User:Maiko Furubayashi/jp

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*[http://mit.edu/voigtlab/webtools.html Voigt Lab | Web Tools] ←すばらしい
 
===bioinformatics tools===
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*[http://bip.weizmann.ac.il/toolbox/overview.html Weizmann Institute - BBCU - Toolbox]
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*[http://mit.edu/voigtlab/webtools.html Voigt Lab | Web Tools]
*[https://www.dna20.com/index.php?pageID=216 DNA2.0 bioinformatics toolbox]
*[https://www.dna20.com/index.php?pageID=216 DNA2.0 bioinformatics toolbox]
*[http://www.genscript.com/tools.html Bioinformatics Tools - GenScript]
*[http://www.genscript.com/tools.html Bioinformatics Tools - GenScript]
*[http://www.genomics.agilent.com/CollectionSubpage.aspx?PageType=Tool&SubPageType=ToolOverview&PageID=11 Agilent Tech Tools and Calculators]
*[http://www.genomics.agilent.com/CollectionSubpage.aspx?PageType=Tool&SubPageType=ToolOverview&PageID=11 Agilent Tech Tools and Calculators]
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====DNA====
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*[http://www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html BDGP: Neural Network Promoter Prediction]
*[https://salis.psu.edu/software/ RBS calculator v1.1 from Salis Lab]
*[https://salis.psu.edu/software/ RBS calculator v1.1 from Salis Lab]
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====たんぱく====
*蛋白質二次構造予測
*蛋白質二次構造予測
**[http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/ PSIPRED]
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*αhelix helical wheel diagram
*αhelix helical wheel diagram
**[http://inn-temp.weizmann.ac.il/cgi-bin/emboss/pepwheel pepwheel]
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===よみもの===
 
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*[http://dsc.discovery.com/technology/slideshow/synthetic-biologists-darwin.html How Would You Explain Synthetic Biology to Darwin?]
 
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*[http://www.grc.org/programs.aspx?year=2012&program=enzymes GRC - Enzymes, Coenzymes & Metabolic Pathways]
 
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===フリーソフト===
*[http://www16.plala.or.jp/x-tomo/ OSX Freewares]
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*DNA配列編集等
*DNA配列編集等
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*PDB viewer
*PDB viewer
**[http://www.pymol.org/ Pymol] "pymol 0.99"でぐぐると昔のfree verがみつかる
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*グラフソフト
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**[http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/ UCSF chimera]
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**[http://www.ochiailab.dnj.ynu.ac.jp/mjograph/indexj.html mjograph]:簡単/シンプル/mac/win
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*グラフ描画
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***v4.0.0だとeps出力したとき1つの線が複数のオブジェクトに分かれる
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**[http://www.ochiailab.dnj.ynu.ac.jp/mjograph/indexj.html mjograph]
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***v.3.9.2なら分れない
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**[http://home.gna.org/veusz/ Veusz]
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**[http://plot.micw.eu/ Plot]
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**[http://www.gnuplot.info/ gnuplot]
**[http://www.gnuplot.info/ gnuplot]
**[http://www.r-project.org/ R]
**[http://www.r-project.org/ R]
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*ドローソフト
 
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**[http://www.cenon.info/frame_gb.html Cenon] eps読み込んで分解できるらしい
 
