-of-scientific-writing The Science of Scientific Writing - American Scientist]
*[http://www.americanscientist.org/issues/pub/the-science-of-scientific-writing The Science of Scientific Writing - American Scientist]
*[http://owll.massey.ac.nz/main/academic-writing.php Academic Writing - Massay University]
*[http://owll.massey.ac.nz/main/academic-writing.php Academic Writing - Massay University]
*[http://www.amazon.co.jp/%E7%90%86%E7%A7%91%E7%B3%BB%E3%81%AE%E4%BD%9C%E6%96%87%E6%8A%80%E8%A1%93-%E4%B8%AD%E5%85%AC%E6%96%B0%E6%9B%B8-624-%E6%9C%A8%E4%B8%8B-%E6%98%AF%E9%9B%84/dp/4121006240/ 理科系の作文技術 - 木下 是雄]
*[http://www7b.biglobe.ne.jp/~satoki/ronbun/kyo.html これから論文を書く若者のためのお経集]
===Scrivener===
*[http://gwenhernandez.com/scrivener-corner/scrivener-tips/ Scrivener Tips]
*Properties > Formatting > Schrivenings
===ワード===
*[https://support.office.com/ja-jp/article/Word-%E3%81%AE%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%BC%E3%83%88%E3%82%AB%E3%83%83%E3%83%88-%E3%82%AD%E3%83%BC-c0ca851f-3d58-4ce0-9867-799df73666a7?ui=ja-JP&rs=ja-JP&ad=JP ショートカット for mac]
*[https://support.office.com/ja-jp/article/%E6%AD%A3%E8%A6%8F%E8%A1%A8%E7%8F%BE%E3%82%92%E4%BD%BF%E7%94%A8%E3%81%97%E3%81%A6%E6%96%87%E5%AD%97%E5%88%97%E3%82%92%E6%A4%9C%E7%B4%A2%E3%81%8A%E3%82%88%E3%81%B3%E7%BD%AE%E6%8F%9B%E3%81%99%E3%82%8B-%E9%AB%98%E5%BA%A6-eeaa03b0-e9f3-4921-b1e8-85b0ad1c427f?CorrelationId=bb487913-6eb2-4853-b924-56c2da8952c8&ui=ja-JP&rs=ja-JP&ad=JP#__toc286834988 正規表現・ワイルドカード]
*フィールドの削除：command + shift + F9
===Markdown===
*[http://daringfireball.net/projects/markdown/ By JOHN GRUBER]
*[https://github.com/adam-p/markdown-here/wiki/Markdown-Cheatsheet Markdown Cheatsheet] / [https://github.com/adam-p/markdown-here/wiki/Markdown-Here-Cheatsheet Markdown Here Cheetsheet]
*[http://jekyllrb.com/ Jekyll]


