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Revision as of 23:55, 31 July 2012

English/日本語

古林 真衣子

• 千葉大学大学院 工学研究科 共生応用化学専攻 博士後期課程1年
• バイオマテリアル研究室 梅野太輔グループ
• 日本学術振興会 特別研究員 (DC1)

Contact

• maiko.furubayashi *at* gmail.com
• 263-8522 千葉市稲毛区弥生町1-33 千葉大学工学部1号棟313号室

業績

論文・総説

1. 古林真衣子, 梅野太輔, 代謝ネットワーク建設のための進化分子工学―進化的デザインによる非天然代謝経路の創出―, 植田充美（監修）合成生物工学の隆起 ―有用物質の新たな生産法構築をめざして―, シーエムシー出版 (2012) link
2. Furubayashi M, Umeno D, Directed Evolution of Carotenoid Synthases for the Production of Unnatural Carotenoids. Methods Mol Biol 892 (2012) link
3. 古林真衣子, 田代洋平, 梅野太輔, 材料科学のための合成生物学, 未来材料, 10, 2-7 (2010) link
4. 梅野太輔, 古林真衣子, 三沢典彦, 第３章・カロテノイドの生合成, 宮下和夫（監修）カロテノイドの科学と最新応用技術, シーエムシー出版, pp.27-37 (2009) link
5. 梅野太輔, 田代洋平, 古林真衣子, 細胞のプログラム死と合成生物学. 極限環境微生物学会誌, 7, 31-35 (2008) link
6. Tashiro Y, Furubayashi M, Morijiri T, Suzuki K, Yasuno K, Matsuno S, Katabami A, Saito K, Umeno D, Escherichia coli robots that freeze, smell, swell, and time-keep. Synthetic Biology, IET., 1, 41-43 (2007)

特許

1. 梅野太輔，古林真衣子，三沢典彦，高市真一「炭素数５０のカロテノイドの製造方法」特願2011-130326 (2011/6/10)
2. 梅野太輔，生悦住茉友，古林真衣子，方波見彰仁，斎藤恭一「テルペン合成酵素遺伝子のスクリーニング方法」特願 2009‐264294 (2009/11) / 特開2011-125334 (2011/6/30)

受賞

1. ○古林真衣子，生悦住茉友，高市真一，斎藤恭一，梅野太輔「人工代謝経路によるC₅₀-β-Caroteneの生合成」日本農芸化学会関東支部 2011年度大会，若手奨励賞（口頭発表・学生部門）
2. iGEM Chiba，千葉大学 平成１８年度課外活動等による学長表彰（コンペ部門）(2007)

べんりリンク

Useful tips/links for DNA construct design

Promoter

• promoter prediction
  • BDGP: Neural Network Promoter Prediction
  • BPROM: prediction of bacterial promoters
• constitutive promoters
  • BBa_J23100-119 from iGEM berkeley 2006 biobricks: -35 to +1 (35bp). minimal and portable
  • Davis JH 2010 NAR 15 different e.coli promoters. -105 to +55 (160bp) avoiding UP element affection/promoter escape.
• measuring method: Kelly 2009 JBE
• natural inducible regulators

RBS

• RBS calculator v1.1 from Salis Lab

ORF

• Rare Codon Calculator

おてがるクローニング / easy cloning

1. RecET cloning: Fu 2009 Nat Biotechnol
2. sequence and ligation independent cloning (SLIC) using T4 DNApol: Li MZ 2007 Nat Meth
   • EMBLによるプロトコル
   • BitesizeBioの記事(口コミあり)
3. ligation independent cloning by PCR
   1. Overlap extension PCR cloning: Bryksin AV 2010 BioTechniques
   2. Circular Polymerase Extension Cloning: Quan 2009 PLoS ONE
4. digest and ligate in one pot using Type IIS restriction enzyme
   1. FASTR (LguI) : Kotera I 2008 J Biotechnol
   2. Golden Gate Cloning (BsaI): Engler C 2008 PLoS ONE
   3. Golden Gate Shuffling: Engler C 2009 PLoS ONE
5. Gibson Assembly
   • Gibson DG 2009 Nat Meth

実験tips

• Bitesize bio
• NEB technical reference
• K.saito氏のちょいテク：ABI3100けちけちtips
• TAKARAバイオ テクニカルサポート
• プライマーデザインのコツ - 花井＠産総研
• 微生物の世界 (Web講義室) - 岡山県立大学山本研究室
• Bio Technical フォーラム - 研究留学ネット
• HPLC/GC
  • HPLCの上手な使い方　|　ジーエルサイエンス
  • Ｓｈｉｎｏちゃんの液クロＳＯＳ
  • 島津 高速液体クロマトグラフィー分析(液クロ)の留意点，入門 : 株式会社島津製作所
  • ガスクロマトグラフィーの基礎　|　ジーエルサイエンス
• 玉ちゃんのライティング話

ほか

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