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===文献管理/SBM===
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*[http://www.mekentosj.com/ mekentosj] Papers (shareware)
*[http://www.mekentosj.com/ mekentosj] Papers (shareware)
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*[http://www.connotea.org/ Connotea]  
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*[http://www.zotero.org/ Zotero] (Firefox plugin)
*[http://www.zotero.org/ Zotero] (Firefox plugin)
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===database===
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*[http://redpoll.pharmacy.ualberta.ca/CCDB/cgi-bin/STAT_NEW.cgi E. coli statistics]
*[http://ecocyc.org/ ecocyc]
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*[http://regulondb.ccg.unam.mx/ regulon DB]
*[http://regulondb.ccg.unam.mx/ regulon DB]
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*[http://www.kazusa.or.jp/codon/ codon usage database from kazusa]
*[http://www.kazusa.or.jp/codon/ codon usage database from kazusa]
*[http://lipidbank.jp/ Lipidbank]
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===よみもの===
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*[http://dsc.discovery.com/technology/slideshow/synthetic-biologists-darwin.html How Would You Explain Synthetic Biology to Darwin?]
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===いきたい===
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*[http://www.grc.org/programs.aspx?year=2012&program=enzymes GRC - Enzymes, Coenzymes & Metabolic Pathways]
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Revision as of 09:19, 24 December 2011

English/日本語

Maiko Furubayashi in 2010
Maiko Furubayashi in 2010

古林 真衣子

  • 千葉大学大学院 工学研究科 共生応用化学専攻 博士後期課程1年
  • バイオマテリアル研究室 梅野太輔グループ
  • 日本学術振興会 特別研究員 (DC1)

Contact

  • maiko.furubayashi *at* gmail.com
  • 263-8522 千葉市稲毛区弥生町1-33 千葉大学工学部1号棟313号室


業績

論文・総説

  1. Furubayashi M, Umeno D, Directed Evolution of Carotenoid Synthases for the Production of Unnatural Carotenoids. Methods Mol Biol, in press (2011)
  2. 古林真衣子, 田代洋平, 梅野太輔, 材料科学のための合成生物学, 未来材料, 10, 2-7 (2010) link
  3. 梅野太輔, 古林真衣子, 三沢典彦, 第3章・カロテノイドの生合成, 宮下和夫(監修)カロテノイドの科学と最新応用技術, シーエムシー出版, pp.27-37 (2009) link
  4. 梅野太輔, 田代洋平, 古林真衣子, 細胞のプログラム死と合成生物学. 極限環境微生物学会誌, 7, 31-35 (2008) link
  5. Tashiro Y, Furubayashi M, Morijiri T, Suzuki K, Yasuno K, Matsuno S, Katabami A, Saito K, Umeno D, Escherichia coli robots that freeze, smell, swell, and time-keep. Synthetic Biology, IET., 1, 41-43 (2007)

特許

  1. 梅野太輔,古林真衣子,三沢典彦,高市真一「炭素数50のカロテノイドの製造方法」特願2011-130326 (2011/6/10)
  2. 梅野太輔,生悦住茉友,古林真衣子,方波見彰仁,斎藤恭一「テルペン合成酵素遺伝子のスクリーニング方法」特願 2009‐264294 (2009/11) / 特開2011-125334 (2011/6/30)

受賞

  1. ○古林真衣子,生悦住茉友,高市真一,斎藤恭一,梅野太輔「人工代謝経路によるC50-β-Caroteneの生合成」日本農芸化学会関東支部 2011年度大会,若手奨励賞(口頭発表・学生部門)
  2. iGEM Chiba,千葉大学 平成18年度課外活動等による学長表彰(コンペ部門)(2007)



べんりリンク

bioinformatics tools

リンク集

DNA

たんぱく

フリーソフト

文献管理/SBM

database


よみもの

いきたい

実験tips

おてがるクローニング

  • Bryksin AV & Matsumura I, Overlap extension PCR cloning: a simple and reliable way to create recombinant plasmids. BioTechniques, Vol. 48, No. 6, 2010, pp. 463–465, link
    • digestion/ligationをせずにSOE PCRだけでクローニング!
  • Kotera I & Nagai T, A high-throughput and single-tube recombination of crude PCR products using a DNA polymerase inhibitor and type IIS restriction enzyme. J Biotechnol, Vol 137, 10, 2008, Pages 1-7, link
    • Type IIS 制限酵素を使って同時に digestion & ligation. SDMに便利
  • Gibson Assembly

ほか

Personal tools