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===えいご（とにほんご）===
===日本語===
*[http://www.quickanddirtytips.com/ Quick and Dirty Tips]
*[http://verbhandbook.ninjal.ac.jp/ 基本動詞ハンドブック - 国立国語研究所]
*[http://onomatopelabo.jp/ オノマトペラボ] / [http://www.ninjal.ac.jp/pages/onomatopoeia/ 東北オノマトペ]
*[http://www.amazon.co.jp/%E8%87%AA%E5%AE%B6%E8%A3%BD-%E6%96%87%E7%AB%A0%E8%AA%AD%E6%9C%AC-%E6%96%B0%E6%BD%AE%E6%96%87%E5%BA%AB-%E4%BA%95%E4%B8%8A-%E3%81%B2%E3%81%95%E3%81%97/dp/4101168199/ 自家製 文章読本 - 井上ひさし]
*[http://matome.naver.jp/odai/2138287088839183201 爆発音がした] [http://anond.hatelabo.jp/20080506041614 *]
*[http://logoon.org/ 文体診断ロゴーン] / [http://www.ennach.sakura.ne.jp/ 小説形態素解析CGI（β）]
*[http://jibun.atmarkit.co.jp/lskill01/index/index_kokugo.html ITエンジニアにも必要な国語力 インデックス － ＠IT自分戦略研究所]
===英語===
*[http://www.quickanddirtytips.com/grammar-girl Grammar Girl - Quick and Dirty Tips]
*[https://en.wikisource.org/wiki/The_Elements_of_Style The Elements of Style - William Strunk, Jr.]
*[https://owl.english.purdue.edu/owl/ Purdue Online Writing Lab (OWL)]
===日本語と英語===
*[https://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/story/newsletter/english/ 科学英語を考える（トム・ガリー准教授） - 東京大学理学部ニュース]
*[https://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/story/newsletter/english/ 科学英語を考える（トム・ガリー准教授） - 東京大学理学部ニュース]
**[https://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/story/newsletter/english/10.html 第10回 英語らしい英語を書くコツ]
**[https://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/story/newsletter/english/10.html 第10回 英語らしい英語を書くコツ]
===本===
*[http://www.amazon.co.jp/%E6%97%A5%E6%9C%AC%E8%AA%9E%E3%81%AE%E8%AB%96%E7%90%86-%E4%B8%AD%E5%85%AC%E6%96%87%E5%BA%AB-%E5%A4%96%E5%B1%B1-%E6%BB%8B%E6%AF%94%E5%8F%A4/dp/4122014697 日本語の論理 - 外山滋比古]
*[http://www.amazon.co.jp/%E6%97%A5%E6%9C%AC%E8%AA%9E%E3%81%AE%E8%AB%96%E7%90%86-%E4%B8%AD%E5%85%AC%E6%96%87%E5%BA%AB-%E5%A4%96%E5%B1%B1-%E6%BB%8B%E6%AF%94%E5%8F%A4/dp/4122014697 日本語の論理 - 外山滋比古]
*[http://www.amazon.co.jp/%E6%97%A5%E6%9C%AC%E4%BA%BA%E3%81%AE%E8%8B%B1%E8%AA%9E-%E5%B2%A9%E6%B3%A2%E6%96%B0%E6%9B%B8-%E3%83%9E%E3%83%BC%E3%82%AF%E3%83%BB%E3%83%94%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%82%BB%E3%83%B3/dp/4004300185/ 日本人の英語 - マーク・ピーターセン]
*[http://www.amazon.co.jp/%E6%97%A5%E6%9C%AC%E4%BA%BA%E3%81%AE%E8%8B%B1%E8%AA%9E-%E5%B2%A9%E6%B3%A2%E6%96%B0%E6%9B%B8-%E3%83%9E%E3%83%BC%E3%82%AF%E3%83%BB%E3%83%94%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%82%BB%E3%83%B3/dp/4004300185/ 日本人の英語 - マーク・ピーターセン]
*[http://www.amazon.co.jp/%E7%B6%9A%E3%83%BB%E6%97%A5%E6%9C%AC%E4%BA%BA%E3%81%AE%E8%8B%B1%E8%AA%9E-%E5%B2%A9%E6%B3%A2%E6%96%B0%E6%9B%B8-%E3%83%94%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%82%BB%E3%83%B3-%E3%83%9E%E3%83%BC%E3%82%AF/dp/4004301394/ 続・日本人の英語 - マーク・ピーターセン]
*[http://www.amazon.co.jp/%E7%B6%9A%E3%83%BB%E6%97%A5%E6%9C%AC%E4%BA%BA%E3%81%AE%E8%8B%B1%E8%AA%9E-%E5%B2%A9%E6%B3%A2%E6%96%B0%E6%9B%B8-%E3%83%94%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%82%BB%E3%83%B3-%E3%83%9E%E3%83%BC%E3%82%AF/dp/4004301394/ 続・日本人の英語 - マーク・ピーターセン]
*[http://www.amazon.co.jp/%E5%AE%9F%E8%B7%B5-%E6%97%A5%E6%9C%AC%E4%BA%BA%E3%81%AE%E8%8B%B1%E8%AA%9E-%E5%B2%A9%E6%B3%A2%E6%96%B0%E6%9B%B8-%E3%83%9E%E3%83%BC%E3%82%AF%E3%83%BB%E3%83%94%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%82%BB%E3%83%B3/dp/4004314208/ 実践 日本人の英語 - マーク・ピーターセン]
*[http://www.amazon.co.jp/%E5%AE%9F%E8%B7%B5-%E6%97%A5%E6%9C%AC%E4%BA%BA%E3%81%AE%E8%8B%B1%E8%AA%9E-%E5%B2%A9%E6%B3%A2%E6%96%B0%E6%9B%B8-%E3%83%9E%E3%83%BC%E3%82%AF%E3%83%BB%E3%83%94%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%82%BB%E3%83%B3/dp/4004314208/ 実践 日本人の英語 - マーク・ピーターセン]
*[http://www.amazon.co.jp/%E8%87%AA%E5%AE%B6%E8%A3%BD-%E6%96%87%E7%AB%A0%E8%AA%AD%E6%9C%AC-%E6%96%B0%E6%BD%AE%E6%96%87%E5%BA%AB-%E4%BA%95%E4%B8%8A-%E3%81%B2%E3%81%95%E3%81%97/dp/4101168199/ 自家製 文章読本 - 井上ひさし]
 
*[http://www.amazon.co.jp/%E7%90%86%E7%A7%91%E7%B3%BB%E3%81%AE%E4%BD%9C%E6%96%87%E6%8A%80%E8%A1%93-%E4%B8%AD%E5%85%AC%E6%96%B0%E6%9B%B8-624-%E6%9C%A8%E4%B8%8B-%E6%98%AF%E9%9B%84/dp/4121006240/ 理科系の作文技術 - 木下 是雄]
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==よみもの==
==よみもの==
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===サイエンス===
*[http://schaechter.asmblog.org/ Small Things Considered]
*[http://bitesizebio.com/ Bitesize Bio]
*[http://dsc.discovery.com/technology/slideshow/synthetic-biologists-darwin.html How Would You Explain Synthetic Biology to Darwin?]
*[http://www.nite.go.jp/nbrc/cultures/others/nbrcnews/nbrcnews.html NBRCニュース]
*[http://www.sbj.or.jp/sbj/sbj_yomoyama.html 生物工学基礎講座－バイオよもやま話－ | 公益社団法人 日本生物工学会]
*[http://www.brh.co.jp/seimeishi/ 季刊「生命誌」 | JT生命誌研究館]
===教科書===
*[http://www.asmscience.org/content/journal/ecosalplus#backcontenthometab EcoSal Plus]
*[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21766/ An Introduction to Genetic Analysis.] / [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21942/ Conjugation]
*[http://id.fnshr.info/2013/08/11/online-stat-books/ オンラインで無料で読める統計書22冊｜Colorless Green Ideas]
*[http://www.feynmanlectures.caltech.edu/ The Feynman Lectures on Physics]
 


*[http://www.weizmann.ac.il/mcb/UriAlon/nurturing/index.html Materials for Nurturing Scientists - Uri Alon Lab]
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*[http://dsc.discovery.com/technology/slideshow/synthetic-biologists-darwin.html How Would You Explain Synthetic Biology to Darwin?]
===ヒューマン===
*[http://www.brh.co.jp/s_library/j_site/scientistweb/ サイエンティストライブラリー：特別編 | JT生命誌研究館]
*[http://new2.immunoreg.jp/modules/pico_hint/ 慶應大学吉村研究室メール集]
*[http://www.bioreg.kyushu-u.ac.jp/saibou/message.html 九州大学 生体防御医学研究所 分子医科学分野 中山研究室]
**[http://www.bioreg.kyushu-u.ac.jp/saibou/qanda.html 幻の原稿編]
*[http://www.nig.ac.jp/section/interview.html インタビュー - 国立遺伝学研究所]
*[http://gakuiryugaku.net/newsletter JGSAU – 米国大学院学生会 | 現役留学生による直接支援 |  Newsletter]
*[http://www.sssj.org/jsssj/rensaikikaku/ResearchAbroad/ResearchAbroad_index.htm 海外研究体験記 - 表面化学]
*[http://www.jst.go.jp/kisoken/presto/nadeshiko/index.html なでしこ：女性研究者からのメッセージ]
*[http://www7b.biglobe.ne.jp/~satoki/ronbun/ronbun.html 若手研究者のお経 -- これから論文を書く若者のために --]
*[http://www2.phys.cs.is.nagoya-u.ac.jp/~tokita/tokiwiki/?%B8%A6%B5%E6%BC%BC%A4%CE%C1%AA%A4%D3%CA%FD 研究室の選び方 - Tokiwiki 2.0]
 
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===ラボライフハック===
*[http://wws.weizmann.ac.il/mcb/UriAlon/materials-nurturing-scientists Materials for nurturing scientists | Uri Alon]
*[http://www.markowetzlab.org/skills/ Non-technical scientific skills no one bothered to teach you before]
*[http://www.phdcomics.com/comics/archive.php?comicid=1047 Average time spent composing one email]
*[http://www.nerdfitness.com/blog/2013/02/25/the-20-second-challenge/ The 20-second beast mode]
*[http://www.nerdfitness.com/blog/2013/02/25/the-20-second-challenge/ The 20-second beast mode]
*[http://www.nature.com/nature/journal/v499/n7459/full/499409a.html Chocolate habits]
*[http://inoveryourhead.net/the-complete-guide-to-not-giving-a-fuck/ The complete guide to not giving a fuck] & [http://www.raptitude.com/2014/07/not-giving-a-shit/ The elegant art of not giving a shit]
===休憩===
*[http://www.structuredprocrastination.com/index.php Structured Procrastination]
*[https://www.philosophyguides.org/decoding/ Philosophy guides]
*[http://www.gutenberg.org/ebooks/author/69 Sherlock Holmes] / [http://www.aozora.gr.jp/index_pages/person148.html 夏目漱石] / [http://www.aozora.gr.jp/index_pages/person42.html 寺田寅彦]
*[http://www.realcoffee.jp/ リアルコーヒー]
*[http://www.realcoffee.jp/ リアルコーヒー]


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Revision as of 21:33, 17 July 2015

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Maiko Furubayashi

  • 古林 真衣子
  • Postdoctoral Associate, Voigt Lab, MIT
  • maiko.furubayashi at gmail dot com


  • 2014- Postdoctoral Associate at Synthetic Biology Center, Department of Biological Engineering, Massachusetts Institute of Technology
  • 2011-2014 Research Fellow (DC1) of the Japan Society for the Promotion of Science
  • 2009-2014 Department of Applied Chemistry & Biotechnology, Chiba University, Japan (PhD in Engineering) Advisor: Daisuke Umeno
  • 2005-2009 Department of Applied Chemistry & Biotechnology, Chiba University, Japan (BS in Engineering)


Publications

  1. Furubayashi M, Ikezumi M, Takaichi S, Maoka T, Hemmi H, Ogawa T, Saito K, Tobias AV, Umeno D. A highly selective biosynthetic pathway to non-natural C50 carotenoids assembled from moderately-selective enzymes, Nature Commun., accepted
  2. Furubayashi M*, Li L*, Katabami A, Saito K, Umeno D. Directed evolution of squalene synthase for dehydrosqualene biosynthesis. FEBS Lett 588, 3375-3381 (2014)
  3. Furubayashi M, Ikezumi M, Kajiwara J, Iwasaki M, Fujii A, Li L, Saito K, Umeno D. A High-Throughput Colorimetric Screening Assay for Terpene Synthase Activity Based on Substrate Consumption. PLoS ONE 9: e93317 (2014)
  4. Furubayashi M, Li L, Katabami A, Saito K, Umeno D, Construction of carotenoid biosynthetic pathways using squalene synthase. FEBS Lett 588, 436-442 (2014)
  5. Furubayashi M, Saito K, Umeno D, Evolutionary analysis of the functional plasticity of Staphylococcus aureus C30 carotenoid synthase, J Biosci Bioeng 117, (2014)
  6. Furubayashi M, Umeno D, Directed Evolution of Carotenoid Synthases for the Production of Unnatural Carotenoids. Methods Mol Biol 892, 245-253 (2012) link
  7. Tashiro Y, Furubayashi M, Morijiri T, Suzuki K, Yasuno K, Matsuno S, Katabami A, Saito K, Umeno D, Escherichia coli robots that freeze, smell, swell, and time-keep. Synthetic Biology, IET., 1, 41-43 (2007)


Presentations

Oral

  1. Furubayashi M, A highly specific synthetic metabolic pathway assembled from promiscuous enzymes. Synthetic Biology 6.0 Conference (SB6.0), Imperial Collage London, July 2013 (Invited: Lightning Talks Track 1)

Poster

  1. Furubayashi M, Li L. Takaichi S, Saito K and Umeno D, Evolutionary engineering of biosynthetic pathwaysfor non-natural C50 carotenoids. International Conference of Natural Products Biosynthesis (ICNPB), Awaji, Japan, June 17-22, 2012.
  2. Furubayashi M, Takaichi S, Misawa N, Umeno D, Specific non-natural C50 carotenoid pathways constructed by the combinatorial expression of laboratory-evolved enzymes. The 16th International Symposium on Carotenoids, Krakow, Poland, July 17 – 22, 2011.
  3. Furubayashi M, Ikezumi M, Saito K, Umeno D, Efficient and selective production of non-natural carotenoids by combinatorial expression of laboratory-evolved enzymes. Synthetic Biology 5.0 Conference (SB5.0), San Francisco, CA, June 2011
  4. Furubayashi M, Saito K, Umeno D, In-laboratory genetic drift of carotenoid synthase and its evolution of size specificity. The international chemical congress of Pacific basin societies (Pacifichem 2010), Honolulu, HI, December 2010
  5. Furubayashi M, Morijiri T, Karasawa T, Abe D, Ikezumi M, Fukushima S, Nakajima K, Yasuno K, Mihashi M, Kaneda T, Sugaya S, Katabami A, Matsuno S, Okuyama S, Umeno D, iGEM Chiba: Swimmy Bacteria, Aromatic E. coli, Balloon E. coli, and E. clock. iGEM Jamboree, Cambridge, MA, November 2006


Awards

  1. Research Fellow (DC1) of the Japan Society for the Promotion of Science, 2011-2014.
  2. Exemption from Repayment upon Graduation for Graduate School Students with Outstanding Result, JASSO Scholarship, 2009-2011.


研究業績（日本語）

論文・総説

  1. 古林真衣子, 梅野太輔, 人工代謝経路構築のための進化分子工学, 伏見譲（監修）進化分子工学〜高速分子進化によるタンパク質・核酸の開発〜, エヌ・ティー・エス (2013) link
  2. 梅野太輔, 冨永将大, 古林真衣子, 池紘平, 代謝経路と制御ネットワークの組織的な進化工学技術, 生物工学会誌 91, 333-336 (2013) TOC pdf
  3. 古林真衣子, 梅野太輔, 代謝ネットワーク建設のための進化分子工学―進化的デザインによる非天然代謝経路の創出―, 植田充美（監修）合成生物工学の隆起 ―有用物質の新たな生産法構築をめざして―, シーエムシー出版 (2012) link
  4. 古林真衣子, 田代洋平, 梅野太輔, 材料科学のための合成生物学, 未来材料, 10, 2-7 (2010) link
  5. 梅野太輔, 古林真衣子, 三沢典彦, 第３章・カロテノイドの生合成, 宮下和夫（監修）カロテノイドの科学と最新応用技術, シーエムシー出版, pp.27-37 (2009) link
  6. 梅野太輔, 田代洋平, 古林真衣子, 細胞のプログラム死と合成生物学. 極限環境微生物学会誌, 7, 31-35 (2008) link

特許

  1. 梅野太輔，古林真衣子，三沢典彦，高市真一「炭素数５０のカロテノイドの製造方法」特願2011-130326 (2011/6/10)
  2. 梅野太輔，生悦住茉友，古林真衣子，方波見彰仁，斎藤恭一「テルペン合成酵素遺伝子のスクリーニング方法」特願 2009‐264294 (2009/11) / 特開2011-125334 (2011/6/30)

受賞

  1. ○古林真衣子，生悦住茉友，高市真一，斎藤恭一，梅野太輔「人工代謝経路によるC50-β-Caroteneの生合成」日本農芸化学会関東支部 2011年度大会，若手奨励賞（口頭発表・学生部門）
  2. iGEM Chiba，千葉大学 平成１８年度課外活動等による学長表彰（コンペ部門）(2007)



べんりリンク

リンク集

ソフト

文献管理/SBM

データベース

たんぱく

Promoter

RBS

レアコドン

イースト

おてがるクローニング

  1. j5
  2. RecET cloning: Fu 2009 Nat Biotechnol
  3. sequence and ligation independent cloning (SLIC) using T4 DNApol: Li MZ 2007 Nat Meth
  4. ligation independent cloning by PCR
    1. Overlap extension PCR cloning: Bryksin AV 2010 BioTechniques
    2. Circular Polymerase Extension Cloning: Quan 2009 PLoS ONE
  5. digest and ligate in one pot using Type IIS restriction enzyme
    1. FASTR (LguI) : Kotera I 2008 J Biotechnol
    2. Golden Gate Cloning (BsaI): Engler C 2008 PLoS ONE
    3. Golden Gate Shuffling: Engler C 2009 PLoS ONE
  6. Gibson Assembly

実験tips

HPLC/GC

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